Heatmap: Cluster_99 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	-O2 early	-O2 late	-O2 middle	24h,Alfalfa	24h,Fructose	24h,Maltose	24h,Sorbitol	24h,Xylan	24h,Xylan+Xylose	24h,Xylose	Fructose,microbial culture	Laboratory transformant,Pure culture	MjkA KO,expo	MjkA KO,post expo	MjkA/mjkB KO,expo	MjkA/mjkB KO,post expo	MjkB KO,expo	MjkB KO,post expo	MjkB OE,expo	N593 kusA KO,2h	N593 kusA KO,8h	NW186,+1.1mM arg	NW186,+5mM citr	NW186,-Fe	NW305,+10gl Fe	NW305,-Fe	SEB,microbial culture	WT,2h,MM + L-rhamnose	WT,70% max biomass	WT,90% max biomass	WT,expo	WT,post expo	araR KO,2h	araR KO,8h	crhA-G KO,70% max biomass	crhA-G KO,90% max biomass	expo	gaaC KO,2h	gaaR KO,2h	gaaR KO,8h	gaaR/araR KO,2h	gaaR/araR KO,8h	gaaX KO,pure culture	histone deacetylase KO,expo	histone deacetylase KO,post expo	lraA KO,2h,MM + L-rhamnose	lraB KO,2h,MM + L-rhamnose	lraC KO,2h,MM + L-rhamnose	multiploid,asex,free 12h	multiploid,asex,free 6h	multiploid,asex,immob 12h	multiploid,asex,immob 6h	parent,pure culture	post expo	rhaR KO,2h	rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose	rhaR KO,8h	rhaR/araR KO,2h	rhaR/araR KO,8h	rhaR/araR/gaaR KO,2h	rhaR/araR/gaaR KO,8h	rhaR/gaaR KO,2h	rhaR/gaaR KO,8h
CAK40108	-1.14	-2.1	-1.49	-0.55	-0.39	-0.15	-0.11	-0.27	-0.08	0.31	0.53	-0.25	1.0	-0.98	0.63	-0.85	0.84	-1.36	0.79	-0.04	-0.25	0.65	0.39	-0.81	-0.03	-0.37	-0.83	-1.42	1.01	1.31	0.92	-0.8	-0.2	-2.11	1.14	1.21	-0.26	-0.29	0.75	-0.44	-0.05	-0.63	0.57	0.83	-1.18	-1.19	-1.25	-1.12	-	-	-	-	0.7	-1.11	1.08	-0.58	0.29	0.23	-0.52	0.96	-0.19	1.06	-0.38
CAK40109	-0.64	-0.88	-0.1	-1.1	-1.35	-0.87	-1.13	-0.34	-0.52	0.05	0.08	-1.19	0.06	-0.0	-0.04	-0.6	0.41	-0.46	-0.1	0.64	0.15	-	-	-	-	-	-0.04	-1.63	0.32	0.32	-0.03	-0.55	-0.24	-0.95	0.66	0.44	-0.67	0.56	1.55	-0.18	0.67	-0.38	-0.01	-0.3	-0.62	-0.83	-0.64	-0.98	-	-	-	-	0.4	-1.69	1.76	0.03	1.38	1.37	0.33	2.1	-0.24	2.23	0.24
CAK40214	-0.78	-1.43	-1.14	0.02	0.76	0.63	0.79	0.59	0.51	0.37	-0.89	0.44	-0.02	0.56	0.01	0.48	0.04	0.67	0.11	-0.3	0.19	-0.62	-0.24	-0.47	0.23	-0.26	-0.36	0.1	0.38	0.47	0.11	0.52	-0.22	0.3	0.44	0.41	-0.17	0.24	-0.1	-0.14	-0.45	-0.24	0.62	-0.04	0.73	-0.3	0.23	-0.21	-2.78	-4.71	-2.58	-3.41	0.62	0.49	-0.47	-0.2	-0.05	-1.13	-0.3	-0.26	-0.26	-0.51	-0.27
CAK40218	-0.82	-1.62	-1.75	0.02	0.26	0.11	-0.04	0.53	-0.08	0.02	-1.63	0.36	0.26	0.25	0.22	0.19	0.23	-0.16	0.45	0.11	0.09	0.2	0.87	-0.82	0.67	-0.19	-0.61	-0.48	0.74	0.89	0.29	0.46	0.49	-0.41	0.64	0.68	-0.17	1.27	0.14	-0.38	0.06	-0.59	0.68	0.13	0.49	0.1	0.02	-0.61	-1.78	-5.49	-0.55	-2.46	0.67	-0.59	-0.55	0.08	-0.46	-0.29	-0.6	-0.13	-1.52	-0.56	-1.34
CAK40221	-2.05	-1.66	-1.76	-1.48	0.72	0.54	0.5	0.27	0.88	0.11	0.74	0.11	-0.3	-0.27	-0.44	-0.37	-0.32	-0.2	-0.75	-0.36	-0.06	0.76	1.17	0.39	0.7	0.11	0.39	-0.99	0.21	0.13	-0.34	-0.34	0.07	0.09	0.21	0.12	-1.96	0.1	0.09	0.47	-0.3	0.53	-0.04	-0.28	-0.22	0.0	-0.08	0.0	-1.74	-2.14	-0.55	-1.41	0.16	-0.71	-0.22	-0.17	0.33	0.39	0.38	0.51	0.41	0.03	-0.12
CAK40247	-0.09	0.32	0.32	0.86	-0.38	-0.96	-	-0.31	0.44	-0.42	-	-	-	-	-0.32	-	-	-	-0.29	-	-0.95	-	-	-	-	-	-3.14	-	-1.39	-	-	-	-	-	0.11	-	-0.51	-	-0.92	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.76	-0.7	5.18	1.11	0.29	-	-	-	-0.88	-	-	0.08	-	-	-
CAK40250	0.83	1.09	1.11	3.46	0.72	0.28	1.04	0.26	0.53	0.13	-0.12	1.09	0.43	-2.9	-0.04	-4.09	0.51	-4.04	0.3	-2.26	-1.07	-0.34	-0.06	0.31	0.11	0.39	-2.42	-2.32	0.44	0.67	0.13	-2.59	-1.49	-1.28	0.89	0.78	0.56	-1.02	-2.28	-3.33	-1.6	-4.21	0.65	0.03	-3.38	-1.76	-0.84	-0.81	-1.4	-1.23	1.01	-0.73	0.68	-5.96	-2.47	-0.52	-1.72	-2.63	-1.57	-2.22	-3.77	-2.38	-4.21
CAK40277	-0.4	-0.13	-0.25	-1.19	-0.35	-0.22	-0.6	0.11	-0.29	-0.32	0.65	0.34	-0.06	-0.43	-0.09	-0.49	-0.08	-0.39	-0.01	-0.14	-0.16	-1.3	-0.8	-0.4	-0.99	-1.28	0.14	0.96	0.75	0.86	-0.35	0.06	-0.2	-0.1	0.62	0.66	-0.01	-0.15	-0.32	-0.72	0.07	-0.79	-0.0	-0.09	-0.3	0.91	1.37	1.33	-0.41	-1.74	0.41	-1.56	0.08	-0.19	-0.11	1.25	0.08	-0.19	-0.1	0.11	-1.08	-0.19	-0.99
CAK40305	-0.68	0.34	0.15	-0.3	-0.23	-0.44	-0.53	-0.35	-0.14	-0.52	1.9	-0.88	-0.99	0.32	-1.03	0.16	-0.94	0.29	-0.81	0.02	0.67	-0.87	-0.26	-0.41	-0.51	-0.71	0.78	0.25	-0.55	-0.46	-0.89	0.23	-0.29	0.43	-0.7	-0.45	-0.93	0.43	-0.06	-0.24	0.37	0.18	-1.04	-0.83	0.39	0.42	0.69	0.47	-2.08	-2.28	0.57	-1.55	-1.13	-0.03	-0.06	0.69	1.24	0.25	1.34	0.17	-0.42	0.41	-0.71
CAK40362	-0.52	-0.8	-0.69	1.27	0.95	0.57	0.94	0.63	0.74	0.66	-1.17	0.45	0.25	-0.49	0.09	-0.46	0.22	-0.16	0.44	-0.4	-0.15	0.43	0.42	0.44	0.49	0.78	-1.17	-0.3	0.6	0.55	0.35	-0.4	-0.03	-0.3	0.6	0.59	-0.12	0.75	-0.25	-1.2	-0.51	-1.06	0.39	0.09	-0.28	-0.75	-1.05	-0.86	-4.16	-3.27	-2.49	-1.81	0.34	-0.01	-0.57	0.74	-0.2	-0.18	-0.83	-0.14	-1.05	-0.86	-1.6
CAK40386	-0.32	-0.26	0.02	-0.58	0.78	0.41	0.91	0.47	0.62	0.55	0.19	-0.9	-1.31	-0.2	-1.22	-0.29	-1.03	0.02	-0.79	-0.96	0.37	-0.7	-0.29	0.22	-0.77	0.04	0.71	1.64	-0.7	-0.72	-1.09	-0.09	-0.61	0.66	-0.85	-1.03	-0.25	-0.45	-0.66	-0.36	0.08	-0.01	-0.74	-1.21	-0.15	1.02	1.39	1.31	-1.98	-3.1	-1.05	-3.03	-0.9	-0.31	-0.19	1.66	0.49	-0.63	0.86	-0.87	-0.0	-0.4	-0.28
CAK40389	-1.21	0.24	0.25	0.47	-0.41	-1.5	-1.87	-0.24	0.34	-0.42	0.29	-3.26	-1.32	-1.58	-1.9	-0.05	-0.86	0.56	-2.83	0.71	-0.92	-	-	-	-	-	1.16	1.07	-1.8	-0.9	-	0.59	0.09	-0.58	-1.48	-2.32	-1.75	0.51	0.1	0.69	0.41	0.1	-2.06	-2.24	-0.31	-0.19	0.53	1.6	0.7	0.42	2.74	0.87	-2.68	1.02	-0.56	1.6	0.13	0.07	0.36	-0.9	-0.55	0.83	-0.29
CAK40394	0.47	-0.06	0.04	0.62	-0.78	-1.36	-0.4	-1.04	-0.98	-0.56	-0.45	0.49	0.51	-0.77	0.47	-0.75	0.43	-0.49	0.35	0.47	0.07	0.23	0.14	0.3	0.7	0.79	-0.64	-1.3	0.44	0.38	0.43	-0.69	0.49	0.04	0.41	0.34	0.32	-2.62	0.34	-0.33	-0.32	-0.34	0.39	0.48	-0.73	-1.38	-1.86	-1.75	-1.32	0.96	-0.45	0.86	0.57	-0.36	0.31	-0.61	-0.51	0.84	-0.16	0.15	-1.01	0.65	-1.62
CAK40397	-0.83	-0.57	-0.54	-0.37	0.45	0.27	0.15	0.37	0.59	0.63	-0.68	0.02	0.07	0.04	-0.08	0.09	0.05	0.06	-0.14	0.59	0.48	0.05	0.17	-0.2	-0.07	0.01	-0.35	-1.72	0.17	0.12	0.0	-0.17	0.64	-0.31	0.21	0.14	-0.52	-1.1	0.55	0.09	0.44	-0.21	-0.05	-0.05	0.11	-1.65	-1.85	-1.56	-2.56	-0.76	-0.96	-0.61	0.06	-1.02	0.82	-0.64	0.43	1.27	0.01	0.94	-0.41	0.98	-0.44
CAK40410	-0.26	-0.23	-0.33	-0.26	-0.33	-0.31	-0.1	-0.11	0.12	-0.3	-0.4	0.01	-0.07	-0.5	-0.19	-0.49	-0.0	-0.51	-0.05	0.35	-0.21	-0.62	-0.74	0.37	-0.59	-0.13	-0.19	0.62	0.28	0.4	-0.14	-0.5	0.33	-0.69	0.15	0.18	0.2	1.72	-0.03	-0.52	0.17	-0.24	-0.12	-0.16	-0.53	0.83	0.82	0.95	-2.16	-1.35	0.25	0.02	-0.05	-0.51	-0.19	0.81	-0.17	0.33	-0.49	0.4	-0.61	0.0	-0.54
CAK40432	-1.59	-3.24	-2.46	-0.69	1.18	1.46	1.43	0.55	0.91	0.58	-0.54	-0.26	0.44	-2.22	0.45	-2.6	0.27	-2.87	1.15	-0.53	0.12	-4.28	-1.97	-3.8	-0.43	-3.61	-2.15	0.88	0.7	0.65	0.88	-3.68	-1.08	-1.71	0.43	0.39	0.07	-0.04	0.23	-1.1	0.3	-1.06	0.7	0.68	-2.97	0.91	0.63	1.4	-2.76	-4.6	-2.22	-4.85	0.18	-5.13	0.3	1.67	0.41	0.05	-0.36	0.43	-1.8	0.36	-0.85
CAK40433	-0.09	0.21	0.05	2.22	-0.32	-1.02	-1.0	-0.01	0.58	-1.14	0.07	0.59	-0.31	-1.08	-0.54	-0.81	-0.24	-1.07	-0.11	0.55	-0.21	0.59	0.9	1.07	0.33	-0.32	0.87	-2.49	0.27	0.42	-0.6	-0.58	0.54	-0.47	0.27	0.5	0.04	-0.88	0.59	0.14	0.25	0.32	0.23	-0.45	-0.84	-2.64	-1.68	-1.94	-1.72	-1.71	0.14	-1.35	0.46	-0.11	0.49	-1.93	-0.09	-0.06	-0.56	0.21	-0.01	0.32	-0.41
CAK40436	-1.07	-0.07	-0.35	-0.69	0.49	0.54	1.32	0.92	1.05	0.76	1.06	-0.89	-1.13	-0.63	-1.16	-0.65	-1.1	-0.88	-1.06	0.04	0.33	-0.7	-0.13	1.27	0.71	0.64	0.37	0.75	-0.56	-0.49	-1.1	-0.97	-0.04	0.08	-0.7	-0.53	-0.59	-0.51	0.06	-0.49	0.13	-0.58	-0.83	-1.09	-0.73	0.77	1.22	1.19	-2.49	-0.9	-0.45	-1.59	-0.91	-2.62	-0.05	0.86	0.41	-0.25	-0.09	0.01	-0.5	0.14	-0.5
CAK40443	-0.71	-0.4	-0.53	-0.15	0.33	0.06	0.63	0.54	0.67	0.35	-0.56	-0.74	-0.48	-0.4	-0.71	-0.27	-0.44	-0.41	-0.44	0.18	-0.26	-0.78	-0.65	-0.7	-1.44	-0.68	-0.05	0.85	-0.45	-0.25	-0.5	-0.4	0.34	-0.79	-0.22	-0.11	-0.48	2.35	0.28	0.17	0.12	0.2	-0.5	-0.65	-0.35	0.91	0.86	1.18	-4.22	-3.21	-1.25	-2.78	-0.59	-0.11	0.04	0.97	0.19	0.12	-0.27	0.23	0.1	0.16	0.04
CAK40445	-0.38	-0.21	-0.31	-0.39	0.35	0.11	0.01	0.39	0.49	-0.02	-0.79	0.37	-0.33	-0.52	-0.48	-0.69	-0.21	-0.18	-0.3	0.72	0.38	0.3	0.65	0.26	0.7	-0.03	-0.23	-0.59	-0.2	-0.02	-0.12	-0.29	0.84	0.0	-0.21	-0.08	-0.31	0.39	0.63	-0.51	0.43	-0.25	0.3	-10.22	-8.8	-0.57	-0.28	-0.63	-0.69	-1.49	0.37	-0.36	0.26	-0.44	0.62	-0.07	0.4	0.87	0.03	0.72	-0.52	0.67	-0.5
CAK40448	-0.83	-0.53	-0.58	0.24	0.97	0.6	1.14	0.81	0.79	0.6	-0.53	-0.07	-0.26	0.04	-0.29	0.04	-0.22	0.1	-0.15	-0.06	0.22	-0.34	0.2	0.01	0.31	0.35	0.1	0.08	0.07	-0.04	-0.36	0.08	0.26	0.91	-0.04	-0.14	-0.4	-0.98	-0.37	0.37	0.11	0.48	-0.12	-0.36	0.06	-0.27	-0.21	-0.65	-0.72	-1.18	-0.63	-0.86	-0.06	-0.68	-0.73	-0.49	0.05	0.17	-0.14	-0.15	0.17	-0.44	-0.58
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CAL00813	-3.46	-3.59	-4.32	-1.03	-0.06	0.44	-0.45	-0.07	0.18	-0.57	0.77	0.38	0.21	-0.4	0.36	-0.59	-0.07	-0.65	0.81	-1.03	-0.46	-0.26	1.09	0.12	-0.26	0.03	0.3	-1.05	0.03	-0.38	0.45	-1.04	-0.69	-0.97	-0.12	-0.43	-0.06	0.34	0.07	0.48	-0.63	1.22	-0.02	-0.41	-0.22	-0.29	-0.7	-0.34	-	-	-	-	-0.04	1.19	0.6	0.19	0.77	-0.2	0.63	1.22	1.1	0.93	1.09
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CAL00825	0.47	0.4	0.55	0.04	-0.15	-0.01	0.14	-0.07	-0.21	-0.47	-0.19	0.21	0.03	-0.42	-0.08	-0.4	-0.08	-0.5	0.08	0.19	0.11	-0.02	0.35	0.61	0.34	0.73	-0.17	-0.86	0.04	0.3	0.14	-0.37	0.13	-0.03	0.22	0.22	0.18	0.05	0.52	-0.4	0.18	-0.22	0.28	-0.05	-0.43	-1.19	-0.74	-1.43	0.2	-1.24	-0.11	-0.84	0.32	-0.96	0.79	-0.54	-0.03	-0.06	0.17	0.45	-0.57	0.62	-0.82
CAL00830	-0.63	-0.27	-0.43	-0.11	0.08	-0.04	0.47	0.18	-0.04	0.02	-0.34	0.06	-0.18	0.2	-0.34	0.31	-0.25	0.22	-0.13	-0.04	-0.06	-0.47	-0.71	-0.41	-0.32	-0.28	0.31	0.3	0.21	0.36	-0.34	0.2	0.2	-0.07	0.21	0.17	-0.27	0.36	0.11	0.16	0.08	0.18	0.15	-0.19	0.36	0.47	0.63	0.36	-1.81	-1.93	-0.63	-0.93	0.17	-0.24	-0.02	0.81	0.07	0.11	-0.28	0.21	-0.06	0.26	-0.05
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CAL00849	-0.85	-0.15	-0.13	-1.22	0.72	0.62	0.82	0.47	0.76	0.64	0.38	-0.83	-1.33	0.18	-1.06	0.04	-0.95	0.23	-0.93	-0.67	0.42	-1.93	-1.34	-0.24	-0.68	-0.65	0.21	1.59	-0.7	-0.45	-1.28	0.36	-0.69	0.01	-0.64	-0.5	-0.66	1.31	-0.54	-0.18	0.14	-0.55	-0.69	-1.25	0.31	1.44	1.85	1.51	-5.41	-5.09	-3.49	-4.8	-0.65	0.18	-0.65	1.48	0.36	-1.21	0.07	-1.02	-0.54	-0.77	-0.4
CAL00854	-0.92	-1.81	-1.5	0.69	0.83	0.38	1.11	0.75	0.29	0.46	-1.61	0.18	-0.12	0.94	-0.03	0.85	0.15	1.07	0.29	-0.03	0.46	-2.93	-2.22	-1.77	-1.44	-0.86	-0.29	0.36	0.33	0.49	0.1	1.12	0.41	0.16	0.4	0.36	-0.14	-0.06	-0.34	-0.42	0.03	-0.87	0.3	0.17	1.03	0.42	0.56	0.19	-2.93	-3.51	-1.41	-3.17	0.26	-0.23	-0.97	0.41	-0.12	-0.59	-0.92	-0.62	-0.88	-0.72	-1.4

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.