Heatmap: Cluster_95 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-2.56 -1.53 -1.25 0.03 -0.95 0.51 -1.54 -0.59 -0.38 -1.24 -1.0 0.96 -0.38 1.87 -1.74 1.85 -0.57 1.25 -0.53 0.65 -1.09 - - - - - -0.17 0.31 -0.25 -0.32 0.75 1.61 -0.08 -0.49 -0.13 -0.77 0.12 -0.53 1.18 -1.48 -1.09 -0.27 0.8 0.22 2.11 -0.36 -0.64 1.33 -3.48 -2.85 0.18 -1.63 0.5 0.3 -0.06 1.16 -3.06 -0.79 -1.55 -0.75 0.41 -0.05 -1.46
-0.94 -0.13 -0.04 -3.11 -2.67 -2.55 -1.88 -1.91 -1.59 -2.11 -0.05 -1.37 -2.5 0.28 -2.67 0.43 -2.69 0.22 -2.72 -1.87 -2.61 3.75 0.54 0.11 2.41 0.21 1.2 2.48 -1.05 -1.04 -2.51 0.87 -0.46 -0.42 -0.48 -0.7 -0.7 0.13 -2.18 -1.9 -1.01 -1.19 -1.4 -1.68 0.49 0.13 0.57 1.69 -4.79 -4.59 -1.27 -4.13 -0.53 0.76 -3.37 -0.22 -2.44 -2.12 -1.69 -0.78 -2.08 -2.33 -2.56
-0.04 0.58 1.04 -1.68 -0.93 -0.28 -0.92 -0.8 -1.07 -0.35 2.26 -1.17 -1.31 0.43 -1.33 0.53 -1.58 0.28 -1.17 -0.53 -0.12 1.94 0.97 -0.93 0.45 -0.65 0.57 0.91 -1.51 -1.09 -1.63 0.36 -0.34 0.15 -1.14 -1.02 -0.26 -1.68 -0.58 0.26 -0.26 0.46 -0.85 -1.25 0.4 1.36 1.48 1.44 -4.12 -4.96 -2.0 -2.77 -1.13 -0.2 -0.97 0.23 -0.21 -0.66 -0.06 -0.21 0.34 -0.4 -0.66
-0.26 -0.12 -0.0 -0.1 -0.12 0.28 0.11 -0.03 -0.46 -0.16 -0.49 0.09 -0.2 0.6 -0.35 0.55 -0.17 0.76 0.12 -0.09 -0.26 1.22 0.09 -0.91 0.46 -0.68 0.08 0.14 0.06 -0.05 -0.14 0.61 0.1 0.08 -0.01 0.03 -0.08 -0.33 0.07 0.16 -0.64 0.04 -0.06 -0.24 0.84 0.24 0.62 0.55 -0.88 -1.29 -0.65 -0.55 0.07 0.59 -0.55 -0.45 -0.46 -0.61 -0.59 -0.28 -0.09 -0.41 -0.31
0.34 -0.44 -0.75 0.66 -0.58 0.11 -0.79 -0.18 -0.46 -0.03 -0.33 -0.43 -0.98 0.84 -1.06 0.64 -0.86 0.57 0.02 -0.77 0.18 2.32 1.05 -1.76 0.68 -1.22 -0.53 0.06 -0.57 -0.58 -1.2 1.2 -0.17 0.08 -0.45 -0.36 0.28 0.15 -0.83 -0.26 1.04 -0.39 -0.69 -1.05 0.95 0.08 1.08 0.63 -1.1 -4.97 -2.96 -2.62 -0.71 1.13 -0.78 0.36 -0.22 -0.75 -0.66 -0.54 -0.36 -1.18 -0.2
0.1 -0.27 -1.06 0.67 -0.99 -0.82 -0.99 -0.72 -1.69 -1.15 -0.39 1.56 -0.66 0.48 -0.5 0.06 -0.74 -0.15 -0.16 1.03 1.07 0.65 0.26 -1.37 -0.32 -0.93 0.3 0.41 -0.58 -0.53 -0.46 0.33 0.68 2.23 -0.24 0.19 -0.46 -0.95 0.45 0.03 -1.12 -0.15 0.44 -0.33 0.63 0.57 0.33 -0.03 -1.32 -4.21 -2.18 -2.18 -0.45 0.3 0.0 -1.02 0.77 -0.23 0.81 -1.19 -0.76 -0.55 -0.77
-0.7 -0.73 -0.49 0.1 0.06 0.19 0.08 0.2 0.38 -0.23 0.35 -0.35 -0.23 0.97 -0.22 0.62 0.01 0.78 0.04 0.37 -0.27 -0.91 -1.14 -2.08 -1.82 -2.16 0.44 -0.19 -0.17 -0.06 -0.04 0.68 0.85 -0.12 -0.23 0.07 -0.39 0.55 0.09 0.1 0.33 0.12 -0.26 -0.3 0.98 0.11 0.28 0.3 -1.5 -2.3 -1.09 -1.5 -0.25 0.59 -0.16 -0.41 0.01 0.2 -0.19 0.86 0.12 0.36 -0.21
0.1 -3.07 -2.21 0.56 0.17 0.74 -0.57 -0.66 -0.0 0.72 -1.55 0.45 -0.04 0.79 0.0 -0.31 0.33 -1.52 0.68 0.92 0.53 - - - - - -0.36 -1.23 0.24 0.17 0.33 0.07 1.23 -0.04 0.56 0.23 0.33 0.06 0.63 -0.15 0.93 0.51 0.52 0.02 1.05 -0.06 -0.09 -0.63 - - - - 0.77 -0.62 -0.8 0.03 -0.59 1.16 0.32 1.36 -0.34 0.87 -1.27
0.23 -0.22 -0.04 0.04 0.63 0.72 0.03 -0.01 0.75 0.84 -0.31 -0.35 -0.78 0.08 -0.73 0.14 -0.59 0.08 -0.44 -0.14 0.12 0.41 0.08 -0.29 0.48 -0.01 0.39 0.11 -0.45 -0.27 -0.58 0.02 0.08 0.64 -0.41 -0.35 0.49 0.2 -0.08 0.57 0.18 0.4 -0.22 -0.73 0.24 -0.09 0.0 -0.13 -2.91 -2.86 -1.1 -1.16 -0.34 -0.26 -0.36 0.25 0.06 -0.05 0.01 0.26 0.49 -0.17 0.32
-0.35 -1.43 -1.45 0.14 0.25 0.13 -0.07 0.25 0.08 0.01 -1.46 0.45 -0.06 0.28 -0.21 0.1 -0.11 -0.24 0.09 -0.05 -0.48 0.26 -0.02 -1.2 0.4 -1.04 -0.06 0.51 0.31 0.47 -0.21 0.3 0.49 -0.65 0.27 0.37 0.39 1.33 -0.5 -0.66 0.06 -0.37 0.77 -0.1 0.51 0.84 1.06 0.7 -3.26 -4.26 -0.77 -2.16 0.69 0.98 -0.89 0.64 -1.18 -0.63 -1.69 -0.33 -0.54 -0.55 -0.55
-0.77 -0.23 -0.21 0.91 -0.35 0.4 -0.17 -0.32 -0.01 -0.07 0.03 0.35 0.93 1.49 -1.86 1.33 0.17 -0.87 -0.06 1.03 -0.9 - - - - - -0.19 -2.06 -0.38 -0.74 0.77 0.4 1.34 -0.88 -0.43 0.03 -1.06 -2.2 -0.14 -1.45 -0.47 0.71 0.7 -0.82 1.67 0.74 -1.03 - 0.46 -2.23 0.94 -2.01 -0.34 0.22 1.01 -0.54 -0.11 -0.53 -0.93 0.86 -1.43 0.74 0.57
-1.73 -0.44 -0.42 -2.78 1.19 0.88 0.66 0.66 1.09 0.71 0.45 -0.02 -0.49 1.32 0.03 0.45 -0.13 -0.57 0.02 0.04 -0.78 -1.24 -1.09 -2.67 -0.66 -1.39 0.07 0.14 0.24 0.11 -0.41 0.08 0.75 0.24 -0.52 0.28 0.35 0.48 -1.24 0.44 -0.57 -1.98 0.18 -0.07 0.38 0.28 0.78 0.54 - - - - 0.3 2.07 -0.38 0.22 -1.2 -2.12 -0.81 -0.98 0.37 -0.95 -0.37
-2.0 -2.48 -2.54 0.46 0.61 0.55 0.3 0.54 0.36 0.54 -0.69 -0.06 -0.54 0.88 -0.52 0.66 -0.31 0.79 -0.09 0.1 0.39 -1.58 -0.98 -0.68 -0.31 -0.28 -0.5 1.05 -0.16 -0.05 0.06 0.87 0.59 0.32 -0.26 -0.08 -0.46 0.9 -0.23 -0.21 0.09 -0.16 0.4 -0.28 1.01 0.74 0.8 0.74 -3.31 -4.32 -1.68 -2.18 0.19 0.15 -0.75 0.63 -0.35 -0.56 -0.7 -0.14 -1.02 -0.6 -1.0
-0.23 -1.42 -1.46 -0.55 -0.54 0.03 -0.86 -0.44 -0.36 -0.03 -0.66 -0.63 -1.44 0.06 -1.62 0.32 -1.23 0.21 -1.27 0.35 -0.07 2.24 0.84 -1.23 1.61 -1.7 0.96 1.68 -1.71 -1.53 -1.2 -0.03 0.49 0.65 -1.59 -1.45 -0.21 -0.09 0.26 0.03 -0.07 0.18 -0.72 -1.54 0.15 0.22 0.1 1.51 -4.33 -4.07 -2.86 -1.81 -0.81 -0.22 0.05 1.29 -0.14 0.01 0.51 -0.17 0.31 0.21 -0.01
-1.57 -1.19 -1.39 1.62 -1.28 -0.8 -1.1 -0.34 -1.28 -0.02 -0.26 -0.7 -1.53 1.98 -2.32 1.51 -2.48 1.05 -0.87 0.89 -0.03 -0.76 -0.71 -2.06 -1.51 -0.65 0.52 0.81 -2.03 -1.11 -1.18 1.72 0.98 -0.09 -1.33 -1.24 -1.14 -1.52 0.31 0.19 -0.44 1.25 -0.37 -1.49 1.83 0.3 0.5 0.66 -2.42 - -1.25 -2.31 -1.16 1.1 0.2 -1.42 -0.05 -0.29 -0.69 -0.53 -0.72 -0.22 1.14
0.19 0.31 -0.33 -0.24 -0.52 -0.41 -0.32 -0.53 -0.48 -0.76 -0.83 0.36 -0.01 -0.3 -0.06 -0.29 -0.07 -0.37 -0.18 -0.49 0.12 1.3 1.45 0.76 1.46 0.45 -0.42 0.01 0.13 0.23 -0.05 -0.22 -0.76 -0.37 0.17 0.28 0.14 0.96 -0.37 -0.87 0.09 -0.62 0.34 -0.16 -0.27 0.09 0.11 -0.04 -1.91 -2.36 0.14 -1.27 0.3 0.08 -0.3 0.32 -0.17 0.06 -0.03 0.07 -0.83 -0.14 -1.43
0.11 0.57 -0.06 -0.84 0.71 0.18 0.45 -0.09 1.48 0.68 1.23 -0.28 -1.04 -0.51 -0.8 -1.77 -0.76 -1.32 -0.86 -1.59 -1.05 0.63 1.09 2.08 0.75 0.02 -0.41 0.09 -0.79 -0.88 -0.16 -1.22 -0.63 -0.3 -1.41 -0.44 0.87 -0.22 -0.81 -0.15 -0.04 -1.04 -0.2 -1.98 -1.19 -0.42 0.82 1.83 -1.7 - -0.54 -1.85 -0.04 1.08 -1.61 1.03 -0.13 -0.24 -0.68 -0.62 -1.27 -0.59 -1.6
0.18 -1.22 -1.45 0.92 -0.91 -0.78 -0.39 -0.25 -0.4 -0.23 0.09 -1.34 -0.03 -0.36 -0.08 -0.37 0.1 0.17 0.19 -1.23 -0.78 0.67 1.71 -1.09 2.23 -1.0 -0.34 -1.76 -0.37 -0.38 0.32 -0.05 0.09 0.6 -1.35 -0.48 0.6 -1.34 -0.63 -0.69 -0.16 -0.51 -0.17 0.03 0.42 -1.76 -2.39 -2.16 0.76 -1.84 0.81 -0.32 -0.23 2.49 -0.68 -1.82 -0.48 -0.19 0.37 0.2 -1.43 -0.22 -0.81
0.14 0.31 0.32 0.46 0.05 0.37 0.68 0.28 0.17 0.25 -0.77 -0.39 -0.28 0.63 -0.24 0.49 -0.15 0.42 -0.25 0.21 -0.1 -0.22 -0.59 -1.24 0.3 -1.27 -0.18 -0.19 -0.14 -0.11 -0.06 0.5 0.45 -0.12 -0.26 -0.2 0.36 0.31 0.23 0.28 -0.12 -0.04 -0.53 -0.35 0.62 0.17 -0.1 0.07 -4.16 -2.9 -1.28 -1.51 -0.52 0.85 -0.08 0.81 -0.25 0.04 -0.61 0.32 -0.23 0.19 0.03
-1.31 -0.74 -1.58 0.44 -0.18 0.31 0.02 0.12 0.33 0.3 -0.39 -0.39 -0.83 1.06 -2.73 1.02 -0.78 1.14 -0.76 0.85 0.0 0.41 0.73 -0.85 0.08 -1.61 -0.29 0.9 -0.98 -1.07 -0.96 1.1 1.06 0.07 -1.7 -1.18 -0.43 -0.1 0.44 -1.14 0.01 -0.65 -0.25 -0.43 0.73 0.75 0.83 0.92 - - -1.48 - -0.33 2.19 -0.14 -0.5 -0.45 -1.21 -1.99 -0.65 -0.01 -0.25 -0.07
-3.21 - - -1.53 -1.36 0.06 -1.45 -0.32 -1.44 0.03 0.93 -2.09 -2.72 1.74 -4.32 0.53 -3.27 -0.13 -3.22 1.66 -2.33 0.52 0.24 -3.75 -1.91 -3.69 -0.72 1.53 -2.22 -2.9 -1.08 0.84 2.07 -1.31 -2.9 -1.2 -1.43 -0.74 0.94 -0.14 -1.0 0.85 -1.89 -4.21 1.97 1.78 1.29 1.68 - - -3.23 - -3.08 1.76 0.7 0.82 -2.28 -0.54 -2.37 -0.14 0.04 0.52 0.8
-0.47 -0.15 -0.28 -0.02 -2.12 -0.74 -1.49 -1.23 -1.81 -1.08 -1.27 -2.62 -3.39 1.4 -3.83 1.55 -2.8 1.54 -1.92 1.12 -0.91 0.85 0.71 -2.03 0.87 -1.72 -1.15 0.21 -2.26 -2.19 -3.18 1.25 1.65 0.08 -2.98 -2.77 -0.98 1.48 0.74 0.62 -0.53 1.73 -2.06 -4.77 1.5 0.83 -0.36 -0.19 - - - - -2.49 1.46 -0.79 -0.76 -1.81 -0.19 -0.78 0.38 1.06 0.69 1.11
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-0.89 -0.92 -0.78 0.36 0.12 1.19 0.57 -0.04 0.17 0.88 0.05 -0.34 -0.04 -1.16 -0.22 -0.29 -0.04 -0.99 -0.23 0.76 -0.34 -1.45 -0.6 -2.04 -1.68 -1.56 -0.51 -0.49 0.16 0.35 0.01 -1.62 0.86 -0.4 0.34 0.4 -0.49 -1.68 0.4 0.62 -0.92 0.4 0.49 0.07 -1.0 0.24 0.69 -0.09 -3.12 -4.49 -2.41 -5.27 0.55 -1.18 0.01 0.4 0.33 -0.14 0.01 0.95 1.49 0.11 1.72
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0.08 1.03 0.86 -0.2 0.11 0.01 0.26 -0.59 -0.12 0.75 0.5 -0.68 -0.24 -2.1 -0.32 -1.25 -0.35 -1.38 -0.47 -0.98 -0.42 0.26 -0.43 -1.09 -0.03 -0.52 -0.65 1.55 -0.17 -0.51 0.02 -1.39 -1.48 0.39 -0.09 -0.4 0.09 -0.08 -0.96 -0.93 -0.85 -1.33 -0.37 -0.3 -1.53 -1.04 -0.47 2.33 0.43 -2.56 -0.93 -3.89 -0.42 -1.86 -0.65 2.89 0.48 -1.03 0.27 -1.58 0.06 -0.77 -0.3
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-0.0 -0.9 -0.67 0.12 -0.24 0.29 -0.7 -0.35 -0.33 0.73 -0.73 0.04 -0.29 -0.21 -0.3 -0.15 -0.21 -0.05 0.24 0.8 0.29 0.2 -0.17 -1.51 -0.91 -1.02 -0.41 0.51 -0.04 0.07 0.0 -0.32 0.79 0.27 -0.11 0.09 0.16 0.85 1.03 -0.13 0.03 -0.33 0.16 -0.22 -0.13 0.6 0.56 0.47 -2.05 -2.42 -0.31 -1.21 0.1 -0.16 0.57 0.74 0.03 0.02 -0.16 -0.13 -0.37 0.27 -0.18
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0.15 1.18 -0.13 -1.17 -1.11 -1.81 1.26 0.32 -0.41 0.09 -0.15 0.0 -0.37 -0.07 -0.63 -0.38 0.42 -0.37 0.11 0.88 -0.97 0.12 -1.22 -1.37 -0.0 -1.78 -0.5 -1.58 -2.42 -0.21 0.29 -0.55 1.36 -1.96 -1.04 -0.84 1.05 0.85 0.85 0.05 0.36 0.37 -0.12 -1.37 0.06 -0.55 0.81 1.03 - - - - -0.56 2.19 -0.36 0.96 -1.91 1.28 -2.02 0.05 0.39 -0.93 -0.92
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.