Heatmap: Cluster_7 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	-O2 early	-O2 late	-O2 middle	24h,Alfalfa	24h,Fructose	24h,Maltose	24h,Sorbitol	24h,Xylan	24h,Xylan+Xylose	24h,Xylose	Fructose,microbial culture	Laboratory transformant,Pure culture	MjkA KO,expo	MjkA KO,post expo	MjkA/mjkB KO,expo	MjkA/mjkB KO,post expo	MjkB KO,expo	MjkB KO,post expo	MjkB OE,expo	N593 kusA KO,2h	N593 kusA KO,8h	NW186,+1.1mM arg	NW186,+5mM citr	NW186,-Fe	NW305,+10gl Fe	NW305,-Fe	SEB,microbial culture	WT,2h,MM + L-rhamnose	WT,70% max biomass	WT,90% max biomass	WT,expo	WT,post expo	araR KO,2h	araR KO,8h	crhA-G KO,70% max biomass	crhA-G KO,90% max biomass	expo	gaaC KO,2h	gaaR KO,2h	gaaR KO,8h	gaaR/araR KO,2h	gaaR/araR KO,8h	gaaX KO,pure culture	histone deacetylase KO,expo	histone deacetylase KO,post expo	lraA KO,2h,MM + L-rhamnose	lraB KO,2h,MM + L-rhamnose	lraC KO,2h,MM + L-rhamnose	multiploid,asex,free 12h	multiploid,asex,free 6h	multiploid,asex,immob 12h	multiploid,asex,immob 6h	parent,pure culture	post expo	rhaR KO,2h	rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose	rhaR KO,8h	rhaR/araR KO,2h	rhaR/araR KO,8h	rhaR/araR/gaaR KO,2h	rhaR/araR/gaaR KO,8h	rhaR/gaaR KO,2h	rhaR/gaaR KO,8h
CAK37172	-0.54	-0.57	-0.72	0.36	-0.13	-0.12	0.06	0.13	-0.53	-0.11	-0.92	0.18	-0.07	0.02	-0.24	-0.12	0.03	-0.36	0.2	0.69	0.26	0.77	0.64	-0.06	-0.0	0.29	-0.09	-1.67	0.05	0.06	-0.03	0.03	0.8	0.31	0.01	-0.02	-0.16	-0.71	0.82	0.17	0.35	0.14	0.19	-0.02	-0.01	-1.16	-1.27	-1.05	-0.96	-1.53	-0.69	-0.18	0.17	0.31	0.42	-1.42	-0.21	0.45	0.07	0.93	-0.07	0.58	-0.05
CAK37544	-0.08	-0.06	-0.02	0.15	-0.06	0.09	0.06	0.12	-0.06	-0.24	-0.79	0.21	0.48	0.38	0.22	0.58	0.45	0.48	0.63	0.21	-0.03	0.27	-0.0	0.05	-0.2	0.18	-0.22	-1.61	0.42	0.65	0.45	0.5	-0.03	-0.25	0.48	0.62	-0.11	-0.43	0.49	-0.8	0.25	-0.73	0.08	0.51	0.35	-1.58	-1.66	-1.47	-0.52	-1.41	0.12	-0.3	0.15	-0.96	0.73	-1.58	-0.34	-0.35	-0.42	0.35	-0.75	0.27	-1.22
CAK37683	0.45	0.09	0.15	0.03	0.39	0.16	0.17	0.23	0.44	0.1	-0.47	0.22	-0.18	-0.56	-0.26	-0.44	-0.1	-0.3	-0.0	0.02	0.11	-0.03	0.2	-0.04	-0.26	-0.28	-0.31	-0.21	0.2	0.38	-0.18	-0.5	0.24	-0.22	0.32	0.4	0.39	1.1	0.09	-0.36	0.3	-0.18	0.27	-0.24	-0.49	-0.25	-0.08	-0.14	-0.92	-0.94	0.2	-0.4	0.23	-0.59	0.19	-0.1	0.05	0.04	-0.28	0.44	-0.44	0.02	-0.67
CAK37765	-0.0	-0.28	-0.14	0.09	-0.11	0.24	-0.2	0.05	-0.16	-0.22	-0.46	0.43	0.48	0.09	0.44	0.09	0.47	0.13	0.6	-0.01	-0.06	-0.28	-0.16	-0.5	-0.26	-0.34	-0.38	-1.65	0.36	0.58	0.56	0.04	0.13	-0.06	0.43	0.51	0.19	-1.28	0.2	-0.38	0.32	-0.22	0.5	0.51	0.11	-1.56	-1.55	-1.84	-0.2	-0.58	0.85	0.05	0.47	0.24	0.14	-1.73	-0.12	-0.1	-0.09	0.25	-0.29	0.01	-0.56
CAK37978	-0.58	0.17	-0.11	-0.78	0.15	0.05	-0.01	0.2	-0.02	0.13	-0.71	-0.56	-0.62	0.3	-0.59	0.19	-0.65	0.04	-0.54	0.43	0.56	0.5	0.66	-0.31	-0.2	0.0	-0.33	0.0	-0.32	-0.28	-0.75	0.32	0.74	0.56	-0.24	-0.22	-0.3	0.48	0.44	0.32	0.61	0.76	-0.39	-0.77	0.38	-0.11	-0.28	-0.13	-2.0	-4.27	-1.85	-2.84	-0.34	-0.38	0.2	-0.08	0.35	0.67	0.37	0.77	0.02	0.7	0.23
CAK38262	0.01	0.13	0.17	-0.5	0.2	-0.0	0.21	0.21	0.26	0.01	-0.21	-0.27	-0.37	-0.28	-0.33	-0.19	-0.15	0.16	-0.43	-0.06	0.51	0.53	0.37	-0.2	0.27	0.06	-0.22	0.23	-0.09	-0.07	-0.16	0.02	-0.04	0.67	-0.02	0.08	0.07	0.22	0.41	-0.35	0.81	-0.21	-0.23	-0.32	-0.09	0.0	0.39	0.05	-0.49	-2.69	-0.96	-1.66	-0.22	-0.71	0.18	0.28	0.36	0.06	0.32	0.41	-0.22	0.27	-0.68
CAK38669	0.4	-0.07	-0.14	0.19	-0.22	-0.33	-0.29	-0.21	0.02	-0.2	-0.61	0.11	0.14	-0.78	-0.01	-0.74	0.16	-0.5	0.12	0.75	0.07	0.84	0.59	0.03	-0.27	-0.12	-0.58	-0.63	0.31	0.44	0.12	-0.5	0.65	-0.42	0.44	0.55	0.46	0.21	0.61	-0.32	0.41	-0.28	0.17	0.06	-0.52	-0.44	-0.42	-0.46	-2.44	-1.48	-0.2	-0.42	0.19	-0.25	0.67	-0.59	-0.04	0.52	-0.49	0.73	-0.6	0.49	-0.83
CAK38801	-0.2	0.35	0.56	1.89	-1.49	-0.93	-1.5	-0.72	-1.31	-0.93	-0.36	-0.2	0.15	0.46	-0.21	0.53	-0.25	0.84	-0.17	-1.51	-0.89	0.08	0.46	-0.69	0.42	-1.14	0.3	-1.67	1.19	1.39	0.13	1.48	-1.28	-1.94	1.38	1.41	-0.13	0.68	-1.3	-1.88	-1.03	-1.51	0.02	0.21	1.38	-2.22	-2.27	-1.57	-0.2	-0.62	0.59	0.51	0.02	1.24	-1.21	-1.91	-1.55	-0.8	-1.28	-1.54	-0.28	-2.23	-2.66
CAK38855	-0.3	0.1	0.2	-0.87	-0.0	0.06	-0.0	0.09	-0.28	-0.24	-0.67	-0.38	-0.66	-0.12	-0.69	0.2	-0.42	0.07	-0.51	0.0	0.56	0.71	0.8	-0.3	0.25	0.04	-0.06	0.62	-0.26	-0.12	-0.66	0.13	0.09	0.53	-0.28	-0.18	-0.57	1.19	0.3	0.02	0.28	0.25	-0.32	-0.67	-0.13	0.56	0.87	0.36	-1.61	-3.58	-0.82	-1.57	-0.24	-0.72	0.06	0.54	0.1	-0.13	0.19	0.37	0.19	0.17	-0.23
CAK38877	-0.1	-0.12	-0.18	0.57	0.16	0.21	0.24	-0.02	0.24	-0.12	-0.39	-0.36	-0.24	-0.65	-0.16	-0.69	-0.1	-0.7	-0.02	-0.98	0.17	0.06	-0.2	0.7	0.26	0.2	-0.28	0.61	0.02	0.16	-0.24	-0.63	-0.41	-0.47	0.12	0.23	0.06	1.4	-0.41	-0.62	-0.11	-0.33	-0.22	-0.12	-0.62	0.54	0.61	0.56	-1.66	-0.36	0.15	0.13	-0.2	-0.46	-0.53	1.02	0.4	-0.13	-0.05	0.4	-0.51	-0.48	-0.5
CAK38892	-0.05	-0.02	0.13	-0.64	-0.71	-0.4	-0.14	-0.41	-0.7	-0.91	-0.36	-0.38	-0.17	-0.16	-0.32	-0.03	-0.21	-0.04	-0.16	0.17	-0.12	-0.33	-0.45	-0.56	0.47	-0.25	-0.02	1.33	-0.22	0.01	-0.15	-0.27	-0.1	-0.51	-0.1	0.03	-0.19	1.01	0.45	-0.42	0.35	-0.2	-0.28	-0.14	-0.27	1.11	1.38	1.2	-1.29	-2.32	-0.88	-2.1	-0.23	-0.15	0.47	0.88	-0.22	-0.12	-0.18	0.57	-0.44	0.55	-0.61
CAK39183	0.09	0.12	0.27	-0.29	0.03	0.17	-0.32	-0.67	-0.05	-0.24	-0.85	-0.14	0.21	0.18	0.17	0.14	0.25	0.35	0.44	-0.24	-0.16	0.34	0.31	-0.48	0.59	-0.0	-0.44	-0.42	0.52	0.6	0.22	0.25	0.19	-0.44	0.44	0.57	-0.11	0.08	0.12	-0.53	0.14	-0.28	0.19	0.31	0.55	-0.56	-0.37	-0.33	-1.75	-2.65	-1.03	-1.88	0.2	0.59	0.07	-0.07	-0.07	0.11	-0.38	0.53	-0.05	0.21	-0.63
CAK39374	0.26	0.02	-0.02	0.88	0.39	-0.41	0.41	-0.18	0.38	-0.31	-0.92	-0.02	0.14	-0.23	0.08	-0.65	0.11	-0.52	0.19	-1.12	-0.13	0.14	-0.43	0.72	-0.41	0.7	-0.38	0.16	0.3	0.32	-0.04	-0.68	-0.54	-0.24	0.36	0.36	0.54	1.27	-0.73	-0.6	-0.17	-0.39	-0.19	-0.21	-0.79	0.22	0.64	0.36	-0.76	-0.01	0.19	0.38	0.04	-0.62	-0.87	1.21	-0.22	-1.0	-0.2	-0.63	-0.69	-0.97	-0.92
CAK39427	-0.05	-0.23	0.01	-0.04	-0.19	0.05	-0.31	-0.02	-0.18	-0.2	-0.26	0.13	0.34	0.01	0.25	0.02	0.31	0.31	0.38	-0.1	-0.18	0.05	0.41	0.18	0.26	0.12	-0.22	-1.06	0.57	0.69	0.36	0.18	0.01	-0.34	0.67	0.71	0.01	-0.02	0.21	-0.69	0.35	-0.22	0.1	0.3	0.11	-1.12	-1.06	-1.38	-0.22	-0.94	0.39	-0.29	0.07	-0.3	0.11	-0.93	-0.18	0.03	-0.15	0.25	-0.39	0.23	-0.83
CAK39471	-0.75	-0.9	-0.84	-0.33	-0.52	-0.48	-1.01	-0.27	-0.46	-0.55	-0.96	-0.07	0.09	-0.43	0.03	-0.3	0.16	-0.25	-0.03	0.31	-0.25	0.65	0.84	-0.8	-0.33	-0.45	-0.32	0.68	0.29	0.41	0.06	-0.55	0.27	-0.6	0.33	0.54	-0.5	0.68	0.37	-0.15	0.46	0.07	0.57	0.02	-0.6	1.12	0.95	0.88	-0.44	-3.98	-1.45	-3.25	0.35	0.1	0.31	0.82	-0.52	0.14	-0.49	0.44	-0.08	0.42	-0.45
CAK39501	-0.18	-0.51	-0.57	0.12	-0.17	-0.11	0.12	0.18	-0.06	-0.19	-1.23	0.46	-0.08	0.23	-0.31	0.26	0.26	0.44	0.16	0.34	0.24	0.31	0.39	-0.38	-0.1	-0.15	-0.37	-0.27	0.21	0.48	-0.03	0.47	0.45	0.4	0.16	0.38	-0.15	0.34	0.67	-0.06	0.53	-0.25	0.5	0.04	0.55	-0.43	-0.03	-0.4	-2.31	-2.52	-1.49	-1.08	0.39	0.34	-0.05	-0.42	0.02	-0.09	-0.13	-0.02	-0.72	-0.04	-0.62
CAK39681	-0.01	-0.49	-0.37	0.08	0.0	-0.08	0.04	-0.01	0.23	0.04	-0.76	0.59	0.39	-0.07	0.33	-0.26	0.39	-0.1	0.5	-0.23	-0.26	-0.28	0.51	0.27	0.31	0.29	-0.52	-0.39	0.25	0.43	0.42	-0.4	-0.24	-0.55	0.4	0.44	0.18	0.02	-0.1	-0.79	0.34	-0.46	0.71	0.45	-0.34	-0.41	-0.42	-0.49	-0.15	-0.65	0.45	0.15	0.59	-0.4	-0.22	-0.25	-0.35	-0.1	-0.53	0.33	-0.77	-0.13	-1.07
CAK39864	0.01	-0.67	-0.53	-0.04	0.45	0.35	-0.33	-0.41	0.44	0.21	-0.6	0.18	-0.48	-0.35	-0.56	-0.43	-0.35	-0.32	-0.31	0.56	0.3	-0.5	-0.23	0.0	-0.15	-0.21	-0.3	0.1	0.04	0.16	-0.36	-0.38	0.7	-0.42	0.07	0.11	0.06	1.36	1.06	-0.52	0.59	-0.5	0.19	-0.4	-0.18	0.12	0.33	0.23	-2.04	-1.4	-0.6	-0.77	0.13	-0.79	0.7	0.36	0.1	0.31	-0.26	0.8	-0.78	0.54	-1.06
CAK39944	-0.96	-1.48	-1.63	0.57	0.04	0.13	-0.39	-0.57	0.15	0.03	-0.63	0.2	0.02	0.8	-0.06	0.59	0.02	0.94	0.12	-0.08	0.53	0.0	0.18	0.07	0.29	0.25	0.17	-0.85	0.29	0.44	0.14	0.57	0.2	0.15	0.32	0.47	-0.47	0.44	-0.17	-0.55	1.06	-0.2	0.32	0.03	0.65	-1.09	-0.4	-0.91	-1.76	-1.84	-0.73	-0.52	0.27	-0.3	-0.48	-0.36	0.31	-0.01	-0.2	0.25	-0.6	-0.17	-1.22
CAK39947	1.33	0.54	0.74	0.22	-1.02	-0.73	-1.26	-1.01	-0.7	-0.65	-0.56	-0.23	0.58	-0.53	0.32	-0.56	0.54	-1.0	0.69	0.59	-0.23	0.42	-0.24	-0.86	0.01	-0.86	-1.43	-0.2	0.89	1.12	0.59	-1.2	0.63	-0.62	0.87	1.04	0.81	-0.01	0.43	-1.94	0.3	-1.38	0.07	0.6	-0.99	-0.64	0.19	-0.05	-1.7	-5.48	-1.84	-4.18	0.09	-1.58	0.76	0.39	-0.04	0.28	-0.59	0.96	-1.7	0.65	-1.86
CAK40603	0.35	-0.07	-0.01	-0.12	0.59	0.21	0.37	0.03	0.73	0.18	-0.46	0.31	-0.09	-0.35	-0.23	-0.41	0.09	-0.28	0.15	0.08	0.16	-0.29	-0.17	-0.04	-0.95	-0.16	-0.43	0.1	0.22	0.34	-0.13	-0.49	0.27	-0.26	0.23	0.34	0.41	1.32	0.23	-0.27	0.2	-0.23	0.31	-0.14	-0.43	-0.06	0.21	0.22	-1.69	-1.58	-0.6	-1.05	0.24	-0.54	0.26	0.24	0.01	-0.11	-0.42	0.24	-0.4	-0.12	-0.63
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.