Heatmap: Cluster_120 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.89 -3.15 -2.99 -0.14 1.78 0.14 -0.32 -0.8 0.25 -0.41 1.12 0.35 -1.57 -0.48 -0.82 -0.6 -0.6 -0.51 -0.67 1.17 2.43 -0.97 0.95 -2.58 -2.22 -1.73 -0.42 1.13 -1.39 -1.08 -1.6 -0.72 1.41 1.69 -1.48 -1.24 -0.63 0.7 0.32 0.65 0.72 0.67 -0.21 -1.5 -0.8 0.26 1.24 -0.04 -5.96 -4.52 -2.72 -4.3 -0.86 0.37 -0.86 0.27 0.39 -1.81 -0.16 -1.91 0.06 -1.65 -0.06
-0.86 -1.72 -1.56 -1.01 0.08 0.37 0.04 0.34 0.15 0.64 -0.28 -0.21 -0.21 -0.34 -0.47 -0.43 -0.29 -1.07 -0.24 0.77 0.54 0.31 0.22 -0.87 -0.27 -0.56 -1.22 0.07 0.2 0.14 -0.34 -0.6 0.32 -0.79 0.12 0.17 -0.52 0.5 1.2 0.25 0.19 0.45 0.1 -0.41 -0.53 -0.0 -0.25 -0.19 -3.11 -5.59 -3.74 -5.38 0.06 -1.02 1.21 0.47 0.91 0.64 0.34 0.86 0.26 1.1 0.65
-0.1 -0.22 -0.09 0.83 1.06 0.75 1.26 0.83 0.87 0.85 -0.97 0.62 0.04 -0.73 -0.11 -0.65 0.16 -0.74 -0.02 -0.9 0.35 0.38 0.24 0.15 0.73 0.12 -0.39 -0.31 0.52 0.51 0.14 -0.66 -0.48 0.25 0.51 0.55 0.25 0.15 -0.54 -0.87 -0.16 -1.07 0.6 0.06 -0.83 -1.2 -0.39 -0.54 -1.74 -2.08 -1.09 -1.3 0.56 -0.93 -0.62 0.33 -0.09 -0.63 -0.31 -0.47 -1.0 -0.65 -1.4
1.25 -0.71 -0.86 -0.14 -0.63 -1.37 -0.43 -1.0 -0.54 0.34 -1.01 0.27 -0.18 -0.64 -0.15 -0.5 0.19 -0.63 1.08 -0.61 -0.49 1.34 1.38 -0.52 0.15 0.63 0.06 -0.16 0.47 0.52 0.34 -0.49 -0.28 -0.1 0.59 0.6 1.65 -1.46 -0.53 0.71 0.11 0.86 0.53 -0.05 -0.52 -0.92 -0.64 -0.89 -2.49 -1.23 -1.6 -1.52 0.42 -0.93 -0.97 -0.23 -0.62 -0.49 0.02 -0.52 0.51 -0.88 0.22
0.27 0.29 0.26 0.41 1.42 0.86 1.09 0.57 0.74 0.41 -1.58 0.62 0.22 0.37 0.2 0.06 0.33 -0.02 0.37 -1.16 -0.03 0.43 -0.11 0.05 0.79 0.46 -0.76 -1.39 0.57 0.45 0.24 0.07 -1.01 0.31 0.48 0.48 0.58 -0.4 -1.05 -0.68 -0.58 -0.25 0.66 0.19 0.1 -1.4 -1.41 -1.43 -1.5 -2.34 -1.75 -2.15 0.76 -0.04 -1.11 -0.92 -0.47 -1.15 -0.38 -1.12 -0.72 -1.42 -0.89
0.76 0.39 0.24 0.52 0.52 -0.32 0.63 0.2 0.65 0.85 -0.59 0.37 0.35 -1.68 0.38 -1.61 0.34 -1.5 0.29 -1.02 0.31 1.66 0.86 0.11 1.38 0.37 -0.64 -0.51 0.43 0.37 0.4 -1.47 -0.57 0.73 0.44 0.34 0.6 -1.86 -1.4 -2.16 0.45 -2.36 0.26 0.29 -1.48 -1.17 -1.32 -1.41 -2.27 0.81 -0.73 1.05 0.41 -2.07 -1.69 -0.77 -0.2 -0.32 0.06 -1.3 -2.54 -1.69 -2.94
-0.1 0.64 0.5 0.63 0.82 0.3 0.52 0.56 1.08 0.76 -0.3 0.26 0.08 -1.38 0.1 -1.27 0.15 -1.46 0.26 0.31 0.42 0.83 0.27 -0.24 -0.39 0.14 -0.9 -0.65 0.53 0.6 0.27 -1.08 0.41 0.07 0.53 0.55 0.01 -0.65 0.34 -1.48 0.33 -1.35 0.21 0.11 -0.89 -1.11 -1.09 -0.9 -3.05 -1.94 -2.39 -1.62 0.32 -0.53 0.4 -0.19 0.38 0.39 0.0 0.01 -1.24 0.29 -1.31
-0.67 0.03 0.01 0.55 0.9 1.04 1.02 0.61 0.9 0.9 0.03 -0.21 -0.8 -1.81 -0.71 -1.68 -0.7 -1.86 -0.89 0.46 0.84 0.57 0.48 0.52 0.21 0.44 0.29 0.19 -0.48 -0.45 -0.8 -1.65 0.32 0.78 -0.49 -0.44 -0.48 0.39 -0.4 -0.7 0.46 -0.78 -0.48 -0.89 -1.65 -0.26 0.13 0.31 -1.86 -2.59 0.21 -2.21 -0.34 -1.01 -0.23 0.78 0.88 0.25 0.71 -0.18 -0.58 -0.21 -0.63
-0.4 -0.28 -0.08 -1.05 1.03 0.82 0.51 0.75 0.82 0.58 1.23 0.53 -0.7 -0.67 -0.46 -0.74 -0.51 -0.53 -0.64 0.36 0.72 -1.16 -0.17 -1.55 -1.17 -1.44 -0.19 0.7 -0.16 -0.01 -0.5 -0.78 0.19 1.11 -0.15 -0.05 -0.66 0.48 0.09 -0.23 0.12 -0.52 0.4 -0.69 -0.79 0.5 0.87 0.45 -2.05 -5.2 -0.59 -4.23 0.58 -1.63 -0.13 0.6 0.76 -0.54 0.55 -0.57 -0.01 -0.3 -0.42
0.51 -0.47 -0.44 -1.64 1.07 0.22 1.15 0.49 0.31 1.05 -0.52 1.01 0.45 -1.43 0.61 -1.27 0.55 -1.17 0.7 -1.47 0.31 0.99 0.8 -0.28 0.61 0.24 0.29 -2.24 0.83 0.49 0.55 -1.38 -1.33 1.32 0.74 0.56 0.83 -2.14 -1.52 -0.95 -1.54 -0.97 1.11 0.48 -1.25 -2.49 -2.73 -3.03 0.61 -2.64 -2.15 -3.8 0.96 -1.75 -1.9 -1.17 0.29 -1.03 0.91 -1.99 -0.56 -1.93 -1.2
0.51 0.84 0.8 0.46 0.94 0.49 1.14 0.6 0.9 0.9 -0.43 0.59 -0.11 -1.25 -0.2 -1.34 -0.04 -1.54 0.13 -1.09 0.32 0.81 0.23 1.06 0.17 1.03 -0.19 0.28 0.42 0.34 -0.03 -1.26 -1.01 0.83 0.36 0.33 0.52 -1.08 -1.36 -1.25 -0.51 -1.55 0.54 -0.05 -1.41 -0.57 0.34 0.13 -2.1 -1.79 -0.96 -0.99 0.51 -1.45 -1.32 -0.2 -0.13 -1.44 -0.09 -1.61 -1.28 -1.43 -1.88
0.36 0.06 -0.19 -1.07 0.19 -0.85 0.63 -0.23 0.79 1.18 -1.1 1.89 -0.54 -1.38 -0.78 -1.24 -0.43 -1.27 -0.55 1.43 0.75 0.52 -0.01 -0.55 -0.24 -0.11 -1.23 -0.54 -0.06 0.0 -0.4 -1.2 0.17 0.83 0.05 0.06 0.01 1.22 0.01 -1.45 -0.57 -1.71 0.59 -0.5 -1.14 -0.72 -1.24 -1.01 -3.65 -1.35 -0.84 -0.75 0.19 -1.2 1.97 0.02 0.43 0.78 0.08 -0.21 -1.87 0.16 -1.95
-0.13 0.03 -0.01 -0.01 0.6 0.37 0.12 0.52 0.72 0.61 -0.53 0.22 0.05 -0.59 -0.14 -0.55 0.07 -0.52 0.02 0.44 0.27 0.61 0.5 -0.2 -0.26 -0.01 -0.76 -0.96 0.29 0.46 0.16 -0.53 0.72 -0.18 0.39 0.5 -0.26 0.44 0.61 -0.4 0.56 -0.36 0.22 -0.07 -0.54 -0.75 -0.9 -1.05 -2.64 -2.39 -0.36 -1.11 0.38 -0.86 0.4 -0.66 -0.05 0.68 -0.52 0.45 -0.57 0.27 -0.69
0.36 0.35 0.32 0.76 1.21 0.73 1.42 0.89 1.4 1.28 0.08 0.52 0.37 -0.5 0.39 -1.24 0.6 -0.93 0.49 -0.47 0.63 -1.25 -0.42 -0.27 -1.52 0.01 -0.31 0.19 0.38 0.45 0.54 -0.88 -0.93 1.35 0.32 0.37 0.47 -1.69 -1.0 -2.11 0.36 -2.15 0.49 0.43 -0.97 -1.29 -0.75 -0.58 - -7.65 -7.79 - 0.29 -1.41 -0.93 0.05 0.17 -0.98 0.26 -1.32 -0.96 -1.33 -2.16
-0.51 -1.56 -1.11 0.41 1.04 0.69 0.86 0.79 1.04 0.71 -2.07 0.6 0.2 -0.51 0.22 -0.53 0.37 -0.93 0.37 0.09 -0.53 -1.45 -1.23 -1.12 -1.04 -0.97 -1.1 0.4 0.76 0.79 0.36 -0.73 0.12 -1.32 0.81 0.8 0.01 0.27 0.51 -0.39 -0.71 -0.45 0.78 0.3 -0.7 0.45 0.58 0.67 -4.58 -4.95 -3.47 -4.21 1.02 -0.52 0.21 0.45 -0.36 -0.5 -1.46 0.16 -0.42 -0.08 -0.48
0.36 -0.29 -0.44 0.74 0.23 -0.53 0.39 -0.1 0.52 0.54 -0.55 0.56 0.43 -1.08 0.22 -0.98 0.46 -1.05 0.4 -0.07 0.5 0.45 0.09 0.07 -0.04 0.36 -0.99 0.68 0.77 0.79 0.47 -0.91 -0.14 0.47 0.69 0.78 0.37 0.18 -0.51 -1.4 0.19 -1.34 0.51 0.32 -1.04 -0.09 -0.2 0.07 -2.89 -0.65 -1.3 0.17 0.59 -1.71 -0.59 -0.08 0.2 0.03 -0.31 -0.57 -1.59 -0.92 -2.29
-0.4 0.06 -0.07 0.38 0.42 0.57 -0.32 0.39 1.14 0.4 0.83 0.27 -0.76 -0.25 -0.66 -0.55 -0.4 -0.62 -0.6 0.49 -0.24 -0.21 -0.43 -0.0 0.18 -1.03 -0.28 0.52 -0.67 -0.22 -0.9 -0.29 0.91 0.07 -0.4 -0.14 0.09 -1.05 0.96 -0.95 1.33 -0.84 -0.2 -0.74 -0.41 0.07 1.64 1.12 -4.9 -8.73 -5.55 - 0.14 -1.22 0.19 1.25 -0.53 -0.22 -1.03 0.4 -0.95 0.54 -1.22
-1.06 0.65 0.48 -1.41 0.75 0.72 0.17 1.07 0.85 0.69 1.02 -1.29 -0.41 0.06 -0.23 0.14 -0.65 0.13 -0.92 0.5 0.51 0.03 0.63 -1.01 0.39 -0.72 0.55 -1.52 -0.65 -0.39 -0.67 0.04 0.58 -0.0 -0.58 -0.48 -1.25 -1.09 0.8 -0.63 1.04 -0.52 0.16 -0.54 0.01 -1.31 -1.34 -0.87 -2.56 -9.71 -1.53 -6.68 0.03 -0.26 0.69 -0.51 1.11 0.41 0.57 0.84 -1.5 0.87 -1.47
-0.84 -0.78 -0.71 0.69 1.27 0.76 1.29 0.5 0.79 0.56 -0.29 0.28 -0.11 -0.26 0.01 -0.22 0.0 -0.17 0.1 -0.97 0.71 -0.01 -0.47 -0.36 0.3 0.62 0.13 0.66 0.29 0.24 0.06 -0.49 -0.75 0.58 0.23 0.09 -0.67 -0.13 -1.14 -0.62 0.11 -0.58 0.36 0.08 -0.17 0.2 0.1 -0.53 -1.72 -3.58 -1.94 -2.35 0.32 0.06 -1.11 0.85 0.35 -0.68 0.32 -0.57 -0.77 -1.19 -1.04
-0.07 -0.29 -0.1 0.32 0.99 0.51 0.65 -0.05 0.44 0.38 -0.59 0.47 0.0 0.5 -0.0 0.55 0.18 0.47 0.19 -0.8 0.41 -0.23 -0.61 -1.1 0.14 -0.02 0.44 0.1 0.51 0.51 0.23 0.5 -1.08 0.87 0.46 0.47 -0.02 -1.12 -0.77 -0.11 -1.23 -0.29 0.57 0.09 0.53 -0.23 0.33 -0.02 -1.39 -2.83 -2.46 -2.59 0.57 -0.61 -0.43 0.32 0.16 -1.8 0.05 -1.72 -0.34 -1.48 -0.34
0.37 0.14 0.33 0.59 0.94 0.56 0.44 -0.25 0.73 0.49 -0.3 0.35 0.02 -0.21 0.02 -0.14 0.18 -0.07 0.22 -0.97 0.31 -0.25 -0.19 0.05 0.57 0.01 0.1 -0.12 0.42 0.44 0.09 -0.11 -0.8 0.48 0.41 0.39 0.39 0.33 -0.76 -0.15 -0.75 -0.46 0.54 0.07 -0.02 -0.5 -0.13 -0.29 -2.03 -2.15 -0.93 -1.47 0.48 0.21 -0.9 0.53 0.14 -1.54 -0.03 -1.27 -0.42 -1.55 -0.6
0.12 0.43 0.23 -0.03 1.05 0.74 0.98 0.89 0.94 0.89 0.07 0.05 -0.46 -0.51 -0.43 -0.33 -0.38 -0.67 -0.32 -0.61 0.7 -0.01 0.21 0.26 -0.61 0.36 -0.15 0.11 0.16 0.16 -0.2 -0.53 -0.65 0.68 0.12 0.27 0.09 0.28 -0.01 -0.75 -0.11 -0.66 0.11 -0.45 -0.48 -0.73 0.11 -0.35 -2.53 -2.45 -2.25 -1.76 0.06 -1.14 0.25 0.55 0.63 -0.47 0.23 -0.4 -0.5 0.12 -0.87
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0.09 -0.26 -0.26 0.13 -0.3 -0.48 -0.15 -0.35 -0.43 -0.19 -0.42 0.37 0.57 -0.3 0.52 -0.38 0.65 -0.1 0.49 -0.05 0.38 0.83 0.66 0.19 1.13 0.23 -0.49 -2.1 0.36 0.37 0.58 -0.21 -0.09 0.4 0.32 0.31 0.17 -1.53 -0.02 -0.93 0.62 -0.75 0.15 0.47 -0.37 -2.08 -2.34 -2.52 0.31 0.1 0.45 0.43 0.22 -1.33 -0.04 -1.99 0.08 0.17 0.19 0.08 -1.09 0.05 -1.16
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0.71 0.31 0.48 0.61 0.85 0.53 1.12 0.31 0.63 0.65 -0.73 -0.13 -0.37 -1.89 -0.45 -1.7 -0.37 -2.18 -0.21 -1.38 0.53 1.4 0.49 0.8 0.8 0.74 -0.67 0.48 0.13 0.09 -0.35 -1.66 -0.92 0.86 0.17 0.11 0.71 0.03 -1.5 -1.42 0.09 -1.49 -0.19 -0.14 -1.79 0.02 0.87 0.5 -2.36 -1.17 0.15 0.12 -0.18 -1.24 -1.73 0.41 0.06 -1.06 0.07 -0.96 -1.38 -1.31 -1.51
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-0.5 0.57 0.39 -1.75 0.89 0.3 0.72 0.08 0.99 0.92 0.3 0.26 -0.7 -1.34 -0.4 -1.84 0.08 -1.28 -0.01 0.3 0.6 2.11 0.79 -0.71 0.97 -0.29 -0.89 -0.86 0.1 -0.05 -0.25 -1.1 -0.62 1.02 0.23 0.15 -0.58 0.07 -0.07 -0.6 -0.45 -0.83 0.68 -0.22 -0.97 -1.25 -0.63 -0.9 -5.67 - -3.97 -7.41 0.62 -0.94 0.3 -0.74 0.86 0.36 0.33 -0.09 -0.97 0.61 -0.98
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0.02 -0.26 -0.14 0.21 0.72 0.71 0.57 0.67 0.81 0.98 -0.48 0.19 -0.15 -0.59 -0.17 -0.71 -0.1 -0.55 -0.21 0.83 0.47 -0.1 -0.07 -0.19 -0.85 -0.07 -0.39 -0.68 0.08 0.17 -0.16 -0.63 0.93 0.34 0.07 0.1 -0.06 -0.01 0.77 -0.65 0.04 -0.71 0.17 -0.26 -0.47 -0.81 -0.63 -0.36 -1.65 -1.16 -1.73 -1.31 0.26 -0.82 0.6 -0.21 0.12 0.46 -0.01 0.69 -0.56 0.27 -0.76

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.