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Heatmap: Cluster_90 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-1.99 -1.45 -1.34 -1.51 -0.07 0.57 -0.0 0.12 -0.38 -0.38 1.65 -2.21 -2.42 0.26 -2.2 0.17 -2.28 0.07 -2.18 1.14 -0.26 -2.37 -1.71 -0.37 -1.31 -1.23 0.59 0.55 -1.72 -1.56 -2.19 0.01 1.25 -1.0 -1.81 -1.54 -2.27 0.42 1.21 0.97 -0.02 0.72 -1.91 -2.27 0.24 1.03 1.08 0.94 -4.15 -4.02 -2.02 -3.34 -1.92 0.6 1.03 0.63 0.07 0.85 -0.48 1.28 0.98 1.28 1.07
-1.8 -0.17 -0.22 -4.49 -1.93 -1.82 -2.41 -1.87 -1.62 -2.01 -0.71 -3.01 -1.75 -0.49 -1.91 -0.39 -1.75 -0.5 -1.66 1.5 0.42 -4.06 -2.16 -0.14 -4.2 -0.99 0.98 -0.3 -1.43 -1.15 -1.36 -0.54 1.15 0.18 -1.19 -1.01 -2.17 1.39 1.42 1.91 0.09 1.98 -2.2 -1.63 -0.63 0.53 0.07 0.7 -4.42 -1.81 1.0 -2.48 -2.05 -2.06 0.62 -0.87 0.5 1.22 0.41 1.31 1.57 1.13 1.57
-1.03 -1.77 -1.55 0.08 -0.22 -0.14 -0.37 -0.27 -0.45 -0.17 -0.64 -0.96 -1.1 0.23 -0.98 -0.06 -0.83 -0.4 -0.62 0.72 -0.12 - - - - - -0.45 1.12 -0.52 -0.44 -0.88 0.55 0.66 -0.28 -0.59 -0.4 -0.81 0.62 1.31 1.14 -0.89 0.49 -0.76 -0.81 0.26 1.83 1.87 1.81 -2.77 -4.21 -4.29 -4.24 -0.81 0.38 0.79 1.98 0.08 -0.76 -0.84 -0.65 0.68 -0.03 0.83
-1.46 -1.94 -1.65 -0.53 0.46 0.81 0.47 0.48 0.13 0.43 -0.75 -0.96 -1.44 0.21 -1.42 0.1 -1.34 -0.05 -1.17 0.67 0.05 -2.3 -1.71 -1.95 -2.17 -1.28 0.32 0.34 -0.86 -0.66 -1.23 0.16 0.76 -0.46 -0.81 -0.65 -1.49 0.87 1.14 1.42 -0.44 1.09 -0.78 -1.34 0.14 1.02 1.27 0.97 -2.5 -3.75 -2.82 -3.24 -0.82 -0.73 0.91 1.23 0.19 0.16 -0.38 0.49 0.89 0.69 1.04
-0.69 -0.14 -0.51 -0.96 0.51 0.21 0.07 0.01 0.15 -0.31 -0.24 -0.93 -0.59 0.62 -0.33 0.41 -0.71 0.8 -0.3 -0.61 -0.3 - - - - - 0.16 1.63 0.3 0.06 -0.39 1.02 -1.03 -0.18 0.32 0.06 -0.23 0.99 -0.69 0.07 -1.63 -0.0 -0.76 -0.36 1.15 1.6 1.78 1.51 -0.51 -1.47 -0.85 -1.14 -0.67 0.78 -1.12 1.53 -0.14 -2.02 -1.04 -2.08 -0.27 -1.75 -0.12
-0.05 -0.08 -0.25 -0.28 0.24 -0.02 0.39 -0.02 0.51 -0.26 -0.38 -0.95 -1.04 1.08 -1.03 0.92 -0.96 1.01 -0.9 0.46 0.77 -1.19 -0.63 -0.4 -0.06 -0.82 0.21 0.36 -0.42 -0.28 -0.69 0.93 0.27 0.97 -0.42 -0.33 -0.42 -0.1 0.62 -0.04 -0.25 -0.14 -0.61 -0.89 1.07 0.46 0.57 0.41 -3.42 -6.49 -3.54 -4.69 -0.66 -0.74 0.27 0.33 0.49 0.09 0.18 0.25 0.08 0.48 0.08
-3.02 -3.33 -2.38 -0.92 0.72 0.71 -0.72 1.24 0.26 0.56 -0.47 -0.8 -2.45 -0.29 -2.35 -0.12 -1.62 -0.25 -1.36 0.8 0.31 -1.18 -0.33 -4.81 -4.91 -3.31 -0.95 1.53 -2.18 -1.91 -2.25 -0.28 0.05 -0.46 -2.01 -1.81 -0.74 1.12 1.37 1.06 -0.64 0.57 -2.02 -2.88 -0.61 2.16 2.2 1.54 -2.18 -7.9 -3.03 -4.83 -2.94 0.41 1.28 1.7 -0.29 0.1 -1.21 0.06 -0.32 0.62 -0.34
-0.59 -1.02 -0.59 -0.68 0.14 0.2 0.22 0.17 -0.41 0.03 0.54 -0.63 -1.11 -0.88 -1.12 -0.72 -0.85 -0.84 -0.95 0.23 0.03 -0.96 -0.77 -1.81 -1.17 -1.58 0.62 2.26 -0.32 -0.13 -0.9 -0.82 0.22 -0.32 -0.41 -0.28 -0.92 0.62 0.24 -0.73 -0.3 -1.1 -0.6 -0.89 -0.86 2.32 1.91 2.19 -4.22 -6.02 -5.75 -6.1 -0.61 -0.77 -0.04 1.73 0.08 -0.54 -0.09 -0.56 -0.95 -0.09 -0.49
-0.82 -0.51 -0.58 -0.07 0.55 0.36 0.63 0.59 0.09 0.41 -0.15 -0.25 -0.91 0.69 -0.91 0.83 -0.9 0.8 -0.43 -0.22 0.5 -1.08 -0.77 -1.17 -1.31 -0.64 0.43 0.84 -0.34 -0.18 -0.61 0.79 -0.11 0.33 -0.44 -0.36 -0.46 0.1 -0.27 0.97 -0.84 0.68 -0.34 -0.85 0.89 0.73 0.75 0.6 -3.03 -4.67 -1.95 -2.89 -0.45 0.12 -0.33 0.91 0.32 -0.49 -0.09 -0.42 0.47 -0.23 0.31
-0.78 -0.87 -0.59 -0.69 -0.68 0.27 -0.29 0.26 -0.45 -0.06 -1.07 -1.16 -1.55 0.76 -1.42 0.78 -1.5 0.56 -1.18 0.23 0.04 -2.41 -2.01 -1.39 -1.67 -2.46 0.54 1.0 -1.3 -0.87 -1.32 0.85 0.77 -0.07 -1.13 -0.94 -0.86 0.68 0.26 1.14 -0.38 -0.07 -0.97 -1.33 0.96 2.03 2.31 2.05 -6.33 -2.18 -0.64 -0.86 -1.08 -0.19 -0.42 1.43 -0.22 -1.07 -0.99 -0.41 -0.61 -1.13 -0.53
-0.58 -0.41 -0.37 -1.42 -1.2 -0.25 -0.46 -0.34 -0.78 -0.22 -0.46 -1.74 -1.95 0.56 -2.09 0.49 -1.78 0.23 -1.81 0.31 -0.12 -0.35 -0.75 -0.91 -0.05 -1.49 0.91 0.77 -1.49 -1.17 -1.62 0.62 1.03 -0.15 -1.35 -1.08 -0.89 1.08 0.22 0.93 0.64 0.75 -1.46 -1.81 0.65 1.71 1.83 1.85 -6.62 -2.53 -0.46 -1.17 -1.6 -0.64 -0.28 1.15 -0.28 0.38 -0.76 0.88 0.13 0.21 -0.33
-1.58 -1.71 -1.94 -1.98 -1.25 0.54 -0.48 0.3 -0.74 -0.67 -0.35 -1.63 -2.02 0.23 -2.23 0.14 -1.92 0.45 -1.68 0.11 -0.47 -0.49 -0.88 -1.81 -1.66 -1.58 0.69 1.26 -1.5 -1.01 -1.84 0.29 0.31 -1.0 -1.24 -1.0 -1.62 1.29 0.31 1.07 -0.05 0.68 -1.75 -1.75 0.32 2.29 2.38 2.17 -5.59 -4.3 -1.79 -2.14 -1.88 -0.48 -0.19 1.91 -0.41 -0.58 -1.41 0.03 0.54 -0.22 0.61
-1.08 -1.14 -0.9 -0.38 0.6 0.61 0.85 0.73 0.19 0.46 -0.08 -0.85 -1.04 0.06 -1.01 0.11 -0.9 -0.14 -0.73 0.64 0.28 -1.8 -1.25 -1.39 -1.61 -1.03 0.61 0.67 -0.6 -0.41 -0.81 -0.05 0.46 0.05 -0.56 -0.42 -0.55 -0.09 1.14 0.52 -0.01 0.25 -0.58 -0.9 0.09 0.7 1.01 0.76 -3.02 -7.65 -3.65 -6.13 -0.61 0.57 0.94 1.2 0.46 0.13 -0.23 0.49 0.29 0.66 0.43
-2.01 -2.3 -2.0 0.69 -1.22 -0.8 -0.52 -0.76 -1.59 -1.34 0.31 -0.48 -0.07 -0.21 -0.44 -0.78 -0.13 -0.55 -0.31 -0.19 -0.76 -1.9 -0.2 -0.76 -2.22 -1.92 -0.38 1.59 0.57 0.7 0.29 -0.7 -0.0 -1.39 0.46 0.55 -1.41 0.52 -0.1 -0.02 -1.33 0.41 -0.12 0.1 -0.68 1.75 2.38 1.81 -4.35 -4.35 -2.58 -4.98 -0.31 -0.64 0.23 1.19 0.53 -0.24 -0.53 0.27 -0.17 0.52 0.74
-1.47 -1.31 -1.01 0.25 0.45 0.76 0.91 0.44 -0.08 0.19 0.32 -0.75 -1.1 0.92 -1.1 0.77 -1.0 0.85 -0.84 0.13 -0.04 -1.6 -1.24 -1.44 -1.66 -0.78 0.89 0.94 -0.52 -0.43 -0.9 0.76 -0.06 -0.07 -0.48 -0.41 -1.16 -0.48 0.03 0.6 -0.56 0.4 -0.81 -0.96 0.86 1.23 1.31 1.27 -1.94 -2.89 -1.55 -3.68 -0.77 -0.27 -0.21 0.73 0.06 -0.78 -0.28 -0.49 0.87 -0.29 0.69
-0.79 -0.43 -0.36 -0.28 -0.17 0.27 -0.14 -0.3 -0.76 -0.33 -0.89 -0.81 -1.03 1.28 -0.81 1.09 -0.71 0.97 -0.47 -0.46 -0.32 - - - - - -0.21 1.58 0.46 0.63 -0.98 1.3 -0.89 -0.51 0.42 0.5 -0.27 -1.61 -0.52 0.25 -1.71 -0.27 -0.65 -0.7 1.65 1.86 1.92 1.89 -2.06 -2.43 -1.18 -3.02 -0.54 0.2 -0.73 1.43 -0.25 -2.65 -0.85 -2.33 -0.19 -2.59 0.01
-1.31 -1.3 -1.06 -0.99 0.31 0.47 0.68 0.27 -0.48 0.38 0.79 -1.15 -1.11 -0.06 -1.17 -0.1 -1.0 0.03 -1.0 0.32 0.49 -1.81 -1.0 -0.56 -1.41 -0.01 0.53 1.41 -0.53 -0.43 -0.99 0.12 0.06 1.05 -0.6 -0.48 -1.45 0.56 0.17 0.64 -0.48 0.19 -1.24 -1.1 0.02 1.61 1.48 1.28 -2.68 -4.11 -2.06 -2.99 -1.05 -0.61 0.15 1.34 0.49 -0.45 0.12 -0.24 0.18 -0.14 0.68
-0.79 0.69 0.39 -1.1 0.12 0.18 -0.56 0.23 -0.24 -0.16 -2.4 -0.86 0.16 0.51 0.19 0.43 0.09 0.56 0.25 -0.25 -0.42 - - - - - -0.75 1.65 0.35 0.55 0.6 0.83 -1.44 -0.76 0.23 0.4 0.22 -0.91 -0.0 1.17 -1.65 0.65 0.0 0.46 0.76 1.93 1.19 1.82 -0.94 -4.66 -3.48 - -0.47 -0.74 0.03 1.21 -0.6 -1.79 -1.14 -1.64 -1.0 -1.54 -0.92
-0.34 0.24 0.13 -0.23 0.22 0.21 0.15 0.57 0.02 -0.02 -1.42 -1.17 -0.86 -0.23 -0.91 -0.07 -0.52 -0.35 -0.72 -0.01 0.09 -2.25 -2.1 -2.41 -1.34 -1.96 0.14 1.09 -0.43 -0.21 -0.65 -0.09 -0.0 -0.38 -0.21 -0.36 -0.44 1.01 0.85 1.92 -0.36 1.57 -0.22 -0.65 -0.21 1.26 0.68 1.17 -1.4 -6.08 -4.84 -7.24 -0.47 -1.37 0.64 1.04 -0.38 0.14 -0.63 0.04 0.37 0.25 0.41
-0.0 0.13 0.04 -0.35 0.49 0.24 0.48 0.41 0.04 0.18 -1.0 -0.11 -0.62 -0.3 -0.68 -0.34 -0.6 -0.06 -0.51 0.08 0.02 -0.22 -0.05 -0.84 0.22 -0.37 -0.02 0.17 -0.23 -0.29 -0.55 -0.07 0.05 0.03 -0.3 -0.38 -0.25 0.59 0.41 1.23 0.08 1.77 0.17 -0.69 -0.33 0.38 -0.05 0.07 -0.71 -2.43 -2.29 -2.83 0.07 -1.06 0.26 0.15 -0.29 0.25 -0.38 0.28 0.52 0.72 0.21
0.64 0.95 0.9 -0.72 -0.29 -0.41 -0.01 -0.31 -0.36 -0.35 1.02 -1.53 -1.69 0.1 -1.93 0.31 -1.56 0.19 -1.59 -0.59 0.21 0.18 -0.43 -0.22 -0.33 -0.25 0.57 1.33 -1.22 -1.05 -1.77 0.21 -0.71 0.13 -1.16 -1.04 0.29 0.8 -0.45 0.37 0.55 0.4 -1.26 -1.64 0.2 1.18 1.49 1.38 -3.15 -3.25 -2.46 -2.65 -1.3 -0.53 -0.46 1.7 0.2 -0.72 0.19 -0.33 0.31 -0.45 0.27
-0.11 -0.8 -0.25 0.44 0.54 0.28 0.34 0.01 -0.31 -0.14 -0.94 -0.45 -1.11 0.55 -0.98 0.81 -0.48 0.32 -0.33 -0.43 -0.1 - - - - - 0.09 1.78 -0.24 0.09 -0.52 0.38 -0.89 0.13 -0.23 -0.42 -0.19 -0.97 -0.79 -0.47 -1.25 -0.68 -0.42 -0.9 0.74 1.59 2.68 1.98 -1.23 -3.72 -3.0 -3.26 -0.58 0.5 -0.87 1.97 0.08 -2.14 -0.66 -1.89 -0.89 -1.13 -0.66
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-0.87 -0.54 -0.91 -0.74 0.08 0.43 0.65 0.39 0.07 0.31 0.12 -0.38 -0.7 0.28 -0.78 0.25 -0.64 0.08 -0.54 0.15 0.06 -0.73 -0.34 -0.69 -0.33 -0.43 1.06 0.11 -0.13 -0.07 -0.44 0.38 0.09 0.01 -0.05 -0.01 -0.46 0.46 0.23 0.68 -0.49 0.71 -0.47 -0.66 0.45 0.57 0.63 0.58 -1.13 -2.02 -1.34 -1.62 -0.41 -0.84 0.44 0.46 0.36 0.03 -0.15 0.7 0.49 0.35 -0.04
-1.42 -1.3 -1.05 0.48 0.22 0.23 1.02 0.49 -0.07 0.26 0.27 -0.64 -1.03 -0.08 -1.32 -0.06 -0.96 0.32 -1.11 0.19 0.38 -2.5 -1.72 -1.11 -1.36 -0.77 0.39 1.31 -0.61 -0.34 -1.14 -0.18 0.3 -0.01 -0.43 -0.37 -1.26 1.16 0.18 0.6 -0.4 0.35 -0.9 -1.11 -0.03 1.51 1.55 1.48 -3.0 -3.65 -1.94 -2.9 -0.82 -0.59 -0.04 1.38 0.25 -0.27 -0.24 0.13 0.29 -0.01 0.48
-1.4 -1.13 -0.91 -0.51 -0.38 -0.28 -0.15 -0.07 -0.28 -0.3 0.5 -0.4 -0.03 1.23 -0.02 1.17 -0.02 1.03 0.14 -0.21 -0.01 -1.16 -0.8 -1.51 -0.14 -0.89 0.08 0.11 0.32 0.43 0.08 1.04 -0.15 -0.15 0.27 0.4 -0.77 -1.22 0.25 0.49 -0.35 0.54 -0.3 -0.01 1.15 0.45 0.91 0.41 -1.92 -4.97 -2.03 -4.23 -0.14 -0.9 -0.13 0.39 0.31 -0.45 -0.17 0.1 0.34 -0.1 0.39
-0.34 0.05 0.08 -0.86 0.14 0.14 0.26 0.14 0.07 0.16 0.07 -0.74 -1.09 0.04 -1.02 0.18 -0.97 0.04 -0.86 0.24 -0.02 -1.13 -0.81 -0.58 -0.43 -0.55 0.18 1.46 -0.52 -0.44 -0.93 -0.07 0.09 -0.12 -0.59 -0.38 -0.53 1.35 -0.23 0.34 -0.36 0.17 -0.51 -1.07 0.05 1.47 1.41 1.47 -2.98 -3.95 -1.77 -2.63 -0.59 -0.92 -0.2 1.67 0.04 -0.08 -0.31 0.06 0.3 -0.25 0.14
-1.29 -0.92 -0.69 0.01 0.91 0.7 1.27 0.64 0.3 0.43 2.05 -0.43 -1.12 0.45 -1.02 0.51 -0.86 0.37 -0.76 0.12 0.57 -0.9 -1.05 -0.71 -0.35 -0.58 0.36 0.61 -0.68 -0.49 -0.68 0.22 -0.0 0.69 -0.7 -0.39 -0.82 -0.7 -0.06 0.41 -0.75 0.08 -0.36 -0.86 0.48 0.38 1.0 0.59 -3.14 -5.51 -3.93 -4.31 -0.39 -0.45 0.18 0.88 0.53 -1.15 0.02 -0.8 0.2 -0.56 0.09

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.