Heatmap: Cluster_132 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-1.91 -1.51 -2.63 -0.03 -0.52 -0.74 -1.02 -0.55 -0.52 -0.47 -0.89 -1.11 -0.51 1.68 -1.11 1.4 -0.7 1.22 -0.17 0.73 -0.35 -0.9 -0.49 -1.59 -0.64 -1.13 -0.29 0.18 -0.88 -0.83 -0.65 1.57 1.21 -0.13 -1.12 -0.64 -0.21 0.46 0.69 0.53 -0.18 0.58 -1.01 -0.3 1.73 0.64 0.15 -0.17 - - - - -1.05 1.2 0.75 -0.09 -0.78 0.65 -1.07 0.31 0.28 0.74 0.47
-0.85 0.16 0.01 -2.11 -0.81 -0.37 -1.33 -0.38 -0.5 -0.83 0.66 -1.19 -1.38 0.89 -1.57 0.92 -1.39 0.79 -1.2 0.1 0.17 0.49 1.17 -1.64 -0.91 -1.56 1.32 -0.34 -1.13 -0.87 -1.4 0.85 0.0 0.41 -1.13 -0.89 -0.89 -0.34 -0.31 1.73 0.61 1.93 -0.87 -1.37 1.06 0.18 0.64 0.17 -2.85 -6.17 -1.91 -5.25 -1.06 0.37 -0.41 -0.41 0.15 -0.46 0.13 0.18 1.5 -0.4 0.5
-1.41 -1.52 -1.76 -0.43 0.03 -0.28 0.07 -0.07 0.48 0.01 0.41 -0.18 -0.66 0.31 -0.9 0.14 -0.62 0.36 -0.47 0.52 0.63 1.32 1.01 -1.4 -0.23 -0.83 -0.13 0.16 -0.46 -0.15 -0.76 0.51 0.44 0.48 -0.33 -0.29 -1.09 -1.26 0.07 0.22 1.31 0.32 -0.26 -0.61 0.49 0.37 0.79 0.71 -2.09 -0.6 -0.57 0.0 -0.19 0.22 -0.11 -0.75 0.52 -0.16 0.05 -0.09 -0.13 -0.07 -0.71
-1.1 -0.77 -0.82 -0.96 -1.13 -0.83 -0.77 -0.8 -0.95 -0.45 -0.51 -0.34 -0.27 0.63 -0.38 0.7 -0.31 0.73 -0.26 0.87 0.18 0.55 0.37 0.13 -0.26 0.3 0.46 -1.03 -0.4 -0.3 -0.22 0.69 0.78 -0.09 -0.32 -0.33 -0.68 -0.75 0.57 0.49 0.34 0.71 -0.24 -0.28 0.65 -0.84 -1.14 -0.93 -0.77 -1.3 -0.23 -1.23 -0.23 0.73 0.5 -1.15 -0.08 0.73 0.32 0.7 0.64 0.82 0.69
-1.19 -1.89 -1.38 -1.87 -0.73 -0.14 -1.01 -0.19 -0.83 -0.82 -1.27 -0.9 -0.77 0.97 -0.82 1.0 -0.39 0.92 -0.52 0.93 0.34 0.5 0.31 -2.37 -0.43 -1.15 -0.27 0.36 -0.68 -0.32 -0.45 0.98 0.76 0.61 -0.8 -0.45 -0.58 1.47 0.61 0.86 -0.22 0.95 -0.16 -0.55 1.07 0.62 0.67 0.25 -3.72 -6.35 -2.73 -6.87 -0.29 1.02 0.24 -0.55 0.05 -0.24 -0.27 0.23 0.53 0.19 0.33
-0.61 -0.04 -0.4 0.24 -0.52 -1.34 -0.51 -0.54 0.4 -0.11 -0.06 -0.13 -0.14 -0.47 -0.45 -0.42 -0.29 -0.66 -0.18 0.51 -0.13 2.32 2.26 1.11 0.85 1.16 -0.86 -3.51 0.2 0.45 -0.28 -0.02 0.83 -0.04 0.25 0.26 -0.31 -1.74 0.12 -0.74 0.74 -0.59 -0.11 -0.3 -0.25 -3.29 -3.34 -3.17 -4.08 -2.7 -1.85 -1.78 -0.01 0.56 0.06 -1.87 -0.48 0.61 -0.9 0.43 -0.82 0.35 -1.27
-1.02 0.27 -0.43 -3.27 -1.04 -0.33 -2.18 -1.81 -1.12 -1.36 -1.4 -0.72 -0.42 1.8 0.12 2.22 0.11 1.67 0.37 -0.45 -0.62 -1.63 -1.68 -3.92 -2.43 -3.88 -1.02 0.33 -0.49 -0.31 0.36 1.55 -1.48 -1.06 -0.5 0.03 -0.21 1.31 -0.89 -0.59 -1.07 -0.47 -0.27 -0.05 2.22 1.09 0.19 0.93 - - - - -0.63 1.55 -0.72 0.73 -2.03 -0.67 -1.8 -0.25 0.67 0.29 -0.23
-2.81 -1.63 -2.23 -3.06 -1.92 0.05 -2.57 -1.0 -1.26 -0.98 2.81 -4.67 -4.14 0.45 -4.05 0.34 -4.26 0.76 -5.22 0.57 -0.88 -1.17 -0.67 -3.12 -2.68 -4.54 1.08 0.04 -3.65 -4.39 -4.24 0.83 0.21 -0.97 -4.55 -4.24 -2.8 0.3 0.67 1.81 -0.18 2.16 -4.15 -4.62 0.92 0.59 0.04 0.53 -3.8 -7.08 -1.39 - -3.66 0.93 0.58 0.08 -0.28 0.59 -0.46 1.17 2.02 1.29 1.5
-1.02 -0.04 -0.15 -0.2 -0.51 -0.69 -1.38 -0.56 -0.22 -0.47 -0.63 -0.48 -1.18 0.32 -1.32 0.29 -1.23 0.48 -1.23 1.08 0.2 1.85 1.39 -1.53 0.61 -0.27 -0.15 -0.61 -1.08 -0.91 -1.35 0.37 1.14 0.05 -0.91 -0.94 -1.24 -0.79 1.02 0.14 0.26 0.21 -0.75 -1.36 0.48 -0.5 -0.94 -1.05 -0.93 0.55 0.17 0.67 -0.97 1.75 0.51 -1.47 -0.41 0.3 -0.56 0.66 -0.17 0.45 -0.49
0.06 0.2 0.11 1.73 0.65 -0.31 0.33 -0.08 0.8 0.21 -1.12 0.67 -0.16 -1.09 -0.12 -0.79 -0.2 -1.51 -0.19 0.2 -0.37 0.96 0.68 1.4 0.37 1.4 -0.75 -0.16 0.34 0.26 -0.17 -0.37 0.29 0.43 0.39 0.29 0.19 -1.7 -0.72 -0.76 0.03 -0.43 0.53 -0.39 -0.17 -0.17 -0.41 -0.3 -1.99 -1.27 -1.55 -1.18 0.68 0.16 -1.35 -0.38 -1.07 0.05 -1.12 -0.9 -1.24 -0.74 -1.66
-0.98 -0.42 -0.37 -2.75 -2.05 -1.56 -2.84 -2.04 -1.92 -1.77 -1.01 -0.33 -0.98 0.96 -0.98 0.86 -0.92 0.62 -1.49 1.6 -0.4 1.06 0.57 -1.99 -0.3 -1.23 0.23 -0.14 -1.02 -0.73 -0.94 0.99 1.73 -0.24 -1.02 -0.78 -1.12 0.98 1.1 0.96 0.03 1.18 -0.48 -1.08 1.03 0.58 0.21 0.05 -2.67 -3.08 -0.75 -1.43 -0.57 -0.14 0.99 -0.46 -0.76 0.71 -0.93 0.99 0.54 0.56 0.14
-1.17 -1.02 -1.12 -0.86 -0.45 -0.06 -1.36 -0.81 -0.25 -0.38 -1.13 0.34 -0.04 0.99 -0.36 1.03 -0.26 0.89 -0.02 -0.68 -0.59 0.57 0.03 -1.17 -0.21 -1.77 0.32 0.74 0.38 0.57 -0.25 1.07 -0.61 -1.04 0.22 0.31 -0.27 0.04 -0.09 -0.42 -0.4 -0.2 0.87 -0.21 1.06 0.94 1.07 1.08 -9.48 - -8.99 -9.63 0.69 0.91 -0.43 1.02 -0.57 -0.59 -1.1 0.23 -0.23 -0.03 -0.28
-0.48 -0.08 -0.44 -0.63 -0.65 -0.94 -0.18 -0.51 0.17 -0.43 0.25 -0.8 -1.29 -0.04 -1.45 0.14 -1.14 -0.06 -1.18 0.46 0.22 2.04 1.75 -0.73 0.13 -0.39 0.06 0.36 -0.28 -0.29 -1.46 0.14 0.47 0.23 -0.28 -0.19 -0.58 0.88 -0.48 -0.83 1.77 -0.76 -0.92 -1.39 0.37 -0.04 0.82 0.11 -2.93 -2.59 -1.86 -2.11 -1.05 1.86 -0.29 0.58 0.05 -0.52 -0.22 -0.22 -0.48 -0.26 -0.56
-1.82 -2.11 -3.68 -0.72 -1.88 -0.63 -2.21 -1.46 -1.51 -1.51 -0.85 -2.87 -2.51 0.8 -2.68 1.1 -1.87 0.2 -5.42 1.87 -1.21 -0.52 -0.1 -2.48 -1.27 -1.27 2.03 -0.11 -3.41 -1.95 -1.63 0.9 1.39 -1.34 -3.59 -2.41 -2.68 -0.25 0.4 1.48 -0.61 2.4 -2.86 -3.12 1.09 0.34 0.89 0.6 -1.59 - -0.25 - -2.11 1.01 -0.32 -0.09 -1.66 0.8 -1.76 0.74 1.67 0.91 1.74
-0.62 -0.32 -0.28 -3.4 0.01 0.55 -0.58 0.38 0.26 0.43 1.11 -0.88 -0.89 -0.33 -1.54 -0.31 -1.16 -0.23 -0.81 0.36 -0.02 0.87 0.81 -1.88 -0.55 -2.07 -0.44 0.82 -0.72 -0.66 -1.1 -0.43 0.87 0.28 -0.81 -0.62 -0.64 1.51 0.37 0.26 0.77 -0.19 -0.39 -1.57 -0.16 0.63 1.19 0.41 -3.42 -6.96 -4.52 -5.74 -0.34 0.35 0.42 0.31 0.9 0.13 0.0 1.19 0.39 0.36 -0.06
-1.01 -1.52 -1.51 -0.86 -0.28 -0.33 -0.45 0.88 1.17 0.01 -0.99 0.22 -0.47 0.7 -0.55 0.7 -0.21 0.38 -0.24 0.3 -0.84 -0.56 -0.92 -1.75 -1.67 -3.25 0.32 0.46 0.07 0.36 -0.26 1.0 0.0 -1.06 0.21 0.34 0.06 -0.77 0.63 0.08 -0.19 -0.08 0.72 -0.34 0.87 -0.01 1.42 0.82 -5.69 -8.38 -5.36 - 0.52 1.47 0.45 0.91 -0.55 -0.46 -2.01 0.16 -0.11 0.26 -0.19
0.51 0.31 0.03 -0.01 -0.69 -1.19 -0.92 -0.38 -0.48 -0.56 -0.44 0.61 0.34 -0.78 0.23 -0.57 0.5 -0.96 0.54 0.19 -0.0 2.23 1.85 0.14 0.43 0.45 -0.31 -1.76 0.63 0.83 0.42 -0.79 0.6 -0.05 0.68 0.85 0.72 -1.54 -0.29 -1.6 0.8 -1.37 0.69 0.44 -0.63 -2.64 -1.85 -2.31 -0.67 -3.02 -1.22 -2.72 0.53 -0.95 -0.38 -1.72 -0.53 0.24 -0.58 0.2 -1.83 -0.58 -2.05
0.52 -0.09 0.09 -0.64 -0.35 -0.54 -0.62 -0.46 -0.35 -0.1 -1.0 -0.02 -0.07 -0.08 -0.05 -0.2 0.04 -0.11 0.14 0.33 0.19 1.35 1.09 0.01 0.78 0.18 -0.64 0.23 0.03 0.07 -0.08 -0.18 0.46 0.12 0.03 -0.03 0.33 0.14 0.27 -0.56 0.1 -0.54 0.1 -0.02 -0.26 0.26 0.18 0.02 -1.17 -0.8 -0.27 -0.23 0.15 -0.16 0.02 -0.15 -0.33 0.4 -0.19 0.02 -0.9 0.14 -1.12
-1.45 0.09 -1.02 -1.27 -1.98 0.08 -0.94 0.53 -0.34 -0.62 -0.45 -0.89 -2.7 0.5 -2.33 0.53 -2.14 0.06 -2.0 0.96 0.47 -0.9 1.26 -2.71 -1.59 -2.48 0.11 1.61 -2.09 -1.88 -1.85 0.27 0.37 -0.22 -2.09 -2.34 -1.71 0.26 1.22 0.15 2.29 0.64 -1.87 -2.33 0.35 1.94 1.63 1.68 -6.16 -5.11 -2.01 -0.63 -1.97 -0.04 0.35 0.12 -0.19 -0.18 -1.42 0.02 0.07 0.58 -0.31
-0.95 -0.87 -0.97 -1.49 0.27 0.09 0.09 0.71 0.01 -0.2 -0.19 0.41 -0.08 0.44 -0.13 0.13 -0.07 0.19 0.13 0.41 0.02 -3.14 -2.81 -2.91 -2.48 -3.52 0.2 0.66 0.21 0.51 -0.06 0.13 0.41 -0.26 0.25 0.48 0.17 0.6 0.31 0.1 -0.39 0.17 0.6 -0.04 0.51 0.64 1.21 0.89 -4.06 -3.62 -2.15 -2.12 0.66 0.24 0.22 0.87 0.01 -0.07 -0.64 -0.01 -0.4 0.17 0.12
-1.18 -0.51 -0.69 -1.33 -0.85 -0.53 -1.23 -0.26 -0.36 -0.06 -0.33 -0.97 -0.83 0.62 -0.95 0.77 -0.79 0.62 -0.63 1.74 0.16 0.83 0.33 -0.98 -0.67 -0.67 0.32 0.03 -0.62 -0.45 -0.84 0.65 1.59 -0.19 -0.71 -0.46 -1.14 -0.55 1.38 0.64 0.45 0.88 -0.78 -0.85 0.64 0.11 0.09 0.33 -2.68 -3.51 -1.78 -2.8 -0.71 -0.67 1.03 -0.67 -0.31 0.59 -0.17 0.84 0.39 0.71 -0.28
-4.15 -4.63 -4.62 -1.19 -2.93 0.04 -6.2 -2.97 -2.5 -1.25 -1.97 -3.13 -2.36 1.13 -2.45 1.39 -2.54 1.31 -2.9 1.21 -1.05 -0.59 -1.12 -3.44 -2.32 -3.43 0.06 1.21 -2.58 -2.35 -2.14 1.35 1.51 -0.18 -2.2 -2.23 -3.14 -0.82 1.38 2.33 -0.55 1.8 -2.59 -2.21 1.48 1.39 -0.23 0.58 -5.49 -5.86 -5.0 -6.23 -1.73 -0.31 0.96 -1.17 -0.62 0.15 -0.98 0.67 1.71 0.7 2.09
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- - - -0.32 -0.94 -0.86 -2.95 -1.21 -0.56 -0.65 -0.77 -0.61 -0.26 1.01 -1.09 0.88 -2.06 0.23 0.51 1.35 0.15 - - - - - -0.29 0.87 -2.33 -0.04 0.1 1.76 1.27 0.03 -0.98 -0.9 -1.38 1.2 1.33 -0.09 0.96 0.38 -1.42 -0.55 1.65 0.78 1.1 1.63 -2.24 - -1.02 -2.39 -0.82 -0.28 -0.09 -0.09 -0.82 0.56 -0.48 0.16 -0.23 1.19 0.92
-1.16 -3.43 -3.43 - -1.65 -0.1 - -1.91 -0.42 -0.5 -3.19 -1.04 -0.22 2.37 -0.67 1.97 -0.64 1.41 0.78 0.81 -1.12 - - - - - -0.12 0.03 -0.62 0.32 -0.3 2.63 -0.1 -0.68 -0.65 -0.17 -1.05 0.9 0.49 0.13 -0.68 1.32 -0.38 -0.49 2.07 0.29 1.22 -0.69 -3.08 - - - -0.07 -0.42 0.33 -0.34 -1.06 -0.44 -0.15 -0.09 -0.07 0.35 -2.64
-2.35 -4.1 -4.09 -1.54 -2.49 -0.96 -3.44 -2.99 -1.87 -1.68 -0.45 -0.78 -1.01 0.63 -0.79 1.37 -0.03 1.3 -0.5 1.19 -0.18 - - - - - -0.08 1.28 -0.81 -0.38 0.23 1.28 0.67 -0.52 -1.62 -1.02 -0.87 -2.5 1.56 0.73 -0.09 1.23 -0.9 -0.63 1.59 1.39 0.87 1.29 -4.73 - - - -1.46 0.86 0.78 0.81 -0.2 0.01 -1.21 0.76 1.06 1.37 0.6

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.