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Heatmap: Cluster_36 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
0.5 -0.77 -0.15 -0.15 -1.2 -0.37 -0.55 -1.29 -2.95 -1.48 -0.81 0.86 1.12 -0.12 0.99 -0.04 1.06 0.07 1.17 -0.12 -0.11 -1.13 -0.83 -0.97 -0.39 -0.1 -0.27 -0.32 1.03 1.14 1.09 -0.2 -0.76 -0.26 1.12 1.2 -0.16 -1.81 0.27 -0.94 -0.63 -0.96 1.07 1.09 -0.04 -1.18 -0.88 -2.07 -0.44 -1.16 -0.45 -1.0 0.98 -0.57 0.6 -0.5 -0.39 -1.23 -0.03 -0.13 -1.09 0.03 -1.34
0.7 0.09 0.5 -0.19 -0.18 0.8 0.75 0.11 -0.68 -0.11 -1.12 0.32 0.65 -0.59 0.37 -0.72 0.69 -0.72 0.75 0.91 -0.4 -1.48 -1.13 -0.38 -0.86 0.34 -0.75 -0.47 0.7 0.94 0.62 -0.57 -0.19 -0.94 0.85 0.99 0.0 -0.31 1.51 -1.31 -1.15 -1.4 0.21 0.68 -0.45 -1.25 -0.6 -1.34 -1.76 -3.39 -1.35 -2.55 0.21 -1.21 1.79 -0.64 -0.56 -0.92 -0.45 0.01 -1.44 0.97 -1.91
1.18 0.97 1.26 -0.47 -0.38 0.46 0.32 -0.38 -0.48 -0.47 -0.13 -0.52 0.32 -0.51 0.1 -0.61 0.32 -0.34 0.16 0.5 -0.42 -1.58 -1.66 -0.39 -0.9 0.39 -0.28 -0.05 0.26 0.53 0.29 -0.41 -0.3 -0.82 0.46 0.63 0.59 -0.31 1.39 -0.83 -0.68 -0.87 -0.36 0.3 -0.37 -1.37 -0.6 -0.95 -1.75 -3.42 -1.2 -3.52 -0.39 0.44 1.78 0.02 -0.42 -0.7 -0.38 0.86 -0.72 1.04 -1.43
0.53 0.31 0.51 0.12 0.73 0.82 1.16 0.56 0.77 0.53 -0.26 -0.07 0.04 -0.88 -0.1 -0.84 0.11 -0.75 0.03 0.39 0.08 -0.99 -0.8 0.33 -0.58 0.37 -0.68 0.14 0.3 0.43 0.09 -0.79 -0.06 -0.34 0.37 0.44 0.14 -0.08 0.76 -1.08 0.07 -1.09 -0.05 0.0 -0.8 -0.3 0.17 -0.03 -2.16 -2.29 -1.09 -1.99 -0.02 -1.3 0.99 0.19 -0.02 -0.35 -0.23 0.38 -1.3 0.53 -1.62
0.25 -0.03 0.01 -0.3 -1.54 -1.7 -1.21 -1.33 -1.34 -1.71 -1.31 0.24 0.89 0.36 0.85 0.08 0.97 0.33 0.91 -0.69 -0.06 -0.27 0.13 -0.17 0.18 -0.0 -0.78 -0.51 0.47 0.67 0.93 0.06 -0.41 -0.54 0.57 0.7 0.46 -0.84 -0.43 -1.06 0.21 -0.94 0.45 0.98 0.24 -0.88 -0.38 -0.47 0.03 -1.03 1.24 0.17 0.08 -1.09 -0.06 0.67 -0.56 0.1 -0.41 0.18 -1.25 0.11 -1.81
0.22 0.33 0.19 0.05 0.22 0.06 0.05 0.19 0.16 -0.28 -1.24 0.27 0.31 -0.15 0.21 -0.14 0.27 0.05 0.53 -0.07 0.16 -0.02 0.55 0.22 0.43 0.61 -0.39 -1.41 0.39 0.53 0.3 -0.07 -0.11 0.06 0.39 0.43 0.21 -0.16 0.43 -0.49 0.08 -0.21 0.33 0.33 -0.23 -1.81 -1.59 -2.02 -0.05 -1.67 -0.18 -0.77 0.29 -0.34 0.53 -1.08 -0.12 -0.22 0.0 0.2 -0.44 0.22 -0.88
0.29 0.29 0.38 0.53 0.25 0.45 0.84 0.3 0.29 0.1 -0.76 0.01 -0.03 -0.4 -0.23 -0.52 0.03 -0.63 0.01 -0.02 -0.13 0.03 -0.33 0.49 0.33 0.7 -0.13 0.16 0.29 0.3 -0.16 -0.54 -0.0 -0.32 0.25 0.39 0.11 0.42 0.25 -0.76 0.09 -0.67 -0.06 -0.14 -0.5 -0.29 0.27 -0.0 -2.5 -2.5 0.75 -1.18 -0.12 -1.08 0.72 0.38 -0.33 -0.34 -0.49 0.46 -0.87 0.1 -1.29
0.39 0.69 0.8 -0.32 0.27 0.77 0.46 0.28 0.09 0.02 -0.18 0.09 0.1 -0.06 -0.08 0.05 0.12 -0.19 0.2 0.25 -0.04 -0.86 -0.31 -0.4 -0.54 -0.07 0.28 -0.47 0.3 0.53 0.21 -0.05 -0.27 -0.38 0.38 0.51 0.03 -0.29 0.9 -0.12 -0.73 -0.14 0.04 0.13 -0.01 -0.5 -0.47 -0.68 -2.07 -3.42 -1.74 -3.05 0.03 0.36 1.16 -0.87 0.17 -0.76 -0.12 0.19 -0.24 0.49 -0.46
0.53 0.52 0.59 0.06 0.71 0.41 1.07 0.8 0.74 0.36 -0.96 0.46 0.23 0.25 -0.02 0.08 0.07 0.36 0.16 -0.41 0.09 -0.99 -0.69 0.61 0.34 0.89 -0.34 -0.8 0.33 0.48 0.1 0.05 -0.2 -0.03 0.4 0.5 0.62 -0.71 -0.32 -0.66 -0.11 -0.73 0.37 0.17 0.17 -1.15 -0.41 -0.92 -1.59 -2.52 -1.49 -1.67 0.38 -0.83 -0.21 0.19 -0.27 -0.43 -0.51 -0.3 -1.51 -0.92 -1.5
0.33 -0.19 0.16 0.39 0.42 0.72 1.15 0.32 0.3 0.14 -0.11 -0.41 -0.13 -0.1 -0.29 0.04 -0.02 0.12 -0.04 0.19 -0.23 -2.04 -1.48 -0.21 -1.08 0.23 0.6 0.45 0.09 0.34 -0.06 0.02 -0.2 -0.16 0.21 0.34 -0.22 0.01 0.66 -0.18 -0.74 -0.29 -0.46 -0.08 0.11 0.21 1.04 0.73 -2.83 -3.74 -1.01 -2.75 -0.45 -1.45 0.93 1.23 -0.27 -1.36 -0.34 0.01 -0.54 0.05 -1.28
0.51 0.11 0.34 0.06 -0.01 0.56 0.64 0.09 -0.37 -0.06 -0.62 -0.21 0.1 -0.45 -0.21 -0.41 0.13 -0.26 0.08 0.41 -0.11 -0.69 -0.65 0.28 -0.06 0.49 -0.19 0.54 0.34 0.61 0.13 -0.26 -0.3 -0.13 0.44 0.51 0.05 0.47 0.74 -0.67 -0.43 -0.69 -0.08 0.16 -0.25 0.43 0.64 0.18 -2.61 -3.7 -2.15 -2.46 -0.08 -0.42 1.15 0.56 -0.3 -0.85 -0.4 0.39 -0.9 0.44 -1.35
0.4 0.24 0.31 0.12 0.53 0.55 0.77 0.48 0.47 0.37 -0.77 0.27 0.17 -0.43 0.1 -0.31 0.29 -0.28 0.26 0.13 0.24 -0.44 -0.41 0.29 -0.49 0.54 -0.65 -0.38 0.56 0.59 0.27 -0.33 0.07 -0.16 0.59 0.66 0.16 0.54 0.54 -0.66 -0.01 -0.65 0.25 0.13 -0.35 -0.77 -0.4 -0.6 -2.1 -2.15 -1.9 -1.76 0.32 -1.47 0.63 -0.07 -0.09 -0.37 -0.15 0.14 -1.05 0.02 -1.36
0.05 0.06 0.18 0.15 0.29 0.53 0.78 0.3 0.21 -0.15 -0.46 -0.08 0.3 -0.54 0.12 -0.57 0.38 -0.38 0.34 0.17 -0.14 -0.65 -0.48 0.52 0.74 0.58 -0.33 -0.76 0.33 0.49 0.29 -0.5 -0.0 -0.61 0.39 0.49 -0.19 0.13 0.82 -0.7 0.1 -0.2 0.06 0.3 -0.47 -1.55 -1.16 -1.47 -0.63 -1.85 -0.35 -1.72 0.04 -0.82 1.1 -0.72 -0.4 -0.09 -0.33 0.85 -0.81 0.89 -1.11
0.19 -0.45 -0.06 1.19 1.66 1.37 1.72 1.02 1.5 0.84 0.0 0.72 0.33 -0.67 0.27 -0.72 0.63 -0.59 0.58 -0.76 0.32 -2.15 -1.32 -0.89 -1.95 0.08 -0.51 -0.62 0.67 0.72 0.51 -0.68 -1.43 0.25 0.67 0.69 0.16 -0.88 -0.41 -0.92 -1.5 -1.89 0.98 0.49 -0.52 -1.17 -0.73 -1.04 -2.43 -3.94 -2.72 -2.89 0.82 -0.98 -0.12 -0.55 0.14 -2.86 -0.46 -2.36 -1.92 -2.24 -2.03
0.08 -0.21 -0.01 -0.36 0.04 0.65 0.08 0.24 -0.12 -0.2 -0.86 0.2 0.32 -0.46 0.19 -0.63 0.34 -0.53 0.39 0.52 0.04 -0.23 0.37 -0.15 -0.02 0.44 -0.77 -0.23 0.52 0.76 0.31 -0.64 0.05 -0.29 0.63 0.75 -0.29 0.57 1.02 -0.95 0.06 -0.89 0.36 0.28 -0.57 -0.85 -0.56 -1.1 -1.17 -3.46 -1.5 -2.85 0.28 -1.2 1.3 -0.22 -0.1 -0.28 0.09 0.72 -1.08 0.95 -1.43
-0.42 -0.41 -0.52 0.21 0.56 0.88 0.31 0.52 0.51 0.31 -0.68 0.39 0.19 -0.22 0.18 -0.12 0.41 -0.19 0.51 0.49 0.02 -0.58 0.17 -0.67 -0.54 -0.01 -0.35 -0.3 0.68 0.75 0.31 -0.26 -0.07 0.08 0.67 0.71 -0.33 -0.92 0.76 -0.83 -0.43 -0.77 0.54 0.24 -0.0 -0.41 -0.14 -0.4 -3.03 -5.2 -3.26 -5.29 0.39 0.55 0.91 -0.37 -0.07 -0.66 -0.18 0.16 -0.38 0.1 -0.73
0.75 0.44 0.7 0.19 -0.57 0.49 0.39 -0.18 -0.82 -0.46 -0.99 -0.29 0.19 -0.19 0.0 -0.24 0.18 -0.15 0.12 0.79 -0.51 -1.17 -0.98 -0.19 -0.22 0.43 -0.24 0.3 0.32 0.57 0.22 -0.29 -0.2 -0.85 0.5 0.61 -0.05 -0.11 1.41 -0.8 -0.56 -0.7 -0.48 0.12 -0.3 -0.69 0.09 -0.12 -1.12 -3.17 -1.08 -2.3 -0.44 -0.77 1.69 -0.11 -0.62 -0.48 -0.54 1.01 -0.76 1.22 -1.49
1.19 1.06 1.3 0.11 0.79 0.76 0.61 0.49 0.78 0.18 -0.89 -0.01 -0.49 0.07 -0.56 0.0 -0.31 0.05 -0.17 -0.25 -0.1 -0.64 -0.64 -0.78 -0.82 -0.35 -0.5 0.16 -0.12 0.08 -0.39 0.0 -0.24 -0.29 -0.02 0.08 0.81 0.66 0.21 -0.21 -0.54 -0.46 0.21 -0.48 0.16 0.24 0.27 0.1 -3.52 -4.64 -2.78 -3.38 0.09 0.44 0.26 0.33 -0.17 -0.76 -0.66 0.05 -0.4 -0.18 -0.53
1.84 0.77 1.03 -0.82 -0.16 0.47 0.05 -0.08 -0.52 -0.25 -0.67 -0.52 0.38 -0.97 0.17 -0.82 0.26 -0.31 0.39 0.35 -0.27 -0.79 -0.92 -1.55 -0.96 -0.96 -0.05 0.12 0.03 0.2 0.32 -0.46 -0.02 -0.57 0.38 0.38 1.14 0.54 0.67 0.27 -0.46 0.27 -0.1 0.16 -0.41 0.02 0.34 -0.17 - - - - -0.06 -1.35 0.92 0.05 -0.09 -0.22 -0.15 0.44 0.26 0.38 -0.07
0.32 -0.16 -0.11 0.18 -0.61 -0.03 0.06 -0.45 -0.61 -0.69 -1.2 0.32 0.44 -0.56 0.17 -0.31 0.39 -0.4 0.5 0.32 0.01 -0.84 -0.41 0.19 0.43 0.96 -0.51 -0.13 0.45 0.71 0.46 -0.63 0.04 -0.66 0.62 0.7 -0.12 0.4 0.73 -1.09 -0.12 -0.74 0.35 0.46 -0.56 -0.87 -0.44 -0.97 -1.22 -2.04 -0.58 -1.03 0.32 -0.39 1.19 0.58 -0.47 -0.15 -0.1 0.78 -1.33 0.93 -1.65
-0.21 -0.54 -0.52 0.35 0.68 0.43 0.63 0.38 0.76 0.28 -0.95 0.24 0.12 -0.23 0.12 -0.33 0.15 -0.43 0.19 0.4 0.25 -0.32 -0.0 0.15 0.74 0.58 -0.45 -0.57 0.48 0.5 0.2 -0.32 0.64 0.12 0.43 0.51 -0.4 -0.44 0.59 -0.73 0.47 -0.48 0.18 0.14 -0.09 -1.0 -0.8 -1.07 -1.64 -3.48 -1.77 -2.15 0.24 -1.31 0.43 0.03 -0.2 0.22 -0.07 0.62 -0.82 0.39 -1.52
0.01 -0.6 -0.37 0.34 0.31 0.56 0.73 0.26 0.04 0.1 -0.71 0.02 0.16 -0.21 -0.0 -0.3 0.15 -0.15 0.25 0.41 0.27 -1.33 -1.04 -0.31 -0.15 0.48 -0.39 0.95 0.34 0.55 0.12 -0.35 0.18 -0.26 0.39 0.48 -0.31 0.29 0.66 -0.81 0.18 -0.86 -0.19 0.21 -0.29 0.42 0.55 0.31 -2.53 -3.0 -1.99 -2.44 -0.14 -1.52 0.7 0.78 -0.13 -0.29 -0.13 0.67 -1.02 0.39 -1.32
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0.34 0.17 0.53 0.14 0.25 0.83 0.82 0.28 0.21 -0.04 -0.79 -0.1 0.1 -0.71 -0.08 -0.85 0.11 -0.6 0.08 0.1 0.19 -1.2 -1.09 0.2 -0.25 0.69 -0.22 0.67 0.22 0.47 0.11 -0.7 -0.18 -0.41 0.33 0.42 -0.12 0.15 0.66 -0.79 0.32 -0.56 -0.04 0.11 -0.63 -0.25 0.36 0.07 -2.06 -2.88 -1.4 -2.3 -0.14 -1.32 1.13 0.83 -0.03 -0.5 0.03 0.63 -1.12 0.55 -1.19
0.65 0.52 0.67 -0.45 -0.34 0.63 -0.03 -0.38 -0.58 -0.92 0.07 -0.56 0.17 0.5 -0.05 0.52 0.23 0.62 0.26 0.43 -0.26 -1.02 -0.89 -0.94 -0.76 -0.25 -0.15 -0.28 0.32 0.61 0.15 0.55 -0.19 -0.52 0.45 0.65 0.16 -0.89 1.11 -0.34 -0.56 -0.28 -0.09 0.15 0.49 -1.06 -0.55 -0.77 -1.17 -3.58 -1.69 -3.23 -0.11 1.03 1.14 -0.77 -0.71 -0.62 -0.49 0.94 -0.37 1.0 -1.37
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0.32 -0.07 0.1 0.14 0.64 0.84 0.53 0.47 0.51 0.15 -1.18 0.12 0.1 -0.35 0.04 -0.39 0.21 -0.37 0.29 -0.1 0.29 -0.17 -0.01 -0.26 -0.14 0.04 -0.49 -0.14 0.32 0.45 0.1 -0.36 -0.27 -0.11 0.45 0.44 0.24 0.37 0.28 -0.21 -0.14 -0.07 0.29 0.08 -0.31 -0.58 -0.06 -0.5 -1.07 -1.93 -1.53 -1.65 0.18 -0.04 0.42 0.08 0.02 -0.57 -0.11 0.2 -0.1 0.09 -0.44
0.1 0.13 0.2 -0.25 -0.48 0.49 -0.43 -0.02 -0.67 -0.63 -0.95 -0.4 0.11 -0.84 -0.15 -0.83 0.02 -0.88 0.06 0.58 0.23 -0.53 0.01 -0.19 -0.27 0.06 -0.43 -0.56 0.1 0.26 -0.04 -0.84 0.28 -0.35 0.23 0.34 -0.17 0.22 1.34 -0.58 0.49 -0.25 -0.25 0.01 -0.78 -1.07 -0.81 -1.12 -0.45 -1.54 -0.27 -1.46 -0.19 -0.31 1.59 -0.68 0.34 0.81 0.41 1.16 -0.39 1.59 -0.78
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0.3 -0.36 -0.13 0.38 0.88 0.84 0.93 0.75 0.77 0.42 -1.03 0.36 -0.08 -0.44 -0.16 -0.38 0.07 -0.43 -0.0 -0.32 0.14 -0.31 0.08 -0.33 0.13 0.15 -0.25 0.39 0.24 0.4 0.08 -0.61 -0.74 0.11 0.33 0.38 -0.02 0.34 0.19 -0.9 0.07 -0.52 0.42 -0.04 -0.38 -0.12 0.38 -0.24 -0.31 -2.64 -1.36 -1.97 0.3 -0.51 0.39 0.06 0.15 -0.86 -0.12 -0.08 -0.72 -0.13 -1.07
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-0.33 -0.95 -0.52 0.5 1.47 1.2 1.74 0.94 0.96 0.89 0.75 -0.02 -0.32 -0.62 -0.24 -0.51 -0.11 -0.64 -0.08 -0.61 0.51 -1.93 -1.29 -0.39 -0.69 -0.04 0.05 0.58 0.22 0.32 -0.12 -0.6 -0.89 0.32 0.24 0.31 -0.19 -0.2 -0.26 -0.17 -0.74 -0.77 0.11 -0.18 -0.57 0.33 0.66 0.3 -3.03 -3.56 -2.92 -2.98 0.1 -0.35 -0.1 0.57 0.52 -1.59 0.16 -0.85 -0.54 -0.89 -0.62
0.06 -0.13 0.0 -0.14 0.15 0.16 0.19 0.26 0.18 -0.02 -0.59 0.12 -0.26 -0.23 -0.35 -0.26 -0.14 -0.27 -0.0 0.15 0.18 0.47 0.6 0.22 -0.13 0.4 -0.1 -0.31 0.25 0.45 -0.12 -0.38 0.16 0.17 0.34 0.44 -0.13 0.44 0.6 -0.06 0.18 -0.07 0.1 -0.19 -0.38 -0.36 -0.17 -0.51 -1.06 -2.1 -0.8 -1.2 0.12 -1.07 0.63 0.26 -0.01 0.07 -0.01 0.48 -0.14 0.39 -0.53

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.