Heatmap: Cluster_83 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-1.55 -1.76 -1.3 -0.22 1.42 1.4 1.02 1.05 0.98 0.91 0.18 0.19 -0.76 -0.2 -0.68 0.06 -0.58 0.03 -0.25 0.48 0.32 -0.66 -0.59 -1.22 -0.82 -0.88 -0.13 0.33 -0.1 0.04 -0.34 -0.38 0.0 0.77 -0.17 0.14 -0.67 -0.4 0.2 0.39 -0.97 0.21 -0.02 -0.53 0.07 0.63 0.5 0.74 -2.32 -4.39 -2.49 -4.0 0.07 0.11 0.15 0.02 0.41 -0.81 0.03 -0.49 0.19 -0.57 -0.07
-3.57 -3.11 -2.78 -1.78 -0.25 0.42 -0.68 -0.03 -0.44 -0.28 2.1 -1.63 -2.33 -1.78 -2.36 -1.67 -2.2 -1.69 -2.45 0.32 0.08 0.95 0.08 0.27 0.67 -0.51 1.57 2.23 -1.8 -1.54 -2.04 -1.46 0.1 1.9 -1.65 -1.45 -2.87 0.63 -1.09 -1.41 -0.84 -1.2 -1.85 -2.17 -1.45 2.7 1.75 2.39 -4.09 -5.75 -0.85 -5.19 -1.88 -1.2 -0.5 0.08 0.57 -0.92 0.07 -0.97 -1.29 -0.82 -1.59
-0.68 -0.53 -0.48 -0.16 0.64 0.93 0.88 0.68 0.63 0.73 0.52 -0.09 -0.16 0.61 -0.4 0.4 -0.16 0.53 -0.12 -0.31 0.64 -0.43 0.23 -0.19 -0.4 -0.19 -0.56 -0.25 0.12 0.27 -0.37 0.46 -0.26 -0.08 0.14 0.25 -0.27 -0.04 -0.06 0.09 -0.59 0.02 0.13 -0.17 0.75 -0.43 -0.3 -0.12 -2.97 -3.81 -1.89 -2.94 0.04 0.22 -0.02 -0.48 0.87 -0.69 0.16 -0.2 -0.41 -0.39 -0.14
-0.87 -0.25 -0.25 -1.92 -0.53 0.33 -0.79 -0.13 -0.1 -0.28 0.05 -0.98 -1.46 -0.38 -1.62 -0.4 -1.38 -0.3 -1.03 0.79 0.01 -0.41 -0.35 -0.18 -0.99 -0.75 0.21 0.9 -1.29 -0.95 -1.22 -0.48 0.92 -0.66 -1.24 -0.98 -1.0 1.44 0.92 0.55 0.5 0.72 -0.93 -1.4 -0.5 1.34 1.18 0.98 -3.19 -2.91 0.05 -1.44 -1.14 -0.07 0.71 0.82 0.41 0.74 -0.05 1.09 0.4 0.98 0.29
-0.46 -0.25 -0.23 0.3 0.36 0.99 0.32 0.45 0.68 0.49 -0.22 -0.04 -0.5 -0.12 -0.86 -0.17 -0.38 -0.65 -0.81 0.23 0.33 0.18 0.4 0.81 0.32 0.93 -0.12 0.69 -0.39 -0.02 -0.41 -0.22 -0.23 -0.31 -0.31 -0.09 -0.57 0.22 0.34 -0.47 0.06 -0.08 -0.39 -0.63 0.08 0.54 1.15 0.6 -3.8 -6.97 -4.31 -5.76 -0.36 0.15 0.38 0.71 -0.18 -0.43 -0.36 0.14 -0.65 0.14 -0.34
0.04 0.83 0.68 -3.77 -0.2 -0.11 -0.72 0.18 0.15 -0.38 0.03 -0.48 -1.22 0.75 -1.33 0.77 -1.01 0.77 -0.83 0.91 0.55 1.58 0.78 -0.75 -0.48 -0.99 0.13 -0.26 -0.75 -0.33 -1.1 0.77 0.7 0.56 -0.67 -0.39 -0.23 0.31 0.44 -0.47 0.38 -0.14 -0.42 -1.15 0.95 -0.29 -0.27 -0.18 -3.33 -4.92 -1.15 -3.72 -0.53 1.4 0.04 -1.3 0.13 0.05 -0.09 0.64 -0.54 0.16 -0.64
-2.18 -0.72 -0.34 -1.76 0.31 -0.46 0.29 -0.43 -1.2 0.06 1.68 0.61 0.03 1.26 0.41 1.69 0.04 2.01 0.62 0.75 1.07 - - - - - -1.05 -1.66 0.32 0.43 -0.7 2.01 1.08 1.4 0.33 0.47 -0.07 -3.66 -0.61 -0.61 -0.97 -2.05 0.24 0.58 1.82 -2.16 -1.43 -1.0 -0.87 -2.17 -0.87 -1.83 0.71 -1.6 -2.85 -1.94 -0.25 -1.75 -0.75 -2.54 -2.03 -2.03 -1.38
-1.74 - 0.57 -0.47 1.1 1.41 1.06 1.42 0.88 1.39 -0.77 -0.62 0.54 0.86 0.55 1.16 0.37 - -1.19 -1.25 -1.27 - - - - - -1.77 0.71 -0.76 1.17 -0.62 1.14 -0.27 -0.26 0.47 -1.68 -0.65 - 1.07 -0.25 0.74 -1.27 -2.43 -1.2 1.34 - -0.81 - - - - - -1.43 1.01 0.34 - 2.1 - 1.85 -0.26 -0.23 -1.23 0.76
-1.06 -0.6 -0.6 -1.25 -0.24 0.03 -0.37 0.09 -0.2 -0.19 -0.77 -1.03 -1.56 -0.1 -1.62 -0.08 -1.49 0.01 -1.15 1.03 0.19 -0.88 -0.86 -1.69 -1.37 -1.45 0.2 0.46 -1.24 -0.93 -1.32 -0.09 1.52 0.1 -1.16 -0.92 -1.2 1.75 1.24 -0.06 1.09 0.13 -0.64 -1.46 -0.03 0.85 0.76 0.53 -4.55 -5.8 -2.92 -4.56 -1.1 -0.26 1.35 1.03 0.02 1.07 -0.2 1.84 -0.07 1.07 -0.33
-1.49 -1.38 -1.28 -1.18 -0.13 0.08 -0.02 -0.06 0.04 -0.3 -0.88 -0.79 -1.3 0.38 -1.29 0.19 -1.2 0.23 -1.11 0.18 -0.24 -0.35 -0.27 -0.29 0.68 0.07 -0.78 1.37 -0.91 -0.66 -0.99 0.36 0.32 -0.99 -0.84 -0.62 -1.29 2.43 -0.19 -0.23 -0.02 0.23 -0.57 -1.31 0.52 1.74 1.51 1.46 -4.88 -4.48 -1.38 -2.18 -0.75 1.0 -0.68 0.98 -0.48 -0.22 -0.84 0.14 0.02 -0.19 -0.13
0.27 0.75 0.81 -0.59 0.27 0.47 0.07 0.33 0.27 0.11 -0.41 -0.5 -0.54 -0.1 -0.55 -0.22 -0.52 -0.22 -0.39 0.22 0.33 0.04 -0.25 -0.27 -0.21 -0.26 -0.29 0.11 -0.2 -0.02 -0.46 -0.26 0.5 0.11 -0.1 -0.02 -0.02 0.81 0.33 0.66 0.08 0.37 -0.47 -0.52 -0.12 0.36 0.59 0.38 -3.36 -2.74 -1.99 -1.9 -0.49 -0.73 0.2 0.08 0.45 -0.1 0.05 0.36 0.32 0.1 0.51
-1.4 -1.34 -0.88 0.6 0.21 0.66 0.61 0.29 -0.1 0.13 -1.4 -0.15 -0.61 -0.43 -0.6 -0.48 -0.42 -0.59 -0.65 0.29 0.38 0.39 -1.04 -1.76 0.17 -0.87 -0.59 1.4 -0.14 0.1 -0.35 -0.64 0.22 -0.08 -0.16 0.03 -1.05 -0.12 0.19 0.4 -0.17 -0.04 -0.18 -0.65 -0.52 1.49 1.36 1.47 - - -7.54 -8.17 0.02 -1.05 0.38 1.05 0.12 -0.13 -0.58 0.35 0.69 0.18 0.89
-2.18 -3.82 -3.43 -3.0 -1.14 -0.42 -2.32 -1.71 -2.02 -0.85 0.46 -4.73 -5.06 -1.75 -3.36 -0.55 -5.33 -2.01 -3.84 1.25 2.06 -2.66 -2.85 -3.8 -3.14 -4.98 -0.99 3.32 -5.3 -5.39 -4.72 -0.9 0.45 3.1 -5.29 -5.86 -2.88 -3.14 -0.07 -0.69 -0.57 0.87 -4.08 -5.34 -1.11 3.14 1.95 2.48 - - - - -4.82 -0.53 -1.15 -0.83 -0.75 -0.9 -0.6 -0.98 -0.22 -0.79 -1.14
-0.95 -0.72 -0.75 -0.81 0.19 0.5 0.46 0.47 0.09 0.28 0.36 -0.31 -0.84 1.15 -0.67 0.64 -0.57 1.03 -0.69 0.42 0.73 -0.08 0.18 -0.26 0.75 -0.08 -0.69 0.09 -0.43 -0.21 -0.68 1.03 0.48 0.66 -0.33 -0.21 -0.8 0.15 0.39 -0.26 0.11 0.04 -0.21 -0.79 0.91 0.46 0.09 -0.07 - - - - -0.19 0.2 0.25 -0.21 0.4 -0.05 -0.12 0.11 -0.86 0.31 -0.33
-1.45 0.55 0.14 -0.99 -2.0 -0.37 -2.16 -0.46 -2.51 -0.75 -1.48 -2.55 -3.45 -0.39 -1.96 0.53 -2.55 0.24 -2.88 1.03 -1.21 - - - - - -0.57 2.55 -2.46 -2.06 -4.13 0.19 1.03 -0.87 -3.05 -2.3 -1.4 -1.51 0.72 0.48 -0.98 1.55 -3.13 -2.73 0.54 3.19 1.87 2.55 - - - - -2.64 -2.93 -0.44 0.02 -0.93 0.63 -1.03 -0.31 1.54 0.71 0.25
-2.85 -2.09 -1.94 -1.82 -1.23 -0.91 -0.85 -0.83 -1.05 -1.09 -0.41 -2.51 -3.18 2.05 -2.95 1.95 -3.15 2.19 -2.79 0.52 0.79 -1.65 -1.08 -1.63 -1.62 -1.68 0.15 0.84 -2.61 -2.53 -2.76 2.16 0.61 0.77 -2.55 -2.31 -1.94 -0.51 0.06 0.94 -0.57 1.02 -2.68 -2.96 2.03 1.12 1.57 1.42 -5.11 -4.89 -2.46 -3.93 -2.67 -1.04 -0.39 0.41 -0.2 -0.77 -0.56 -0.49 0.33 -0.14 0.85
0.15 0.29 0.34 -0.29 0.01 0.23 0.11 -0.04 0.13 0.4 0.44 0.16 0.0 -0.66 -0.21 -0.42 0.15 -0.75 0.04 -0.07 0.74 1.77 1.04 -0.57 0.43 -0.09 -0.18 -0.19 0.25 0.3 0.08 -0.61 -0.22 0.2 0.26 0.32 -0.0 -1.02 0.09 -0.08 0.66 -0.16 -0.02 0.14 -0.69 -0.13 -0.56 -0.41 -1.91 -2.5 -1.46 -2.47 0.09 -1.0 -0.02 -0.85 0.74 -0.51 0.6 -0.4 -0.34 0.01 -1.05
-1.09 -0.49 -0.56 -0.6 0.15 0.62 -0.6 -0.32 0.34 0.26 -0.84 -0.39 -0.84 0.18 -0.95 0.15 -0.86 0.19 -0.8 0.5 0.25 0.22 -0.03 -0.15 0.21 -0.2 -0.4 0.68 -0.55 -0.39 -0.85 0.3 0.65 -0.3 -0.51 -0.34 -0.87 1.27 0.81 -0.04 0.2 -0.03 -0.38 -0.89 0.36 0.99 0.85 0.76 -3.04 -3.86 -1.91 -2.17 -0.3 0.11 0.51 0.64 0.03 0.47 -0.41 0.76 -0.09 0.62 0.09
-0.6 0.44 0.37 -2.68 -0.27 -0.0 0.47 -0.23 -0.67 0.21 2.45 -1.66 -1.77 -0.21 -1.81 -0.03 -1.59 -0.45 -1.47 -0.37 -0.33 0.89 0.43 -0.06 0.52 -0.42 0.29 1.8 -1.94 -1.69 -1.82 -0.43 -0.24 -0.71 -1.54 -1.48 -0.62 -0.7 -0.27 -0.34 -0.49 0.42 -1.74 -1.67 -0.3 1.84 1.93 1.95 - - - - -1.53 -0.74 -0.27 0.98 -0.14 -0.3 -0.31 -0.56 -0.48 0.52 -0.03
0.15 0.78 0.74 -2.84 -0.54 -0.83 0.52 -0.1 -1.18 0.27 2.01 -0.52 -0.61 -2.69 -0.67 -1.93 -0.4 -2.72 -0.46 -0.31 0.7 1.92 1.33 1.9 1.08 0.75 -0.77 0.99 -0.25 -0.06 -0.42 -2.58 -0.02 0.14 -0.17 0.04 -0.0 -0.71 -0.39 -1.79 -0.27 -1.99 -0.53 -0.7 -2.76 0.81 0.83 0.51 - - - - -0.4 -3.14 -0.8 -0.22 1.17 -0.61 0.71 -0.5 -1.51 -0.13 -0.95
-1.22 -0.79 -0.69 -5.3 -0.39 0.46 -1.73 -0.91 -0.92 0.39 -1.62 -1.69 -1.77 -1.17 -1.71 -1.02 -1.55 -1.52 -1.65 1.47 0.87 0.5 0.37 -3.0 -0.95 -2.29 -0.87 2.24 -1.68 -1.34 -1.54 -1.05 1.3 1.37 -1.48 -1.32 -1.68 -0.62 1.51 -0.23 -0.02 -0.03 -1.14 -1.75 -0.96 2.84 1.18 1.87 - - - - -1.23 -0.43 0.53 0.14 -0.31 0.42 -0.07 0.49 -0.31 0.9 -0.51
-2.47 -4.09 -2.88 -13.01 0.99 1.91 0.17 0.19 -2.19 1.26 -6.44 -10.45 -10.99 -7.61 -10.88 -4.72 -10.93 -6.95 -10.54 0.28 2.14 -5.65 -10.86 -8.31 -3.58 -10.87 -2.99 2.58 -10.95 -10.12 -9.81 -7.2 -0.06 2.51 -10.86 -10.87 -4.22 -3.25 1.04 1.09 -1.08 0.22 -10.95 -10.32 -7.99 2.95 1.16 2.03 -11.19 - - - -10.45 -8.7 -0.46 0.1 -0.07 0.0 1.5 -0.93 0.85 0.99 1.35
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-2.06 -1.1 -1.19 -1.01 -0.35 0.24 -0.46 -0.01 -0.12 0.13 0.52 -0.44 -1.38 0.66 -1.42 0.57 -1.06 0.69 -0.99 0.5 0.2 1.0 1.21 1.37 0.23 0.35 -0.13 0.5 -0.84 -0.72 -1.05 0.69 0.5 0.17 -1.02 -0.79 -1.63 -0.19 0.35 0.01 -0.07 0.29 -0.82 -1.1 0.7 0.75 0.32 0.29 -2.71 -3.41 -0.88 -3.09 -1.13 1.47 0.02 -0.37 0.32 -0.14 0.28 -0.04 0.14 0.27 -0.15
-0.6 -0.92 -0.65 0.28 0.54 0.37 0.45 0.24 0.39 0.34 -0.47 -0.49 -0.62 -0.35 -0.49 -0.38 -0.27 -0.37 -0.35 0.2 0.53 -0.38 -0.46 -0.88 -0.4 -0.59 0.0 1.19 -0.21 -0.16 -0.58 -0.41 0.22 0.47 -0.26 -0.14 -0.47 0.73 0.35 0.33 -0.25 0.42 -0.25 -0.54 -0.16 1.32 1.1 0.98 -4.27 -4.86 -3.46 -4.06 -0.17 -0.55 0.15 1.02 0.48 -0.28 0.34 -0.03 0.05 -0.0 -0.09
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-0.46 -1.56 -0.89 -1.21 -0.07 0.49 -0.72 -0.38 -0.16 0.78 0.07 -0.73 -0.76 0.84 -0.76 1.13 -0.49 0.87 -0.61 0.86 0.2 -0.55 -1.62 -3.5 -1.67 -2.13 0.65 0.78 -1.4 -0.55 -0.76 0.77 0.79 -0.16 -0.86 -0.58 -0.48 0.03 0.74 -0.17 0.37 -0.11 -0.39 -0.37 1.09 1.13 0.47 0.79 -2.56 -5.25 -2.07 -3.59 -0.64 -0.27 0.39 0.73 0.3 0.01 -0.3 0.59 0.14 0.61 0.93
-1.5 -1.29 -1.26 -2.53 -1.0 -0.21 -1.01 -0.22 -0.41 -0.21 0.9 -1.53 -2.49 -0.58 -2.61 -0.58 -2.39 -0.5 -2.13 1.08 0.15 -0.02 -0.07 -0.23 -0.75 -0.98 0.92 0.9 -2.11 -1.55 -2.36 -0.59 1.24 0.1 -1.91 -1.51 -1.66 0.76 0.86 0.7 1.29 0.91 -1.58 -2.44 -0.52 1.42 1.3 1.17 -4.53 -4.66 -0.79 -2.1 -1.86 -0.31 0.78 1.33 0.38 1.03 0.13 1.37 0.42 0.99 -0.02
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-0.83 -0.26 -0.09 -1.26 -0.88 0.26 -1.24 -1.16 -0.76 -0.08 0.43 -0.76 -0.86 0.11 -1.01 0.38 -0.85 0.26 -0.73 0.59 0.45 0.35 0.11 -0.26 -0.47 -0.21 0.78 0.51 -0.75 -0.46 -0.84 0.09 0.06 0.18 -0.69 -0.39 -1.12 0.59 0.81 0.55 0.33 0.41 -0.89 -0.78 0.23 0.79 0.71 0.71 -2.94 -3.57 -0.69 -2.62 -0.89 0.53 0.95 -0.0 0.19 0.2 -0.02 0.73 0.58 1.04 0.69
-2.01 -0.4 -0.44 0.52 0.06 -0.24 0.25 0.01 0.54 -0.77 0.94 0.11 -0.54 0.91 -1.1 0.61 -0.8 0.9 0.0 0.17 0.13 - - - - - 0.52 0.35 -1.13 -0.07 -0.01 1.34 1.69 0.92 -0.89 -0.94 -0.96 -0.18 -0.97 0.82 0.92 0.93 -0.74 -0.04 1.64 -1.04 0.46 -0.03 - -4.2 -0.65 -1.53 -0.96 1.45 -2.1 -0.64 -0.08 -0.6 -0.17 -0.85 1.18 -1.6 -0.25
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-0.46 -0.17 -0.14 -1.99 -0.5 0.26 -1.69 -0.66 -0.01 -0.08 -0.27 -0.95 -1.71 -0.54 -1.86 -0.58 -1.59 -0.55 -1.44 0.79 0.4 -0.23 -0.13 -1.02 -0.78 -1.35 0.14 1.33 -1.43 -0.97 -1.6 -0.62 0.99 0.14 -1.3 -0.96 -0.92 1.3 0.83 0.01 0.8 0.09 -1.02 -1.73 -0.63 1.56 1.41 1.31 -3.33 -3.6 -1.05 -1.81 -1.23 -0.02 0.73 1.36 0.57 0.72 0.3 1.17 -0.06 0.81 -0.05
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-1.83 -1.14 -1.36 -1.1 -0.6 0.24 -2.17 -0.47 0.37 -0.24 0.06 -1.23 -2.59 -0.72 -2.74 -0.82 -2.31 -1.2 -2.28 0.56 0.24 -1.27 -0.31 0.41 -0.94 -0.55 1.03 1.05 -1.92 -1.66 -2.5 -0.76 0.67 -0.42 -2.16 -1.79 -1.02 1.35 0.6 0.22 0.93 0.51 -1.31 -2.58 -0.78 1.42 1.86 1.64 -4.99 -4.6 -2.01 -3.44 -1.45 0.81 0.61 1.56 0.75 0.7 0.37 1.11 0.42 0.92 0.4
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-0.23 -0.19 -0.1 0.31 0.47 0.23 0.14 0.25 0.2 0.06 -0.48 0.31 -0.28 0.11 -0.41 0.02 -0.29 0.12 -0.03 -0.16 0.27 0.18 -0.01 -0.93 -0.23 -0.9 -0.13 0.72 0.05 0.21 -0.11 0.04 -0.09 0.35 -0.03 0.08 -0.03 1.05 0.02 -0.2 -0.47 0.24 0.4 -0.53 0.09 0.57 0.77 0.62 -1.1 -3.0 -1.44 -2.34 0.19 -0.06 -0.21 0.44 0.12 -0.57 0.1 -0.19 -0.11 -0.23 -0.27

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.