Heatmap: Cluster_66 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
0.85 0.46 0.43 0.98 0.82 0.36 0.95 0.39 0.67 0.07 -1.61 0.74 0.81 -1.25 0.78 -0.96 0.94 -1.06 0.89 -1.21 0.34 -0.87 -1.2 -0.05 -0.18 0.29 -1.04 -1.89 1.05 1.11 0.88 -0.95 -1.07 0.21 1.14 1.16 0.68 -0.74 -1.22 -1.03 0.08 -1.44 0.74 0.82 -0.97 -3.21 -2.68 -3.11 -0.57 -1.0 -0.66 -0.21 0.84 -2.74 -0.78 -1.04 -0.57 -1.34 -0.36 -1.37 -1.38 -1.59 -2.08
-0.94 -0.8 -0.7 0.82 1.49 0.9 2.06 1.02 1.19 0.86 0.15 -0.07 0.14 -0.37 0.08 -0.0 0.15 -0.05 0.37 -1.02 0.27 -3.43 -2.41 0.35 -2.34 0.11 0.36 0.2 0.66 0.61 0.19 -0.06 -1.16 0.21 0.54 0.5 -0.19 -0.27 -1.03 -0.45 -2.04 -1.36 -0.03 0.2 0.01 -0.28 0.47 0.03 -2.32 -2.11 -2.25 -1.49 -0.06 0.13 -1.3 0.96 0.15 -3.1 -0.26 -2.53 -1.33 -2.77 -1.15
0.41 0.01 0.22 0.64 0.45 0.31 0.7 0.29 0.37 0.25 -0.88 0.26 0.61 -0.55 0.53 -0.62 0.55 -0.41 0.61 -0.44 0.08 0.05 0.08 0.44 -0.16 0.75 -0.63 -2.27 0.79 0.67 0.66 -0.45 -0.11 0.06 0.74 0.66 0.4 -1.13 -0.18 -0.72 0.39 -0.64 0.42 0.6 -0.37 -2.78 -2.44 -2.53 0.14 -0.25 -0.65 -0.32 0.46 -0.65 -0.6 -2.1 -0.09 -0.4 -0.05 -0.36 -0.8 -0.59 -1.3
0.08 -0.22 -0.03 0.55 1.86 1.55 1.71 1.07 1.71 1.02 -0.52 0.61 0.16 -0.46 0.24 -0.31 0.28 -0.39 0.22 -2.17 0.24 -0.55 -0.46 -0.74 0.54 0.48 -0.32 -1.61 0.37 0.33 0.24 -0.76 -2.0 0.76 0.41 0.32 -0.34 -1.99 -1.92 -0.61 -0.59 -0.76 0.81 0.26 -0.49 -2.31 -2.02 -2.28 0.64 -2.37 -1.79 -2.98 0.73 -2.19 -2.05 -0.6 -0.1 -2.68 0.31 -2.71 -1.13 -2.66 -1.31
-0.59 -2.04 -1.93 1.01 1.49 1.01 1.81 1.12 1.12 0.79 -0.96 0.19 0.45 -0.21 0.57 -0.33 0.66 -0.21 0.81 -0.24 0.35 -2.31 -1.58 -0.63 -0.32 -0.04 -0.69 -1.59 0.77 0.9 0.77 -0.54 -0.13 -0.18 0.9 0.85 -0.41 -1.9 -0.41 -1.23 0.41 -1.4 0.66 0.67 -0.3 -1.33 -1.01 -1.54 -0.56 -2.14 -1.89 -2.07 0.67 -0.65 -1.08 -1.35 -0.06 -1.45 -0.18 -1.03 -1.56 -1.2 -1.06
0.62 0.22 0.42 0.35 0.53 0.61 1.08 0.42 0.48 0.36 -0.62 0.06 0.14 -0.23 -0.11 -0.39 0.13 -0.2 0.22 -0.07 0.03 -1.24 -1.46 -0.17 -1.21 -0.12 -0.33 0.42 0.54 0.67 0.09 -0.3 -0.35 -0.42 0.58 0.78 0.42 0.98 0.3 -0.49 -0.43 -0.41 0.09 0.0 -0.23 0.44 0.67 0.52 -3.96 -3.85 -2.59 -3.11 0.07 -0.93 0.2 0.6 -0.12 -0.95 -0.48 -0.43 -1.08 -0.48 -0.85
-0.05 -0.57 -0.4 0.83 0.87 0.51 0.67 0.38 0.56 0.34 -0.73 0.48 0.42 -0.45 0.47 -0.3 0.47 -0.06 0.38 -0.87 0.15 0.36 0.44 0.18 0.4 0.56 -0.91 -0.85 0.77 0.83 0.34 -0.28 -0.82 0.27 0.86 0.74 -0.11 -0.39 -0.95 -0.91 -0.61 -0.7 0.68 0.5 -0.37 -1.46 -1.26 -1.26 -0.7 -1.01 -1.61 -1.42 0.72 -0.67 -0.83 -0.32 0.0 -0.36 -0.06 -0.45 -0.62 -0.41 -0.82
-0.8 -0.84 -0.7 0.28 1.31 0.95 1.33 1.01 1.08 0.8 -0.39 0.26 -0.39 -0.04 -0.35 -0.0 -0.21 -0.15 -0.12 -0.33 0.36 -0.58 -0.46 0.13 -0.18 0.28 0.16 -0.11 0.15 0.25 -0.18 -0.25 -0.27 0.01 0.15 0.21 -0.36 0.26 -0.41 -0.05 -0.33 -0.33 0.47 -0.25 -0.07 -0.26 0.14 0.05 -2.42 -3.79 -1.83 -2.47 0.33 -0.47 -0.43 0.45 0.41 -0.51 -0.16 -0.3 -0.36 -0.47 -0.38
-0.48 -0.54 -0.33 1.94 1.25 0.72 1.81 0.85 0.7 0.86 1.08 0.03 -0.33 -0.73 -0.24 -0.63 -0.14 -0.67 -0.05 -1.68 0.33 -0.99 -1.0 -0.79 0.2 0.03 -0.29 0.71 0.26 0.31 -0.12 -0.8 -1.43 0.34 0.27 0.3 -0.38 -0.02 -1.19 -1.13 -0.62 -1.28 -0.24 -0.19 -0.55 0.22 0.93 0.48 -1.77 -3.23 -2.89 -2.92 -0.14 -1.21 -1.26 1.49 0.08 -1.75 -0.06 -1.38 -1.0 -1.4 -1.01
0.16 0.01 -0.12 0.8 0.7 -0.11 0.72 0.3 0.44 -0.07 -1.04 0.74 0.74 -0.53 0.74 -0.46 0.73 -0.3 0.85 -2.12 -0.15 -0.0 0.44 0.76 0.01 0.92 -0.57 -2.66 1.1 1.01 0.77 -0.29 -1.28 -0.04 1.0 0.84 0.78 -0.16 -1.82 -0.84 -0.63 -0.98 0.9 0.71 -0.48 -3.19 -3.04 -3.27 -0.16 -0.38 -0.41 -0.65 0.91 -0.49 -2.07 -1.61 -0.73 -1.31 -0.38 -1.76 -1.04 -1.89 -1.62
-0.29 -0.59 -0.53 0.89 1.45 0.94 1.15 0.89 1.14 0.92 0.36 0.28 -0.29 -0.11 -0.13 -0.12 -0.06 -0.12 -0.07 0.11 0.34 -1.44 -0.62 -0.77 -0.99 -0.22 -0.51 0.02 -0.03 0.11 -0.08 -0.09 0.3 0.28 0.13 0.13 0.13 0.34 0.15 0.04 -0.68 -0.64 0.43 -0.32 0.1 -0.03 0.19 -0.05 -4.04 -3.73 -2.16 -2.48 0.53 -0.01 -0.36 0.1 0.19 -1.05 -0.42 -0.62 -0.79 -1.03 -0.65
-0.06 -0.24 -0.07 -0.01 1.06 0.8 1.13 0.93 0.91 0.58 -0.55 -0.07 -0.16 0.33 -0.29 0.22 -0.1 0.22 0.03 -0.58 0.35 -1.01 -0.53 -0.2 -0.29 0.18 -0.38 -0.48 0.25 0.37 -0.04 0.15 -0.34 0.27 0.28 0.34 -0.42 0.49 -0.13 -0.27 0.44 -0.22 0.13 -0.1 0.28 -0.82 -0.37 -0.73 -0.37 -1.71 -1.63 -1.62 0.17 -0.59 -0.13 -0.07 0.27 -0.74 0.18 -0.42 -0.43 -0.52 -0.42
-0.7 -1.38 -1.57 1.79 1.6 0.46 1.63 0.83 1.46 0.86 -0.71 0.42 0.27 -0.21 0.37 -0.06 0.17 0.11 -0.05 -0.84 -0.38 -0.31 -0.82 0.49 0.43 0.61 -0.57 -2.74 0.05 -0.07 -0.12 -0.1 -0.25 -0.42 -0.05 0.05 -0.33 -2.07 -1.22 -1.16 -0.62 -1.14 0.24 0.08 0.12 -2.55 -2.81 -2.69 -0.22 0.41 1.38 0.97 0.49 -0.17 -1.9 -1.99 -0.85 -0.58 -0.77 -0.8 -1.62 -1.61 -1.87
0.02 -0.25 -0.23 0.6 1.38 0.89 1.55 1.03 1.3 0.74 -1.54 0.28 0.32 -0.08 0.24 -0.15 0.46 0.12 0.48 -1.7 0.7 -1.45 -0.86 0.22 -0.75 0.76 -0.9 -2.03 0.78 0.77 0.44 0.03 -1.42 0.53 0.75 0.75 -0.01 -0.14 -1.43 -0.71 -0.14 -0.99 0.57 0.42 0.06 -2.77 -2.33 -3.15 0.37 -0.86 -1.56 -0.86 0.63 -1.9 -1.9 -1.24 0.0 -1.81 0.21 -2.0 -1.25 -2.19 -1.8
-1.14 -1.11 -0.88 0.17 1.15 1.07 0.5 0.06 0.84 0.49 -0.57 0.44 0.26 0.27 0.16 0.1 0.43 0.15 0.54 -0.24 0.07 -0.26 -0.29 -0.24 -0.02 0.19 -0.23 -0.63 0.54 0.65 0.52 0.14 -0.24 -0.32 0.58 0.65 -0.56 -0.46 0.23 -0.18 -0.43 -0.16 0.48 0.38 0.3 -0.89 -0.87 -0.73 -2.23 -3.11 -2.24 -2.66 0.42 -0.04 0.28 -0.1 -0.11 -0.81 -0.43 -0.03 -0.22 -0.21 -0.32
0.45 -0.03 0.16 0.84 1.7 1.25 1.92 0.94 1.17 1.14 -0.83 0.58 0.33 -0.73 0.31 -0.85 0.51 -0.63 0.56 -1.19 0.22 -1.09 -1.43 -0.31 -1.48 0.17 -0.61 -0.91 0.84 0.89 0.47 -0.77 -1.52 0.17 0.8 0.81 0.49 -0.88 -0.78 -1.34 -1.09 -1.41 0.75 0.41 -0.6 -1.94 -1.25 -1.56 -1.87 -2.54 -2.05 -3.01 0.63 -0.19 -0.48 -0.37 -0.1 -2.23 -0.33 -2.03 -1.84 -1.8 -1.72
0.33 0.14 0.14 0.96 0.8 0.54 1.23 0.8 0.79 0.54 0.03 0.58 0.26 -0.2 0.15 -0.2 0.14 -0.26 0.26 -0.94 0.29 -0.59 -0.29 0.18 -0.0 0.31 -0.02 -1.42 0.73 0.74 0.32 -0.24 -0.6 0.37 0.62 0.71 0.31 -1.62 -0.68 -0.99 0.48 -0.82 0.44 0.22 -0.13 -2.16 -1.27 -1.63 0.26 -1.07 -0.53 -1.07 0.53 -1.67 -1.04 -1.17 0.24 -1.32 0.19 -1.2 -1.5 -1.23 -1.3
0.6 0.43 0.48 0.55 0.75 0.17 0.84 0.39 0.95 0.14 -0.77 0.68 0.13 0.23 -0.17 0.04 0.02 0.14 0.14 -1.26 0.15 -0.76 -0.18 0.4 -0.22 0.47 -0.9 -1.07 1.14 1.25 0.02 0.31 -0.77 -0.04 1.29 1.11 0.62 -1.56 -0.89 -1.16 -0.33 -1.16 0.62 0.08 0.48 -1.53 -0.6 -1.17 0.06 -1.58 -1.31 -1.59 0.8 -0.85 -1.6 -0.21 -0.26 -2.11 -0.32 -1.74 -2.08 -2.22 -1.37
0.51 0.31 0.37 0.19 0.68 0.39 0.99 0.82 0.57 0.34 -0.63 0.27 -0.0 0.07 -0.12 0.1 0.04 0.25 0.22 -0.6 0.42 -0.77 -0.63 -0.07 -0.72 0.13 0.05 -0.09 0.49 0.56 0.12 0.1 -0.37 0.29 0.44 0.5 0.32 0.46 -0.41 -0.49 -0.1 -0.52 0.19 -0.04 0.14 -0.42 -0.02 -0.26 -1.29 -1.85 -1.7 -1.35 0.24 -0.93 -0.34 0.25 0.09 -1.01 0.09 -0.27 -0.76 -1.03 -1.16
-0.41 -0.99 -0.98 0.59 1.46 1.09 1.89 1.14 0.97 1.05 -0.8 0.25 -0.19 -0.33 -0.07 -0.34 -0.05 -0.58 0.28 -0.9 0.79 -1.14 -0.56 0.21 0.41 0.61 -0.39 -0.38 0.34 0.29 -0.03 -0.52 -0.5 0.53 0.35 0.4 -0.15 0.67 -0.69 -0.34 -0.29 -0.74 0.38 0.05 -0.45 -1.72 -0.52 -1.3 -1.62 -1.98 -1.97 -1.49 0.33 -1.46 -0.65 0.05 0.51 -1.0 0.02 -0.86 -0.99 -1.3 -1.34
0.23 0.07 0.15 0.26 0.93 0.63 0.81 0.64 0.68 0.36 -0.7 0.33 0.24 -0.57 0.09 -0.43 0.31 -0.3 0.37 -0.85 0.25 0.04 -0.02 -0.08 -0.06 0.27 -0.37 -0.25 0.53 0.5 0.32 -0.36 -0.82 0.34 0.53 0.52 0.26 0.32 -0.51 -0.55 0.09 -0.46 0.53 0.22 -0.32 -0.51 -0.25 -0.5 -0.5 -1.28 -1.47 -1.89 0.54 -0.99 -0.62 -0.15 0.18 -0.84 0.31 -0.58 -0.82 -0.78 -0.89
0.54 -0.13 0.11 0.48 0.89 0.86 1.47 0.64 0.6 0.61 -0.6 0.04 0.18 -0.53 0.01 -0.57 0.18 -0.41 0.14 0.21 0.2 -1.08 -1.39 -0.35 -0.7 0.23 -0.37 -0.56 0.35 0.51 0.11 -0.44 -0.11 0.0 0.43 0.54 0.19 -0.15 0.71 -0.41 -0.21 -0.56 0.09 0.11 -0.42 -0.8 -0.5 -0.67 -1.53 -1.71 -1.27 -1.46 0.15 -0.79 0.85 -0.51 0.26 -0.7 0.09 0.03 -0.82 0.13 -0.85
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-0.1 -0.44 -0.3 -0.05 0.94 0.68 1.15 0.87 0.8 0.78 -0.65 0.39 0.14 -0.73 0.06 -0.81 0.24 -0.59 0.2 0.62 0.39 -1.27 -1.12 -0.37 -1.07 0.12 -0.44 -0.42 0.62 0.67 0.18 -0.82 0.75 -0.22 0.65 0.71 -0.07 0.07 0.54 -1.12 0.29 -1.05 0.51 0.15 -0.67 -0.47 -0.34 -0.59 -2.16 -2.44 -1.89 -2.24 0.54 -1.07 0.37 0.3 0.16 -0.01 -0.2 0.31 -1.7 -0.07 -1.46
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-0.13 -0.28 -0.07 0.13 1.2 1.09 1.45 0.89 0.95 0.68 -0.14 -0.49 -0.58 0.09 -0.67 -0.02 -0.47 -0.02 -0.38 -0.79 0.42 -1.3 -0.9 -0.28 -0.82 0.09 0.12 0.14 0.1 0.07 -0.38 -0.11 -0.45 0.27 0.1 0.14 -0.45 0.34 -0.1 -0.07 0.16 -0.26 -0.1 -0.53 0.04 0.04 0.5 0.15 -1.1 -2.4 -1.58 -2.36 -0.15 -0.47 -0.23 0.59 0.54 -0.93 0.25 -0.35 0.01 -0.55 -0.08
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0.07 -0.09 0.11 0.62 1.3 0.92 1.44 0.86 1.17 0.81 -0.84 0.43 0.07 -0.01 0.06 -0.01 0.16 -0.05 0.33 -0.72 0.34 -1.27 -1.11 0.01 -0.87 0.09 -0.68 -0.56 0.51 0.68 0.18 -0.09 -0.57 0.09 0.58 0.61 0.2 -0.22 -0.57 -0.88 -0.42 -1.16 0.76 0.07 0.07 -0.89 -0.48 -0.67 -1.9 -1.9 -0.86 -1.32 0.68 -0.91 -0.49 -0.0 0.11 -1.16 -0.35 -0.75 -1.23 -1.11 -1.26

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.