Heatmap: Cluster_115 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
0.07 -0.63 -0.37 -0.49 0.9 1.0 0.94 0.99 0.86 0.86 -0.44 -0.37 -0.74 -0.23 -0.68 -0.16 -0.59 -0.68 -0.48 0.06 0.29 -0.32 -0.07 0.06 -0.62 -0.16 -0.17 0.8 -0.16 -0.02 -0.63 -0.35 0.07 0.35 -0.07 -0.05 0.05 1.01 0.23 0.63 -1.06 -0.06 -0.08 -0.77 -0.1 1.01 1.14 0.72 -3.74 -6.07 -2.39 -3.89 -0.12 -1.0 -0.02 0.92 0.24 -1.29 -0.02 -1.54 -0.57 -1.13 -0.17
-0.45 -0.33 -0.2 -0.24 0.31 0.3 0.67 0.37 0.05 0.14 -0.6 -0.65 -1.1 0.12 -1.1 0.23 -0.9 0.17 -0.81 -0.06 -0.11 -1.42 -1.49 -0.94 -0.95 -0.7 -0.02 1.17 -0.51 -0.41 -0.87 0.2 0.25 -0.07 -0.62 -0.46 -0.48 1.4 0.03 0.13 -0.09 0.07 -0.67 -1.04 0.28 1.49 1.68 1.43 -2.72 -2.08 -0.12 -0.76 -0.66 0.04 -0.26 1.43 -0.19 -0.5 -0.58 -0.04 -0.1 -0.37 -0.27
-1.23 0.17 -0.04 -1.35 -0.16 -0.07 -0.36 -0.23 -0.09 -0.37 0.1 -1.61 -1.64 0.45 -1.6 0.41 -1.57 0.24 -1.16 0.19 -0.08 -1.41 -1.21 -1.44 -0.62 -1.12 0.11 1.59 -1.23 -1.07 -2.02 0.51 0.82 0.08 -1.14 -0.83 -1.01 0.94 0.23 0.44 0.29 0.54 -1.45 -1.68 0.72 1.98 1.79 1.77 -4.27 - -3.12 -6.34 -1.28 0.72 -0.16 1.53 -0.34 -0.66 -0.3 0.17 0.39 -0.21 0.01
0.1 -0.31 -0.49 1.81 0.65 -0.09 0.72 0.11 0.14 -0.08 -1.73 -0.35 0.12 0.27 -0.18 0.17 0.23 0.1 0.19 -0.57 -0.18 -1.33 -1.14 -0.88 -0.61 -0.38 -0.6 0.68 0.63 0.56 0.32 0.51 -0.58 -0.22 0.5 0.66 0.28 0.52 -0.14 -0.76 -0.18 -0.37 -0.0 0.09 0.38 0.79 0.75 0.51 -2.17 -4.61 -1.47 -2.36 -0.01 0.68 -0.91 0.56 -0.48 -1.04 -0.29 -1.26 -0.91 -0.0 -0.74
-0.41 -0.42 -0.29 0.45 0.71 0.37 0.6 0.32 0.63 0.58 0.2 0.57 -0.28 0.37 -0.3 0.26 0.02 0.38 -0.09 -0.42 0.3 -0.79 -0.39 -1.19 -0.55 -0.84 0.02 0.27 0.28 0.39 -0.13 0.33 -0.36 0.39 0.35 0.42 -0.13 0.52 -0.12 -0.36 -0.56 0.05 0.4 -0.21 0.33 0.31 0.55 0.4 -2.99 -3.56 -3.37 -3.8 0.47 -0.37 -0.15 0.28 0.35 -0.56 -0.06 -0.18 -0.37 -0.31 -0.56
-0.33 -0.28 -0.18 0.15 0.51 0.29 0.81 0.24 -0.02 0.34 1.05 -0.12 -0.23 0.54 -0.25 0.41 -0.13 0.52 -0.1 -0.69 0.08 -0.72 -0.81 -1.07 -0.54 -0.26 0.79 0.28 0.1 0.12 -0.15 0.37 -0.83 0.35 0.12 0.13 -0.21 -0.51 -0.37 0.29 -1.04 0.24 -0.09 -0.2 0.46 0.3 0.55 0.19 -1.21 -2.29 -2.2 -2.8 0.01 0.6 -0.52 0.47 0.35 -0.91 0.12 -0.62 0.35 -0.49 0.3
-1.42 -2.0 -1.24 0.84 -1.41 0.12 -0.0 -0.38 -2.08 -0.58 1.44 -0.95 -1.13 0.24 -1.01 0.13 -0.82 -0.08 -0.91 0.59 0.31 -1.46 -0.85 -2.09 -0.56 -1.47 -0.14 0.32 -0.28 -0.18 -1.11 -0.26 0.35 -0.62 -0.34 -0.22 -1.59 0.29 1.04 0.93 -0.54 0.69 -0.8 -0.94 0.12 0.93 1.36 0.64 -3.41 -1.67 0.09 -0.67 -0.73 -0.33 0.77 0.33 0.78 0.57 -0.05 0.94 0.37 1.09 0.9
-0.42 -0.62 -0.62 0.1 0.35 0.19 0.44 0.3 0.06 0.33 -0.26 -0.14 -0.66 0.48 -0.42 0.64 -0.34 0.43 -0.43 -0.17 0.41 -0.91 -1.13 -0.64 -0.02 -0.99 0.07 0.83 -0.02 0.04 -0.56 0.47 -0.09 0.16 -0.1 0.05 -0.12 0.79 0.07 -0.58 0.26 -0.6 -0.15 -0.32 0.54 0.67 0.98 0.97 -3.75 -3.13 -1.87 -1.6 -0.17 0.0 0.02 1.31 -0.01 -0.15 -0.27 0.44 -0.66 -0.06 -0.73
-0.61 -0.87 -0.5 0.48 0.61 0.59 0.88 0.71 0.24 0.41 -0.14 -0.78 -0.96 0.05 -0.99 -0.06 -0.89 -0.06 -0.92 0.46 0.45 -0.45 -0.27 -0.58 -0.56 -0.46 0.16 0.37 -0.19 -0.06 -0.73 0.12 0.51 0.48 -0.16 -0.09 -0.71 1.12 0.46 0.24 0.26 0.27 -0.95 -0.92 0.25 0.65 0.77 0.46 -2.82 -3.9 -1.44 -1.92 -0.94 -0.58 0.11 0.88 0.2 0.29 -0.07 0.18 -0.09 0.33 -0.11
-0.55 -0.24 -0.2 -0.24 0.96 0.95 0.92 0.84 0.53 0.77 0.74 -0.59 -1.16 0.19 -1.28 0.26 -1.0 0.26 -0.93 -0.07 0.41 -0.74 -0.87 -0.67 -1.27 -0.58 0.74 0.74 -0.58 -0.51 -1.05 0.23 -0.39 0.77 -0.54 -0.51 -0.65 -0.5 -0.11 0.65 -0.56 -0.05 -0.53 -1.09 0.36 0.94 1.1 1.22 -2.45 -3.71 -1.57 -2.93 -0.53 -0.78 -0.37 1.33 0.38 -1.06 0.15 -0.97 0.26 -0.8 0.18
-2.25 -2.03 -1.86 -1.37 1.11 1.39 1.22 1.08 1.13 0.86 0.42 -0.45 -0.84 0.3 -0.79 0.28 -0.7 0.14 -0.66 -0.15 0.45 -1.62 -1.06 -0.76 -0.66 -1.03 0.92 0.31 -0.59 -0.58 -0.75 0.25 0.11 0.84 -0.57 -0.52 -0.96 -0.58 0.31 0.78 -0.38 -0.05 -0.48 -0.71 0.38 0.67 0.81 0.6 -6.6 - -5.53 -7.16 -0.56 0.66 -0.05 0.33 0.54 -0.77 0.57 -0.2 0.31 -0.78 0.33
-0.33 -0.17 -0.0 0.26 0.52 0.53 0.73 0.46 0.48 0.42 0.39 -0.55 -0.85 0.45 -0.77 0.44 -0.82 0.41 -0.51 -0.19 0.19 -0.7 -0.41 -0.71 0.1 -0.46 0.7 0.18 -0.57 -0.49 -0.72 0.47 -0.22 0.31 -0.52 -0.47 -0.11 -0.12 -0.06 0.99 -0.55 1.08 -0.5 -0.86 0.52 0.27 0.51 0.19 -1.8 -2.74 -1.9 -2.08 -0.48 0.12 -0.22 0.11 0.28 -0.83 0.17 -0.28 0.6 -0.33 0.83
-0.46 -1.46 -1.05 0.44 0.93 0.39 1.17 0.72 0.61 0.48 -1.14 0.44 0.13 0.28 0.11 0.16 0.19 -0.13 0.59 -0.2 -0.18 -0.7 -0.52 -0.32 0.04 0.12 -0.61 -0.43 0.33 0.44 0.45 0.25 0.04 -0.48 0.46 0.44 0.29 0.83 -0.39 -0.42 -0.52 -0.07 0.98 0.09 0.6 -0.4 -0.09 -0.4 -3.27 -3.73 -1.84 -2.61 0.68 -0.1 -0.62 0.14 -0.63 -0.66 -0.94 -0.23 -0.23 -0.46 -0.3
-0.36 -0.83 -1.04 - -2.82 -2.2 -1.51 -1.8 -1.99 -1.92 -2.38 -2.23 -3.86 1.99 -2.27 2.43 -1.5 0.58 -1.81 -0.84 -1.88 -1.25 -3.99 - -1.39 -4.25 2.01 -1.48 -2.34 -1.1 -1.22 2.34 -0.88 0.13 -0.49 -0.59 0.5 - -0.86 -0.54 -1.29 0.3 -0.58 -1.84 1.25 -2.49 -2.43 - - -3.64 -1.79 - -0.56 4.24 -1.86 - -1.26 -2.89 -0.61 -1.87 0.33 -2.85 0.14
-0.22 -0.26 -0.17 0.62 0.95 0.55 0.92 0.7 0.74 0.57 0.68 -0.14 -0.59 0.28 -0.65 0.21 -0.47 0.23 -0.38 0.24 0.02 -0.86 -0.61 -0.03 -0.76 -0.23 0.28 -0.25 -0.11 -0.01 -0.55 0.2 0.28 -0.14 -0.08 0.02 -0.1 0.12 0.19 0.29 -0.23 0.6 -0.0 -0.57 0.37 -0.22 0.06 -0.01 -2.08 -2.62 -1.32 -1.46 -0.03 0.03 -0.12 -0.28 0.08 -0.26 -0.29 0.1 0.11 0.03 -0.16
-0.98 -1.62 -1.35 -0.36 -0.03 0.3 0.12 0.18 -0.07 -0.34 -0.2 -0.18 -0.99 0.69 -1.08 0.83 -0.82 0.66 -0.49 0.36 0.24 -0.99 -0.76 -0.69 -0.11 -1.04 0.58 0.69 -0.54 -0.22 -0.76 0.75 0.68 0.23 -0.49 -0.33 -0.51 0.68 0.37 0.97 -0.46 0.77 -0.01 -0.91 0.93 0.83 1.14 0.84 -5.35 -6.17 -2.95 -4.18 -0.3 0.2 0.17 0.61 0.36 -1.09 -0.15 -0.3 0.67 -0.35 0.22
0.02 0.12 0.2 -0.24 0.71 0.52 1.1 0.57 0.22 0.62 -0.19 -0.37 -1.07 0.52 -1.05 0.45 -1.15 0.38 -1.11 0.02 0.1 0.46 0.05 -0.98 0.45 -0.24 0.74 0.57 -0.7 -0.6 -1.13 0.31 0.07 0.58 -0.63 -0.57 -0.17 -0.33 -0.07 0.32 -0.88 0.32 -0.49 -1.09 0.52 0.38 0.59 0.54 -1.89 -3.66 -1.63 -2.96 -0.53 -0.48 -0.23 0.96 -0.12 -0.41 -0.03 -0.18 0.39 -0.16 0.49
-0.84 -0.33 -0.26 -1.62 -0.41 0.1 -0.74 0.02 -0.55 -0.35 0.13 -0.59 -0.66 0.57 -0.88 0.56 -0.26 0.55 -0.68 0.24 -0.65 -0.5 0.07 -1.82 -0.24 -1.02 -0.61 1.3 -0.28 0.16 -0.81 0.63 0.41 -0.95 -0.38 -0.17 -0.65 0.88 0.34 0.45 -0.49 0.34 -0.43 -0.74 1.04 1.71 1.38 1.39 -1.89 -7.99 -5.13 -7.77 -0.33 1.41 -0.16 0.23 -0.54 -0.44 -1.06 0.29 0.1 -0.17 -0.02
-1.24 -0.6 -0.61 -1.11 0.09 0.54 -0.55 0.52 0.09 -0.0 -0.11 -0.42 -1.0 0.57 -0.94 0.56 -0.81 -0.22 -0.34 0.7 -0.43 - - - - - -0.33 1.58 -0.73 -0.08 -0.53 0.65 0.57 -0.42 -0.39 0.03 -0.49 0.75 0.26 0.69 -1.26 0.23 -0.26 -0.75 0.89 2.11 1.62 1.85 -5.46 - -5.98 -5.62 -0.21 1.0 0.31 0.87 -0.54 -1.42 -1.26 -0.25 -0.1 -0.42 0.24
-0.35 -0.06 -0.08 -0.1 -0.07 0.35 0.06 0.3 0.12 0.18 -0.22 -0.57 -1.05 0.4 -1.11 0.4 -0.93 0.34 -0.88 -0.25 0.24 -0.18 -0.57 -1.06 -0.44 -1.13 0.03 1.14 -0.54 -0.37 -0.92 0.47 -0.14 0.03 -0.55 -0.36 -0.48 1.45 0.2 0.23 0.42 0.13 -0.61 -0.95 0.56 1.05 1.24 1.24 -3.75 -3.94 -2.15 -2.35 -0.57 0.69 -0.02 0.99 0.26 -0.53 -0.16 -0.01 -0.01 -0.3 -0.19
0.03 0.2 0.9 -0.17 0.41 0.8 -0.24 0.77 0.71 0.44 -0.5 -1.04 -1.08 0.21 -1.06 -0.08 -0.8 0.34 -1.67 0.66 -0.83 0.75 0.21 -1.99 0.18 -1.51 0.39 -0.22 -1.0 -1.16 -1.61 -0.52 1.0 0.22 -0.66 -0.95 -0.22 0.65 0.47 0.83 0.18 0.33 -0.41 -1.28 -0.1 0.19 0.88 -0.27 -3.02 -4.97 -1.95 - -1.15 0.24 0.81 0.66 -0.12 0.34 -0.67 0.8 0.22 0.87 0.07
-0.89 -0.32 -0.17 1.86 -1.37 -0.91 -1.19 -0.3 -1.2 -0.97 0.08 -1.51 -0.04 -2.44 -2.14 0.12 0.02 -0.43 -0.35 1.46 -0.42 0.9 -0.03 -1.37 0.15 -1.84 -0.4 1.11 -1.66 0.13 -3.68 -0.75 1.07 -1.15 -1.04 -1.66 -1.03 -0.2 0.27 -1.14 0.96 1.36 -0.44 -0.26 0.15 1.66 0.71 0.84 -3.13 -2.5 -0.33 - -0.51 0.81 -0.72 0.77 -1.7 0.67 -1.79 0.27 0.3 1.62 -0.39
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-3.87 -2.15 -2.14 0.72 -1.75 -0.54 -1.06 0.61 -1.02 -0.9 -0.09 0.06 -0.22 1.01 0.62 1.58 0.12 1.16 1.39 -1.36 -0.82 - - - -3.66 - 0.13 -1.99 -0.32 0.15 0.27 1.61 0.19 -0.8 0.63 -0.54 1.46 -1.15 0.2 - -0.4 -2.39 0.7 0.68 1.21 -0.99 0.38 0.02 - -2.16 -0.3 -2.94 0.0 1.76 0.95 0.95 -0.36 0.73 -0.44 -0.8 -1.35 0.81 -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.