Heatmap: Cluster_67 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
0.1 0.05 0.03 0.56 0.07 -0.33 -0.04 0.09 -0.05 -0.38 -0.1 0.02 -0.59 0.4 -0.67 0.28 -0.38 0.18 -0.48 -0.33 -0.13 0.85 1.51 1.6 1.19 1.04 0.39 -1.38 -0.41 -0.44 -0.63 0.67 -0.19 0.4 -0.59 -0.52 -0.07 -0.48 -0.81 0.27 0.06 0.47 0.14 -0.79 0.63 -1.52 -1.34 -1.26 -0.88 -1.66 -1.7 -2.05 -0.06 0.69 -0.33 -1.21 -0.31 -0.41 -0.33 -0.12 0.45 -0.45 -0.28
-0.55 -0.14 -0.02 -0.56 2.22 1.57 1.6 1.05 1.62 0.96 -0.27 1.24 0.39 -2.99 0.43 -2.93 0.47 -3.49 0.3 -1.71 -0.22 -0.95 0.73 -0.14 0.84 1.09 -0.52 -3.72 0.8 0.63 0.56 -3.56 -1.52 0.34 0.76 0.59 -0.56 -3.97 -1.72 -2.34 -0.97 -2.45 1.08 0.54 -3.15 -4.29 -3.48 -4.6 0.65 -2.97 -0.43 -2.95 1.2 -4.5 -1.95 -2.09 0.21 -2.12 0.23 -2.67 -2.06 -2.46 -2.2
2.32 3.1 2.81 - 0.51 0.87 0.07 -0.25 0.59 0.59 - -2.11 -0.43 - 0.57 -0.91 -1.13 -1.49 -0.69 - -0.76 - - - - - -1.29 0.63 -0.25 0.23 -1.08 -0.76 0.24 0.83 -0.03 -0.21 2.44 -0.52 -0.74 - -1.77 -1.74 -1.33 - - 0.23 -0.3 0.24 - - -0.08 - -2.56 1.79 -1.74 0.9 -0.12 -1.89 - - -1.73 - -1.75
0.36 -0.54 -0.77 0.65 -0.33 -0.98 -0.22 -0.61 0.05 0.23 -1.21 0.78 0.52 -1.46 0.4 -1.33 0.48 -1.05 0.36 0.72 0.41 0.93 0.29 0.21 0.27 0.49 -1.62 -1.3 0.91 0.94 0.61 -0.97 0.82 0.24 0.92 1.0 0.32 -1.37 0.22 -1.79 0.56 -1.84 0.41 0.49 -1.15 -2.23 -2.8 -2.13 -4.33 -0.15 -1.14 0.51 0.62 -1.12 0.21 -1.1 -0.12 1.02 -0.19 0.56 -2.72 0.13 -2.84
0.53 0.55 0.57 0.7 0.0 -0.43 -0.22 -0.14 0.03 -0.17 -0.75 0.06 -0.27 -0.85 0.14 -0.73 0.18 -0.6 -0.27 -0.47 0.08 1.91 1.4 0.74 1.21 1.28 -0.62 -1.21 0.27 0.13 -0.23 -0.37 0.17 0.35 0.11 0.26 0.21 -0.42 -0.1 -0.44 0.4 -0.26 -0.06 -0.12 -0.45 -1.07 -1.65 -0.96 - -5.72 -2.41 -4.34 0.02 0.04 -0.5 -0.25 -0.29 0.47 -0.21 0.26 -0.42 -0.17 -0.95
1.53 1.36 1.59 0.13 0.18 -0.06 0.06 -0.03 0.08 -0.14 -0.26 1.15 0.92 0.03 0.63 0.52 0.96 -1.37 0.94 -1.01 -0.62 -1.53 -1.65 -0.19 -2.33 -0.18 -1.28 -0.8 0.68 0.98 0.83 -0.34 -1.04 -0.84 1.03 0.98 1.36 0.53 -0.83 -1.54 -1.66 -2.55 1.22 0.83 -0.08 -1.27 -1.22 -0.95 -4.76 -6.13 -2.27 -4.33 0.76 0.39 -0.49 -2.03 -0.28 -2.85 -1.33 -2.36 -2.33 -2.75 -2.02
0.43 0.55 0.56 0.44 -0.03 -0.53 0.05 -0.15 -0.28 -0.31 -0.61 0.01 -0.27 0.12 -0.14 0.19 0.16 -0.25 -0.15 -0.43 0.36 0.71 0.62 0.65 0.21 0.76 -0.41 -1.43 0.57 0.79 0.31 0.02 -0.39 0.68 0.32 0.41 0.37 -0.59 -0.07 -0.53 0.07 -0.63 0.42 0.12 0.67 -2.07 -2.38 -1.89 -0.05 -0.42 0.88 -0.03 0.42 0.06 -0.75 -0.97 -0.04 -0.67 -0.23 -0.49 -0.47 -1.43 -2.29
1.45 1.69 1.66 0.19 -0.54 -0.87 -0.59 -0.71 -0.56 -0.7 -0.85 -0.19 0.3 -0.02 0.22 -0.17 0.16 -0.15 0.21 0.07 -0.26 0.64 0.34 -0.18 0.02 0.01 -0.7 -2.4 0.59 0.73 0.27 0.17 0.22 0.03 0.7 0.83 0.81 -0.81 0.05 -0.34 -0.22 -0.25 0.25 0.06 0.31 -2.09 -2.08 -2.06 -1.36 -0.66 -0.68 -0.33 0.55 -0.71 -0.36 -1.84 -0.54 -0.17 -0.63 -0.41 -0.68 -0.35 -0.8
0.82 -1.12 -1.22 0.21 0.25 -0.05 0.57 0.09 0.32 0.65 -1.27 1.27 0.54 -1.89 0.52 -1.72 0.61 -1.54 0.51 -2.35 0.11 1.9 1.26 0.34 0.84 0.3 -1.19 -0.86 0.86 0.83 0.59 -1.59 -1.95 0.44 0.87 0.83 0.86 -1.93 -2.61 -2.27 -0.73 -2.49 1.36 0.56 -1.65 -2.74 -2.21 -2.16 -1.74 0.77 0.04 0.95 1.23 -2.11 -2.6 -1.48 -0.3 -1.58 -0.46 -2.64 -2.19 -3.24 -2.92
-0.05 0.03 -0.06 -0.33 -0.83 -0.69 -0.64 -0.53 -0.27 -0.21 -0.53 -0.35 -0.44 -1.36 -0.64 -1.52 -0.42 -0.92 -0.6 0.62 0.48 1.63 1.36 1.63 0.83 1.77 -0.55 -1.46 -0.18 -0.05 -0.6 -0.84 0.61 0.13 0.01 0.04 -0.17 0.17 0.54 -0.69 0.68 -0.35 -0.42 -0.69 -0.92 -1.06 -1.54 -1.88 -2.6 -1.43 0.67 0.99 -0.48 -0.89 0.29 -1.89 0.15 1.1 -0.4 0.26 -0.94 0.41 -0.98
1.53 0.49 0.31 0.3 -0.18 -1.28 0.33 -0.44 0.31 0.23 -1.47 0.82 0.43 -2.09 0.37 -1.98 0.5 -1.64 0.38 -0.5 0.38 1.73 1.08 0.23 0.82 0.73 -1.44 -1.33 0.84 0.81 0.52 -1.75 -0.2 0.92 0.85 0.83 1.25 -1.57 -1.02 -1.73 0.24 -1.8 0.74 0.38 -1.86 -2.91 -3.04 -3.01 -4.26 -0.34 -1.83 0.02 0.73 -1.15 -1.16 -1.1 -0.08 0.02 -0.15 -1.12 -1.89 -1.63 -2.77
1.53 2.9 2.72 -0.22 -1.18 -1.06 -0.69 -1.41 -1.51 -1.12 0.23 0.22 -0.25 -0.03 -0.0 0.34 -0.14 -0.1 0.4 0.21 -0.53 -4.76 -5.37 -4.36 -6.22 -3.55 -0.94 -0.97 -0.15 0.33 0.43 -0.18 0.14 -0.94 0.36 0.37 1.79 0.28 -0.36 -0.61 -0.94 -0.62 -0.32 -0.18 0.41 -0.84 -0.8 -0.84 -4.34 -5.02 -1.36 -5.41 -0.26 0.16 -0.17 -0.98 -0.39 -0.14 0.09 -1.24 -1.04 0.41 -1.22
-0.68 0.26 -0.02 -0.52 -0.17 -0.58 -0.63 -0.23 -0.06 -0.04 -0.48 0.24 -0.02 0.29 -0.14 0.48 0.09 0.65 -0.09 0.82 0.03 1.38 1.05 -0.09 -0.03 0.14 -0.26 -1.49 0.32 0.39 0.0 0.57 0.82 -0.04 0.28 0.42 -0.54 -0.99 0.64 -0.19 0.28 -0.02 0.37 -0.1 0.62 -1.68 -1.73 -1.56 -3.17 -1.83 -1.33 -1.61 0.46 0.61 0.45 -1.96 -0.5 0.33 -0.47 0.21 -0.44 0.22 -0.83
-1.24 -0.81 -1.03 -0.23 -0.5 -0.7 -0.97 -1.27 -0.46 -0.24 -0.83 0.76 0.57 0.06 0.36 0.04 0.67 0.43 0.44 1.23 0.01 0.01 -0.24 -0.25 -1.01 -0.03 -0.48 -2.76 -0.15 -0.13 0.8 0.01 1.38 -0.16 -0.02 0.13 -0.25 -3.06 1.05 -0.15 0.86 0.26 0.82 0.55 -0.21 -2.95 -3.49 -2.57 -3.7 -2.81 -3.26 -2.9 0.83 -0.29 0.66 -2.1 -0.2 1.5 -0.36 1.16 0.03 1.07 -0.37
0.14 -1.01 -0.7 -5.85 0.61 0.25 0.89 0.88 -0.18 0.72 -0.27 1.14 1.14 -4.03 0.94 -3.7 1.26 -3.58 1.21 -1.37 0.17 0.84 0.97 -0.14 -0.8 -0.48 -3.39 -0.18 1.26 1.28 1.3 -3.62 -0.65 -0.98 1.27 1.38 0.58 -1.82 -1.07 -4.78 0.9 -6.37 1.52 1.08 -4.72 -2.61 -0.82 -2.09 - - - - 1.52 -3.68 -1.13 -0.63 0.41 -0.65 -0.47 -0.84 -4.68 -1.9 -4.35
0.43 0.41 0.39 1.34 0.94 -0.08 -0.01 0.0 0.76 0.18 -1.62 0.61 0.28 -0.08 0.15 -0.17 0.09 -0.24 0.16 0.23 -0.24 -0.23 -0.28 0.09 -0.18 0.47 -0.37 -1.78 0.61 0.51 0.18 0.07 0.61 0.1 0.55 0.49 0.27 -1.25 -0.19 0.48 -0.54 0.54 0.62 0.24 0.0 -2.2 -2.18 -2.12 -0.95 -1.2 -1.62 -1.72 0.74 -0.8 -0.83 -1.75 -1.02 0.18 -0.62 -0.39 0.26 -0.43 0.01
0.16 -0.05 -0.37 0.82 -0.0 -0.07 -1.23 -0.43 -0.11 -0.34 -1.79 -0.88 -1.25 -0.36 -0.94 -0.28 -0.55 -0.29 -1.31 0.74 0.3 0.98 0.23 -1.21 -0.23 -0.86 -0.59 -1.36 0.4 0.45 -1.24 0.17 0.95 -0.21 0.59 0.17 -0.32 -0.6 0.97 0.98 0.06 1.24 -0.28 -0.77 0.75 -1.02 -1.62 -1.59 -2.27 -1.98 -1.51 -1.8 -0.31 0.03 0.83 -0.14 -0.21 0.84 -0.21 0.94 0.66 1.14 0.81
0.37 0.84 0.74 1.18 1.11 0.37 0.27 0.41 0.85 0.5 -0.78 -0.26 0.08 -0.53 0.36 -0.54 0.05 -0.68 0.22 -1.17 0.0 1.14 -0.28 -0.07 0.12 0.33 -0.68 -1.68 0.4 0.11 -0.12 -0.45 -0.92 0.74 0.22 0.27 0.51 0.64 -0.59 -0.53 0.1 -0.45 0.47 -0.03 -0.54 -1.99 -1.51 -1.79 -0.49 -1.47 -1.76 -1.28 0.54 0.44 -0.9 0.0 0.28 -0.63 0.23 -1.11 -0.15 -1.38 -0.88
1.55 0.04 -0.2 0.53 -0.3 -1.3 -1.04 -0.89 0.16 -0.02 -0.9 1.1 0.53 -1.78 0.43 -1.59 0.55 -1.7 0.56 -1.79 0.05 2.03 1.8 0.36 1.07 0.41 -1.67 -2.45 0.8 0.71 0.67 -1.63 -1.23 0.82 0.78 0.66 1.29 -2.26 -2.46 -2.6 -0.46 -2.53 0.89 0.63 -1.6 -4.18 -4.39 -4.75 -3.39 0.83 -0.33 1.09 0.84 -1.6 -2.69 -2.24 -0.22 -0.51 -0.07 -2.21 -2.79 -2.71 -3.61
0.15 0.05 -0.25 0.65 0.05 -0.52 -0.13 -0.36 -0.0 -0.55 -0.92 0.32 -0.2 0.05 -0.29 0.17 -0.11 -0.55 0.13 -0.65 -0.2 1.32 0.99 0.33 0.58 0.62 -0.16 -0.36 0.28 0.08 -0.25 0.3 -0.17 0.19 0.32 0.08 0.33 0.4 -0.14 0.31 0.01 0.27 0.4 -0.05 0.19 -0.65 -0.2 -0.48 -0.81 -0.55 -1.67 -1.06 0.34 -0.0 -0.43 0.01 -0.68 -0.29 -0.67 -0.36 0.08 0.06 -0.37
-0.41 -0.08 -0.38 0.26 -1.44 -1.71 -0.94 -1.33 -1.01 -1.22 -1.44 -0.03 -0.43 -0.28 -1.1 -0.43 -0.63 -0.56 -0.55 -0.1 -0.74 1.75 1.01 1.57 0.85 0.87 -1.0 -0.87 -0.56 -0.37 -0.61 -0.2 0.26 -0.79 -0.49 -0.3 0.02 1.01 -0.12 -0.33 0.48 0.04 -0.14 -0.6 -0.27 -0.21 -0.8 -0.71 -2.88 -0.71 1.96 1.85 -0.06 -0.12 -0.64 -0.34 -0.78 0.85 -0.89 0.46 -1.03 0.39 -0.69
0.56 0.38 0.3 1.16 -0.34 -0.87 -0.11 -0.69 -0.47 -0.59 -0.51 0.28 0.66 -0.57 0.58 -0.37 0.87 -0.27 0.72 -0.45 -0.03 0.8 0.38 0.43 0.99 0.6 -1.25 -1.77 0.9 0.95 0.77 -0.36 -0.43 0.05 0.94 0.99 0.57 -0.52 -0.65 -1.36 0.22 -0.93 0.01 0.6 -0.4 -1.73 -1.51 -1.51 -0.33 -0.32 -0.18 -0.31 0.14 -0.68 -0.87 -1.53 -0.33 -0.33 -0.51 -0.5 -1.24 -0.66 -1.61
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-1.34 -0.95 -1.1 1.07 0.02 -0.66 -0.12 -0.41 0.17 -0.06 -0.12 1.34 0.42 -0.03 0.08 -0.19 0.68 -0.49 0.03 0.34 0.06 0.34 0.21 -0.06 -0.55 0.49 -0.91 -1.69 0.87 0.88 0.46 0.23 0.2 -0.25 0.79 0.81 -0.55 -1.37 0.16 -0.33 0.04 -0.45 0.93 0.4 0.29 -1.61 -1.57 -1.29 -3.98 -2.31 -0.87 -2.56 1.29 0.36 -0.21 -0.46 -0.06 0.59 -0.51 0.13 -0.78 -0.11 -1.14
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0.29 -0.32 -0.37 0.8 0.69 -0.2 0.95 0.19 0.83 1.02 -0.95 0.5 -0.02 -0.64 0.03 -0.71 0.08 -0.53 -0.05 0.5 0.28 0.71 -0.0 -0.63 0.19 0.45 -0.79 -0.65 0.36 0.22 0.11 -0.64 0.53 0.51 0.22 0.17 -0.01 -1.27 0.27 -0.95 -0.16 -0.87 0.32 -0.0 -0.5 -0.77 -1.17 -0.93 -3.12 -0.27 -2.21 0.24 0.4 -0.65 0.4 0.05 -0.16 0.6 -0.12 0.33 -1.36 0.31 -1.81
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-1.18 -1.91 -2.53 0.09 0.82 0.42 1.2 0.81 0.56 0.7 -0.26 0.6 0.3 -0.71 0.42 -0.52 0.57 -1.42 0.28 -1.03 0.96 -0.06 0.99 0.35 0.83 0.09 -0.54 -0.75 0.91 0.98 1.01 -0.9 -0.64 0.06 0.91 1.11 -0.25 -0.32 -1.7 -0.69 0.87 -0.73 1.09 0.5 -0.53 -2.11 -1.56 -1.23 - - - - 1.01 -0.24 -2.08 -1.3 0.51 -0.84 0.61 -1.05 -1.74 -1.48 -2.07

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.