Heatmap: Cluster_134 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	-O2 early	-O2 late	-O2 middle	24h,Alfalfa	24h,Fructose	24h,Maltose	24h,Sorbitol	24h,Xylan	24h,Xylan+Xylose	24h,Xylose	Fructose,microbial culture	Laboratory transformant,Pure culture	MjkA KO,expo	MjkA KO,post expo	MjkA/mjkB KO,expo	MjkA/mjkB KO,post expo	MjkB KO,expo	MjkB KO,post expo	MjkB OE,expo	N593 kusA KO,2h	N593 kusA KO,8h	NW186,+1.1mM arg	NW186,+5mM citr	NW186,-Fe	NW305,+10gl Fe	NW305,-Fe	SEB,microbial culture	WT,2h,MM + L-rhamnose	WT,70% max biomass	WT,90% max biomass	WT,expo	WT,post expo	araR KO,2h	araR KO,8h	crhA-G KO,70% max biomass	crhA-G KO,90% max biomass	expo	gaaC KO,2h	gaaR KO,2h	gaaR KO,8h	gaaR/araR KO,2h	gaaR/araR KO,8h	gaaX KO,pure culture	histone deacetylase KO,expo	histone deacetylase KO,post expo	lraA KO,2h,MM + L-rhamnose	lraB KO,2h,MM + L-rhamnose	lraC KO,2h,MM + L-rhamnose	multiploid,asex,free 12h	multiploid,asex,free 6h	multiploid,asex,immob 12h	multiploid,asex,immob 6h	parent,pure culture	post expo	rhaR KO,2h	rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose	rhaR KO,8h	rhaR/araR KO,2h	rhaR/araR KO,8h	rhaR/araR/gaaR KO,2h	rhaR/araR/gaaR KO,8h	rhaR/gaaR KO,2h	rhaR/gaaR KO,8h
CAK40149	-0.23	-0.09	-0.07	0.06	0.38	0.5	0.68	0.47	0.31	0.08	-0.25	-0.51	-0.5	0.49	-0.45	0.56	-0.49	0.49	-0.4	-0.09	-0.13	-0.34	-0.63	-0.15	-0.2	-0.07	0.05	0.06	-0.5	-0.2	-0.48	0.54	0.54	0.05	-0.44	-0.25	-0.07	0.72	0.37	0.51	-0.03	0.26	-0.36	-0.49	0.73	0.13	-0.25	-0.05	-2.7	-3.92	-2.44	-2.47	-0.43	0.7	0.23	0.28	-0.17	-0.09	-0.45	0.58	0.48	0.01	0.28
CAK40166	-0.95	-0.99	-0.76	0.06	0.99	1.06	0.94	1.18	0.97	0.9	-0.29	-0.43	-1.09	0.54	-1.09	0.5	-0.89	0.41	-0.8	0.64	0.42	-1.7	-1.25	-1.85	-1.72	-1.64	0.25	-0.04	-0.72	-0.43	-0.97	0.25	0.91	0.26	-0.53	-0.42	-0.81	-0.43	0.81	0.41	0.52	0.14	-0.49	-1.08	0.44	0.38	0.68	0.31	-2.14	-3.44	-1.8	-2.33	-0.43	-1.05	0.48	0.25	0.36	0.07	-0.33	0.78	-0.15	0.44	-0.12
CAK40178	-0.41	-0.31	-0.34	0.28	0.72	0.59	0.76	0.57	0.35	0.42	-0.64	-0.01	-0.37	0.56	-0.32	0.45	-0.14	0.45	-0.1	-0.15	0.39	-1.04	-0.76	-0.83	-0.25	-0.38	-0.13	0.35	-0.06	0.09	-0.33	0.3	0.25	0.2	-0.07	-0.0	-0.31	0.55	0.11	-0.18	-0.28	-0.12	0.1	-0.17	0.54	0.43	0.62	0.04	-2.44	-3.49	-1.87	-2.33	0.14	-0.51	0.05	1.25	-0.06	-0.55	-0.34	-0.09	-0.16	-0.16	-0.36
CAK40209	-0.5	-0.84	-0.71	0.29	0.73	0.58	0.97	0.65	0.43	0.33	-0.78	0.2	-0.24	0.53	-0.07	0.44	-0.05	0.51	-0.2	0.01	0.18	-0.2	-0.2	-0.54	0.31	0.1	0.07	-0.29	0.24	0.2	0.08	0.56	0.06	0.21	0.13	0.17	-0.62	0.62	0.1	0.21	-0.91	0.07	0.15	-0.11	0.66	0.65	-0.0	-0.06	-4.09	-4.74	-5.09	-4.35	0.14	0.36	-0.43	-0.18	-0.21	-0.69	-0.3	-0.43	-0.34	-0.16	-0.1
CAK40319	-0.33	-0.58	-0.65	0.09	0.4	0.21	0.72	0.6	0.2	0.27	-0.69	-0.25	-0.41	0.37	-0.49	0.41	-0.26	0.52	0.21	-0.41	0.14	-0.68	-0.25	-0.26	-0.69	0.04	0.47	0.51	0.26	0.35	-0.13	0.7	-0.34	-0.02	0.16	0.43	0.2	0.39	-0.87	0.09	0.07	0.13	0.15	-0.03	0.5	-0.13	1.1	0.39	-2.04	-3.21	-1.08	-1.68	-0.04	0.26	-0.86	0.97	-0.24	-0.91	-0.34	-0.44	-0.12	-0.92	-0.39
CAK40326	-0.62	-1.81	-1.42	0.09	1.31	1.16	1.73	1.3	0.9	0.94	-0.64	0.29	0.06	0.25	0.09	0.17	-0.05	0.39	0.12	-0.08	0.68	-	-	-	-	-	-0.45	0.71	0.57	0.77	-0.06	0.08	0.48	-0.18	0.79	0.7	-0.26	-0.77	-0.48	-0.61	-1.06	-2.0	0.44	0.04	0.3	0.47	1.1	0.75	-1.67	-2.98	-1.3	-1.14	0.29	-0.91	-0.72	0.56	0.39	-1.84	-0.44	-1.82	-1.29	-3.07	-1.72
CAK40376	-0.57	-1.41	-0.81	1.04	0.46	0.62	0.89	0.37	0.16	0.16	1.0	0.45	0.03	0.42	0.14	0.51	0.31	-0.15	0.28	0.45	-0.0	-0.64	0.31	-0.53	-0.0	-0.6	-0.13	-1.41	0.36	0.44	0.19	0.35	1.02	-0.22	0.41	0.47	-0.15	-0.4	0.49	-0.14	-0.3	0.39	0.44	-0.18	-0.02	-1.35	-2.21	-1.69	-2.5	-2.93	0.95	-1.94	0.42	-1.25	-0.2	-0.76	-0.05	-0.68	-0.68	-0.11	-0.83	-0.67	-0.75
CAK40387	-0.87	-0.73	-0.49	0.45	1.86	1.36	1.63	1.34	1.7	1.42	0.19	-0.22	-0.96	0.2	-0.76	0.13	-0.74	0.15	-0.63	-0.75	0.63	-2.9	-1.61	-0.32	-2.03	-0.34	0.67	0.76	-0.28	-0.4	-0.82	0.18	-1.06	0.86	-0.4	-0.43	-0.4	-1.01	-0.67	-0.23	-1.18	-0.86	-0.21	-0.83	0.25	-0.08	0.53	0.37	-2.3	-3.09	-2.22	-3.42	-0.3	-0.05	-0.39	0.6	0.69	-2.3	0.38	-2.31	-0.8	-1.72	-0.63
CAK40427	-0.46	-1.42	-1.28	0.23	0.64	0.45	1.06	0.71	0.02	0.43	-0.9	0.08	-0.55	0.18	-0.66	0.02	-0.41	0.19	-0.31	0.22	0.47	-7.33	-7.06	-7.25	-7.04	-7.34	-0.25	1.27	0.28	0.35	-0.4	-0.01	0.23	0.4	0.28	0.31	-0.28	1.21	-0.01	0.34	-0.06	0.08	0.27	-0.42	0.43	1.25	1.47	1.12	-2.58	-3.13	-1.88	-2.77	0.04	-1.45	-0.56	1.06	0.09	-0.51	-0.26	-0.33	-0.28	-0.43	-0.56
CAK40437	-0.44	-0.67	-0.49	0.62	0.82	0.33	0.94	0.53	0.45	0.39	0.21	0.24	-0.05	0.48	-0.07	0.36	0.11	0.31	0.35	0.02	0.07	-0.73	-0.3	-0.9	-0.3	-0.23	-0.14	-0.86	0.12	0.34	0.27	0.57	0.08	0.06	0.21	0.39	0.27	0.1	-0.21	0.06	-0.49	0.42	0.87	0.12	0.8	-0.93	-0.52	-0.59	-4.42	-5.47	-3.28	-4.28	0.56	0.12	-0.48	-0.75	0.19	-0.64	-0.12	-0.56	0.04	-0.13	-0.17
CAK40441	0.73	0.14	0.31	0.01	0.49	0.28	1.02	0.31	-0.37	-0.25	1.07	-0.37	-0.43	0.71	-0.6	0.7	-0.5	0.59	-0.38	-0.83	0.19	-0.65	0.15	-0.45	0.27	0.14	0.41	-0.42	0.12	0.05	-0.39	0.63	-1.03	0.68	0.05	0.04	0.22	-0.01	-0.43	0.67	-0.67	0.66	0.0	-0.46	0.75	-0.56	-0.02	-0.76	0.04	-4.52	-2.65	-4.9	-0.16	-0.96	-0.74	-0.42	0.63	-1.86	0.65	-1.51	0.11	-1.07	0.19
CAK40447	-1.15	-1.87	-1.67	0.7	0.97	0.75	1.34	0.89	0.74	0.79	-1.79	0.83	0.55	0.9	0.32	1.23	0.71	0.83	0.72	-0.61	0.32	-1.8	-0.86	-0.85	-1.0	-0.2	-1.1	-2.3	0.51	0.45	0.45	1.02	-0.48	-0.19	0.51	0.65	0.09	-1.3	-0.81	-0.81	-0.48	-1.03	0.88	0.36	1.04	-1.56	-2.25	-2.17	-0.98	-1.49	-0.7	-0.54	0.8	-0.09	-1.36	-2.62	-0.2	-1.27	-0.58	-0.95	-1.6	-1.39	-1.44
CAK40480	-0.04	-0.05	0.15	-0.29	0.87	0.71	0.87	0.69	0.48	0.4	-0.59	-0.1	-0.57	0.6	-0.51	0.4	-0.27	0.29	-0.22	-0.45	0.22	-0.25	-0.12	-0.61	-0.13	-0.05	-0.18	0.15	-0.06	0.03	-0.32	0.53	-0.41	0.43	0.01	-0.03	0.1	0.86	-0.14	0.28	-0.76	0.1	0.15	-0.44	0.69	0.14	0.19	-0.05	-2.4	-3.86	-2.35	-3.62	0.09	0.4	-0.25	0.33	0.12	-0.88	-0.14	-0.49	0.0	-0.47	-0.04
CAK41803	-1.02	0.31	0.13	-1.13	0.46	0.32	0.12	0.36	0.8	0.15	-0.21	-0.82	-1.31	0.97	-1.24	0.83	-1.14	0.63	-0.78	-0.24	0.05	-0.23	0.33	-0.52	-0.37	-0.59	0.18	0.88	-0.75	-0.58	-1.1	0.71	-0.22	0.31	-0.71	-0.56	-0.6	0.38	-0.23	0.32	-0.36	0.48	-0.28	-1.24	1.07	0.89	1.15	1.12	-5.47	-7.21	-4.77	-5.96	-0.4	0.79	-0.3	0.73	-0.1	-0.59	-0.14	-0.34	0.22	-0.12	0.28
CAK41837	-0.86	-1.02	-0.9	-0.12	0.26	0.36	0.17	0.82	0.04	0.5	-0.22	-0.2	-0.79	-0.12	-0.79	-0.19	-0.66	-0.19	-0.28	1.02	0.24	-0.87	-0.54	-1.18	-0.83	-0.92	0.05	0.51	-0.2	0.08	-0.74	-0.39	1.19	-0.14	-0.11	0.05	-0.5	0.71	1.11	0.08	0.57	0.24	-0.17	-0.73	-0.11	0.89	0.86	0.12	-4.18	-4.62	-1.77	-3.31	-0.13	0.3	0.42	0.74	0.08	0.34	-0.26	0.78	-0.42	0.48	-0.44
CAK41843	-0.91	-2.37	-2.02	0.55	1.24	0.93	1.33	1.18	0.91	0.9	-1.15	0.46	0.33	0.45	0.21	0.2	0.29	0.14	0.5	-0.74	0.11	-1.08	-0.67	-0.62	0.32	0.14	-0.74	0.02	0.39	0.52	0.58	0.23	-0.8	-0.18	0.48	0.53	0.03	0.83	-1.14	-0.35	-0.47	-0.62	1.06	0.28	0.35	-0.53	0.12	-0.16	-2.46	-3.79	-1.96	-3.69	0.76	-0.97	-1.69	0.29	-0.3	-1.68	-0.65	-1.76	-1.45	-1.64	-1.22
CAK41850	-0.39	-0.6	-0.42	-0.14	1.31	0.97	1.12	0.98	1.1	0.83	-0.3	0.27	-0.32	0.02	-0.26	-0.08	-0.07	-0.16	-0.0	0.06	0.42	-0.52	0.18	-0.59	-0.26	-0.22	-0.27	-0.12	0.24	0.28	-0.19	-0.19	-0.08	0.51	0.22	0.23	-0.13	0.45	-0.26	-0.28	-0.72	-0.34	0.54	-0.3	-0.13	-0.23	-0.25	-0.25	-2.22	-3.16	-2.21	-2.43	0.44	-0.48	0.01	0.21	0.25	-0.73	0.01	-0.79	-0.57	-0.28	-0.18
CAK41864	-2.33	-2.79	-2.05	0.59	1.23	1.1	0.91	1.65	1.26	1.29	-1.35	-0.51	-0.95	-0.59	-0.71	-0.83	-0.78	-1.59	-0.44	1.42	0.69	-4.77	-2.78	-1.99	-3.87	-1.93	-1.0	1.03	-0.24	-0.14	-1.06	-1.12	1.2	-0.05	-0.37	-0.07	-1.2	1.08	1.24	0.11	-0.1	-1.61	0.01	-1.05	-0.77	1.52	1.36	0.93	-6.6	-	-5.11	-	-0.37	-2.83	0.42	1.07	0.9	-0.95	-0.28	-0.31	-1.58	-1.47	-1.42
CAK41865	-1.08	-1.92	-1.66	0.08	0.67	0.63	0.42	0.97	0.75	0.82	-1.15	0.04	-0.33	-0.25	-0.34	-0.13	-0.11	-0.0	0.18	1.28	0.53	-2.48	-1.26	-1.06	-1.66	-1.11	-0.88	0.14	0.08	0.4	-0.1	-0.04	1.44	-0.28	0.12	0.33	-0.25	0.53	1.03	-0.44	0.64	-0.74	0.23	-0.32	-0.08	0.64	0.41	0.07	-4.77	-6.12	-1.84	-5.41	0.08	-2.41	0.31	0.2	0.35	0.47	-0.58	0.88	-1.19	0.44	-0.89
CAK41870	-0.79	-0.91	-0.65	0.51	0.36	0.53	0.55	0.36	0.14	0.12	1.31	-0.37	-1.15	0.64	-1.22	0.57	-1.03	0.62	-1.07	0.42	0.19	-0.02	-0.03	-0.42	-0.49	-0.03	0.72	0.22	-0.5	-0.46	-1.07	0.54	0.36	0.31	-0.48	-0.53	-1.01	-0.48	0.47	0.54	-0.22	0.6	-0.67	-1.07	0.7	0.37	0.31	0.49	-2.07	-3.17	-0.8	-1.8	-0.68	0.07	0.1	-0.16	0.24	-0.28	-0.13	0.0	0.42	0.25	0.15
CAK41960	-0.71	-0.71	-0.75	-0.11	0.64	0.22	0.64	0.61	0.75	0.49	-0.29	-0.39	-0.82	0.19	-0.72	0.33	-0.63	0.22	-0.67	0.79	0.32	-0.64	-0.62	-0.09	-0.45	0.14	0.49	-0.82	-0.39	-0.31	-0.68	0.2	0.87	-0.02	-0.4	-0.34	-0.62	0.93	0.92	0.48	-0.28	0.21	-0.37	-0.74	0.24	-0.23	-0.52	-0.5	-1.84	-1.55	-0.72	-0.85	-0.3	-0.46	0.76	0.04	0.06	0.49	-0.3	0.52	0.15	0.47	0.23
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CAK97227	-1.62	-1.9	-1.5	0.13	1.48	0.85	1.24	0.93	1.23	1.01	-0.24	0.25	-0.38	0.55	-0.15	0.36	-0.23	0.33	0.22	-0.83	0.48	-1.6	-0.86	-0.83	-0.49	-0.34	-0.33	0.3	0.04	0.0	0.01	0.21	-0.77	0.5	0.05	0.0	-0.23	-1.04	-0.57	0.13	-0.66	-0.38	0.6	-0.24	0.64	-0.29	0.13	-0.08	-3.36	-5.87	-4.14	-4.03	0.46	0.99	-0.51	0.83	0.73	-1.32	-0.12	-1.29	-0.32	-1.34	-0.15
CAL00345	-1.05	-2.13	-1.66	1.6	0.96	0.43	1.21	0.73	0.33	0.4	-0.59	0.05	0.4	0.35	0.22	0.44	0.24	0.3	0.71	-1.18	-0.14	-1.89	-1.27	-0.83	0.22	-0.23	-0.21	0.54	0.25	0.39	0.72	0.42	-0.55	-0.04	0.27	0.4	0.32	0.52	-1.13	-0.38	-0.76	-0.49	0.93	0.33	0.49	-0.04	0.63	-0.01	-3.9	-5.08	-3.3	-3.9	0.32	0.43	-1.4	0.73	-0.5	-1.92	-0.93	-1.34	-0.65	-1.86	-0.62
CAL00817	-0.8	-1.16	-0.88	-0.18	0.74	0.67	0.67	0.55	0.41	0.27	-0.81	-0.02	-0.51	0.47	-0.47	0.41	-0.23	0.26	-0.28	0.09	-0.04	-1.31	-0.99	-1.18	-0.8	-0.58	0.27	0.02	-0.11	-0.01	-0.38	0.66	0.21	0.17	-0.02	-0.01	-0.43	1.04	0.16	0.93	-0.69	0.66	-0.01	-0.42	0.64	0.57	0.67	0.57	-3.24	-5.21	-2.97	-3.7	-0.01	0.08	-0.0	0.57	-0.17	-0.25	-0.54	0.05	0.39	0.08	0.29
CAL00846	-1.27	-1.61	-1.52	0.85	1.05	0.92	1.35	0.82	0.87	0.65	-1.53	0.07	-0.53	0.17	-0.63	0.15	-0.31	0.1	-0.26	-0.48	0.21	-	-	-	-	-	-0.61	1.29	-0.12	0.03	-0.57	0.1	-0.17	0.01	-0.1	0.05	-0.5	1.68	-0.58	-0.18	-0.08	-0.31	0.31	-0.5	0.54	1.07	1.04	1.17	-4.14	-3.82	-2.3	-2.47	0.23	-0.19	-0.79	1.33	0.06	-0.33	-0.43	-0.33	-0.51	-0.41	-0.48

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.