Heatmap: Cluster_78 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-1.01 -0.76 -0.45 1.07 -0.08 -0.17 0.11 0.18 -0.19 -0.08 0.0 -0.71 -0.89 0.24 -0.94 0.3 -0.72 0.33 -0.5 0.67 0.31 -0.72 -0.51 -0.17 -0.48 0.05 0.24 -0.02 -0.35 -0.04 -0.45 0.23 1.54 -0.65 -0.32 -0.14 -0.89 1.03 0.53 -0.3 1.37 -0.13 -0.67 -0.71 0.17 0.2 -0.26 -0.16 -4.36 -3.42 -0.88 -1.14 -0.9 -0.13 -0.03 0.8 -0.22 1.25 -0.74 1.32 -0.59 0.32 -0.89
-0.54 0.02 -0.01 0.19 -0.12 -0.15 0.11 -0.07 0.19 -0.16 0.34 0.07 -1.11 -1.19 -1.25 -1.16 -0.91 -0.87 -1.01 -0.39 0.3 0.33 0.23 0.89 0.46 0.31 -0.06 0.91 -0.41 -0.2 -0.88 -0.67 -0.35 0.2 -0.3 -0.32 -0.85 1.34 -0.02 -0.81 0.14 -1.0 -0.43 -1.2 -0.75 0.91 1.72 1.34 -4.14 -1.27 0.24 -1.04 -0.43 -0.7 0.14 1.17 0.11 0.26 -0.21 0.39 -1.01 0.3 -0.31
-0.41 -0.73 -0.8 -0.3 -0.6 -0.36 -0.86 -0.34 -0.45 -0.52 0.68 -0.96 -1.43 0.7 -1.62 0.49 -1.65 0.28 -1.3 0.18 -0.03 -0.4 0.29 -0.55 0.57 -1.13 -0.06 1.56 -1.14 -1.18 -1.35 0.42 0.22 -0.22 -1.01 -0.81 -0.33 0.98 0.45 -0.05 0.05 0.1 -1.17 -1.47 0.5 1.76 1.83 1.49 -2.59 -4.99 -0.73 -3.24 -1.34 -0.48 0.25 1.3 0.08 -0.03 -0.21 0.13 -0.23 0.4 -0.13
-0.47 -0.05 -0.14 -0.38 0.56 0.16 0.85 0.52 0.58 0.42 0.74 -0.25 -0.62 0.25 -0.68 0.08 -0.56 0.13 -0.67 -0.05 -0.11 -0.12 -0.26 0.47 0.24 0.36 0.18 0.54 -0.15 -0.03 -0.7 0.17 -0.14 -0.17 -0.19 -0.15 -0.54 0.63 -0.08 -0.25 -0.25 -0.3 -0.24 -0.69 0.27 0.51 0.5 0.62 -2.55 -1.99 0.08 -1.46 -0.24 0.95 -0.42 0.52 -0.09 -0.33 -0.35 -0.22 -0.39 -0.19 -0.46
-0.71 -0.55 -0.58 0.02 0.51 0.19 0.84 0.42 0.7 0.18 -0.46 -0.69 -1.19 0.25 -1.29 0.34 -0.98 0.11 -1.16 0.32 0.21 -0.99 -0.98 0.07 -0.73 -0.27 0.72 0.55 -0.76 -0.49 -1.07 0.36 0.13 0.02 -0.66 -0.58 -0.56 0.76 0.35 0.86 -0.31 0.66 -0.66 -1.07 0.5 0.85 1.05 0.8 -3.54 -4.16 -2.08 -2.87 -0.73 0.86 -0.18 1.23 0.18 -0.44 -0.15 -0.03 0.41 -0.25 0.4
-0.23 -0.49 -0.78 0.62 0.49 0.46 0.69 0.62 0.66 0.49 0.21 -0.2 -0.54 -0.08 -0.53 -0.03 -0.48 -0.25 -0.38 -0.44 0.31 0.61 0.54 0.08 0.44 -0.29 0.15 0.28 -0.2 0.08 -0.63 0.25 -0.18 0.08 0.02 -0.03 -0.18 1.22 -0.27 0.18 -0.09 -0.07 0.12 -0.65 0.3 0.29 0.35 0.22 -2.18 -2.88 -1.0 -2.15 -0.14 -0.1 -0.58 0.08 0.36 -0.82 0.04 -0.33 0.08 -0.79 -0.21
-0.47 0.2 0.35 0.21 0.58 0.46 0.86 0.53 0.06 0.26 0.54 -0.12 -0.38 -0.16 -0.51 0.08 -0.34 -0.02 -0.33 -0.45 0.07 0.79 0.32 -0.73 0.53 -0.06 0.38 0.77 0.27 0.16 -0.23 -0.18 -0.81 0.3 0.1 0.2 -0.51 -0.15 -0.16 -0.45 -1.16 -0.47 0.07 -0.33 0.15 0.52 1.18 0.88 -2.6 -3.63 -1.61 -2.9 0.02 0.36 -0.36 0.51 0.03 -1.26 -0.04 -0.8 -0.65 -0.64 -0.43
-0.25 -0.16 -0.21 0.31 0.98 0.85 1.25 0.85 0.89 0.9 0.53 0.31 -0.14 -0.37 -0.19 -0.4 -0.1 -0.46 0.1 -0.43 0.41 -0.87 -0.73 -0.29 -0.4 -0.01 -0.09 0.41 0.23 0.3 -0.09 -0.45 -0.51 0.26 0.34 0.38 0.06 0.82 -0.44 -0.74 -0.4 -1.02 0.33 -0.13 -0.27 0.15 0.32 0.4 -2.42 -2.06 -1.13 -1.69 0.24 -0.45 -0.34 0.44 0.31 -0.9 -0.05 -0.58 -1.14 -0.88 -1.29
-1.19 -0.93 -0.88 1.55 -0.31 -0.35 0.06 -0.49 -0.63 -0.47 -1.49 -0.57 -0.52 1.1 -1.04 1.2 -0.89 0.83 -0.58 0.01 -0.73 -0.84 -0.68 -1.88 -0.06 -1.17 -0.34 0.34 -1.28 -0.68 -0.74 0.86 0.34 -0.21 -0.86 -0.71 0.24 0.55 0.56 0.32 -1.6 0.7 -0.46 -1.25 1.35 1.31 0.66 0.72 -2.0 -2.9 -0.09 -1.76 0.01 2.09 -0.53 -0.01 -0.74 -0.61 -1.55 -0.3 0.09 -0.1 0.31
-2.35 -1.33 -1.08 1.61 -1.08 -0.63 0.18 -0.38 -0.81 -1.0 -0.04 -2.35 -2.12 1.13 -2.24 0.8 -1.94 0.85 -1.1 0.87 -0.78 -0.36 -0.14 -2.42 -0.54 -1.02 0.48 -0.01 -2.26 -2.02 -1.92 0.66 0.88 -0.57 -1.81 -1.74 -1.39 0.2 0.19 1.57 -1.12 2.07 -0.98 -1.7 1.09 0.35 -0.43 0.74 -1.8 -1.09 0.97 -0.88 -1.76 0.79 -0.1 -1.07 -0.08 -1.36 0.18 -0.76 1.48 -0.3 1.66
-1.07 -1.33 -1.28 0.96 0.43 0.58 0.03 -0.37 0.1 0.27 -0.97 0.08 -0.2 0.19 -0.37 0.24 -0.12 0.34 -0.02 -0.21 0.37 -0.82 -0.43 -0.6 0.17 -0.19 -0.32 0.13 0.31 0.45 -0.12 0.11 0.46 -0.08 0.4 0.53 -0.8 0.9 0.21 -0.79 0.52 -0.62 0.24 -0.19 0.24 0.1 0.17 -0.43 -2.61 -2.49 -0.87 -1.51 0.26 -0.42 0.16 0.94 0.19 0.48 -0.19 0.92 -0.87 0.5 -0.98
-0.09 -0.03 0.24 0.7 1.74 1.24 1.89 1.22 1.59 1.23 1.24 0.26 -0.2 -1.16 -0.26 -1.2 -0.09 -1.22 -0.04 -1.45 0.31 -1.12 -0.76 0.47 -0.58 0.43 -0.22 -0.72 0.33 0.27 -0.03 -1.21 -0.92 0.35 0.33 0.26 0.34 0.02 -1.68 -1.29 -0.91 -1.66 0.39 -0.2 -1.02 -1.3 -0.56 -0.66 -1.75 -1.35 0.52 -1.13 0.31 -1.56 -1.57 0.03 -0.01 -2.01 -0.18 -1.59 -1.61 -2.31 -2.0
-0.71 -0.02 -0.22 -0.74 0.26 0.24 0.71 0.49 1.01 0.42 0.23 -0.71 -1.34 -0.64 -1.26 -0.61 -1.08 -0.96 -0.97 0.19 -0.18 -1.25 -0.93 -0.83 -1.32 -0.75 0.61 1.42 -0.32 -0.23 -0.93 -0.79 0.22 0.16 -0.28 -0.28 -0.14 0.6 -0.27 -0.35 -0.61 -0.58 -0.57 -1.15 -0.66 1.62 2.11 1.97 -3.98 -3.68 -1.83 -3.81 -0.61 0.29 -0.23 1.84 -0.11 -0.5 -0.42 -0.54 -0.53 -0.6 -0.51
-0.14 -0.05 0.04 0.68 0.93 1.23 1.03 0.97 0.5 0.72 -0.16 -0.01 -0.61 -0.49 -0.61 -0.44 -0.54 -0.3 -0.5 0.13 0.51 -0.63 -0.37 -1.52 -0.6 -0.36 0.19 -0.0 -0.17 -0.12 -0.49 -0.4 0.49 0.74 -0.22 -0.14 -0.24 -0.31 0.07 0.41 0.07 0.05 -0.13 -0.57 -0.29 0.05 0.18 -0.18 -1.79 -1.99 -0.3 -1.38 -0.18 -0.55 -0.53 0.21 0.73 -0.37 0.23 -0.23 0.31 -0.57 0.31
-0.99 -0.66 -0.63 0.4 -0.28 -0.01 -0.13 -0.51 -0.47 -0.17 1.25 -0.6 -0.89 0.79 -0.99 0.6 -0.77 0.8 -0.79 0.91 -0.25 -0.36 -0.4 -1.09 -0.12 -0.88 0.32 -0.24 -0.61 -0.46 -0.86 0.56 1.07 -0.26 -0.67 -0.45 -1.07 0.19 0.62 0.11 0.18 0.49 -0.28 -0.83 0.74 0.04 0.19 -0.01 -2.69 -1.61 0.19 -0.6 -0.47 0.24 0.4 0.12 -0.18 0.56 -0.46 0.71 0.33 0.9 0.29
-2.31 -2.75 -2.2 -1.19 0.53 0.64 0.86 0.8 -0.06 -0.23 1.26 -0.74 -0.91 1.01 -1.21 0.86 -1.02 0.79 -0.96 -0.2 -0.77 -1.56 -1.09 -0.15 -0.42 -1.25 1.32 0.41 -1.2 -0.96 -0.9 0.92 0.15 -0.75 -1.15 -0.99 -1.05 0.71 -0.08 1.1 -0.78 1.11 -0.56 -1.07 1.03 0.92 0.69 0.83 -6.02 -6.18 -4.02 -5.62 -0.76 0.81 -0.44 0.77 -0.59 -0.84 -0.38 0.31 0.96 -0.26 0.65
-0.77 -1.64 -1.16 0.15 0.31 0.15 0.68 0.3 0.14 -0.03 -1.34 -0.24 -0.18 0.72 -0.06 0.42 -0.01 0.65 0.17 -0.8 -0.72 -1.93 -1.77 -0.45 0.1 -0.25 -0.16 1.28 0.0 0.05 0.18 0.82 -0.6 -0.55 -0.06 0.1 0.08 0.82 -1.27 0.25 -0.77 0.04 0.39 -0.07 0.65 1.43 1.73 1.23 -4.37 -3.52 -2.44 -2.43 -0.05 -0.46 -1.46 1.26 -1.2 -0.98 -1.38 -0.79 -0.11 -0.93 -0.04
-0.51 -0.39 -0.45 -0.67 0.54 0.45 0.8 0.56 0.27 0.33 -0.54 0.15 -0.04 0.31 -0.09 0.24 -0.04 0.38 -0.06 -0.12 -0.05 0.07 -0.04 -0.58 0.53 -0.22 -0.18 -0.44 0.08 0.17 0.07 0.41 0.18 0.24 0.05 0.21 -0.29 0.99 0.15 -0.07 -0.33 0.06 0.21 -0.01 0.43 -0.25 -0.09 -0.32 -1.87 -2.51 -1.61 -2.05 0.21 0.42 -0.14 0.16 -0.06 -0.22 -0.15 0.11 -0.32 0.1 -0.39
0.07 0.01 0.09 -0.7 0.43 0.67 0.39 0.59 0.63 0.48 0.44 -0.9 -0.99 0.14 -1.11 -0.2 -0.82 -0.07 -0.89 0.64 0.33 -0.5 -1.21 -0.83 -0.5 -1.01 0.04 0.42 -0.86 -0.66 -1.04 0.12 0.55 0.44 -0.82 -0.63 -0.27 0.82 0.85 0.28 0.24 0.22 -0.67 -1.14 0.17 0.74 0.76 0.74 -2.97 -2.29 -1.74 -2.0 -0.73 -0.42 0.54 0.83 0.26 0.14 -0.02 0.48 0.07 0.41 0.13
-1.04 -0.27 -0.13 -1.15 0.18 0.69 0.58 0.62 0.08 0.41 1.52 -0.98 -1.43 0.61 -1.63 0.6 -1.33 0.66 -1.43 0.17 0.17 -0.51 -0.64 -0.49 -0.22 -0.02 0.33 0.79 -1.03 -0.87 -1.33 0.58 0.18 0.35 -1.02 -0.88 -1.05 0.84 0.42 0.46 0.05 0.23 -1.0 -1.41 0.59 0.81 0.84 0.99 -3.1 -4.15 -2.8 -3.65 -0.93 -0.48 0.05 0.96 -0.24 -0.08 -0.34 0.16 0.15 0.37 0.46
0.09 1.65 1.52 -1.47 -0.86 -0.05 -0.9 -0.8 -0.61 -0.66 1.06 -1.62 -0.62 1.76 -0.6 1.5 -0.4 0.61 0.02 -1.23 -1.11 - - - - - 0.16 -1.55 -0.18 -0.15 -0.8 1.6 -0.46 -1.94 -0.98 0.41 1.01 -1.21 -0.01 0.45 -0.17 0.7 -0.51 -0.6 1.63 0.31 -0.01 -0.39 - - - - -0.65 2.02 -0.92 0.4 0.3 -1.18 -0.15 -0.45 0.63 -0.32 -0.15
-1.73 -0.7 -0.56 -1.2 -1.11 -0.19 -1.37 -0.9 -1.29 -0.77 0.96 -1.66 -1.45 1.52 -1.32 1.08 -1.23 1.21 -0.63 -0.27 -0.66 - - - - - -0.04 1.13 -1.2 -0.92 -1.2 1.29 -0.37 -0.98 -0.97 -1.17 -0.69 1.02 0.29 1.01 -1.07 0.81 -1.16 -1.28 1.56 1.59 1.24 1.45 -5.61 - -5.7 -5.76 -1.28 1.15 0.25 1.39 0.29 -0.5 -0.0 -0.09 0.73 0.22 1.25
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-0.57 -1.19 -0.86 -0.11 0.27 0.41 0.35 0.42 0.22 0.02 -1.27 -0.48 -0.78 -0.49 -0.84 -0.4 -0.61 -0.9 -0.66 0.71 0.02 -1.54 -1.23 -1.02 -0.47 -0.59 -0.17 1.0 -0.47 -0.2 -0.6 -0.36 0.82 -0.75 -0.37 -0.34 -0.73 1.25 1.06 0.16 0.33 0.06 -0.7 -0.83 -0.49 1.49 1.52 1.49 -3.56 -4.04 -2.37 -2.68 -0.67 -1.08 0.59 1.36 -0.32 0.43 -1.08 0.93 -0.11 0.59 -0.2
-0.47 -0.13 -0.2 -0.04 0.3 0.11 -0.41 -0.03 0.54 0.28 -0.03 0.28 -0.15 -0.7 -0.26 -0.62 -0.02 -0.77 -0.01 -0.13 0.08 -0.31 0.06 0.2 0.04 -0.11 -0.17 1.07 0.55 0.75 -0.09 -0.61 -0.27 -0.35 0.49 0.65 -0.41 0.29 0.07 -0.89 -0.39 -0.84 0.3 -0.15 -0.33 0.87 1.39 1.46 -3.53 -2.77 -0.39 -1.71 0.32 -0.6 -0.08 1.29 -0.28 -0.96 -0.57 -0.58 -1.11 -0.7 -1.22
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-0.23 -0.4 -0.13 0.35 0.62 0.7 0.56 0.65 0.26 0.35 0.43 0.43 -0.19 0.26 -0.27 0.36 -0.17 0.22 -0.1 0.09 0.22 -0.46 -0.57 -1.04 -0.33 -0.64 0.25 0.37 0.17 0.34 -0.17 0.22 -0.34 0.33 0.15 0.26 -0.39 -0.36 -0.01 -0.01 -0.67 -0.27 0.48 -0.21 0.39 0.37 1.06 0.6 -2.0 -3.29 -1.97 -2.49 0.51 -1.16 -0.03 0.45 0.3 -1.16 -0.11 -0.89 -0.41 -0.65 -0.23
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.