Heatmap: Cluster_89 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.17 -0.91 -0.88 0.63 0.74 0.23 0.66 0.69 0.58 0.54 -0.94 0.4 0.55 -0.26 0.5 -0.26 0.51 -0.04 0.79 -1.1 0.04 -0.84 -0.49 0.03 -0.38 0.52 -0.23 -0.07 0.68 0.73 0.85 -0.27 -0.59 -0.12 0.76 0.8 0.36 0.55 -1.55 -0.19 -0.12 -0.08 0.97 0.53 -0.15 -1.17 -0.32 -0.85 -0.41 -1.31 -0.96 -1.33 0.71 -0.84 -2.03 -0.06 -0.23 -1.16 -0.26 -1.23 -0.8 -2.06 -0.91
-0.8 -1.23 -1.01 0.73 1.38 0.92 1.74 1.09 0.95 0.99 -0.14 0.23 0.2 0.29 0.27 0.32 0.36 0.19 0.45 -0.97 0.17 -2.19 -1.54 -0.81 -1.12 -0.32 -0.12 -0.21 0.53 0.65 0.33 0.27 -0.88 -0.05 0.49 0.6 -0.24 -0.97 -0.8 -0.56 -0.2 -0.89 0.41 0.31 0.41 -0.5 -0.01 -0.04 -2.04 -3.47 -3.23 -3.27 0.38 0.75 -1.06 -0.02 0.1 -1.67 -0.43 -1.24 -1.0 -1.46 -0.85
-0.64 -1.77 -1.44 0.65 1.41 0.88 1.54 1.32 1.13 1.23 -0.85 0.43 -0.02 0.27 -0.05 0.3 0.13 0.23 0.35 -0.71 0.48 -1.73 -1.15 -0.49 -0.41 0.11 -0.5 0.07 0.24 0.48 0.19 0.26 -0.63 0.15 0.38 0.5 0.04 0.37 -1.18 -0.26 -0.07 -0.43 0.88 -0.04 0.42 -0.75 -0.0 -0.31 -2.17 -3.6 -2.43 -3.94 0.68 -1.22 -1.52 -0.28 -0.04 -1.5 -0.3 -1.27 -1.24 -1.72 -0.95
0.16 -0.35 -0.27 0.24 0.57 0.02 0.28 0.46 0.27 0.25 -0.97 0.39 0.64 0.01 0.52 -0.08 0.61 -0.32 0.95 -0.67 0.39 -0.27 0.28 -0.27 -0.09 0.22 -0.7 -0.39 0.74 1.01 0.79 -0.14 -0.36 0.08 0.72 0.84 0.4 0.61 -1.11 -0.17 0.08 -0.19 1.08 0.47 0.13 -1.23 -0.48 -0.95 -1.19 -3.19 -1.8 -2.0 0.72 -1.64 -1.03 -0.44 -0.21 -1.12 -0.12 -0.98 -1.02 -1.56 -1.06
-0.84 -1.57 -1.36 0.22 0.8 0.68 1.18 0.95 0.37 0.61 -1.35 0.44 -0.21 0.33 -0.17 0.39 -0.01 0.17 0.15 0.08 0.14 -1.63 -0.96 -0.63 -0.47 -0.18 -0.61 0.06 0.24 0.42 -0.08 0.52 0.18 -0.28 0.14 0.39 -0.35 1.42 -0.0 -0.15 -0.07 0.02 0.57 0.02 0.78 0.22 0.17 0.17 -3.0 -4.58 -1.78 -2.11 0.48 -1.09 -0.38 0.15 -0.25 -0.39 -0.57 -0.41 -0.6 -0.11 -0.51
-0.53 -1.66 -1.52 0.88 1.0 0.74 1.25 0.9 0.68 0.77 -0.13 0.24 0.05 0.47 0.05 0.28 0.32 0.21 0.25 -0.18 0.44 -1.08 -0.43 -0.22 0.08 0.38 -0.15 -0.66 0.42 0.59 0.22 0.18 -0.15 0.27 0.58 0.47 -0.16 -0.56 -0.53 -0.0 -0.07 0.07 0.71 0.21 0.5 -1.33 -0.89 -0.47 -2.43 -3.97 -2.89 -4.13 0.46 -0.17 -1.13 -0.56 -0.06 -0.76 -0.27 -0.86 -0.68 -1.07 -0.18
-0.24 -1.07 -0.88 0.11 1.3 0.86 1.51 1.24 1.04 1.11 -0.08 -0.1 -0.12 -0.03 -0.16 -0.07 -0.06 0.15 0.29 -0.89 0.4 -1.58 -0.88 -0.13 -1.02 0.42 0.16 0.49 0.08 0.19 0.26 -0.12 -0.43 0.21 0.18 0.17 0.24 0.64 -1.29 -0.11 -0.04 -0.16 0.48 -0.07 0.05 -0.4 0.17 0.08 -1.67 -2.61 -1.38 -2.74 0.17 -0.85 -1.76 0.48 0.08 -1.38 -0.08 -0.92 -0.97 -1.86 -0.69
-0.06 -0.46 -0.39 0.36 0.61 0.34 0.84 0.54 0.3 0.3 -0.4 0.17 0.13 -0.37 0.02 -0.3 0.21 -0.24 0.23 -0.75 0.12 -0.59 -0.14 0.12 0.36 0.44 -0.49 0.13 0.58 0.68 0.13 -0.43 0.0 -0.24 0.62 0.72 0.13 1.54 -0.99 -0.37 0.21 0.11 0.37 0.03 -0.32 -0.35 0.04 -0.09 -1.16 -2.02 -1.53 -1.76 0.29 -0.8 -0.87 0.45 -0.23 -0.67 -0.21 -0.68 -0.59 -0.86 -0.56
-0.6 -1.13 -0.82 0.43 1.23 0.6 1.38 0.97 0.72 0.71 -1.09 0.14 -0.1 0.58 -0.1 0.73 0.08 0.5 0.26 -0.98 0.22 -2.08 -1.69 -0.77 -1.06 -0.15 -0.18 0.6 0.21 0.31 0.28 0.48 -0.85 0.34 0.3 0.31 0.3 0.36 -1.13 0.21 -1.06 -0.2 0.64 0.0 0.67 -0.38 0.83 0.27 -4.76 -6.04 -4.38 -5.64 0.24 0.03 -1.28 1.05 -0.28 -1.74 -0.64 -1.7 -0.39 -1.67 -0.32
-0.7 -0.96 -1.08 0.17 1.18 0.82 1.19 1.19 1.0 1.07 -0.73 0.2 0.21 -0.22 0.26 -0.13 0.17 -0.16 0.52 -0.76 0.34 -1.5 -1.06 -0.07 -0.89 0.3 0.19 -0.17 0.38 0.6 0.46 -0.05 -0.62 -0.22 0.65 0.6 -0.14 1.35 -1.04 0.04 -0.56 -0.03 0.79 0.22 0.1 -0.57 0.06 -0.42 -2.04 -2.89 -0.58 -1.88 0.32 -1.28 -1.72 0.03 -0.29 -1.66 -0.45 -1.37 -0.74 -1.69 -0.89
-0.7 -1.39 -1.07 0.13 1.38 0.73 1.47 1.14 0.75 0.87 -1.32 0.46 0.1 0.03 0.14 0.09 0.33 -0.19 0.49 -0.83 0.4 -1.24 -0.77 -0.5 0.02 0.17 -0.8 0.4 0.39 0.47 0.34 0.16 -0.73 0.13 0.5 0.63 0.27 0.44 -0.99 -0.41 -0.31 -0.8 0.95 0.21 0.13 -0.15 0.38 0.13 -4.48 -5.79 -3.93 -4.69 0.61 -0.33 -1.33 0.37 -0.17 -1.27 -0.28 -1.3 -1.02 -1.35 -1.18
-0.68 -1.49 -1.19 0.84 1.22 0.87 1.56 0.99 0.77 0.96 -1.02 0.27 -0.03 0.05 -0.1 0.08 0.16 0.23 0.29 -0.9 0.27 -1.97 -1.38 -0.72 -0.36 0.15 -0.29 0.53 0.34 0.41 0.14 0.17 -0.57 0.25 0.39 0.44 -0.24 0.06 -1.34 -0.8 -0.3 -0.98 0.61 0.16 0.27 0.15 0.65 0.39 -1.29 -2.56 -1.29 -1.7 0.33 -1.02 -1.65 1.08 -0.06 -1.26 -0.23 -0.89 -1.4 -1.46 -1.5
-0.11 -0.47 -0.38 0.79 1.47 1.07 1.73 1.29 1.28 0.96 -1.37 -0.25 -0.18 -0.14 -0.45 -0.1 -0.11 -0.01 -0.01 -0.83 0.26 -0.65 -0.52 0.23 -0.82 0.51 -0.39 -0.39 0.29 0.25 -0.03 -0.17 -0.66 0.32 0.31 0.3 0.01 0.54 -0.86 -0.1 0.12 -0.33 -0.14 -0.17 0.08 -0.63 -0.31 -0.56 -0.81 -1.98 -1.25 -1.42 -0.17 -0.94 -1.26 -0.15 0.15 -1.12 -0.17 -1.03 -0.51 -1.1 -0.82
-0.49 -1.23 -1.0 0.44 1.15 0.68 1.57 1.11 0.73 0.91 -1.07 0.13 -0.12 0.38 -0.15 0.44 0.0 0.42 0.11 -0.8 0.4 -3.14 -2.43 -1.26 -1.57 -0.43 -0.64 1.16 0.29 0.52 0.15 0.24 -0.76 0.15 0.41 0.45 -0.1 0.71 -1.23 -0.43 -0.43 -0.89 0.81 -0.04 0.37 0.29 1.04 0.87 -2.65 -4.33 -2.81 -4.09 0.51 -1.22 -1.46 0.95 0.06 -1.71 -0.4 -1.61 -1.54 -1.82 -1.38
-0.29 -1.05 -0.57 0.6 0.66 0.65 1.17 0.78 0.18 0.46 -0.76 0.35 -0.01 0.58 -0.31 0.52 0.07 0.55 -0.0 -0.29 0.04 -1.36 -0.93 -0.52 -0.07 -0.24 -0.1 -0.25 0.53 0.57 0.08 0.62 0.07 -0.25 0.43 0.5 -0.05 1.08 -0.41 -0.45 -0.27 -0.59 0.33 0.02 0.8 -0.09 0.32 0.01 -3.09 -4.53 -2.51 -2.73 0.29 -0.39 -0.62 0.62 -0.17 -0.51 -0.45 -0.48 -0.93 -0.72 -0.97
-0.6 -1.76 -1.54 0.4 1.51 0.82 1.59 1.26 1.03 1.15 -1.06 0.58 0.52 0.3 0.51 0.17 0.56 0.31 0.73 -1.48 0.0 -1.42 -0.98 -0.45 -0.33 0.32 -0.66 -1.02 0.55 0.79 0.8 0.36 -0.81 -0.14 0.78 0.8 0.08 -0.06 -1.65 -0.64 -0.34 -0.54 1.14 0.61 0.38 -2.06 -1.16 -1.4 -1.46 -2.52 -1.8 -2.63 0.93 -1.63 -2.03 -1.43 -0.44 -1.71 -0.55 -1.84 -1.49 -2.17 -1.65
-0.04 0.05 0.1 0.24 1.05 0.41 -0.01 -0.16 1.19 0.54 -1.08 0.08 -0.44 -0.02 -0.42 0.01 -0.24 -0.17 -0.29 0.08 -0.02 -0.4 -0.09 -0.32 -0.76 -0.2 -0.66 0.09 0.06 0.16 -0.28 0.02 0.25 -0.06 0.18 0.14 0.08 1.13 0.03 0.08 -0.02 0.08 0.39 -0.45 0.19 0.36 0.24 0.5 -2.67 -3.54 -2.18 -2.84 0.26 0.38 -0.03 0.59 -0.24 0.02 -0.7 0.13 -0.29 -0.03 -0.55
0.36 0.39 0.35 0.12 0.97 0.81 0.49 0.1 1.06 0.76 -0.43 0.14 -0.2 0.16 -0.36 0.2 0.01 -0.01 -0.1 0.3 0.26 -0.32 -0.12 -0.06 -0.48 0.52 -0.09 -0.84 0.19 0.38 -0.24 0.1 0.11 -0.15 0.38 0.36 0.01 0.07 0.33 -0.28 -0.04 -0.08 0.2 -0.23 0.24 -1.06 -0.66 -0.72 -1.95 -2.72 -2.3 -1.73 0.19 -0.67 0.49 -0.56 -0.01 -0.39 -0.27 -0.02 -0.38 0.01 -0.66
-0.16 -0.44 -0.44 0.4 1.22 0.76 0.72 0.16 0.85 0.55 -1.05 0.35 -0.08 0.71 -0.09 0.78 -0.01 0.67 0.33 -0.65 0.18 -1.12 -0.8 -0.43 -1.11 -0.18 -0.29 -1.19 0.34 0.43 0.13 0.8 -0.42 0.16 0.4 0.48 0.31 -0.17 -0.53 0.46 -0.55 0.19 0.44 0.01 0.85 -1.13 -0.52 -0.79 -1.52 -2.45 -1.58 -1.57 0.38 0.62 -0.83 -0.52 -0.15 -1.22 -0.53 -0.61 -0.01 -1.11 -0.19
-0.14 -1.32 -1.22 0.5 0.87 0.62 0.86 0.41 0.55 0.54 -1.54 0.23 0.19 0.35 0.17 0.21 0.25 0.62 0.52 -0.03 0.27 -1.43 -0.75 -0.48 0.11 -0.01 -0.64 -0.54 0.32 0.38 0.24 0.5 0.53 0.14 0.41 0.36 0.17 0.51 0.06 -0.43 0.57 -0.39 0.43 0.0 0.33 -0.78 -0.63 -0.97 -0.78 -1.1 -1.32 -1.24 0.32 -1.36 -0.38 -0.18 -0.27 -0.09 -0.63 0.43 -1.03 -0.37 -1.48
-0.61 -0.98 -0.77 0.48 1.43 0.99 1.1 0.93 1.28 0.88 -0.31 -0.12 -0.16 0.41 -0.2 0.21 -0.13 0.26 -0.03 -0.23 0.38 -2.1 -1.91 -0.42 -0.87 -0.04 -0.24 -0.84 0.11 0.17 -0.03 0.27 0.08 -0.02 0.17 0.23 -0.5 -0.29 0.2 0.23 0.47 -0.1 -0.02 -0.06 0.46 -0.63 -0.7 -0.46 -1.63 -2.33 -2.37 -3.03 0.06 -0.21 -0.17 -0.08 0.43 -0.32 -0.17 0.04 -0.17 -0.4 -0.02
-1.42 -2.94 -2.68 1.05 1.42 0.72 1.1 0.58 1.0 0.63 -1.83 0.51 0.18 0.09 0.23 0.1 0.34 -0.0 0.52 -0.8 -0.19 -2.75 -2.1 -0.75 -0.37 -0.31 -1.1 0.62 0.38 0.5 0.36 0.11 -0.32 -0.65 0.38 0.4 -0.08 0.32 -0.47 -0.95 -0.36 -0.85 0.77 0.34 0.07 0.37 0.86 0.66 -3.33 -3.4 -3.34 -3.26 0.66 -0.67 -0.78 1.45 -0.52 -0.76 -0.98 0.17 -1.04 -0.89 -1.16
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-0.47 -1.74 -1.43 1.13 1.25 0.51 1.48 0.89 0.89 0.75 -2.03 0.53 0.08 0.45 0.22 0.18 0.33 0.31 0.45 -0.91 -0.01 -1.94 -1.74 -0.55 0.21 0.08 -1.02 0.59 0.32 0.41 0.56 0.38 -0.8 -0.4 0.33 0.38 0.23 0.5 -1.02 -0.76 -0.5 -0.99 0.97 0.28 0.43 0.23 0.34 0.43 -3.9 -4.56 -4.56 -4.34 0.67 -0.82 -1.23 0.83 -0.76 -1.17 -1.24 -0.91 -1.64 -0.98 -1.48
-0.13 -1.33 -0.96 0.72 1.02 0.39 1.16 0.79 0.79 0.57 -1.2 0.51 0.82 0.06 0.7 0.13 0.68 0.21 0.93 -0.99 -0.14 -1.13 -1.25 -0.03 -0.5 0.32 -0.62 -0.81 0.83 1.03 1.01 0.24 -1.06 -0.3 0.97 1.05 0.61 0.01 -1.57 -0.57 -0.87 -0.66 1.07 0.67 0.49 -1.55 -1.32 -1.12 -1.89 -2.8 -2.31 -2.1 0.73 -0.49 -1.65 -0.5 -0.67 -1.67 -0.86 -1.58 -1.1 -1.99 -1.42
-0.66 -1.63 -1.46 0.24 1.59 1.2 1.01 0.6 1.31 1.2 -0.78 0.43 -0.03 -0.06 -0.1 -0.04 0.11 -0.01 0.17 -0.02 0.42 -2.27 -1.51 -0.7 -1.1 -0.29 -0.65 0.15 0.47 0.59 0.14 -0.08 0.26 -0.29 0.5 0.56 -0.0 0.68 -0.03 -0.74 -0.02 -0.92 0.72 -0.0 0.08 0.05 0.16 0.06 -1.71 -3.09 -2.03 -3.64 0.74 -2.12 -0.7 0.32 0.16 -0.56 -0.48 -0.56 -2.01 -0.7 -1.39
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-0.97 -1.06 -1.19 0.37 1.86 1.38 1.74 0.77 1.85 1.36 -0.9 0.68 0.05 0.74 -0.07 0.65 0.16 0.98 0.1 -0.53 0.94 - - - - - -0.43 -0.85 0.51 0.4 0.17 1.12 -0.19 0.98 0.38 0.37 -0.32 -2.14 -1.47 -0.09 -0.08 -0.87 0.42 0.17 0.84 -1.31 -0.26 -0.6 -4.37 -3.33 -2.53 -2.86 0.47 -1.13 -2.1 -0.81 -0.59 -1.98 -0.34 -1.91 -1.22 -2.38 -2.08
-0.47 -1.17 -0.83 0.82 1.52 0.92 0.83 0.19 1.16 0.75 -1.17 0.55 0.0 -0.07 -0.0 -0.12 0.08 -0.24 0.21 -0.68 -0.01 -2.09 -1.7 -0.36 -0.56 -0.4 -0.74 0.31 0.42 0.5 0.07 -0.07 -0.48 -0.32 0.46 0.45 0.13 0.9 -0.38 -0.6 -0.35 -0.62 0.8 -0.06 0.18 0.15 0.54 0.39 -2.91 -3.33 -1.98 -2.61 0.73 -0.25 -0.42 0.7 -0.16 -0.76 -0.62 -0.37 -0.8 -0.49 -0.7
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-0.39 -0.69 -0.68 0.41 0.82 0.62 0.76 0.63 0.68 0.56 -1.21 0.3 -0.02 0.11 -0.19 -0.21 -0.04 -0.62 0.01 -0.07 0.06 -0.26 0.17 -0.09 0.18 0.09 -0.47 0.13 0.27 0.36 -0.04 -0.18 -0.03 -0.26 0.36 0.28 -0.11 0.44 0.11 0.2 -0.42 0.3 0.43 -0.21 0.01 0.38 0.5 0.36 -1.7 -4.24 -2.97 -3.61 0.42 -0.33 -0.23 0.4 -0.11 -0.7 -0.72 0.18 -0.16 -0.16 -0.45

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.