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Heatmap: Cluster_65 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.98 -0.93 -0.78 0.03 0.66 0.31 0.71 0.56 0.55 0.09 1.57 -0.31 -0.76 -0.06 -0.83 -0.0 -0.71 -0.27 -0.66 1.06 -0.42 -0.31 0.11 -0.26 0.1 -0.24 -0.06 0.03 -0.39 -0.33 -0.88 -0.06 0.94 -0.29 -0.37 -0.32 -0.82 0.93 0.13 0.23 0.09 0.24 -0.24 -0.75 -0.05 0.19 0.43 0.15 -1.79 -3.1 0.59 -2.53 -0.24 0.39 0.63 0.12 -0.46 0.28 -0.85 -0.16 -0.22 0.01 -0.01
-1.16 -1.09 -0.92 -0.37 0.05 0.24 0.1 0.42 -0.02 0.27 -0.18 0.23 -0.17 0.3 -0.15 0.38 -0.08 0.22 0.02 0.13 0.26 -0.24 -0.21 -1.15 -0.22 -0.84 0.18 0.56 0.33 0.45 -0.09 0.11 -0.05 0.39 0.38 0.39 -0.79 -0.56 0.36 0.31 -0.14 0.32 0.5 -0.18 0.29 0.51 0.5 0.54 -2.62 -6.29 -3.51 -5.6 0.47 -0.08 -0.05 0.24 0.41 -0.51 0.27 -0.09 0.5 0.03 0.4
-0.48 -0.12 -0.1 0.51 0.67 0.21 0.77 0.34 0.27 0.12 0.12 -0.68 -0.28 0.92 -0.3 0.79 -0.22 1.16 0.06 -0.51 -0.61 -0.68 -0.82 -0.96 -0.83 -0.53 0.41 -0.6 0.02 -0.11 -0.12 0.89 -0.79 -0.33 -0.05 -0.12 -0.02 -0.4 -0.58 0.05 -0.24 0.59 -0.36 -0.26 1.05 -0.38 -0.24 -0.65 0.25 -0.95 -0.08 -1.16 -0.24 0.87 -0.83 -0.38 -0.75 -0.29 -0.41 -0.13 0.38 0.18 0.34
-0.55 -0.21 -0.13 0.08 1.14 0.76 1.11 0.72 0.74 0.46 -0.02 -0.33 -0.33 0.82 -0.35 0.77 -0.27 0.75 0.17 -0.52 -0.22 -0.91 -0.91 -0.67 -1.33 -0.13 0.26 -0.46 -0.07 -0.05 -0.11 0.64 -0.31 -0.13 -0.04 -0.08 -0.02 -1.09 -0.57 0.18 -0.75 0.53 -0.15 -0.32 0.78 -0.35 -0.53 -0.62 -0.08 -1.06 -0.55 -1.15 -0.06 0.67 -0.6 -0.27 -0.04 -0.74 -0.58 -0.45 0.32 -0.46 0.42
-0.61 -1.1 -0.64 1.08 1.11 0.66 1.35 0.65 0.72 0.53 1.04 -0.05 -0.46 -0.02 -0.38 -0.13 -0.16 -0.13 -0.23 -0.16 0.48 -2.14 -1.55 -0.72 -1.32 -0.32 0.2 0.54 0.1 0.01 -0.21 0.09 -0.4 0.62 -0.0 0.05 -0.36 -0.59 0.01 -0.21 -0.09 -0.2 -0.07 -0.32 -0.01 0.36 0.84 0.8 -2.43 -3.04 -2.52 -3.12 -0.04 -0.03 0.0 0.47 0.52 -1.06 0.05 -0.65 -0.31 -0.29 -0.64
-0.37 -0.88 -0.74 0.37 0.88 0.71 1.42 0.8 0.73 0.64 -0.51 -0.05 -0.45 -0.13 -0.52 -0.26 -0.37 -0.1 -0.29 -0.31 0.11 -2.36 -1.77 -0.38 -0.68 -0.27 0.04 0.74 0.08 -0.02 -0.33 -0.2 0.04 0.21 -0.04 -0.0 -0.16 0.43 -0.25 -0.07 -0.21 -0.22 0.06 -0.48 -0.12 0.79 1.3 0.86 -2.0 -1.68 -0.4 -0.9 0.0 -0.67 -0.41 1.23 0.02 -0.8 -0.51 -0.2 -0.62 -0.56 -0.61
-0.56 -1.13 -0.95 -0.26 1.09 0.83 1.32 0.93 0.75 0.75 -0.83 0.04 -0.47 0.13 -0.34 0.12 -0.34 0.08 -0.21 -0.28 0.02 -1.06 -0.93 -0.64 -0.14 -0.18 -0.15 0.55 0.21 0.18 -0.26 0.05 -0.08 0.14 0.05 0.19 -0.57 0.77 -0.31 0.02 -0.67 0.01 0.01 -0.2 0.03 0.65 1.01 0.64 -1.65 -2.59 -2.29 -2.33 -0.01 -0.26 -0.24 0.89 -0.03 -0.81 -0.27 -0.3 -0.26 -0.69 -0.16
-0.51 -1.25 -0.96 0.95 1.17 0.5 1.28 0.66 0.86 0.59 -0.17 0.06 -0.64 -0.11 -0.59 -0.26 -0.39 -0.34 -0.39 -0.49 0.23 -0.68 -0.79 0.01 0.07 -0.11 0.22 1.37 -0.09 -0.04 -0.38 -0.25 -0.39 0.38 -0.08 -0.1 -0.01 -0.07 -0.72 -0.18 -0.43 -0.43 0.21 -0.55 0.03 1.03 1.27 1.1 -3.69 -4.08 -3.45 -3.89 0.03 -0.1 -0.72 0.81 0.03 -0.74 -0.4 -0.88 -0.66 -0.77 -0.49
0.61 0.83 0.79 0.52 0.15 -0.0 0.26 -0.12 0.17 -0.02 -0.06 -0.04 0.0 -0.64 -0.11 -0.54 0.03 -0.69 -0.1 0.5 -0.59 0.47 1.09 1.12 0.31 0.91 -0.52 -2.08 0.34 0.38 0.25 -0.37 0.57 -0.86 0.5 0.4 0.2 -0.58 -0.18 -0.52 -0.48 -0.44 -0.25 0.06 -0.45 -1.64 -2.1 -1.5 -0.4 -0.58 1.44 -0.44 -0.27 -0.12 -0.36 -1.25 -0.76 0.32 -0.78 -0.3 -0.8 -0.29 -1.14
-0.39 -0.81 -0.55 0.02 0.35 0.33 1.02 0.41 -0.11 0.15 -0.3 -0.34 -0.46 0.27 -0.48 0.15 -0.3 0.32 -0.4 -0.06 0.15 -1.25 -1.08 -0.55 -0.05 -0.07 0.26 0.96 0.16 0.31 -0.48 0.35 -0.2 0.27 0.19 0.26 -0.37 0.46 0.06 0.13 -0.37 0.44 -0.38 -0.38 0.34 0.45 0.9 0.62 -1.78 -3.39 -1.97 -2.41 -0.42 -0.31 -0.09 0.99 0.13 -0.55 -0.07 0.01 0.22 0.11 0.2
-0.51 -0.81 -0.65 0.84 1.17 0.76 1.69 0.91 0.83 0.39 0.53 -0.76 -0.5 0.65 -0.51 0.56 -0.5 0.41 -0.3 -1.09 0.57 -2.67 -1.55 -0.7 -1.52 0.09 0.15 -0.17 0.08 0.18 -0.35 0.54 -0.84 0.47 -0.0 -0.02 -0.43 0.18 -0.8 0.16 0.02 0.04 -0.22 -0.37 0.62 -0.32 0.36 -0.04 -1.22 -1.75 -2.07 -1.97 -0.32 0.03 -0.59 0.45 0.56 -1.33 0.11 -0.75 -0.07 -0.82 0.07
-2.54 -2.49 -2.59 -3.12 1.13 1.25 1.19 0.98 0.69 0.97 0.28 0.16 -0.14 0.21 -0.13 0.42 0.05 0.4 0.16 -0.0 0.33 -1.34 -0.29 -0.59 -0.8 -0.23 -0.1 -0.18 0.44 0.29 -0.12 0.51 -0.08 -0.05 0.42 0.48 -0.92 -0.11 0.41 0.25 -1.36 -0.74 0.64 -0.13 0.62 -0.11 0.04 0.06 -4.31 -8.59 -3.82 -7.37 0.54 0.2 0.22 0.32 0.41 -1.36 -0.52 -0.77 0.08 -0.67 0.16
-0.79 -0.46 -0.3 0.19 0.92 0.47 1.12 0.52 0.86 0.32 0.55 -0.47 -0.91 0.27 -0.78 0.33 -0.76 0.2 -0.54 -0.52 0.28 -2.28 -1.44 -0.04 -0.56 -0.71 0.33 1.14 -0.32 -0.23 -0.69 0.23 -0.53 0.11 -0.27 -0.27 -0.41 0.9 -0.26 0.15 -0.88 -0.39 -0.42 -0.83 0.35 1.21 1.5 1.36 -3.6 -3.17 -1.8 -2.32 -0.38 0.01 -0.49 1.14 0.41 -1.57 -0.18 -0.67 -0.46 -1.15 -0.76
-0.69 -0.94 -0.58 0.63 1.1 0.74 1.42 0.81 0.55 0.64 0.49 -0.28 -0.44 -0.12 -0.45 -0.15 -0.42 -0.08 -0.3 -0.14 0.28 -0.75 -0.37 -0.62 -0.08 -0.37 0.29 0.58 -0.12 -0.08 -0.33 -0.12 -0.0 0.06 -0.2 -0.11 -0.59 -0.45 0.14 -0.16 -0.18 -0.13 -0.21 -0.36 0.01 0.46 0.75 0.64 -2.08 -2.88 -1.67 -1.48 -0.27 -0.4 -0.12 0.79 0.44 -0.59 -0.01 -0.23 -0.05 -0.27 -0.05
-0.13 -0.16 -0.08 -0.26 0.54 0.43 0.84 0.57 0.58 0.42 -0.25 -0.49 -0.89 -0.38 -0.92 -0.37 -0.84 -0.33 -0.81 0.31 0.19 -0.64 -0.76 -0.1 -0.35 -0.15 0.47 0.7 -0.36 -0.29 -0.76 -0.36 0.53 0.11 -0.38 -0.29 -0.32 0.63 0.46 0.12 0.18 0.22 -0.59 -0.92 -0.39 0.97 0.98 1.05 -3.07 -2.72 -1.37 -1.95 -0.61 -0.32 0.31 0.83 0.12 0.12 -0.16 0.41 0.21 0.16 -0.02
-0.61 -0.56 -0.61 -0.95 0.36 0.56 0.1 0.53 0.6 0.25 0.18 -0.2 -0.52 0.39 -0.56 0.35 -0.31 0.26 0.06 -0.08 -0.18 0.29 0.64 -0.56 0.13 -0.32 -0.38 0.91 0.03 0.15 -0.29 0.2 0.13 -0.27 0.02 0.11 -0.82 0.63 0.3 -0.34 -0.02 -0.25 0.27 -0.38 0.35 0.79 0.5 0.67 -2.71 -4.74 -2.31 -3.79 0.11 -0.64 0.1 0.94 -0.1 -0.29 -0.51 0.25 -0.14 0.11 -0.32
-0.2 -0.39 -0.18 0.16 0.9 0.99 1.12 0.93 0.49 1.03 0.08 0.05 -0.48 -0.0 -0.45 -0.04 -0.22 -0.05 -0.18 -0.35 0.61 -0.44 -0.25 -0.92 -0.93 -0.13 0.28 0.53 0.16 0.21 -0.28 -0.28 -0.63 0.8 0.14 0.15 -0.41 -0.41 -0.06 0.18 -0.5 -0.15 0.06 -0.36 -0.08 0.32 0.52 0.18 -1.13 -3.25 -2.75 -2.88 0.08 -1.08 -0.37 0.22 0.61 -1.22 0.39 -1.03 0.13 -0.67 0.2
-0.16 -0.07 -0.02 -0.14 0.58 0.68 0.72 0.61 0.33 0.33 0.66 -0.48 -0.7 -0.52 -0.77 -0.49 -0.63 -0.41 -0.41 0.1 0.43 -0.46 -0.02 -0.46 -0.14 -0.32 0.37 -0.02 0.01 0.06 -0.58 -0.29 0.17 0.14 0.0 0.12 -0.38 0.68 0.4 0.25 0.23 0.3 -0.29 -0.6 -0.23 0.19 0.11 -0.11 -1.51 -2.75 -1.54 -2.65 -0.22 -0.89 0.43 0.08 0.65 0.37 0.24 0.56 0.12 0.71 -0.1
-1.19 -1.07 -0.82 -0.06 0.65 0.53 0.72 0.47 0.1 0.25 -0.68 -0.11 -0.75 0.43 -0.72 0.38 -0.51 0.46 -0.53 1.72 1.06 -1.43 -1.47 -2.08 -1.07 -0.57 -0.33 0.11 -0.37 -0.21 -0.65 0.29 0.29 1.06 -0.28 -0.27 -1.02 0.93 -0.01 -0.01 -1.24 -0.49 0.06 -0.69 0.52 0.01 0.22 0.14 -0.95 -2.86 -3.28 -3.23 -0.15 -0.6 1.32 0.04 1.12 0.43 0.75 -0.77 -0.3 -0.4 0.06
-0.41 -0.21 -0.04 -0.29 0.81 0.46 0.9 0.46 0.67 0.35 2.09 -0.65 -0.77 -0.22 -0.81 -0.25 -0.63 -0.1 -0.76 -0.48 0.68 -0.7 0.07 0.1 0.05 0.45 -0.04 0.4 -0.11 -0.11 -0.69 -0.41 -0.02 0.59 -0.14 -0.12 -0.7 0.51 -0.11 -0.47 0.28 -0.7 -0.52 -0.69 -0.36 0.22 0.23 0.19 -0.84 -3.92 -1.52 -2.93 -0.47 -0.33 -0.27 0.57 0.83 -0.37 0.55 -0.09 -0.61 -0.4 -0.48
0.12 -0.32 -0.0 1.47 0.52 0.1 1.37 0.3 0.2 0.18 1.25 0.02 0.04 0.31 -0.11 0.04 -0.03 0.23 0.01 -0.73 -0.09 -1.0 -0.76 -0.37 0.22 0.09 0.11 0.01 0.28 0.2 0.1 -0.03 -0.44 -0.32 0.29 0.23 -0.25 -0.66 -0.59 -0.57 -0.34 -0.64 0.07 0.04 0.29 -0.02 0.0 -0.44 -1.3 -1.55 -1.3 -0.33 0.09 -0.57 -0.43 0.39 0.11 -0.7 -0.06 -0.01 -0.37 -0.32 -0.6
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-0.52 -0.76 -0.45 1.25 1.08 0.63 1.17 0.71 0.8 0.47 -0.8 0.46 -0.09 -0.02 -0.13 -0.01 0.02 0.06 0.18 -0.74 -0.37 -0.68 -0.38 -0.42 -0.14 -0.34 -0.73 0.52 0.36 0.35 0.03 0.01 -0.68 -0.48 0.33 0.31 -0.07 -0.2 -0.68 -0.71 -0.67 -0.76 0.5 -0.09 0.13 0.68 0.83 0.62 -1.56 -1.75 -1.03 -1.27 0.49 -0.02 -0.87 0.65 -0.27 -0.9 -0.7 -0.21 -0.91 -0.63 -0.79
-0.78 -1.04 -0.68 0.46 0.76 0.69 1.12 0.69 0.54 0.54 -0.28 0.29 -0.6 0.03 -0.55 -0.05 -0.53 -0.18 -0.34 0.28 0.37 -1.44 -1.12 -0.34 -0.66 0.08 0.04 0.48 -0.1 0.1 -0.35 -0.1 0.19 -0.11 -0.02 0.11 -0.43 0.73 0.24 -0.34 0.34 -0.58 -0.06 -0.47 0.08 0.63 0.97 0.74 -5.18 -5.64 -5.2 -4.35 -0.08 -0.45 0.62 0.94 0.24 0.25 -0.58 0.27 -0.55 0.08 -0.63
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0.64 0.62 0.7 1.56 1.93 0.49 1.72 0.95 1.09 0.73 -0.26 -0.15 -0.13 -0.31 0.04 -0.02 0.03 -0.38 0.34 -2.45 -0.99 -2.37 -1.07 -0.72 -1.29 0.01 0.35 -1.63 0.14 -0.07 -0.05 -0.34 -2.61 -0.05 -0.01 -0.17 0.76 -3.13 -2.56 -1.27 -2.48 -1.57 0.08 -0.07 -0.22 -2.15 -1.31 -1.8 1.36 1.15 1.11 1.23 0.08 -0.53 -2.92 -0.75 -0.84 -2.93 -1.1 -2.95 -0.76 -3.18 -1.62
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-0.74 -1.5 -1.14 0.59 0.99 0.52 1.21 0.75 0.8 0.48 -1.09 0.25 -0.35 0.37 -0.3 0.29 -0.1 0.17 -0.06 -0.16 0.21 -1.99 -1.39 -0.72 -0.61 -0.18 -0.29 0.24 0.03 0.22 -0.16 0.24 -0.23 0.1 0.17 0.18 -0.24 -0.12 -0.05 0.39 -0.21 0.29 0.34 -0.22 0.5 0.22 0.66 0.33 -3.64 -3.34 -3.1 -2.33 0.34 0.92 0.16 0.87 -0.01 -0.54 -0.75 -0.6 -0.21 -0.37 -0.66

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.