Heatmap: Cluster_23 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
3.08 3.81 3.93 -6.94 -3.86 -0.75 -2.44 -2.28 -3.9 -3.2 -3.43 -5.35 0.05 -5.1 0.05 -5.43 0.12 -5.26 0.36 -4.82 -1.32 -1.54 -2.39 -3.02 -3.48 -5.34 -1.89 -3.18 0.32 0.52 0.24 -6.25 -4.44 -1.07 0.32 0.52 2.1 -3.43 -4.01 -0.98 -3.67 -2.07 -4.46 0.12 -5.62 -2.5 -3.29 -2.93 -7.06 -13.29 -7.86 -12.21 -3.18 -6.18 -3.66 -1.49 -1.69 -3.16 0.27 -2.94 -1.12 -2.73 -0.09
- 4.08 5.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.81 4.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.36 4.77 4.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.54 4.98 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.92 3.63 5.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.07 4.2 4.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.14 - - - - - - - - - - - - - 2.1 -0.71 - - - - - - - - - - -
4.5 - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.15 4.65 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.1 4.55 4.07 -0.85 -0.58 -2.1 0.3 -1.5 -1.16 -0.22 -2.58 -1.56 -0.56 -2.52 -0.81 -2.39 -0.74 -2.73 -1.55 -4.4 -4.91 -3.29 -3.78 -1.65 -3.59 -2.22 -3.02 -3.6 -1.02 -0.89 -0.34 -2.74 -6.91 -5.32 -0.65 -0.56 0.47 -4.35 -3.81 -5.09 -4.58 -4.44 0.59 -0.55 -2.28 -4.04 -3.21 -3.03 - - - - 0.01 -0.97 -4.88 -2.61 -3.47 -3.98 -4.78 -3.2 -3.41 -4.7 -4.3
2.79 5.13 4.33 -6.04 -7.8 -6.19 -7.56 -6.37 -7.29 -9.51 -5.53 - -8.82 - - - -8.79 - - -7.82 -7.85 -6.02 -6.8 -8.26 -7.11 - -6.76 -7.45 -6.77 - - -6.83 -6.84 - -8.49 -6.76 -0.65 -5.27 -7.82 - -6.84 - -7.41 -7.82 -6.39 -6.45 -6.39 - - - - - -7.61 - - -7.49 -7.81 -7.84 -7.88 -6.83 -6.8 - -7.83
2.22 4.54 3.9 -1.69 -3.88 -4.34 -3.89 -3.57 -3.79 -3.54 -1.84 - -3.33 - -3.05 - -3.6 - -5.0 -4.61 -5.68 1.56 2.1 -0.19 2.67 -0.38 -3.14 -4.27 -4.16 -1.33 -4.6 - -2.66 -4.65 -2.59 -0.37 0.14 - - -5.65 -3.07 - -4.23 - - - -5.2 - - - -3.24 - -3.83 -6.46 - -3.32 - - - -4.06 -3.3 - -
2.93 4.72 4.43 -2.95 -2.05 -2.95 -0.85 -2.54 -2.46 -1.81 -3.58 -6.26 -2.96 -4.56 -3.21 -4.73 -3.28 -4.74 -3.47 -7.3 -7.92 -4.03 -4.01 -2.9 -4.26 -5.21 -3.69 -6.92 -2.76 -2.09 -3.01 -6.34 -6.91 -8.91 -2.17 -2.18 1.36 -7.07 -4.9 -5.31 -7.92 -5.44 -2.72 -2.72 -6.31 -6.19 -5.88 -5.17 -7.72 - - - -2.48 -5.73 -5.08 -3.08 -5.06 -5.53 -5.38 -5.2 -3.87 -4.48 -4.13
2.61 5.11 4.26 -2.15 -4.0 -4.43 -3.67 -4.18 -4.06 -3.78 -3.67 - -5.15 - -5.15 - -5.12 - - - - -3.65 -5.47 -2.72 -7.02 -7.17 -3.83 - -4.67 -5.27 -5.69 -6.33 -4.75 - -3.74 -2.93 0.48 - -5.75 - - - -4.1 -5.74 -5.33 - - -4.33 -4.56 - -4.08 - -3.94 -4.17 - -5.42 - - - -4.74 -5.72 - -
2.9 4.45 4.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.14 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.43 4.68 4.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.74 5.04 3.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.57 5.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.07 4.28 4.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.07 - - - - - - - - - - - 0.83 - - - - - - - - - - - - - -
2.94 5.14 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.13 4.84 4.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.55 - - - - - - - - - - - -2.92 - 0.15 -3.07 - - - - - - - - - - -
3.16 4.21 4.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.09 5.01 4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.16 4.82 4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.64 4.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.26 3.96 4.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.2 4.79 4.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.46 - 5.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -7.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.32 4.74 4.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.57 4.58 4.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.6 5.14 3.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.88 4.33 5.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.63 4.59 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.68 4.16 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.71 4.65 4.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.07 2.8 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.21 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.32 4.49 4.22 - -6.84 -7.38 -7.73 -6.11 -5.19 -6.08 -1.62 -4.81 -4.28 0.26 -3.54 0.01 -4.41 0.35 -3.73 -3.1 -2.26 - - - - - -2.05 -4.26 -5.38 -4.36 -5.05 0.02 -2.65 -4.13 -5.03 -4.78 1.8 -2.05 -3.45 -2.8 -2.28 -2.24 -4.16 -5.2 0.26 -3.25 -3.69 -3.24 - - - - -4.32 1.16 -2.15 -2.07 -1.75 -1.53 -2.15 -2.24 -2.29 -1.01 -2.18
4.11 3.86 3.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.62 - 5.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.86 - 5.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.82 4.75 4.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.33 4.71 4.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.35 5.07 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.61 4.86 3.95 - -2.21 - -2.96 -2.81 -2.69 - - -3.2 -3.85 1.11 - 1.07 -3.8 -1.25 - -1.23 - -4.19 -3.1 -1.95 - -4.26 -3.3 - -2.3 - - 0.65 - - -1.8 - 0.9 0.2 - - -2.83 -2.83 - - 0.76 - - - - - - - -3.6 -0.02 - - - - -2.89 - -2.81 -1.81 -2.8
- - 5.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.25 4.4 3.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.67 4.4 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.14 4.32 5.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.84 5.15 3.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.34 - 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.