Heatmap: Cluster_86 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.99 -0.29 -0.43 0.55 0.72 0.52 0.77 0.3 0.59 0.41 0.76 -0.67 -0.53 0.16 -0.59 0.09 -0.37 -0.1 -0.41 1.06 -0.19 -0.4 -0.42 -0.42 -0.27 -0.13 -0.5 -0.47 -0.23 0.07 -0.41 0.04 1.06 -0.79 -0.14 -0.09 -0.74 -0.99 0.7 0.16 -0.01 0.42 -0.34 -0.41 0.35 -0.29 -0.21 -0.23 -1.24 -2.3 -1.6 -1.84 -0.18 -0.69 0.57 -0.59 0.03 0.86 -0.46 0.54 0.26 0.79 0.44
-0.82 0.03 0.1 -0.31 -0.21 0.08 -0.38 -0.02 0.3 -0.27 -0.19 -0.77 -1.19 -1.6 -1.12 -1.4 -1.13 -1.39 -0.85 0.74 0.78 1.19 1.15 1.11 0.22 0.7 -0.97 -1.21 -0.41 -0.06 -1.36 -1.12 0.93 0.19 -0.37 0.09 -1.14 0.71 0.98 -0.05 1.37 -0.03 -1.06 -1.03 -0.74 -1.38 -0.98 -1.25 -4.13 -4.0 -0.73 -2.81 -0.84 -1.35 0.9 -0.89 1.02 1.35 0.95 1.3 -0.5 1.03 -0.51
-0.79 0.87 0.35 -1.42 -1.65 -1.79 -0.97 -0.95 -1.37 -1.33 1.94 -2.85 -1.81 2.06 -2.33 2.11 -2.61 2.35 -2.27 0.37 0.76 -5.66 -5.03 -6.13 -5.36 -7.72 0.4 -0.91 -3.09 -2.34 -2.1 2.39 0.19 0.77 -3.13 -2.55 -0.12 -1.48 -0.11 0.18 -0.78 0.86 -2.71 -3.1 2.14 -0.41 -0.77 -0.14 -6.7 -5.07 -1.89 -4.04 -2.87 0.92 -0.31 -0.84 0.0 -0.77 -0.33 -0.65 0.92 0.1 0.88
-1.13 -1.05 -1.03 -0.4 0.14 0.43 0.2 0.4 0.13 0.23 -1.09 -0.83 -1.14 0.1 -1.13 -0.14 -1.08 -0.15 -1.04 0.99 0.07 -0.92 -1.25 -0.67 -1.23 -0.37 -0.2 0.58 -0.67 -0.5 -0.92 -0.1 1.35 -0.36 -0.63 -0.49 -1.11 1.4 0.83 0.28 0.83 0.17 -0.92 -1.17 0.04 0.93 0.73 0.6 -2.38 -1.06 -0.36 -0.08 -0.85 -0.03 0.62 0.68 -0.29 0.84 -0.6 1.07 0.14 0.53 0.14
-0.86 -0.76 -0.56 -5.06 -0.04 -0.89 0.09 -1.02 -0.38 -0.52 0.45 -2.29 -1.48 1.29 -1.31 1.23 -1.39 1.2 -1.15 -0.7 0.46 -1.93 -1.56 -1.05 -2.41 -0.37 -0.1 -2.15 -0.88 -0.7 -0.87 1.26 -0.9 0.46 -0.65 -0.56 -1.41 -1.83 -0.58 2.54 -1.14 1.9 -0.64 -1.22 1.52 -2.25 -1.92 -2.72 -5.23 -8.57 -3.77 -5.82 -0.67 -2.92 -1.07 -1.74 1.11 -1.06 0.92 -1.46 2.09 -0.66 2.7
-0.24 -0.71 -0.39 -5.37 -1.15 -1.8 -1.4 -2.56 -1.52 -1.64 -1.65 -1.71 -0.55 2.41 -0.21 2.37 -0.41 2.46 -0.02 -2.01 -0.68 - - - - - -1.74 -1.34 -0.46 -0.17 0.41 2.54 -2.36 -0.25 -0.07 0.11 -0.59 -3.33 -1.18 1.79 -3.46 0.5 -0.17 0.1 2.9 -0.95 -1.47 -2.29 -4.56 - -4.27 -5.13 -0.16 -1.39 -1.86 -0.6 0.1 -3.46 -0.27 -3.99 0.53 -3.81 1.56
-1.34 -1.41 -1.86 -2.31 -0.04 0.06 -0.31 0.02 0.01 -0.28 0.85 -1.65 -0.46 1.11 -2.51 0.69 -2.25 1.42 -0.95 0.38 0.13 - - - - - -0.27 -0.39 -1.8 -2.71 -1.72 1.18 0.48 0.15 -1.86 -0.87 -1.63 -0.17 0.55 1.46 -0.3 0.95 -0.74 -1.59 1.83 0.3 -0.49 0.11 0.35 -1.7 0.57 -0.75 -1.12 -1.43 0.08 -1.45 0.89 -0.18 0.3 0.36 1.25 1.71 1.62
-1.73 -1.23 -1.15 -3.14 1.95 -0.2 -0.21 0.48 0.81 -0.78 0.54 -4.1 -3.09 1.08 -2.21 1.16 -2.88 0.5 -1.69 1.62 0.08 -0.8 0.48 0.06 -0.13 -0.63 0.14 -0.7 -2.55 -1.93 -2.54 0.55 1.96 -1.06 -2.4 -1.92 -1.12 1.73 1.55 0.21 -0.35 0.1 -2.58 -2.55 0.86 -1.02 -0.8 -1.01 - - -2.4 - -2.87 0.57 1.59 0.07 0.08 -0.04 -0.46 0.03 0.15 0.88 -0.0
-1.69 -0.78 -0.83 -1.52 0.4 -0.67 -0.32 -0.53 -0.36 -0.55 1.13 -2.77 -2.22 1.16 -1.9 1.14 -1.73 0.65 -1.62 0.75 -0.0 1.18 0.89 -0.06 0.67 -0.34 0.94 -0.58 -1.58 -1.62 -1.7 0.7 1.03 -0.6 -1.76 -1.36 -1.72 0.51 0.62 0.51 -0.06 1.33 -1.68 -1.99 1.11 -0.69 -0.19 -0.7 -7.62 -5.99 -1.52 -5.45 -1.89 0.72 0.74 -0.58 0.23 0.21 0.07 0.46 0.87 0.86 1.08
-0.2 -0.01 0.06 -0.35 0.8 0.9 0.44 0.93 0.92 0.52 -0.89 0.12 -0.55 0.48 -0.84 0.39 -0.29 0.45 -0.46 -0.34 0.1 -0.78 0.27 0.73 0.07 0.14 -0.48 0.62 -0.16 0.12 -0.8 -0.04 -0.21 -0.07 -0.35 -0.22 0.14 0.51 -0.56 -0.16 -0.34 -0.77 -0.2 -0.46 0.49 0.48 0.61 0.3 -1.35 -2.67 -2.02 -2.45 -0.24 0.2 -0.15 1.13 -0.21 -0.57 -0.34 -0.29 -0.22 -1.0 -0.45
-0.77 -0.37 -0.37 -0.83 0.62 0.82 0.46 0.81 0.33 0.48 -0.91 -0.76 -1.25 1.17 -1.0 0.78 -1.22 0.58 -0.93 0.7 0.17 -2.24 -1.58 -2.3 -2.36 -1.28 0.2 0.66 -0.96 -0.99 -0.98 0.5 0.76 0.18 -1.01 -0.97 -0.71 -0.28 0.98 1.07 -0.25 0.67 -0.94 -1.11 0.67 1.09 0.8 0.87 -3.11 -4.15 -2.88 -2.98 -0.69 -0.44 0.4 0.81 0.45 -0.72 -0.19 0.03 0.6 0.13 0.68
-0.71 -0.49 -0.29 -0.7 -0.04 0.45 0.35 0.32 -0.39 0.17 -0.29 -0.92 -1.2 0.88 -1.23 0.92 -1.11 0.61 -1.03 0.99 0.08 -0.99 -0.94 -2.09 -1.16 -1.07 0.76 -0.55 -1.03 -0.84 -0.95 0.58 1.13 0.23 -0.75 -0.69 -0.63 -0.22 1.05 0.95 0.38 1.09 -0.96 -0.99 0.6 -0.14 -0.64 -0.34 -2.0 -4.77 -1.85 -2.72 -0.79 -0.47 0.56 -0.47 0.1 0.78 0.17 0.92 0.93 1.11 0.97
-0.72 -0.85 -0.82 -0.13 0.28 0.41 0.64 0.7 -0.22 0.41 -0.25 -0.23 -0.6 0.44 -0.69 0.44 -0.6 0.41 -0.41 0.54 0.71 -0.73 -0.48 -0.97 -0.75 -0.19 0.9 -0.29 -0.2 -0.09 -0.74 0.42 0.87 0.65 -0.25 -0.2 -0.83 -0.64 0.66 0.34 0.23 0.37 -0.22 -0.6 0.57 -0.51 -0.34 -0.68 -1.86 -2.15 -0.95 -0.94 -0.23 -0.51 0.12 0.05 0.53 0.48 0.4 0.6 0.21 0.43 0.07
-2.01 -1.62 -1.34 -1.51 -1.14 -0.07 1.04 -0.02 -2.07 0.15 1.13 -1.33 -0.66 0.96 -0.63 0.89 -0.63 0.73 -0.54 0.34 0.25 -0.45 -0.6 -0.59 -0.53 -0.65 0.76 -0.18 -0.34 -0.25 -0.55 0.61 0.54 -0.22 -0.36 -0.14 -1.17 -0.47 0.61 0.58 0.02 0.1 -1.0 -0.59 0.84 0.23 0.1 0.1 -2.55 -4.31 -3.13 -3.55 -0.99 0.81 0.21 0.13 0.45 0.31 0.27 0.68 0.73 1.01 1.28
-0.99 -0.8 -0.87 0.25 0.24 0.45 0.67 0.32 0.24 0.09 -0.36 -0.84 -0.91 0.58 -1.22 0.45 -0.95 0.63 -0.67 0.31 0.02 -1.23 -1.22 -0.72 -0.8 -0.64 0.17 0.67 -0.43 -0.28 -0.76 0.27 0.42 -0.43 -0.29 -0.39 -0.71 0.54 0.4 0.58 -0.1 0.56 -0.66 -0.91 0.6 1.0 1.05 0.92 -3.35 -2.97 -1.7 -1.26 -0.61 0.23 0.33 0.64 -0.07 -0.05 -0.44 0.71 0.68 0.29 0.46
-0.2 -0.35 -0.3 -0.47 0.81 0.86 0.96 0.72 0.71 0.56 0.08 -0.18 -0.62 0.31 -0.71 0.4 -0.56 0.33 -0.45 0.14 0.24 -0.47 -0.56 -0.12 -0.27 -0.35 -0.2 0.09 -0.21 -0.05 -0.54 0.23 0.41 -0.02 -0.08 0.0 -0.35 0.24 0.3 0.07 -0.09 0.04 -0.1 -0.72 0.42 0.17 0.37 0.14 -3.08 -2.36 -1.76 -1.69 -0.21 -0.13 0.25 0.3 0.38 -0.34 0.11 0.24 0.03 -0.07 -0.13
-0.67 -0.48 -0.46 -0.29 0.43 0.34 0.63 0.53 0.38 0.35 0.04 -0.34 -0.43 0.48 -0.44 0.36 -0.37 0.58 -0.38 0.49 0.6 -1.07 -0.97 -1.29 -0.54 -1.46 0.04 -0.69 -0.08 0.0 -0.26 0.4 0.74 0.09 -0.16 0.08 -0.63 0.2 0.51 0.26 0.69 0.42 -0.25 -0.46 0.55 -0.58 -0.65 -0.52 -1.52 -1.62 -1.68 -1.75 -0.09 0.16 0.25 -0.83 0.49 0.76 0.28 0.9 0.03 0.54 -0.03
-0.84 -1.46 -1.22 -0.96 0.01 -0.4 -0.48 -1.08 -0.1 -0.53 0.72 -1.48 -1.57 1.71 -1.38 1.69 -1.44 1.7 -1.51 -0.39 -0.41 -0.2 -0.2 -0.56 0.27 -1.0 0.53 0.56 -1.25 -1.17 -1.44 1.78 -0.01 -0.3 -1.42 -1.15 -0.54 1.1 -0.21 0.19 0.32 0.86 -1.16 -1.47 1.71 0.59 0.54 0.64 -5.29 -8.98 -4.11 -5.96 -1.27 0.26 -0.44 0.69 -0.46 -0.3 -0.88 0.31 0.73 0.04 -0.0
-0.95 -1.46 -1.17 -0.69 0.49 -0.11 -0.72 -0.91 0.31 -0.33 0.24 -0.81 -1.28 1.77 -1.32 1.87 -1.23 1.5 -1.1 -0.59 -0.12 -2.32 -0.99 -0.71 -0.88 -1.39 0.12 1.2 -0.99 -0.87 -0.98 1.88 -0.81 -0.04 -1.01 -0.88 -0.36 1.5 -0.22 0.47 -1.24 -0.55 -0.8 -1.42 1.85 1.25 1.23 1.21 -6.6 -10.29 -5.73 -9.07 -0.67 0.45 -0.71 1.34 -0.28 -2.2 -1.39 -1.5 -0.29 -1.87 -0.74
0.03 1.02 0.93 -0.05 -0.19 -0.07 -1.56 -0.88 0.42 -0.07 -0.63 -0.49 -0.83 -0.03 -1.16 -0.1 -0.73 0.05 -0.86 0.73 0.01 0.16 0.22 0.88 0.01 0.18 -0.53 -1.73 -0.28 0.09 -0.85 0.42 1.03 -0.68 -0.25 0.03 -0.08 0.43 0.75 0.31 0.72 0.31 -0.42 -0.86 0.33 -1.46 -1.34 -1.33 -3.48 -2.64 -0.28 -1.29 -0.29 0.54 0.42 -1.36 0.19 0.91 -0.24 1.25 0.16 0.78 0.03
-1.68 -3.31 -2.66 -1.24 0.34 0.74 0.14 -0.35 -0.63 -0.19 -0.73 0.56 0.02 -0.12 -0.18 -0.17 0.11 0.03 -0.03 0.79 -0.32 0.2 0.65 -1.22 1.0 -0.6 -1.11 0.64 0.18 0.34 -0.07 -0.4 0.36 -1.08 0.21 0.46 -0.88 0.01 1.12 -0.24 -0.18 0.24 0.23 0.03 -0.07 1.02 0.06 0.52 0.28 -8.53 -0.41 -6.72 0.19 -1.34 0.76 0.27 -0.48 0.43 -1.17 0.4 -0.54 0.98 -0.23
-1.1 -0.92 -0.61 0.75 -0.68 -0.34 0.32 -0.39 -1.81 -0.59 1.46 -0.68 -0.55 0.47 -0.61 0.52 -0.5 0.65 -0.48 1.12 0.17 0.26 0.2 -0.6 0.22 -0.48 0.16 0.26 -0.1 -0.02 -0.51 0.28 0.57 0.38 -0.25 0.03 -1.01 -0.66 0.77 0.36 0.47 0.39 -0.71 -0.49 0.28 0.08 0.53 0.06 -2.3 -3.38 -2.04 -2.89 -0.39 -1.93 0.4 -0.7 0.64 0.1 0.36 -0.08 0.38 0.66 0.57
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-1.94 -1.32 -1.29 -0.58 -0.99 -1.29 -1.19 -1.03 -0.88 -1.12 1.25 -1.64 -1.42 1.07 -0.87 0.96 -0.84 1.02 -1.09 0.63 0.39 -0.53 0.1 -0.37 -0.41 -0.29 0.63 0.42 -1.3 -1.01 -1.42 0.99 1.22 0.26 -1.07 -1.21 -0.92 -1.09 0.46 1.12 0.49 1.57 -0.81 -1.25 1.04 0.41 0.09 0.39 -3.23 -4.6 -3.16 -5.97 -0.67 -0.18 -0.31 0.19 0.98 0.23 1.13 0.74 0.38 0.33 0.23
-0.58 -0.14 -0.13 0.14 0.62 0.35 -0.59 -0.28 0.72 0.21 -1.22 0.35 0.11 -0.04 0.0 0.06 0.22 0.21 0.29 0.47 0.44 0.27 0.54 -0.02 0.63 0.16 -0.95 -1.46 0.35 0.41 0.32 0.01 0.65 -0.13 0.37 0.45 -0.73 0.02 0.58 -0.67 0.65 -0.42 0.34 0.22 0.16 -1.19 -1.89 -2.11 -1.15 -1.7 -0.39 -1.13 0.38 -1.87 0.33 -1.24 0.21 0.19 -0.05 0.41 -0.84 0.52 -0.6
-0.59 -0.8 -0.95 -0.64 -0.66 -0.29 0.07 -0.41 -0.75 -0.61 0.65 -0.99 -0.67 0.69 -0.73 0.67 -0.7 0.65 -0.4 -0.1 0.29 0.25 -0.02 -0.02 -0.02 0.08 -0.05 0.51 -0.25 0.02 -0.78 0.62 -0.07 -0.25 -0.15 0.04 -0.78 -0.31 0.27 0.03 0.12 0.21 -1.27 -0.69 0.74 0.96 0.84 0.55 -2.86 -2.75 -1.68 -1.74 -1.1 1.3 -0.13 1.01 0.71 -0.04 0.09 0.39 0.23 -0.07 0.66
-0.61 -0.72 -0.75 0.34 1.2 0.97 1.11 0.87 1.07 0.75 -0.16 0.48 -0.57 0.01 -0.54 -0.02 -0.45 -0.0 -0.49 0.04 -0.09 -0.45 -0.24 0.75 -0.1 0.27 -0.29 0.3 -0.43 -0.33 -0.56 0.06 -0.3 0.27 -0.28 -0.36 -0.23 0.3 -0.24 -0.35 -0.47 -0.24 0.09 -0.37 0.11 -0.06 0.58 0.47 -1.72 -2.15 -1.2 -1.17 -0.06 -0.45 -0.06 0.75 0.19 -0.75 0.03 -0.29 -0.35 -0.63 -0.56
-0.35 -0.18 -0.33 -0.87 -0.61 -0.17 0.2 0.05 -0.97 0.14 0.03 -0.21 0.16 0.44 -0.01 0.45 0.04 0.45 0.07 0.32 0.08 0.01 -0.5 -0.79 -0.03 -0.47 0.58 -0.81 0.05 0.25 0.11 0.51 0.41 0.24 -0.02 0.28 -0.12 0.38 0.38 0.14 0.31 0.24 -0.03 0.06 0.37 -0.64 -0.74 -0.55 -1.34 -2.07 -0.32 -1.27 0.13 0.79 0.11 -0.47 0.16 0.27 0.07 0.41 -0.02 0.4 -0.14

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.