Heatmap: Cluster_74 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	-O2 early	-O2 late	-O2 middle	24h,Alfalfa	24h,Fructose	24h,Maltose	24h,Sorbitol	24h,Xylan	24h,Xylan+Xylose	24h,Xylose	Fructose,microbial culture	Laboratory transformant,Pure culture	MjkA KO,expo	MjkA KO,post expo	MjkA/mjkB KO,expo	MjkA/mjkB KO,post expo	MjkB KO,expo	MjkB KO,post expo	MjkB OE,expo	N593 kusA KO,2h	N593 kusA KO,8h	NW186,+1.1mM arg	NW186,+5mM citr	NW186,-Fe	NW305,+10gl Fe	NW305,-Fe	SEB,microbial culture	WT,2h,MM + L-rhamnose	WT,70% max biomass	WT,90% max biomass	WT,expo	WT,post expo	araR KO,2h	araR KO,8h	crhA-G KO,70% max biomass	crhA-G KO,90% max biomass	expo	gaaC KO,2h	gaaR KO,2h	gaaR KO,8h	gaaR/araR KO,2h	gaaR/araR KO,8h	gaaX KO,pure culture	histone deacetylase KO,expo	histone deacetylase KO,post expo	lraA KO,2h,MM + L-rhamnose	lraB KO,2h,MM + L-rhamnose	lraC KO,2h,MM + L-rhamnose	multiploid,asex,free 12h	multiploid,asex,free 6h	multiploid,asex,immob 12h	multiploid,asex,immob 6h	parent,pure culture	post expo	rhaR KO,2h	rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose	rhaR KO,8h	rhaR/araR KO,2h	rhaR/araR KO,8h	rhaR/araR/gaaR KO,2h	rhaR/araR/gaaR KO,8h	rhaR/gaaR KO,2h	rhaR/gaaR KO,8h
CAK36965	-0.46	-0.7	-0.59	0.09	0.66	0.42	1.05	0.55	0.57	0.46	-0.23	-0.16	-0.34	-0.09	-0.39	-0.09	-0.29	0.02	-0.18	-0.06	0.49	-0.58	-0.54	-0.05	0.28	0.16	0.02	0.34	0.03	0.2	-0.17	-0.15	-0.07	0.14	0.0	0.14	-0.42	0.57	0.22	-0.15	0.24	-0.1	-0.3	-0.32	0.01	0.15	0.48	0.45	-2.77	-2.41	-1.68	-1.41	-0.26	-0.24	0.26	0.62	0.42	-0.07	-0.07	0.39	-0.36	0.1	-0.84
CAK36991	-1.15	-1.02	-1.12	0.38	0.98	0.72	1.29	0.76	0.68	0.47	-0.59	0.31	-0.36	0.4	-0.46	0.32	-0.28	0.41	-0.25	0.13	0.22	-0.94	-1.16	-0.61	0.13	-0.58	0.13	0.06	-0.02	0.08	-0.29	0.27	0.28	-0.24	0.02	0.05	-0.76	0.06	0.51	-0.2	0.01	0.07	0.29	-0.35	0.33	0.25	0.31	0.28	-2.88	-2.63	-2.21	-1.7	0.23	-0.49	0.19	0.32	0.02	-0.09	-0.6	0.46	-0.51	0.34	-0.55
CAK37024	-0.56	-0.48	-0.59	0.11	0.81	0.27	0.91	0.84	0.85	0.48	-0.76	0.34	-0.29	-0.08	-0.38	0.04	-0.28	-0.02	-0.09	-0.06	0.4	0.0	0.19	0.47	0.16	0.37	0.42	-0.9	0.18	0.14	-0.39	-0.04	-0.05	0.24	0.19	0.21	-0.07	0.67	0.18	-0.19	0.21	0.05	0.28	-0.42	-0.03	-1.0	-0.6	-0.97	-1.78	-1.73	-1.29	-0.89	0.21	-0.09	0.32	-0.37	0.01	-0.07	-0.31	0.0	-0.14	-0.02	-0.53
CAK37254	-0.43	-0.67	-0.57	-0.8	0.48	0.64	0.28	0.58	0.28	0.34	-0.36	-0.13	-0.28	-0.0	-0.38	-0.01	-0.18	0.04	-0.18	0.23	0.32	0.47	0.39	-0.76	0.45	-0.27	-0.07	-0.42	0.17	0.28	-0.24	-0.03	0.43	0.16	0.24	0.22	-0.61	-0.09	0.35	0.2	0.48	0.42	0.15	-0.42	0.15	-0.44	-0.37	-0.48	-2.81	-3.88	-2.65	-3.2	0.08	1.32	0.37	-0.32	0.16	0.14	-0.3	0.45	0.14	0.25	-0.3
CAK37299	-0.26	-0.23	-0.03	1.2	1.31	0.72	1.33	0.73	0.64	0.68	-0.22	0.08	-0.38	0.18	-0.4	0.21	-0.21	0.15	-0.37	-0.58	0.22	-0.24	-0.58	-1.13	0.12	-0.11	0.16	0.45	0.24	0.14	-0.27	0.22	-0.67	0.46	0.18	0.1	-0.36	-0.61	-0.69	0.37	-0.72	0.34	0.09	-0.44	0.29	0.37	0.71	0.31	-2.29	-2.95	-3.15	-2.91	0.17	-1.03	-1.07	-0.2	-0.01	-1.15	-0.07	-1.09	0.09	-0.91	-0.12
CAK37727	-0.33	-0.42	-0.29	0.06	0.69	0.45	0.8	0.62	0.79	0.59	-0.85	-0.31	-0.5	0.24	-0.52	0.25	-0.38	0.19	-0.37	0.04	0.24	-0.99	-1.13	-0.54	-0.85	-0.17	-0.32	0.39	0.02	0.16	-0.4	0.38	0.2	0.04	0.11	0.09	-0.25	0.97	0.19	-0.08	0.11	-0.12	-0.25	-0.51	0.39	0.43	0.6	0.56	-1.97	-2.45	-0.41	-1.27	-0.17	-0.01	0.02	0.51	0.05	-0.07	-0.53	-0.11	-0.12	-0.01	-0.32
CAK37801	-0.83	-1.13	-1.02	0.22	0.5	0.48	0.85	0.48	0.24	0.35	-0.66	0.06	-0.23	0.25	-0.3	0.28	-0.09	0.2	-0.21	0.05	-0.11	-0.7	-0.76	-0.71	-0.3	-0.28	-0.03	0.45	0.26	0.32	-0.2	0.3	-0.02	-0.14	0.23	0.27	-0.59	0.53	0.1	0.08	0.14	0.09	0.1	-0.26	0.41	0.62	0.83	0.66	-2.26	-2.47	-1.74	-1.89	0.22	0.18	-0.11	0.3	-0.18	-0.11	-0.6	0.28	0.01	0.07	-0.19
CAK38101	0.36	-0.3	-0.28	0.62	0.72	0.1	0.93	0.47	0.71	0.54	-0.87	0.06	-0.05	-0.52	-0.06	-0.67	0.1	-0.61	-0.12	0.33	-0.07	-0.21	-0.57	-0.25	-0.07	0.14	-0.32	0.2	0.27	0.29	-0.03	-0.52	0.99	-0.17	0.25	0.23	0.31	0.6	-0.04	-0.84	0.48	-0.95	0.11	-0.18	-0.48	0.17	0.43	0.38	-2.56	-0.66	-0.98	-0.27	0.2	-0.25	-0.24	0.56	-0.62	0.05	-0.88	0.29	-1.33	-0.41	-1.74
CAK38263	-0.43	-0.21	-0.11	-0.71	0.94	0.84	0.75	0.84	1.19	0.69	-0.28	-0.32	-0.65	-0.29	-0.7	-0.35	-0.57	-0.45	-0.4	0.43	0.14	-0.36	-0.1	0.08	-0.33	-0.29	0.12	0.16	-0.21	-0.15	-0.62	-0.25	0.65	-0.24	-0.17	-0.11	-0.47	1.14	0.5	-0.05	0.05	-0.05	-0.12	-0.66	-0.08	0.43	0.53	0.55	-3.66	-4.67	-1.75	-3.16	-0.19	-0.1	0.19	0.44	0.04	0.08	-0.27	0.2	-0.28	0.15	-0.48
CAK38446	0.94	0.47	0.59	-0.3	0.61	0.63	0.48	0.52	0.51	0.39	-0.9	0.04	-0.25	0.05	-0.42	-0.12	-0.17	-0.08	-0.03	0.21	0.15	-0.12	-0.01	-1.1	-0.24	-0.56	-0.95	-0.09	0.15	0.28	-0.2	0.06	0.08	-0.23	0.16	0.28	0.37	0.62	0.53	-0.05	-0.12	0.02	0.15	-0.29	0.24	-0.09	-0.26	-0.27	-2.83	-3.86	-1.22	-2.51	0.17	0.1	0.4	-0.55	0.08	-0.33	-0.52	0.19	-0.07	0.3	-0.14
CAK38449	1.45	1.89	1.75	-0.63	0.94	0.57	0.43	0.9	1.03	0.67	-0.88	-0.4	-0.51	-0.17	-0.51	-0.21	-0.53	-0.19	-0.22	-0.16	0.31	-0.28	0.31	-0.35	-0.53	0.17	-0.58	-0.73	-0.04	-0.0	-0.56	-0.23	0.04	0.37	-0.09	-0.08	0.82	-0.26	0.12	-0.24	-0.37	-0.38	0.06	-0.73	-0.07	-1.0	-0.63	-0.94	-2.51	-3.66	-3.31	-3.77	0.09	-0.96	-0.06	-0.7	0.22	-0.67	-0.09	-0.34	-0.37	-0.45	-0.58
CAK38593	-0.09	-0.46	-0.31	0.06	1.1	0.75	1.09	0.68	1.12	0.61	-0.58	0.04	-0.4	-0.28	-0.49	-0.32	-0.28	-0.21	-0.16	-0.17	-0.01	-0.98	-1.14	-0.18	-0.73	-0.39	-0.18	0.38	0.08	0.18	-0.34	-0.34	0.02	-0.39	0.11	0.19	0.12	1.04	-0.04	-0.23	-0.1	-0.18	0.2	-0.43	-0.25	0.54	0.62	0.58	-2.03	-1.84	-0.82	-1.28	0.11	-0.01	-0.16	0.65	-0.08	-0.44	-0.64	0.19	-0.41	-0.27	-0.49
CAK38597	0.31	-0.23	-0.06	0.6	0.95	0.77	1.48	0.76	0.65	0.72	-0.19	0.0	-0.24	-0.07	-0.28	-0.08	-0.06	-0.02	-0.09	-0.3	0.14	-1.03	-0.96	-0.55	-0.77	-0.11	-0.07	0.63	0.39	0.33	-0.32	-0.16	-0.42	0.12	0.37	0.45	0.3	-0.24	-0.38	-0.23	-0.45	-0.48	-0.02	-0.21	-0.01	0.42	0.95	0.76	-1.92	-2.84	-1.87	-2.1	0.04	-0.79	-0.41	0.77	-0.09	-0.95	-0.5	-0.9	-0.6	-0.83	-0.82
CAK38625	-1.1	-2.69	-2.01	0.67	1.4	1.11	1.66	1.2	0.98	0.93	-1.38	0.33	-0.29	0.02	-0.33	-0.12	-0.05	-0.12	0.1	0.69	0.43	-9.41	-7.55	-5.23	-5.27	-4.99	-0.88	0.63	0.24	0.32	-0.05	-0.12	1.02	-0.17	0.21	0.3	-0.28	0.22	0.51	-0.58	0.33	-1.04	0.33	-0.11	0.03	0.97	0.86	0.53	-2.96	-3.4	-1.41	-2.95	0.27	-2.1	-0.33	0.47	0.13	-0.29	-0.8	-0.04	-1.86	-0.35	-1.29
CAK38629	-0.71	-2.26	-1.82	0.61	1.2	0.85	1.37	1.21	0.99	0.98	-1.07	0.3	0.01	0.41	0.01	0.37	0.04	0.48	0.21	0.07	0.53	-2.65	-1.41	-0.47	-0.99	-0.23	-0.69	-0.19	0.48	0.63	0.2	0.51	0.27	0.02	0.56	0.6	-0.27	0.23	0.06	-0.61	-0.02	-0.91	0.54	0.07	0.51	-0.38	-0.19	-0.39	-2.52	-4.2	-2.54	-3.73	0.49	-1.03	-0.46	-0.2	0.08	-0.59	-0.49	-0.32	-1.46	-0.58	-1.5
CAK38793	-0.31	-0.32	-0.25	0.25	0.9	0.77	0.9	0.72	0.96	0.59	-0.82	0.11	-0.2	-0.49	-0.3	-0.48	-0.09	-0.46	-0.02	-0.2	0.28	-1.08	-0.73	-0.47	-0.66	-0.24	-0.53	0.67	0.15	0.29	-0.11	-0.61	-0.15	0.07	0.16	0.27	-0.22	1.18	0.0	-0.63	-0.01	-0.75	0.29	-0.18	-0.46	0.6	0.79	0.69	-1.79	-2.45	-0.79	-1.56	0.22	-0.87	0.15	0.87	0.17	-0.55	-0.16	-0.01	-0.74	-0.39	-1.08
CAK38828	-0.58	-0.65	-0.54	0.17	0.97	0.83	0.87	0.79	0.84	0.72	-0.11	-0.06	-0.51	0.39	-0.51	0.46	-0.29	0.26	-0.38	-0.05	0.31	-0.21	-0.33	-0.58	-0.7	-0.19	0.17	0.12	-0.05	0.06	-0.36	0.42	0.13	0.06	-0.02	0.05	-0.57	0.62	0.12	-0.18	0.02	-0.27	0.07	-0.47	0.44	0.16	0.13	-0.04	-2.33	-2.94	-2.02	-1.99	0.05	0.34	-0.08	-0.01	0.1	-0.12	-0.3	0.1	-0.18	-0.03	-0.46
CAK38838	-0.45	-0.72	-0.44	0.32	0.81	0.79	1.08	0.82	0.45	0.56	-0.7	0.22	-0.31	0.43	-0.32	0.45	-0.26	0.44	-0.18	0.08	0.25	-1.29	-0.98	-0.79	-0.67	-0.3	0.01	-0.03	0.09	0.24	-0.22	0.34	0.09	0.39	0.11	0.15	-0.26	0.24	0.25	0.17	-0.46	-0.29	0.21	-0.29	0.51	0.23	0.41	0.35	-2.4	-2.64	-1.71	-1.69	0.12	-0.23	0.1	0.22	0.21	-0.71	-0.2	-0.2	-0.27	-0.22	-0.34
CAK38879	0.05	-0.52	-0.38	0.51	0.82	0.6	1.21	0.62	0.52	0.36	-0.83	0.19	-0.15	0.16	-0.23	-0.04	-0.05	-0.17	0.06	-0.13	0.3	-0.1	-0.43	-0.17	0.1	0.21	-0.42	-0.18	0.24	0.43	-0.16	0.07	0.33	0.03	0.36	0.43	0.06	0.74	0.14	-0.68	0.12	-0.32	0.11	-0.08	0.29	-0.4	-0.2	-0.41	-2.07	-2.36	-1.27	-1.74	0.18	0.09	0.07	0.0	-0.04	-0.49	-0.49	0.25	-0.73	-0.31	-1.08
CAK39011	-0.37	-0.41	-0.3	-0.28	0.72	0.69	1.01	0.84	0.74	0.74	-0.06	-0.03	-0.23	0.27	-0.35	0.36	-0.26	0.22	-0.11	0.23	0.26	-0.16	-0.28	-0.01	-0.3	0.02	-0.11	-0.62	0.01	0.21	-0.21	0.21	0.4	-0.23	0.09	0.26	-0.28	0.64	0.34	-0.27	0.09	-0.23	0.17	-0.2	0.34	-0.66	-0.49	-0.56	-2.4	-3.42	-0.7	-2.61	0.1	-0.1	0.28	-0.21	0.12	-0.01	-0.53	0.34	-0.46	0.02	-0.53
CAK39342	-0.55	-0.79	-0.59	0.49	0.8	0.66	1.14	0.72	0.44	0.54	-0.41	0.16	-0.32	0.18	-0.32	0.08	-0.22	-0.09	-0.12	0.14	0.48	-0.7	-0.97	-1.31	-0.78	-0.59	-0.13	0.73	0.12	0.22	-0.27	-0.08	-0.02	0.25	0.02	0.2	-0.44	-0.48	0.03	-0.66	0.19	-0.86	0.13	-0.22	0.08	0.75	0.71	0.57	-2.29	-3.55	-1.82	-2.15	0.03	-0.65	0.24	0.91	0.37	0.14	-0.2	0.31	-0.56	0.26	-0.76
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CAK97124	-0.94	-0.98	-0.64	1.12	0.92	0.77	0.47	0.45	0.52	0.57	0.51	-0.03	-0.41	0.37	-0.33	0.28	-0.27	0.17	-0.13	0.07	0.47	-1.13	-0.61	-0.72	-1.28	-0.06	-0.02	0.44	0.3	0.4	-0.16	0.14	-0.17	0.49	0.29	0.39	-0.66	-0.57	0.22	-0.1	-0.44	-0.35	0.25	-0.18	0.63	0.28	0.62	0.42	-2.18	-3.45	-2.32	-2.81	0.25	-0.54	0.09	0.23	0.54	-0.84	0.14	-0.73	-0.48	-0.56	-0.27
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.