Heatmap: Cluster_20 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
0.37 -0.28 -0.37 0.8 1.26 0.79 1.75 0.81 0.95 1.01 -0.63 0.37 0.12 -0.42 0.08 -0.33 0.24 -0.37 0.21 -0.49 0.14 -1.42 -1.13 -0.15 -0.78 0.25 0.09 -0.33 0.55 0.54 0.24 -0.37 -0.82 0.23 0.54 0.5 0.51 -0.86 -0.69 -0.3 -0.82 -0.53 0.52 0.15 -0.58 -0.66 -0.06 -0.28 -1.73 -1.88 -1.62 -1.53 0.43 -0.37 -0.59 0.37 -0.2 -1.03 -0.4 -1.06 -0.72 -1.07 -1.09
-0.62 -1.66 -1.45 0.6 1.2 0.98 1.4 0.91 0.77 0.77 -1.54 0.34 -0.01 0.4 0.01 0.12 0.17 0.17 0.31 -0.52 0.29 -1.05 -0.85 -0.37 0.03 0.13 -0.55 0.05 0.3 0.37 0.1 0.39 -0.24 0.09 0.37 0.34 -0.29 0.31 -0.31 -0.21 -0.42 -0.57 0.58 0.13 0.43 -0.17 0.04 -0.29 -2.36 -2.73 -1.54 -1.33 0.5 -0.05 -0.54 0.01 -0.27 -0.94 -0.38 -0.73 -0.74 -0.77 -0.76
-0.06 -0.58 -0.41 0.54 1.13 0.72 1.1 0.75 0.72 0.69 -1.12 0.43 -0.09 -0.25 -0.13 -0.32 0.12 -0.46 0.15 -0.5 0.09 -0.5 -0.65 -0.36 -0.38 -0.06 -0.75 0.52 0.58 0.51 -0.07 -0.09 -0.53 -0.28 0.51 0.6 0.02 1.23 -0.24 -0.7 -0.67 -0.64 0.37 -0.15 -0.15 0.27 0.5 0.33 -1.92 -1.94 -0.7 -1.23 0.37 -0.42 -0.4 0.56 -0.32 -1.02 -0.48 -0.69 -1.1 -0.8 -1.0
-0.78 -1.07 -0.84 0.76 1.43 1.02 1.55 0.93 1.03 0.92 -0.15 0.14 -0.39 0.32 -0.33 0.17 -0.2 0.28 -0.1 -0.3 0.09 -1.8 -1.11 -0.63 -0.98 -0.27 -0.09 0.08 0.04 0.08 -0.21 0.18 -0.33 0.19 -0.03 -0.01 -0.28 -0.45 -0.42 0.1 -0.69 -0.16 0.32 -0.27 0.35 0.17 0.35 0.12 -2.18 -2.49 -1.36 -1.96 0.27 0.41 -0.39 0.23 0.13 -0.92 -0.34 -0.54 -0.24 -0.74 -0.23
0.04 -0.44 -0.35 0.98 1.43 0.86 1.4 0.75 1.04 0.95 -0.96 0.35 0.05 -0.08 0.04 -0.07 0.13 -0.02 0.45 -0.33 0.17 -1.3 -1.19 -0.84 -0.81 0.2 -0.57 -0.44 0.55 0.53 0.2 -0.04 -0.3 0.29 0.58 0.52 0.31 -0.03 -0.38 -0.25 -0.96 -0.47 0.53 0.06 -0.03 -0.4 -0.52 -0.7 -1.36 -2.07 -2.16 -1.89 0.5 -0.29 -0.58 -0.03 -0.14 -1.07 -0.43 -1.03 -0.55 -1.08 -0.67
-1.03 -0.68 -0.65 0.25 1.22 1.13 1.38 1.07 1.15 0.88 0.16 -0.23 -0.83 0.64 -0.77 0.57 -0.6 0.3 -0.8 0.42 0.02 -1.12 -0.97 -0.29 -0.9 0.01 0.16 -0.41 -0.27 -0.17 -0.83 0.47 0.32 0.06 -0.17 -0.15 -0.67 0.28 0.54 0.41 -0.57 0.47 0.01 -0.89 0.82 0.12 -0.25 -0.07 -3.2 -5.98 -4.11 -5.21 -0.05 -0.17 0.25 -0.25 -0.15 -0.4 -0.28 -0.84 -0.35 -0.06 0.15
0.02 -0.07 -0.0 0.03 0.9 0.72 1.0 0.83 0.64 0.65 -0.25 0.39 -0.14 -0.03 0.03 0.0 0.18 0.03 0.28 -0.35 0.1 -0.79 -0.34 -0.34 -0.75 -0.04 -0.1 -0.46 0.5 0.52 0.09 -0.01 -0.37 0.08 0.54 0.5 0.38 0.11 -0.48 -0.06 -0.6 -0.44 0.51 -0.05 0.09 -0.54 0.07 -0.44 -0.73 -1.9 -0.78 -1.31 0.49 0.22 -0.55 -0.05 -0.06 -1.13 -0.23 -0.85 -0.34 -0.88 -0.48
0.14 0.32 0.53 0.27 1.64 1.08 1.95 1.1 1.1 0.97 0.94 -0.37 -0.39 0.15 -0.45 0.01 -0.43 0.1 -0.4 -0.58 0.26 -1.78 -1.53 -0.43 -1.01 -0.04 0.66 -0.68 -0.23 -0.27 -0.41 0.11 -0.71 0.52 -0.25 -0.3 0.16 -0.75 -0.26 0.1 -1.12 -0.18 -0.24 -0.43 -0.01 -0.81 -0.45 -0.69 -1.45 -1.75 -1.51 -2.28 -0.3 -0.25 -0.44 0.24 0.36 -1.01 0.25 -1.13 -0.44 -0.87 -0.54
-0.32 -0.45 -0.35 0.49 1.32 0.97 1.41 1.0 1.08 0.95 -0.38 0.14 -0.5 -0.02 -0.44 -0.0 -0.37 0.12 -0.17 -0.09 0.19 -1.18 -0.94 -0.58 -0.76 -0.21 0.26 -0.42 -0.03 -0.03 -0.38 0.05 -0.03 0.21 -0.07 -0.08 -0.06 -0.43 -0.14 0.23 -0.32 0.26 0.24 -0.45 0.18 -0.19 0.01 -0.08 -1.59 -2.12 -1.5 -1.51 0.19 -0.11 -0.35 -0.05 0.13 -0.54 -0.07 -0.24 0.09 -0.28 -0.05
-0.42 -0.51 -0.52 0.24 0.92 0.64 1.35 0.88 0.76 0.61 -0.76 -0.07 -0.43 0.46 -0.4 0.47 -0.31 0.32 -0.16 -0.37 0.46 -1.96 -1.19 -0.43 -0.85 -0.12 -0.11 0.51 0.11 0.19 -0.24 0.23 -0.35 0.52 0.2 0.24 -0.2 0.55 -0.18 0.22 -0.68 -0.35 0.11 -0.5 0.41 0.49 0.95 0.76 -2.3 -2.92 -2.94 -2.69 0.1 -0.27 -0.53 0.6 0.2 -1.24 -0.04 -0.83 -0.53 -1.0 -0.49
-0.47 -0.91 -0.74 0.39 1.33 0.77 1.3 0.97 1.17 0.89 -0.87 0.58 -0.05 -0.04 -0.06 -0.19 -0.02 -0.11 0.11 -0.43 0.09 -0.74 -0.36 -0.02 0.12 0.15 -0.48 -0.65 0.49 0.46 -0.09 -0.07 -0.27 0.18 0.51 0.5 -0.03 0.76 -0.43 -0.3 -0.29 -0.35 0.66 -0.1 0.12 -0.62 -0.42 -0.58 -1.87 -2.38 -1.53 -1.64 0.61 -0.22 -0.66 -0.18 -0.37 -0.7 -0.36 -0.68 -0.71 -0.71 -0.82
-0.04 -0.47 -0.38 0.89 1.92 1.31 1.93 1.37 1.69 1.24 -1.03 0.33 0.12 -0.62 0.06 -0.56 0.19 -0.51 0.29 -1.97 0.25 -1.06 -0.98 0.0 -0.77 0.35 -0.71 -0.65 0.52 0.46 0.15 -0.56 -1.45 0.34 0.48 0.39 0.17 -0.05 -1.9 -1.05 -0.65 -1.17 0.71 0.11 -0.35 -1.42 -1.05 -1.34 -1.38 -1.38 -1.89 -1.34 0.65 -1.12 -1.73 -0.06 -0.2 -1.92 -0.08 -1.77 -1.35 -2.6 -1.61
1.14 0.74 1.02 0.34 1.47 1.01 1.36 0.9 1.26 0.86 -0.77 0.11 -0.16 -0.61 -0.07 -0.52 0.04 -0.65 0.09 -1.18 0.26 -0.55 -0.23 -0.01 -0.42 0.26 -0.6 -0.55 0.41 0.37 -0.06 -0.5 -1.11 0.61 0.4 0.33 0.81 0.16 -0.97 -0.55 -0.7 -0.71 0.47 -0.16 -0.49 -0.8 -0.62 -0.89 -1.72 -3.43 -1.57 -2.47 0.44 -1.06 -1.09 -0.19 0.0 -1.29 0.01 -1.38 -0.73 -1.33 -0.88
-0.34 -0.7 -0.67 0.4 1.42 0.72 1.28 0.91 1.2 0.75 -0.79 0.44 -0.13 0.17 -0.09 0.26 0.1 0.16 0.26 -0.84 -0.05 -0.44 -0.05 -0.24 -0.15 0.01 -0.12 -0.4 0.38 0.51 0.01 0.32 -0.89 0.34 0.48 0.46 0.19 0.07 -0.98 -0.21 -1.01 -0.21 0.77 -0.17 0.4 -0.58 -0.29 -0.41 -1.73 -4.16 -2.31 -3.64 0.68 0.51 -1.06 -0.52 -0.1 -1.43 -0.34 -1.18 -0.37 -1.16 -0.64
-0.24 -0.87 -0.54 0.86 1.41 0.98 1.59 1.09 1.06 0.83 -1.22 0.38 0.17 0.34 0.17 0.38 0.24 0.36 0.38 -0.78 0.21 -1.29 -1.01 -0.36 -0.48 0.29 -0.61 -1.76 0.57 0.57 0.19 0.48 -0.47 0.14 0.58 0.61 0.17 -0.48 -0.99 -0.52 -0.45 -0.71 0.51 0.23 0.65 -2.0 -1.79 -2.16 -0.11 -1.07 -1.13 -1.28 0.56 -0.45 -1.32 -1.28 -0.24 -1.44 -0.32 -0.9 -0.94 -1.41 -1.17
-0.16 -0.08 -0.01 0.28 1.29 0.81 1.47 0.91 1.09 0.79 -0.45 0.33 -0.09 -0.19 -0.15 -0.11 -0.02 0.01 0.03 -0.45 0.12 -1.63 -1.51 -0.41 -1.05 -0.26 -0.16 0.01 0.3 0.32 -0.14 -0.1 -0.48 0.15 0.28 0.33 0.09 0.06 -0.35 -0.01 -0.58 -0.4 0.5 -0.14 0.04 -0.16 0.15 0.02 -2.09 -2.13 -1.32 -1.64 0.41 -0.1 -0.38 0.53 0.08 -0.87 -0.29 -0.59 -0.37 -0.76 -0.44
-0.08 -0.4 -0.54 0.12 1.12 0.74 1.19 0.78 1.01 0.62 -0.36 0.19 -0.25 0.56 -0.22 0.54 -0.15 0.45 -0.15 -0.52 0.17 -0.94 -0.41 -0.31 -0.33 0.01 -0.2 -0.22 0.06 0.06 -0.22 0.45 -0.63 0.32 0.06 0.04 -0.05 0.74 -0.16 0.07 -0.37 0.14 0.16 -0.2 0.45 -0.43 -0.21 -0.36 -1.25 -1.19 -1.18 -0.97 0.12 -0.29 -0.23 -0.33 -0.09 -0.88 -0.25 -0.69 -0.47 -0.45 -0.43
-0.31 -0.6 -0.36 0.9 1.82 1.08 1.99 1.25 1.52 1.11 -0.27 0.08 -0.17 -0.03 -0.12 -0.05 0.0 -0.05 0.11 -1.2 -0.17 -1.16 -1.17 -0.26 -0.48 0.05 -0.29 -0.42 0.22 0.22 -0.08 0.0 -1.0 -0.05 0.26 0.16 0.08 -0.54 -1.14 -0.45 -0.69 -0.56 0.22 -0.03 0.07 -0.56 -0.12 -0.27 -1.22 -1.53 -1.46 -1.7 0.25 -0.82 -1.13 0.31 -0.29 -1.21 -0.56 -0.86 -0.78 -1.19 -0.9
-0.01 -0.46 -0.42 0.51 1.18 0.69 1.29 0.89 0.97 0.66 -0.81 0.46 -0.09 -0.25 -0.12 -0.43 -0.05 -0.27 0.37 -1.2 0.29 -0.83 -0.62 0.02 -0.49 0.46 -0.38 -0.27 0.35 0.25 -0.11 -0.2 -1.03 0.35 0.25 0.24 0.4 1.21 -0.67 -0.3 -0.35 -0.49 0.6 -0.03 -0.09 -0.94 -0.34 -0.62 -0.38 -1.12 -0.72 -0.98 0.59 0.09 -0.83 0.31 0.07 -1.32 -0.17 -1.13 -0.77 -1.27 -1.03
-0.08 -0.12 -0.04 0.19 1.38 0.99 1.58 1.22 1.08 0.94 -0.34 -0.15 -0.32 0.39 -0.34 0.27 -0.22 0.33 -0.15 -0.48 0.11 -1.57 -1.39 -0.59 -1.39 -0.37 0.22 -0.09 0.06 0.1 -0.19 0.29 -0.31 0.31 0.03 0.05 0.12 0.56 -0.48 0.14 -0.65 0.07 0.01 -0.28 0.38 -0.34 0.16 -0.05 -2.05 -2.95 -2.5 -2.67 -0.02 0.03 -0.67 0.2 -0.02 -1.21 -0.24 -0.79 -0.25 -1.12 -0.31
-0.99 -0.97 -0.74 -0.29 1.61 1.41 1.71 1.24 1.36 1.1 -0.17 -0.17 -0.87 0.45 -0.71 0.11 -0.57 0.41 -0.56 0.14 0.3 -2.1 -1.5 -0.67 -1.01 -0.08 -0.15 0.23 -0.24 -0.15 -0.66 0.16 -0.01 0.31 -0.18 -0.21 -0.35 -0.27 -0.1 0.35 -0.88 0.23 -0.04 -0.79 0.55 0.26 0.46 0.46 -2.86 -4.69 -2.76 -4.04 -0.1 0.19 -0.22 0.34 -0.15 -0.96 -0.28 -1.24 -0.64 -0.84 -0.05
-0.56 -1.23 -0.84 1.29 1.85 1.14 1.78 1.06 1.39 1.03 -0.96 0.45 -0.25 -0.31 -0.25 -0.35 -0.07 -0.47 -0.01 -0.81 0.11 -1.58 -0.97 -0.31 -0.44 0.04 -0.77 -0.01 0.32 0.36 -0.04 -0.4 -0.64 0.15 0.34 0.3 -0.1 0.32 -0.89 -0.72 -0.69 -0.92 0.69 -0.21 -0.23 -0.21 0.23 -0.12 -1.85 -2.45 -1.26 -2.28 0.57 -0.67 -0.83 0.51 -0.19 -1.05 -0.58 -0.78 -1.13 -1.1 -1.15
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-0.16 -0.92 -0.64 0.02 1.3 0.93 1.37 0.98 0.83 0.8 -1.0 0.32 -0.01 -0.13 0.09 -0.32 0.22 -0.24 0.23 -0.52 0.12 -0.77 -0.64 -0.73 0.18 0.15 -0.47 0.3 0.44 0.42 0.16 -0.42 -0.64 0.21 0.43 0.38 -0.09 0.27 -0.18 -0.4 -0.4 -0.5 0.49 0.04 0.03 -0.15 0.18 -0.02 -1.96 -2.83 -2.37 -2.14 0.51 -0.41 -0.41 0.6 -0.03 -0.77 -0.15 -0.53 -0.78 -0.65 -0.76
-0.37 -0.63 -0.53 0.54 1.44 0.78 1.77 0.92 1.04 0.97 -0.33 0.18 -0.33 0.23 -0.18 0.17 -0.11 0.16 -0.1 -0.62 -0.08 -1.13 -1.16 -0.62 -0.71 -0.13 0.39 0.1 0.2 0.12 -0.14 0.24 -0.93 0.08 0.21 0.25 -0.01 -0.07 -0.85 0.22 -1.37 -0.13 0.46 -0.15 0.32 0.03 0.44 0.3 -1.73 -2.03 -1.53 -2.68 0.41 -0.22 -0.97 0.27 -0.07 -1.63 -0.42 -1.39 -0.29 -1.26 -0.34
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-0.04 -0.63 -0.49 0.66 1.17 0.63 0.37 0.45 0.95 0.47 -1.12 0.57 0.15 -0.31 -0.1 -0.39 0.09 -0.35 0.16 -0.46 0.19 -0.33 -0.07 0.42 0.17 0.49 -0.88 -0.29 0.62 0.64 -0.03 -0.23 0.08 0.05 0.65 0.69 0.13 1.29 -0.27 -0.22 -0.39 -0.4 0.65 -0.12 0.02 -0.27 -0.12 -0.37 -2.82 -4.79 -1.83 -2.68 0.65 -0.67 -0.63 -0.12 -0.0 -0.68 -0.19 -1.0 -0.93 -0.8 -1.01
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0.25 -0.08 -0.0 0.89 1.74 0.94 1.31 0.43 1.21 1.0 -0.42 0.07 -0.07 0.15 0.05 0.12 0.07 0.15 0.15 -0.7 -0.09 -0.88 -1.09 -0.26 -0.89 0.19 0.08 -1.38 0.33 0.18 0.02 0.17 -0.42 0.27 0.2 0.07 0.41 -0.53 -0.67 0.09 -0.47 0.13 0.23 0.02 0.18 -1.6 -1.44 -1.51 -0.16 -0.78 -1.25 -1.1 0.22 0.05 -1.08 -0.54 -0.41 -0.67 -0.56 -0.8 -0.37 -1.1 -0.59
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-0.48 -1.01 -0.89 0.48 1.39 0.86 1.5 1.1 1.16 0.9 -0.62 0.29 -0.07 0.07 -0.14 -0.1 0.02 -0.01 0.11 -0.62 0.19 -0.92 -0.69 -0.13 -0.69 0.16 0.12 -0.68 0.37 0.44 -0.01 0.06 -0.53 0.13 0.39 0.4 -0.02 0.02 -0.68 -0.15 -0.33 -0.09 0.42 -0.05 0.04 -0.94 -0.39 -0.54 -0.87 -1.03 -0.79 -0.87 0.43 -0.23 -0.8 -0.44 -0.04 -1.05 -0.13 -0.65 -0.41 -0.97 -0.66
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0.12 -0.61 -0.43 0.27 1.43 0.89 1.24 0.79 1.26 0.91 -1.28 0.24 -0.02 -0.66 -0.01 -0.4 0.16 -0.56 0.25 -0.18 0.11 -1.32 -0.93 -0.15 -0.83 0.2 -0.51 -0.05 0.46 0.44 0.09 -0.54 0.2 -0.19 0.44 0.42 0.36 0.45 -0.08 -0.3 -0.5 -0.32 0.53 -0.06 -0.38 0.13 -0.19 -0.09 -1.71 -1.97 -1.74 -1.97 0.41 -0.32 -0.48 0.48 -0.2 -0.42 -0.68 -0.46 -0.63 -0.77 -0.87

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.