Heatmap: Cluster_22 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.64 -0.27 0.09 1.17 1.66 1.35 1.44 0.78 1.12 0.73 -0.32 0.33 0.09 0.03 0.09 -0.23 0.06 -0.13 0.12 -2.13 0.35 -0.49 -0.21 0.33 0.29 1.3 -0.19 -1.94 0.44 0.17 0.11 -0.14 -1.75 1.06 0.28 0.22 -0.36 -1.54 -2.2 0.5 -0.84 0.76 0.39 0.06 -0.08 -2.33 -1.74 -2.55 -0.62 -2.39 -1.71 -3.17 0.42 -1.45 -2.76 -1.45 -0.39 -2.45 0.1 -2.68 -0.01 -2.47 -0.04
0.23 -0.58 -0.53 0.56 1.95 1.18 1.63 1.31 1.55 1.26 -0.81 0.89 0.09 -1.18 0.16 -1.54 -0.01 -1.43 0.18 -1.21 0.03 0.12 -0.06 0.49 0.16 1.21 -0.2 -1.62 0.63 0.38 -0.16 -1.38 -1.22 0.6 0.45 0.3 0.32 -0.67 -1.03 -1.02 -1.33 -0.84 1.01 0.01 -1.33 -3.2 -1.41 -2.69 -0.31 -1.53 -2.63 -2.84 0.93 -1.38 -2.1 -0.41 -0.26 -1.42 -0.16 -2.11 -1.24 -2.28 -1.83
0.33 -0.11 0.15 1.46 0.72 0.04 0.55 0.2 0.68 0.33 -0.76 0.6 0.42 -0.54 0.42 -0.51 0.4 -0.42 0.19 -0.29 -0.16 -0.1 0.08 0.12 0.54 0.79 -0.46 -2.38 0.56 0.4 0.4 -0.45 -0.04 0.24 0.51 0.38 0.21 -2.38 -0.2 -0.28 -1.35 -0.67 0.6 0.34 -0.45 -2.57 -2.74 -2.97 0.14 0.11 -0.48 -0.12 0.65 0.39 -0.41 -1.35 -0.41 0.06 -0.36 -0.38 -0.94 -0.44 -1.43
-0.23 -0.59 -0.54 1.04 1.45 0.83 1.19 1.02 0.9 0.85 -0.58 1.14 0.4 -0.37 0.4 -0.13 0.44 -0.67 0.54 -1.24 -0.53 -0.37 -0.31 0.17 -1.0 0.61 0.11 -3.17 1.01 0.71 0.49 -0.04 -1.52 0.32 0.96 0.74 0.49 -0.92 -1.34 -0.61 -1.68 -0.63 1.34 0.42 -0.06 -3.71 -1.73 -2.24 -0.13 -3.47 -2.45 -4.47 1.2 -1.01 -1.59 -1.34 -0.66 -1.82 -0.25 -2.75 -0.7 -2.15 -1.01
-0.46 -0.58 -0.6 1.71 1.27 0.61 1.07 0.74 0.76 0.54 -0.89 1.18 0.35 0.14 0.45 0.34 0.56 -0.63 0.67 -1.37 -0.67 -1.48 -1.56 -1.01 -1.95 -0.06 0.87 -2.64 0.86 0.41 0.31 0.61 -2.62 1.02 0.61 0.44 0.54 -1.48 -1.66 -0.1 -1.26 0.04 1.2 0.32 0.59 -3.9 -1.37 -2.21 -0.49 -3.92 -3.53 -3.84 1.13 0.32 -2.43 -0.99 -0.83 -2.4 0.12 -4.28 -0.39 -1.68 -0.73
0.24 0.38 0.66 0.95 1.66 0.93 0.95 0.69 1.24 0.68 -0.96 0.57 0.1 -1.0 0.25 -0.66 0.02 -0.72 0.32 -2.09 0.7 -0.77 -0.15 0.55 -0.03 1.2 -0.36 -1.29 0.4 0.25 0.17 -1.03 -1.61 1.24 0.35 0.09 0.31 -0.59 -2.06 -0.72 -0.64 -0.97 0.56 0.11 -0.99 -1.84 -0.94 -2.01 0.32 -0.18 -0.77 -0.48 0.57 -2.06 -2.01 -0.26 -0.21 -2.32 0.3 -2.37 -1.16 -2.28 -1.48
-0.24 -1.37 -1.45 1.12 1.18 0.63 1.08 0.7 0.82 0.57 -1.54 0.94 0.65 -0.04 0.65 0.05 0.47 0.01 0.86 -2.31 -0.45 -0.13 -0.12 0.37 -0.35 0.78 -0.51 -3.22 0.74 0.62 0.63 0.07 -1.91 0.12 0.8 0.62 0.58 -1.9 -1.87 -0.71 -1.34 -0.85 1.1 0.49 0.02 -3.47 -3.3 -3.05 0.36 0.15 -0.84 -0.19 0.98 0.59 -1.82 -1.76 -0.89 -2.11 -0.37 -2.38 -1.44 -2.84 -1.37
-0.01 -0.35 -0.05 0.81 0.91 0.47 0.96 0.35 0.51 0.33 -1.07 0.88 0.64 -0.42 0.64 -0.42 0.48 -0.42 0.72 -1.72 0.25 -0.42 -0.32 -0.14 0.29 0.52 -0.53 -2.24 0.62 0.49 0.65 -0.35 -1.22 0.71 0.56 0.46 0.38 -0.96 -1.39 -0.84 -0.63 -0.99 0.96 0.66 -0.22 -2.52 -2.0 -2.9 0.63 0.03 0.42 0.21 0.92 -0.93 -1.73 -1.49 -0.22 -1.47 0.26 -1.77 -1.0 -1.78 -1.27
0.5 0.44 0.56 0.42 0.47 -0.07 0.19 0.11 0.26 -0.19 -1.12 0.32 0.15 -0.79 0.11 -0.77 0.1 -0.76 0.14 -1.34 0.09 0.83 0.86 0.68 0.5 1.18 -0.46 -0.59 0.3 0.21 -0.05 -0.55 -1.14 0.52 0.23 0.08 0.49 -0.27 -1.09 -0.58 -0.41 -0.61 0.4 0.07 -0.66 -1.04 -0.67 -1.26 0.92 0.56 0.36 0.33 0.37 -1.06 -1.3 -0.16 0.0 -0.92 0.32 -1.16 -0.77 -1.11 -0.99
0.22 -0.27 0.09 1.34 1.63 1.06 1.63 1.0 1.43 0.91 -0.73 0.78 0.45 -1.48 0.49 -1.05 0.53 -1.24 0.55 -2.2 0.28 -1.32 -0.91 0.4 0.06 1.12 -0.47 -2.08 0.77 0.56 0.55 -1.18 -2.02 1.02 0.74 0.51 0.28 -1.11 -2.54 -1.04 -0.76 -1.32 0.92 0.47 -1.08 -3.62 -2.0 -3.46 -0.61 -2.01 -2.58 -3.08 0.85 -2.08 -2.23 -0.45 -0.05 -2.12 0.21 -2.89 -1.33 -2.93 -1.74
0.06 0.13 0.14 0.85 1.28 0.82 1.01 0.8 0.99 0.61 -0.69 0.49 0.11 -0.72 0.18 -0.84 0.15 -0.63 0.36 -1.7 0.29 -0.16 -0.08 0.56 0.12 1.0 -0.55 -1.43 0.53 0.31 0.22 -0.69 -1.21 0.64 0.46 0.29 0.2 -0.76 -1.59 -0.83 -0.11 -0.95 0.52 0.11 -0.75 -2.31 -1.7 -1.99 0.95 0.32 0.3 -0.27 0.53 -1.36 -1.63 -0.84 -0.01 -1.24 0.27 -1.59 -0.9 -1.98 -1.41
0.68 0.4 0.61 0.77 1.41 0.81 1.17 0.84 0.95 0.7 -0.53 0.33 -0.09 -0.93 -0.09 -0.64 -0.19 -0.81 -0.0 -1.38 0.34 -0.27 -0.1 0.37 0.1 0.87 -0.12 -1.07 0.35 0.07 -0.03 -0.92 -1.04 0.79 0.12 0.09 0.32 -0.42 -1.47 -0.62 -0.42 -0.7 0.17 -0.1 -0.65 -1.65 -1.42 -1.66 0.97 0.47 0.13 0.25 0.09 -1.55 -1.94 -0.19 -0.11 -1.47 0.26 -1.64 -0.83 -2.23 -1.3
0.5 0.14 0.29 1.4 0.74 0.21 0.66 0.36 0.26 0.21 -0.97 0.84 0.54 -0.64 0.52 -0.48 0.63 -0.32 0.39 -1.43 0.06 -0.22 -0.34 -0.06 0.15 0.56 -0.46 -2.79 1.0 0.89 0.44 -0.24 -1.42 0.79 0.92 0.86 0.46 -1.15 -1.39 -0.8 -0.37 -0.72 0.75 0.49 -0.42 -3.2 -3.15 -3.29 0.43 -0.23 -0.78 -0.84 0.86 -0.96 -1.47 -2.11 -0.15 -0.9 0.38 -1.32 -0.92 -1.42 -1.26
0.32 -0.27 -0.08 0.64 1.48 0.77 1.09 0.84 1.19 0.72 -1.36 0.72 0.06 -1.39 0.01 -1.32 0.05 -1.12 0.11 -2.08 0.44 0.47 0.74 0.96 0.75 1.4 -1.19 -1.98 0.42 0.26 0.05 -1.22 -1.62 0.78 0.4 0.27 0.11 -0.49 -2.13 -1.1 -0.28 -1.36 0.71 0.05 -0.99 -2.79 -2.05 -2.81 0.83 0.13 -0.13 -0.11 0.82 -2.61 -2.07 -0.98 0.05 -1.66 0.32 -2.07 -1.54 -2.29 -1.95
0.39 -0.09 0.14 2.09 1.37 0.73 1.05 0.79 0.96 0.45 -1.56 0.68 0.29 -0.39 0.35 -0.51 0.54 -0.1 0.77 -1.67 -0.7 -0.59 -0.16 0.18 -0.69 1.02 -0.39 -3.17 0.86 0.49 0.47 -0.27 -1.13 0.19 0.7 0.75 0.86 -0.11 -1.74 -0.93 -1.94 -0.51 0.85 0.39 -0.45 -3.32 -3.99 -3.62 -1.12 -3.8 -3.24 -3.67 0.91 0.18 -1.84 -0.89 -0.44 -1.52 -0.18 -2.21 -0.73 -2.0 -1.54
0.3 0.01 -0.09 0.66 1.16 0.4 0.74 0.82 0.32 0.2 -0.73 0.77 0.41 -0.49 0.61 0.09 0.47 0.02 0.86 -1.72 -0.72 -0.22 0.27 0.06 -0.9 0.7 0.09 -4.66 0.65 0.38 0.49 0.09 -1.58 0.32 0.6 0.39 0.78 -1.99 -1.83 -0.28 -1.52 -0.17 1.02 0.48 -0.06 -4.88 -2.89 -4.86 2.07 -0.98 -1.99 -3.71 0.83 0.06 -2.35 -2.48 -0.69 -1.37 -0.03 -3.15 -0.42 -2.58 -0.96
0.07 0.01 0.17 0.47 1.07 0.66 1.38 0.68 0.68 0.44 -0.48 0.5 0.02 -0.36 0.15 -0.38 0.08 -0.46 0.23 -1.09 0.45 -0.85 -0.6 0.38 -0.13 0.84 0.13 -1.15 0.42 0.23 0.13 -0.35 -0.67 1.03 0.29 0.17 0.16 -0.18 -1.22 -0.75 -0.31 -1.02 0.15 0.12 -0.33 -1.75 -0.7 -1.28 0.35 0.2 0.7 -0.13 0.18 -1.37 -1.39 0.21 0.03 -0.97 0.17 -0.92 -1.36 -1.72 -1.85
0.02 -0.73 -0.95 1.35 1.28 0.55 0.94 0.69 0.82 0.55 -0.8 0.56 0.27 -0.45 0.32 -0.07 0.31 -0.41 0.27 -2.12 -0.16 0.57 0.56 0.84 0.36 1.22 0.12 -2.0 0.82 0.47 0.08 -0.5 -1.58 0.51 0.48 0.67 0.22 -1.28 -1.57 -0.5 -0.6 -0.48 0.55 0.24 -0.2 -2.84 -2.2 -2.6 0.52 -0.11 -1.82 -0.85 0.62 -1.17 -1.71 -0.47 -0.38 -0.96 -0.27 -2.39 -0.66 -2.14 -1.33
0.39 0.18 0.3 0.97 0.59 0.17 0.77 0.53 -0.03 0.3 -0.96 0.53 0.41 -0.5 0.38 -0.26 0.44 -0.15 0.52 -1.37 -0.39 0.09 0.47 0.51 -0.09 1.05 0.04 -3.65 0.72 0.47 0.37 -0.31 -1.13 0.65 0.59 0.47 0.79 -2.19 -1.71 -0.27 -1.75 -0.07 0.95 0.29 -0.29 -4.18 -3.46 -3.79 1.75 -0.16 -0.91 -1.48 0.74 -0.34 -2.3 -2.72 -0.63 -1.12 0.14 -2.43 -0.54 -2.47 -0.67
0.5 0.09 0.2 1.14 0.75 0.37 0.9 0.37 0.26 0.24 -0.72 0.52 0.41 -1.02 0.6 -0.98 0.49 -0.67 0.56 -2.18 0.36 -0.6 -0.4 0.34 0.17 0.92 -0.61 -2.05 0.71 0.46 0.44 -0.84 -1.67 0.6 0.56 0.44 0.57 -0.92 -2.15 -1.14 -0.22 -1.06 0.55 0.45 -0.96 -3.38 -2.33 -3.29 1.21 1.15 0.04 0.59 0.57 -2.06 -1.74 -0.73 0.04 -1.21 0.39 -1.86 -1.4 -1.77 -1.43
0.31 -0.4 -0.72 1.85 1.53 0.74 1.37 0.77 1.11 0.62 -1.45 0.87 0.73 -1.19 0.65 -1.08 0.74 -1.28 0.88 -1.64 -0.49 -0.68 -0.78 0.46 0.1 0.72 -1.13 -3.25 0.89 0.82 0.7 -1.12 -1.6 -0.44 0.89 0.78 0.66 -1.36 -1.68 -1.65 -0.89 -1.59 0.89 0.62 -0.98 -4.25 -2.82 -3.7 -0.19 0.35 -1.22 0.29 0.96 -1.92 -2.04 -2.09 -0.69 -1.7 -0.38 -2.17 -1.64 -2.22 -2.33
0.02 -0.38 -0.16 1.18 1.54 0.94 1.64 1.02 1.23 0.82 -0.92 0.41 0.15 -0.97 0.26 -0.89 0.18 -0.82 0.26 -1.7 0.29 -0.75 -0.89 0.12 -0.43 0.64 -0.41 -0.79 0.44 0.31 0.1 -0.74 -1.25 0.82 0.33 0.22 0.27 0.09 -1.47 -0.91 -0.4 -1.14 0.41 0.14 -0.73 -1.35 -0.94 -0.93 0.2 0.08 -0.15 -0.21 0.46 -1.5 -1.73 -0.18 -0.03 -1.44 0.18 -1.34 -1.29 -1.96 -1.66
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0.54 -0.11 0.26 0.6 1.43 0.91 0.7 0.53 0.93 0.68 -0.82 0.72 0.56 -0.69 0.64 -0.72 0.55 -0.77 0.64 -2.1 0.55 -0.93 -0.75 -0.3 0.21 0.81 -0.75 -1.02 0.73 0.54 0.54 -0.94 -1.58 1.14 0.65 0.49 0.46 -0.87 -1.87 -0.94 -1.0 -1.13 0.7 0.48 -0.86 -1.98 -1.3 -2.2 -0.35 -0.43 -0.63 -0.55 0.61 -1.28 -1.26 -0.3 0.22 -1.48 0.44 -1.8 -1.02 -2.03 -1.36
-0.16 -0.04 -0.22 1.83 1.03 -0.01 0.8 0.25 0.93 0.36 -1.48 0.89 0.39 -0.79 0.41 -0.49 0.44 -0.5 0.37 -0.49 -0.31 0.34 -0.31 0.81 -0.22 1.05 -0.71 -3.76 0.61 0.43 0.35 -0.36 -0.31 -0.27 0.59 0.56 0.1 -1.62 -0.58 -0.56 -0.29 -0.53 0.9 0.39 -0.2 -3.03 -3.27 -2.93 -0.88 -0.06 -0.89 -0.45 1.05 -0.47 -1.3 -1.87 -0.85 0.01 -0.52 -0.35 -0.63 -0.9 -1.13
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0.77 -0.42 -0.33 1.38 1.2 0.42 1.41 0.65 0.68 0.43 -1.03 0.63 0.14 -0.82 0.17 -0.75 0.42 -0.8 0.28 -0.83 -0.05 -0.43 -0.3 0.04 0.24 0.86 -0.06 -0.67 0.92 0.58 0.15 -0.87 -0.5 0.28 0.73 0.63 0.68 0.19 -0.71 -0.64 -0.92 -0.6 0.78 0.29 -0.65 -0.97 -0.53 -1.12 -1.3 -2.62 -2.78 -2.36 0.75 -1.11 -0.98 0.08 -0.77 -1.08 -0.31 -0.94 -0.75 -1.21 -1.11
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0.2 -0.29 -0.11 1.35 1.58 0.87 1.37 0.89 1.21 0.73 -1.23 0.72 0.52 -1.07 0.52 -0.86 0.54 -0.93 0.65 -3.2 0.11 -0.23 0.01 0.63 0.14 0.99 -1.02 -3.3 0.71 0.51 0.42 -1.04 -2.34 0.42 0.62 0.48 0.34 -2.01 -2.56 -1.29 -0.86 -1.44 0.75 0.48 -0.9 -4.82 -3.87 -5.39 0.71 0.79 -0.14 0.1 0.76 -1.74 -2.86 -2.7 -0.34 -2.47 0.04 -3.16 -1.61 -3.23 -2.08
0.46 0.3 0.51 0.92 0.73 0.32 0.75 0.38 0.3 0.14 -0.94 0.66 0.42 -0.5 0.37 -0.37 0.4 -0.47 0.44 -1.88 0.24 0.27 0.31 0.85 0.73 1.14 -0.52 -2.3 0.73 0.57 0.24 -0.34 -1.36 0.51 0.63 0.49 0.49 -0.91 -1.61 -0.93 -0.12 -1.07 0.58 0.3 -0.3 -2.95 -3.06 -3.2 0.43 0.33 -0.37 -0.11 0.63 -1.1 -1.96 -1.65 -0.11 -1.26 0.29 -1.56 -1.22 -1.96 -1.66
0.01 -0.56 -0.34 1.45 1.49 0.51 1.58 0.86 1.26 0.77 -0.85 0.56 0.32 -1.03 0.37 -1.25 0.37 -1.02 0.47 -1.54 -0.21 0.74 0.53 1.01 0.73 1.2 -0.91 -2.43 0.69 0.49 0.28 -1.03 -0.88 0.19 0.68 0.43 0.21 -1.05 -0.99 -1.26 -0.51 -1.13 0.62 0.27 -1.04 -3.24 -3.38 -3.38 -1.03 -0.98 -1.31 -0.55 0.72 -1.51 -1.2 -0.88 -0.61 -0.67 -0.68 -1.14 -1.25 -1.6 -2.26
0.46 -0.2 -0.21 1.11 1.34 0.24 1.56 0.64 1.24 1.07 -1.03 0.9 0.49 -1.24 0.58 -1.4 0.58 -1.03 0.36 -1.44 0.14 -0.09 0.1 0.45 0.16 1.33 -0.47 -1.93 0.81 0.67 0.66 -1.19 -0.83 0.78 0.76 0.6 0.37 -3.24 -1.57 -1.46 -0.85 -1.47 0.89 0.61 -1.02 -3.29 -3.01 -3.36 -1.7 -0.51 -2.47 -1.11 0.97 -1.57 -2.05 -0.89 -0.46 -0.26 -0.09 -1.63 -1.76 -2.43 -2.58
0.25 -0.66 -0.5 1.21 0.58 0.13 0.54 0.02 0.17 -0.16 -0.93 0.85 0.62 -0.36 0.62 -0.36 0.63 -0.2 0.82 -1.73 0.44 0.01 0.13 0.34 0.08 0.96 -0.61 -1.27 0.8 0.56 0.49 -0.69 -1.56 1.0 0.7 0.59 0.43 -1.41 -1.62 -0.71 -0.61 -0.76 0.79 0.65 -0.56 -2.52 -1.8 -2.41 0.71 0.24 -0.5 -0.28 0.73 -1.29 -1.88 -0.56 0.19 -1.34 0.42 -1.9 -1.23 -1.9 -1.31
0.57 -0.23 -0.1 1.71 0.76 -0.11 0.74 0.3 0.1 0.07 -1.47 0.78 0.63 -1.28 0.79 -0.26 0.96 -0.56 0.94 -1.39 -0.82 -0.84 0.08 1.01 1.0 1.47 0.27 -6.25 1.0 0.36 0.59 -0.4 -1.74 0.49 0.83 0.55 0.9 -2.49 -2.93 -0.93 -2.47 -0.9 1.3 0.52 -0.67 -6.25 -2.19 -4.64 0.99 -0.7 -1.42 -2.8 1.06 -1.34 -3.3 -2.22 -1.74 -1.64 -0.18 -4.63 -1.15 -2.91 -1.52
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-0.06 -0.44 -0.48 1.92 1.78 1.0 1.3 1.05 1.24 0.99 -0.63 1.13 0.28 -0.92 0.38 -0.66 0.43 -1.24 0.58 -1.91 -0.66 -0.74 -0.7 0.56 -0.72 0.97 0.25 -3.36 0.58 0.21 0.28 -0.39 -1.6 0.56 0.42 0.24 0.73 -2.44 -2.07 -0.85 -1.88 -1.0 1.34 0.36 -0.4 -3.01 -3.28 -3.85 0.71 -2.01 -2.49 -4.19 1.24 -0.4 -2.68 -2.4 -1.06 -2.29 -0.57 -3.29 -1.03 -2.71 -1.43

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.