Heatmap: Cluster_32 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.18 -0.47 -0.35 0.1 0.92 0.76 1.03 0.8 0.81 0.61 -0.6 0.17 -0.27 0.19 -0.18 0.07 0.02 0.18 0.06 -0.14 0.31 -0.57 0.0 -0.48 -0.03 -0.03 -0.08 -0.32 0.3 0.3 -0.33 0.24 -0.09 0.35 0.26 0.29 -0.06 0.19 -0.05 0.16 0.03 -0.04 0.22 -0.15 0.35 -0.27 -0.24 -0.13 -1.84 -3.28 -2.28 -2.12 0.18 0.25 -0.25 -0.13 0.21 -0.85 -0.23 -0.55 0.03 -0.42 -0.55
-0.67 -0.67 -0.41 0.4 0.61 0.56 0.75 0.58 0.27 0.45 -0.77 0.53 0.08 0.43 0.09 0.54 0.16 0.45 0.23 -0.8 -0.08 -0.33 -0.18 -0.93 -0.7 -0.26 -0.14 -0.58 0.17 0.37 0.28 0.33 -0.21 0.17 0.19 0.23 -0.11 1.16 -0.19 0.53 -0.53 0.05 0.56 -0.03 0.57 -0.32 -0.3 -0.96 -0.9 -3.39 -1.93 -1.36 0.52 0.14 -0.29 0.02 -0.12 -0.99 -0.17 -0.75 -0.03 -0.64 -0.11
-0.61 -1.66 -1.34 0.45 0.89 0.88 1.14 0.99 0.46 0.69 -1.61 0.32 0.1 0.25 0.39 0.49 0.23 0.67 0.17 -0.11 0.03 -1.08 -0.12 -0.46 -0.07 0.07 -0.75 0.07 0.47 0.69 0.21 0.13 0.03 0.17 0.27 0.55 -0.12 0.53 -0.45 -0.55 -0.19 -0.45 0.78 0.1 0.45 -0.2 -0.05 -0.08 -3.22 -2.88 -1.84 -2.1 0.61 -1.26 -1.13 0.95 -0.46 -1.29 -0.57 -0.93 -0.83 -1.5 -0.98
-0.67 -2.27 -2.19 0.78 1.5 0.94 0.91 0.58 0.62 0.5 -0.72 0.98 0.4 0.4 0.08 0.63 0.48 1.05 0.33 -1.19 -0.09 -0.64 0.39 -1.02 0.58 0.23 -0.52 -1.66 0.74 0.5 0.65 0.8 -0.96 0.38 0.54 0.28 -0.35 -0.86 -1.0 -0.0 -0.63 -0.14 1.01 0.42 0.49 -2.38 -2.51 -4.13 0.14 -2.1 -2.52 -3.6 1.04 -0.81 -2.26 -1.48 -0.23 -2.17 -0.44 -1.95 -0.3 -1.47 -0.66
-0.27 -0.71 -0.95 0.11 0.56 0.21 0.72 0.41 0.3 0.17 -1.08 0.32 0.31 0.3 0.18 0.27 0.18 0.13 0.61 -1.15 0.28 1.6 0.19 -0.23 0.84 0.53 -0.52 -1.38 0.58 0.44 0.35 0.11 -1.08 0.58 0.63 0.58 0.26 -0.68 -0.63 -0.68 0.2 -0.67 0.4 0.49 0.21 -1.01 -0.63 -0.7 -0.51 -2.32 -1.42 -1.65 0.6 0.41 -1.24 -0.84 -0.26 -1.06 0.06 -0.64 -0.96 -1.05 -0.83
0.0 -0.89 -0.69 0.45 1.08 0.77 0.84 0.87 0.95 0.71 -1.01 0.08 0.13 -0.08 0.17 0.08 0.22 -0.05 0.3 -0.38 -0.19 -0.36 -0.06 -0.99 -0.5 -0.48 -0.24 0.41 0.4 0.57 0.28 0.06 -0.36 -0.17 0.53 0.44 0.47 0.56 -0.31 -0.16 -0.5 -0.18 0.67 0.13 0.27 0.16 -0.02 -0.3 -3.09 -4.82 -3.84 -4.91 0.53 -0.62 -0.49 0.61 -0.14 -0.82 -0.71 -0.53 -0.39 -0.63 -0.76
0.49 0.26 0.17 0.52 -0.09 -0.35 -0.07 -0.07 -0.49 -0.31 -1.09 0.15 -0.06 -0.18 -0.2 0.38 -0.17 0.52 0.18 -0.29 0.26 1.0 0.8 -0.09 -0.19 0.17 -0.32 -0.1 -0.05 0.18 0.06 0.08 -0.29 0.34 -0.06 0.03 0.38 0.44 0.11 0.04 -0.03 0.16 0.32 -0.09 0.41 -0.4 0.06 -0.58 -0.35 -2.35 -0.96 -1.21 0.28 -0.02 -0.1 0.28 -0.37 -0.42 -0.23 -0.0 0.02 -0.37 -0.56
-0.55 -0.16 -0.13 0.19 1.01 0.89 0.82 0.78 0.74 0.56 -0.81 0.49 0.01 0.15 -0.13 0.15 0.04 0.13 0.14 -0.19 0.39 -0.07 0.3 -0.27 -0.21 0.1 -0.14 -0.33 0.48 0.44 0.09 -0.02 -0.46 0.44 0.4 0.43 -0.29 -0.41 -0.0 -0.17 -0.36 -0.16 0.59 -0.09 0.19 -0.78 -0.53 -0.66 -2.13 -3.11 -2.01 -2.27 0.59 -0.26 -0.2 -0.52 0.22 -0.9 0.01 -0.41 -0.2 -0.55 -0.33
-1.42 -1.2 -1.33 -0.29 0.48 0.61 0.48 0.66 0.42 0.55 -0.25 0.37 -0.14 0.1 -0.23 0.32 -0.16 -0.44 -0.13 0.42 0.29 0.49 1.13 0.28 0.8 0.28 -0.23 -0.87 0.05 0.29 -0.42 0.11 0.7 0.2 0.09 0.33 -0.8 0.36 0.11 -0.34 0.33 -0.17 0.29 -0.09 0.35 -0.74 -0.82 -1.01 -2.15 -2.65 0.41 -0.24 0.37 -1.65 -0.13 -0.7 0.26 -0.23 -0.11 -0.31 -0.84 -0.05 -0.72
-0.02 0.26 0.46 -0.01 0.52 0.62 0.48 0.51 0.19 0.29 -0.29 -0.04 -0.53 0.34 -0.59 0.17 -0.36 0.1 -0.4 -0.16 0.23 0.17 0.09 -0.93 -0.28 -0.18 0.01 0.11 0.03 0.14 -0.47 0.21 -0.18 0.38 0.01 0.0 -0.34 0.7 0.09 0.29 -0.21 0.25 -0.07 -0.58 0.33 0.22 0.42 -0.2 -1.07 -2.61 -1.28 -1.69 0.01 -0.46 0.05 0.31 0.17 -0.49 0.09 0.01 0.26 -0.19 -0.05
-0.48 -0.96 -0.98 -0.13 0.83 0.59 0.68 1.07 0.96 0.91 -1.07 0.04 -0.0 0.03 -0.09 -0.05 0.14 -0.15 0.23 -0.15 0.17 -0.63 -0.26 -0.32 -0.8 0.08 -0.46 0.38 0.21 0.44 0.25 0.03 0.14 -0.14 0.32 0.42 -0.11 1.32 -0.33 -0.01 0.02 -0.16 0.6 -0.02 0.13 0.1 0.3 0.16 -1.95 -4.06 -1.39 -2.79 0.33 -0.49 -0.72 0.25 -0.16 -0.6 -0.52 -0.32 -0.57 -0.88 -0.73
0.72 -0.66 -0.64 -0.09 0.78 0.45 0.77 0.5 0.48 0.48 -0.8 -0.04 -0.29 -0.02 -0.28 -0.17 -0.08 -0.21 -0.0 -0.53 -0.06 1.24 0.78 -1.18 0.74 -0.43 -0.35 0.75 0.17 0.29 -0.18 -0.23 -0.45 0.39 0.16 0.27 0.53 0.47 -0.44 -0.32 -0.06 -0.21 0.43 -0.31 0.12 0.4 0.48 0.34 -2.89 -4.76 -2.69 -4.21 0.2 -0.69 -0.45 0.88 -0.05 -1.26 -0.55 -0.91 -0.3 -0.91 -0.56
0.08 -0.14 0.06 0.76 1.05 0.74 1.25 0.65 0.55 0.5 -0.14 0.09 -0.29 0.22 -0.21 0.15 -0.09 0.07 -0.13 -0.73 0.33 0.18 -0.23 -0.72 0.3 0.04 0.15 -0.59 0.29 0.27 -0.24 0.11 -0.88 0.55 0.2 0.2 -0.14 -0.17 -0.37 0.12 -0.08 0.23 0.22 -0.22 0.21 -0.88 -0.38 -1.05 -0.62 -2.15 -1.93 -1.87 0.22 -0.82 -0.42 -0.4 0.23 -0.93 0.43 -0.63 0.05 -0.69 0.01
-0.49 -0.9 -0.4 1.09 1.22 0.57 1.65 0.93 0.27 0.93 -0.97 0.46 0.11 0.08 0.27 0.29 0.29 -0.37 0.46 -1.29 0.3 -1.83 -1.61 -1.46 -1.15 0.03 0.39 0.25 0.51 0.56 0.17 0.18 -1.33 0.45 0.6 0.35 0.02 -0.44 -1.1 0.07 -1.45 -0.91 0.68 0.19 0.27 0.21 0.14 -0.16 -2.6 -3.91 -3.37 -2.47 0.61 -0.24 -0.91 1.04 0.17 -1.74 -0.12 -1.4 -1.08 -1.84 -0.89
-1.01 -0.42 -0.34 -0.59 1.36 1.2 1.07 1.16 1.11 0.82 0.37 -0.27 -0.86 0.54 -0.71 0.6 -0.55 0.34 -0.62 -0.43 0.35 -0.43 0.21 -0.11 0.05 -0.17 0.09 -0.16 -0.34 -0.25 -0.49 0.25 -0.17 0.55 -0.27 -0.21 -0.74 -0.13 0.09 0.24 -0.65 -0.58 -0.16 -0.79 0.56 -0.47 0.03 -0.06 -2.62 -5.06 -3.57 -4.84 -0.1 0.24 0.15 0.13 0.6 -0.9 0.21 -0.4 0.16 -0.93 0.08
-0.35 -0.77 -0.83 0.33 -0.24 -0.39 0.09 -0.06 -0.47 -0.39 -0.8 0.17 -0.13 0.82 -0.31 0.87 -0.01 1.16 -0.26 -0.11 -0.34 1.15 0.99 0.18 0.93 -0.05 -0.08 -1.68 -0.15 0.16 -0.11 0.93 0.09 0.13 -0.09 -0.04 -0.35 -0.82 -0.13 0.55 -0.41 0.79 0.13 -0.02 0.75 -1.21 -1.74 -2.05 -1.23 -0.63 -0.4 0.47 0.14 0.3 -0.66 -1.34 -0.32 -0.33 -0.59 -0.34 0.12 -0.27 0.07
0.33 0.44 0.49 0.37 0.99 0.83 1.03 0.81 0.49 0.47 0.03 -0.12 -0.34 -0.07 -0.22 0.11 -0.21 -0.13 -0.04 -0.51 0.34 0.29 -0.46 -0.93 0.14 -0.24 0.32 0.0 0.11 0.14 -0.28 -0.11 -0.5 0.74 0.11 0.17 0.14 -0.33 -0.37 0.01 -0.24 -0.08 0.15 -0.24 -0.03 -0.38 0.53 -0.36 -1.18 -3.64 -2.45 -3.59 0.08 -0.4 -0.4 0.47 0.23 -1.09 0.03 -1.04 0.18 -0.75 -0.34
-0.62 -1.47 -1.14 0.09 1.1 0.76 1.27 0.94 0.38 0.7 -0.85 0.71 0.32 -0.02 0.49 0.16 0.6 0.27 0.62 -0.44 0.21 -0.53 -0.26 -1.08 0.35 -0.24 -0.2 -1.04 0.49 0.59 0.38 0.26 -0.56 0.27 0.45 0.51 0.18 0.0 -0.47 -0.05 -0.73 -0.13 1.15 0.52 0.18 -1.06 -0.71 -1.49 -2.13 -2.42 -1.28 -2.24 0.79 -0.49 -0.61 -0.52 0.0 -1.28 -0.24 -1.26 -0.55 -1.04 -1.02
-0.88 -1.28 -1.58 1.24 0.66 0.68 1.08 0.64 0.15 0.51 -1.5 0.91 0.51 0.43 0.45 0.71 0.67 0.07 0.62 -0.88 0.27 -0.43 0.05 -0.52 0.43 0.35 -0.31 -1.06 0.69 0.73 0.31 0.57 -0.35 0.0 0.92 1.0 -0.12 -0.5 -0.91 -0.51 -0.14 -0.79 1.1 0.56 0.51 -1.94 -2.02 -1.82 -4.86 -4.22 -2.63 -3.01 1.04 -1.72 -1.17 -0.58 0.19 -1.62 -0.61 -1.34 -1.42 -1.15 -0.73
-0.21 -0.12 -0.15 0.68 1.11 0.66 1.13 0.97 0.62 0.74 -1.29 0.67 0.26 0.77 0.18 0.76 0.1 0.37 0.38 -0.3 0.19 -1.66 -1.23 -1.04 -1.05 -0.29 0.31 -0.48 0.37 0.63 0.49 0.57 -0.12 0.02 0.51 0.48 0.2 -0.45 -0.74 -0.08 -0.86 -0.53 0.87 0.23 0.74 -0.57 -0.23 -0.39 -1.88 -2.75 -2.02 -2.19 0.68 -0.74 -1.24 -0.39 -0.19 -1.86 -0.59 -1.67 -0.92 -1.78 -1.19
-0.89 -1.66 -1.13 0.19 1.03 0.79 1.2 0.7 0.51 0.37 -2.01 0.52 0.12 0.84 -0.15 0.27 -0.04 0.66 0.57 -0.74 0.4 -0.63 -0.3 -0.66 0.25 -0.02 -0.32 -0.41 0.59 0.72 0.26 0.56 -0.78 0.45 0.65 0.48 0.31 0.95 -0.74 -0.2 -1.27 -0.52 0.59 0.14 0.37 -0.53 -0.74 -0.36 -2.23 -3.95 -2.1 -2.26 0.62 0.71 -0.95 0.37 -0.25 -1.62 -0.46 -1.44 -1.0 -1.87 -1.08
-0.68 -0.51 -0.42 0.23 0.69 0.7 0.76 0.99 0.77 0.94 -0.73 0.17 -0.44 0.06 -0.44 0.16 -0.18 0.08 -0.38 0.08 0.52 -0.23 -0.22 -0.11 -0.07 0.3 -0.25 -0.67 0.0 0.12 -0.3 0.13 0.27 0.39 0.14 0.22 -0.45 0.68 0.26 0.01 0.16 -0.37 0.06 -0.47 0.25 -0.51 -0.74 -0.97 -1.55 -3.21 -1.09 -1.13 0.13 0.33 -0.06 0.05 0.36 0.18 -0.21 0.2 -0.49 -0.25 -0.53
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0.3 -0.33 -0.26 1.28 1.66 0.96 1.67 1.02 1.43 1.2 -1.13 0.32 0.04 -0.72 0.05 -0.62 0.11 -0.68 0.1 -0.37 -0.02 -0.37 -0.5 0.05 -0.14 0.55 -0.11 -2.03 0.47 0.38 0.2 -0.7 -0.15 0.4 0.44 0.34 0.44 -1.45 -0.32 -0.37 -0.83 -0.92 0.46 0.03 -0.61 -2.2 -2.0 -2.19 -1.06 -0.98 -1.53 -0.61 0.5 -0.81 -0.76 -1.13 -0.45 -0.58 -0.46 -0.8 -0.9 -0.85 -0.91
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.