Heatmap: Cluster_116 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
0.34 1.1 1.19 0.59 -0.49 -0.48 -0.6 -0.22 -0.29 -0.08 0.24 -0.39 0.44 0.43 0.26 0.55 0.4 -0.2 0.48 -0.64 -0.01 -6.35 -6.16 -7.4 -5.79 -8.4 0.11 0.64 0.63 0.69 0.28 0.78 -1.4 0.1 0.54 0.61 1.03 -0.55 -0.73 -1.38 -0.77 -2.07 -0.05 0.51 0.73 0.64 1.24 1.15 -1.02 -3.58 -0.02 -3.21 0.06 -0.08 -0.79 1.29 0.03 -1.38 -0.38 -1.22 -1.7 -0.39 -1.96
-0.98 -0.26 -0.84 1.71 0.45 0.05 0.25 0.39 0.21 0.18 1.35 0.43 -1.35 0.23 -0.07 0.3 -0.03 -0.2 -0.13 -0.04 0.78 - - - - - 0.52 1.05 -0.59 -0.25 -1.6 0.32 - -0.08 -0.45 -1.16 -1.39 -0.84 0.5 -0.07 - -1.66 0.42 -0.02 0.57 1.64 1.23 0.74 -2.07 -1.85 2.74 -0.22 0.14 -0.64 -2.65 0.84 0.17 - -0.73 -1.08 -2.64 - -2.66
-0.54 -0.32 0.06 0.45 0.61 0.66 0.71 0.57 0.31 0.41 0.36 -0.1 -1.14 0.54 -0.96 0.77 -0.75 0.71 -0.31 -0.03 0.27 - - - - - 0.7 1.28 -0.53 -0.67 -0.62 0.38 -0.44 0.33 -0.35 -0.81 -0.22 -1.59 -0.53 0.24 -1.49 0.03 -0.02 -0.85 0.47 1.28 1.55 1.53 -1.74 -2.47 -0.3 -1.5 -0.23 0.47 -0.49 1.21 0.62 -1.67 0.12 -2.25 -0.58 -0.89 0.2
-0.18 0.32 0.41 -0.23 0.36 0.04 -0.28 0.07 -0.19 0.22 0.26 0.03 -0.43 -0.6 -0.1 -0.07 -0.97 -0.24 -0.43 -1.47 0.3 - - - - - 0.6 2.16 -0.49 -0.25 -0.73 0.03 -2.67 0.2 -0.19 -0.13 0.83 -3.81 -1.57 -0.44 -1.58 -0.62 0.62 -0.28 0.35 1.82 1.78 2.14 -1.15 -3.62 -1.25 -4.21 0.37 0.65 -0.84 1.66 0.23 -2.36 0.45 -3.66 -0.82 -2.05 -0.21
-0.79 -0.33 0.11 0.81 -1.81 -0.03 -1.14 -0.79 -1.88 -1.02 0.36 -0.3 0.12 1.38 -0.12 1.24 -0.02 0.03 0.43 0.21 -0.32 - - - - - -1.09 -0.87 0.44 0.54 0.02 1.41 -0.49 -0.9 0.6 0.5 -0.24 -0.51 0.69 0.15 -0.99 -0.67 -0.4 0.4 1.32 -0.21 0.37 0.55 -1.88 -0.14 0.8 0.86 -0.2 1.27 0.27 0.17 0.18 -0.29 -0.54 -0.81 -0.39 -0.39 -0.04
-1.4 -0.38 -1.18 0.22 0.79 0.29 0.29 0.5 0.4 0.39 -0.36 -0.48 0.57 0.9 0.33 0.97 0.39 0.72 0.87 -1.1 -0.39 - - - - - -0.62 0.75 0.5 0.74 0.77 1.17 -1.79 -0.85 0.5 0.4 -0.24 -1.05 -0.84 -0.41 -1.21 -1.12 0.14 0.48 1.43 0.69 1.02 0.5 -2.31 -5.14 -4.29 -5.92 0.23 2.43 -1.55 0.25 0.19 -2.44 -1.04 -2.37 -1.53 -3.02 -1.54
0.16 -0.04 -0.36 0.28 1.22 1.2 0.62 1.08 1.15 1.12 -1.21 0.65 0.26 -0.61 0.06 0.26 0.41 -0.38 0.6 -0.21 -0.09 - - - - - -0.62 -0.34 0.71 0.9 -0.07 0.57 -0.0 -0.16 0.76 0.7 0.34 1.16 -0.25 -0.37 -0.9 -0.99 0.16 0.37 0.42 0.45 0.29 0.21 -6.89 -7.26 -5.4 -3.87 0.52 0.22 -0.32 0.27 -0.32 -1.99 -0.45 -1.16 -0.73 -1.41 -0.79
-0.34 -0.51 -0.28 0.47 0.9 0.84 1.01 0.91 0.89 0.42 -0.12 -0.44 -0.32 0.38 -0.35 -0.0 -0.28 0.5 -0.05 -0.19 0.21 -5.6 -4.68 -3.22 -5.64 -3.24 -0.51 1.42 0.05 0.08 -0.07 0.48 -0.06 -0.07 -0.13 -0.07 -0.03 -1.14 0.14 -0.07 -1.22 -1.01 -0.32 -0.47 0.61 1.3 1.59 1.52 -2.62 -1.76 -0.87 -1.03 -0.31 0.42 -0.4 1.36 -0.1 -1.8 -0.69 -2.08 -1.56 -1.87 -1.31
0.63 0.49 1.1 0.98 1.01 1.07 0.88 0.3 0.62 0.22 -1.69 -0.05 -1.33 -2.19 -1.5 -2.65 -2.87 - -1.63 -0.3 0.29 - - - - - -1.36 1.98 1.83 1.81 -0.98 -0.2 -1.51 -0.18 2.0 1.71 0.72 -0.09 -0.04 -0.03 -1.51 -2.49 0.14 -0.98 0.09 0.59 0.75 0.07 -3.9 - - - -0.24 0.04 -1.49 0.29 1.23 -2.05 -0.75 - -0.89 -1.47 -1.91
1.12 0.65 0.57 1.14 1.23 1.07 0.88 0.52 1.2 0.59 -1.78 -0.11 0.42 0.34 0.64 0.34 0.41 0.5 0.63 -1.75 0.63 - - - - - -1.03 -2.08 1.14 0.99 0.34 0.71 -3.18 0.79 1.11 1.18 0.53 -3.97 -1.64 -0.26 -1.13 -1.0 -0.09 0.29 0.79 -4.77 -2.56 -2.44 1.21 -2.19 -1.84 -2.14 -0.05 -0.48 -1.63 -1.38 0.37 -5.25 0.35 -4.17 -0.79 -3.56 -0.93
0.47 1.69 1.98 1.01 -0.37 -0.05 -0.75 -0.28 -0.03 -0.03 0.64 -0.13 -0.1 0.11 -0.28 -0.83 -0.87 0.17 -0.56 -1.08 -0.31 - - - - - 0.01 -0.7 0.8 0.71 -0.71 1.67 -2.1 -1.1 0.93 1.35 0.56 -0.86 -1.51 0.5 -3.11 -1.51 0.5 0.2 1.72 -0.37 -0.33 -0.69 -1.5 - 1.38 -2.65 0.21 1.48 -0.27 -1.76 -1.06 -0.86 -0.15 -1.51 -2.07 -2.07 -0.75
0.99 1.55 1.07 1.81 -0.39 -0.59 -0.6 -0.27 -0.45 -0.84 -0.16 -1.66 0.53 -0.22 0.39 0.2 -0.74 0.47 -0.22 -1.76 -0.8 - - - - - -0.5 0.45 0.71 0.66 -0.33 1.05 -1.12 -0.65 0.99 1.15 0.73 -0.55 -0.93 -0.93 -4.12 -2.52 -1.18 -0.9 1.34 -0.71 1.29 0.55 -1.7 -1.42 0.44 0.04 -0.33 0.28 -1.77 1.81 0.24 -2.57 0.16 -2.52 -0.76 -1.5 -0.0
-0.25 -0.64 -0.44 1.4 0.56 0.24 0.38 -0.04 0.67 -0.0 0.24 0.21 0.2 1.62 0.11 1.17 0.21 1.66 0.64 -1.84 -0.23 - - - - - -0.98 0.04 0.83 0.63 0.37 0.94 -3.68 0.08 0.59 0.39 -0.04 -0.13 -1.35 -0.97 -1.68 -1.22 0.04 0.53 1.72 -1.28 0.52 -0.27 -0.69 -1.28 -0.78 -1.14 0.32 0.87 -1.08 0.78 -0.39 -3.69 -0.93 -3.67 -1.48 -4.65 -0.85
0.17 -0.48 0.02 1.87 -1.29 -1.13 -1.06 -1.32 -0.95 -1.84 -1.28 -1.25 0.33 1.15 0.7 1.72 0.3 1.31 0.74 -1.12 -1.91 - - - - - -2.01 1.12 1.1 0.87 0.59 1.56 - -2.89 0.88 0.74 0.25 -1.66 -2.89 -2.14 -2.16 -2.88 -1.25 0.7 1.57 0.88 1.82 0.84 -1.56 -1.92 -1.07 -0.38 -0.56 1.33 -3.46 1.74 -1.85 -3.03 -1.72 -2.89 -1.86 - -2.85
0.39 1.37 1.26 -0.69 0.8 1.63 0.7 0.62 0.67 0.83 0.51 -1.69 -0.23 1.36 -0.47 -0.14 -0.18 0.44 0.12 -0.54 0.03 - - - - - -0.51 0.06 -0.63 -0.37 -0.72 0.75 -0.85 -0.26 -0.64 -0.31 0.22 -0.6 0.21 -0.4 -0.49 -0.56 -0.69 -0.09 0.82 0.07 -0.04 0.8 -2.25 -5.42 -2.98 -5.2 -0.28 0.8 -0.05 0.27 0.24 -1.15 0.38 0.11 0.02 0.18 0.12
0.95 0.79 1.37 1.13 0.29 -0.19 0.57 0.53 0.58 0.59 -0.58 0.08 -0.37 -2.76 -0.06 -0.48 0.13 -0.97 0.2 -2.3 -0.27 -0.27 -0.59 -0.27 -0.09 -0.94 0.96 0.06 0.09 0.22 -0.3 -1.34 -0.34 -0.33 -0.11 0.09 1.05 -3.39 -1.48 -2.64 -0.66 -2.64 -0.36 -0.38 -0.98 -0.35 1.4 1.15 -2.73 -5.42 0.43 -1.5 -0.11 0.58 0.06 2.4 -1.03 -0.93 -1.71 -0.4 -2.04 -1.04 -4.65
0.18 0.4 0.58 0.35 0.58 0.51 0.43 0.28 0.01 0.32 -1.29 -1.12 -0.5 -0.49 -0.16 -0.36 -0.16 -0.64 -0.14 -1.4 -0.33 - - - - - -1.69 2.3 0.79 0.93 -0.46 0.43 -1.29 -0.57 0.97 1.03 0.07 -0.45 -1.16 -1.81 -1.66 -2.54 -1.55 -0.17 0.23 1.98 1.98 1.78 -6.49 -8.45 - - -1.17 -0.33 -1.47 2.51 -0.07 -2.75 -1.03 -2.15 -2.6 -2.48 -1.93
-0.09 0.14 0.32 0.94 -0.13 0.22 -0.21 0.07 -0.36 -0.09 -0.22 -0.14 -0.65 0.02 -0.69 -0.03 0.73 -0.35 0.37 -0.61 0.13 - - - - - -0.44 0.19 0.49 1.23 0.52 0.73 -1.11 -0.1 0.83 0.97 0.4 0.6 0.55 -0.77 -1.52 -1.77 -0.13 0.2 0.91 1.3 0.25 0.7 -0.69 -1.28 0.07 -2.07 -0.15 1.41 -0.76 0.62 0.19 -1.19 -0.57 -2.09 -0.9 -0.16 0.09
-1.03 -0.45 -0.39 -0.52 0.02 -0.01 -0.76 -0.07 -0.52 -0.7 2.18 -1.1 -0.88 1.8 -0.82 1.72 -1.07 1.45 -0.61 -1.26 -0.6 - - - - - -0.72 1.43 -0.89 -0.76 -0.62 1.39 -1.11 -0.76 -0.71 -0.62 -1.16 0.33 -0.74 -0.06 -2.42 -1.35 -0.58 -0.9 1.73 1.01 1.87 1.12 -1.75 -4.66 -1.71 -3.06 -0.84 1.61 -0.85 1.7 0.07 -2.75 -0.62 -2.22 -1.25 -2.05 -0.99
-0.36 0.36 0.09 -1.14 -0.82 -0.78 -0.25 -0.75 -0.9 -1.98 -0.85 -1.77 -2.41 1.72 -1.91 1.91 -3.36 1.09 -1.21 -0.62 -1.58 - - - - - -0.63 1.02 -1.06 -0.94 -1.21 2.74 -1.42 -1.15 -0.87 -0.83 -0.71 -0.71 -0.34 0.18 -3.15 -1.27 -1.65 -0.51 2.95 1.28 1.98 1.4 -2.33 -5.5 -3.06 -3.29 -2.11 2.19 -2.13 1.3 -1.53 -3.2 -3.78 -4.73 -1.12 -2.38 -0.39
-0.59 -0.06 -0.26 -1.78 0.4 0.91 0.23 0.53 0.96 0.46 -0.57 0.25 -0.84 1.17 -0.19 1.5 -0.52 0.81 -0.18 0.2 0.08 - - - - - 0.4 1.1 -0.96 -0.08 -1.08 1.5 -1.16 0.43 -0.84 -0.21 0.05 -1.58 -0.69 0.38 -1.57 -1.34 -0.79 -0.24 1.65 1.0 1.62 1.26 -4.55 -3.92 -2.07 -1.7 -1.34 0.63 -0.23 0.99 -0.03 -0.84 -0.89 -2.56 -1.12 -0.95 0.04
-0.58 -0.1 -0.46 0.45 0.29 -0.07 0.3 0.07 0.47 0.04 -0.55 -0.04 0.51 1.36 0.56 0.91 0.39 1.1 0.75 -0.5 -0.85 - - - - - -0.0 1.27 0.53 0.39 0.49 1.34 -1.13 -0.29 0.32 0.37 0.5 -2.06 -1.59 -0.96 -2.12 -1.38 -0.08 0.32 1.31 0.99 1.63 0.76 -2.89 -5.06 -2.88 -3.84 -0.21 0.53 -0.82 1.35 -0.08 -2.33 -1.89 -3.7 -1.35 -1.94 -0.62
-0.49 0.34 0.09 -1.03 -0.65 -0.24 -0.76 -0.31 -0.04 -0.33 0.48 -2.02 -1.99 0.87 -1.73 1.36 -1.35 0.94 -2.11 0.32 0.08 - - - - - 0.34 1.1 -1.68 -1.25 -1.52 1.43 -0.09 0.14 -1.39 -2.15 -0.7 -0.36 0.14 -0.12 -1.41 -0.12 -1.98 -1.65 1.64 1.54 1.29 1.67 -5.39 - -3.9 - -1.51 3.08 -0.33 1.1 0.18 -1.76 -0.04 -1.4 -0.56 -2.64 0.2
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-0.22 -0.48 -0.39 0.36 0.2 0.0 0.36 0.05 -0.03 0.01 -1.42 -0.74 -0.96 -1.08 -0.86 -0.77 -0.78 -1.2 -0.89 -0.22 -0.43 -0.7 -1.13 -0.96 -0.56 -0.24 -0.37 1.33 -0.33 -0.46 -0.85 -1.01 -0.05 -0.31 -0.48 -0.32 0.47 -0.42 -0.33 -0.63 -0.7 -0.8 -0.71 -0.79 -0.97 1.69 3.12 2.65 -2.49 -1.59 -1.5 -0.51 -0.71 -1.66 -0.76 1.34 -0.64 -0.66 -0.71 -0.58 -0.99 -0.73 -1.1
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.