Heatmap: Cluster_127 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-1.34 -1.09 -1.04 -1.45 1.74 1.11 1.42 1.91 1.31 1.8 0.39 -1.16 -1.15 0.19 -0.97 0.24 -0.98 0.24 -0.79 -0.19 0.18 -1.11 -0.78 -1.62 -1.53 -1.09 -0.26 1.48 -0.67 -0.57 -0.73 0.42 -0.21 0.6 -0.73 -0.64 -0.0 -0.58 -0.9 0.06 -0.58 -0.2 -0.87 -1.08 0.35 1.14 0.6 1.24 -2.12 -5.52 -1.78 -5.94 -0.73 -0.45 -0.91 0.77 -0.08 -1.62 -0.44 -1.62 -0.68 -1.15 -0.58
-0.61 -0.32 -0.33 -0.44 1.06 0.59 0.59 0.66 0.75 0.84 0.5 -0.3 -0.71 -0.13 -0.51 -0.08 -0.56 -0.03 -0.38 0.13 0.55 0.04 0.44 -0.1 0.48 0.42 -0.09 0.48 0.11 0.11 -0.38 -0.27 0.03 0.76 0.07 0.13 -0.59 0.72 -0.1 -0.19 -0.15 -0.31 -0.54 -0.51 -0.09 0.29 0.42 0.43 -2.45 -3.56 -1.38 -2.82 -0.59 -1.1 -0.36 0.64 0.34 -0.32 0.03 -0.23 -0.39 -0.47 -0.42
0.1 0.08 0.13 0.48 -0.07 -0.82 0.18 -0.16 -0.06 -0.2 -0.67 -0.15 -0.11 0.27 -0.17 0.32 -0.03 0.33 -0.17 0.16 0.0 -0.82 -1.01 -0.36 -0.91 -0.25 -0.02 -0.33 0.02 0.15 -0.03 0.05 0.92 -0.26 0.17 0.28 -0.07 0.07 0.41 0.24 0.8 0.01 0.08 -0.11 0.24 -0.63 -0.69 -0.38 -2.63 -1.34 0.24 -0.71 0.27 0.54 0.12 0.08 -0.03 0.56 -0.43 1.09 -0.29 0.38 -0.53
0.83 0.77 1.04 -0.09 -0.78 -0.75 -0.82 -0.81 -0.71 -0.94 -0.51 0.17 -0.01 -1.12 -0.24 -0.99 -0.07 -1.11 -0.15 0.25 0.13 0.52 0.47 -0.03 0.36 0.36 -0.74 -0.09 -0.12 0.04 -0.04 -1.1 0.27 -0.25 -0.01 0.04 0.18 0.99 0.37 -0.97 0.94 -0.81 -0.05 -0.09 -1.16 0.07 -0.09 0.0 -1.36 -0.17 1.28 0.19 0.05 -1.71 0.55 0.51 -0.32 0.54 -0.25 0.53 -1.22 0.44 -1.65
-2.11 -1.22 -1.32 -0.03 0.98 0.4 1.47 0.56 1.16 0.95 2.1 -1.49 -1.56 -0.84 -1.45 -0.88 -1.54 -1.0 -1.43 -0.82 1.24 -2.29 -0.24 0.51 -0.5 0.13 0.66 1.56 -0.86 -0.75 -1.39 -0.91 -0.39 1.29 -0.75 -0.67 -1.4 -0.24 -1.22 -1.11 0.65 -0.76 -1.53 -1.3 -0.73 1.22 1.38 0.98 -2.59 -3.19 -1.77 -2.88 -1.46 -1.24 -1.56 1.14 0.69 -1.0 1.25 -0.8 -0.1 -1.22 -1.52
-0.71 -0.54 -0.35 -0.07 -0.39 -0.17 -0.01 -0.0 -0.06 -0.17 -0.07 0.11 0.01 -0.57 -0.13 -0.54 0.0 -0.69 0.07 0.6 0.11 0.01 -0.28 0.08 -0.47 -0.24 -0.26 0.02 0.37 0.61 0.01 -0.52 0.39 -0.45 0.44 0.62 -0.19 1.76 0.74 -0.06 0.29 -0.02 0.17 -0.19 -0.36 0.23 0.06 0.14 -3.77 -3.39 -0.74 -1.68 0.21 -0.21 0.66 -0.21 0.21 0.37 -0.34 0.34 -0.42 0.43 -0.39
-0.38 -0.16 -0.31 0.69 -0.29 -0.51 0.18 -0.18 -0.4 -0.67 -0.44 -0.31 -0.5 0.08 -0.61 0.08 -0.45 0.45 -0.57 -0.48 0.3 0.21 0.16 0.89 0.21 0.89 0.18 0.01 -0.24 -0.24 -0.48 -0.18 -0.21 0.27 -0.33 -0.37 -0.35 0.06 -0.63 -0.46 0.34 0.06 -0.43 -0.32 -0.04 0.01 0.25 0.03 0.18 0.27 1.25 0.81 -0.35 -0.41 -0.93 0.65 -0.07 0.08 0.16 0.19 -0.25 -0.21 -0.46
-0.07 0.24 0.59 0.26 0.8 0.68 1.3 0.59 0.43 0.4 -0.68 -0.41 -0.6 -0.41 -0.7 -0.33 -0.57 -0.38 -0.47 0.42 0.09 -1.59 -1.36 -0.69 -0.58 -0.22 -0.11 -0.21 -0.55 -0.41 -0.55 -0.37 0.94 -0.7 -0.44 -0.39 -0.16 0.09 0.49 0.39 0.16 0.09 -0.43 -0.6 -0.31 0.41 0.07 0.38 0.19 -2.2 0.61 -1.59 -0.45 -0.28 0.07 0.34 -0.17 0.31 -0.55 0.62 0.2 0.22 0.43
0.22 0.32 0.37 0.26 0.22 -0.2 0.03 0.01 0.42 0.08 -0.53 0.19 0.12 -0.31 -0.07 -0.21 0.13 0.02 -0.05 -0.32 0.26 0.27 0.24 0.37 0.15 0.34 -0.68 -0.7 0.19 0.26 0.11 -0.12 -0.2 -0.07 0.19 0.28 0.02 1.1 0.07 -0.57 0.83 -0.38 0.16 0.07 -0.16 -1.08 -1.06 -0.91 -1.32 -0.36 -0.3 -0.16 0.18 -0.6 0.07 -0.15 -0.08 0.19 -0.15 0.4 -0.61 0.14 -0.88
0.06 0.71 0.55 -1.01 -0.09 -0.0 0.1 -0.1 -0.05 0.5 0.03 -0.35 -0.19 -0.19 -0.37 0.03 -0.23 -0.27 -0.06 -0.16 0.49 0.47 0.62 -0.07 0.18 -0.17 -1.04 -0.61 0.15 0.1 -0.24 -0.72 -0.22 -0.09 0.1 0.14 0.03 1.91 0.31 -0.47 -0.48 -0.42 0.04 -0.38 -0.31 -0.2 -0.58 -0.53 -2.8 -4.06 -2.84 -3.9 -0.1 -0.98 0.4 1.01 0.63 0.67 0.35 0.42 -0.16 0.55 -0.4
0.21 0.87 0.79 -2.01 0.7 0.86 1.17 0.47 0.42 0.96 1.08 -1.1 -0.31 -0.44 -0.26 -0.61 -0.18 -0.87 0.05 -0.4 0.57 -1.12 -1.0 -0.73 -2.39 -2.12 -0.41 0.93 0.27 0.41 -0.18 -1.05 -1.13 0.2 0.3 0.43 0.23 -1.18 -0.21 -0.77 -0.86 -0.9 -0.28 -0.22 -0.53 0.84 0.55 0.88 -3.0 -9.53 -3.99 -9.71 -0.19 0.13 -0.19 0.74 0.98 -0.62 0.95 -1.15 -0.1 0.05 0.42
0.09 0.35 0.23 0.07 -0.13 -0.63 0.05 -0.2 -0.0 -0.24 -0.78 0.13 0.55 -0.23 0.54 -0.21 0.68 -0.22 0.64 0.41 -0.33 -0.21 -0.0 0.6 -0.16 0.46 -0.56 -1.67 0.71 0.83 0.64 -0.28 0.42 -1.02 0.77 0.96 0.39 0.02 0.31 -0.48 -0.66 -0.57 0.31 0.53 -0.06 -1.63 -2.51 -1.87 -1.99 -0.32 -0.05 -0.45 0.33 0.3 0.27 -1.56 -0.08 0.29 -0.36 0.04 -0.88 -0.11 -0.92
0.18 0.58 0.5 0.09 0.04 -0.15 -0.64 -0.8 0.15 0.24 -0.02 0.24 -0.02 -0.24 -0.11 -0.25 0.02 -0.12 -0.03 0.71 0.03 -1.21 -1.53 -1.82 -1.54 -1.42 0.2 -0.05 0.26 0.31 0.02 -0.16 0.69 -0.37 0.22 0.26 0.15 -0.28 0.71 -0.17 0.59 -0.05 0.21 0.0 -0.19 -0.0 -0.23 0.13 -1.55 -0.54 -0.66 -0.41 0.31 0.2 0.49 0.04 -0.0 0.62 -0.24 0.72 -0.36 0.56 -0.51
-0.16 -0.55 -0.53 0.74 0.59 0.46 -0.2 -0.24 0.32 0.15 -0.7 0.65 0.26 -0.01 0.18 0.01 0.45 -0.43 0.44 -0.22 0.35 0.32 0.56 -0.44 0.22 -0.02 -0.41 -1.31 0.8 0.78 0.33 0.0 0.05 0.24 0.81 0.8 0.22 0.57 -0.11 -0.55 -0.25 -0.68 0.72 0.29 0.1 -0.94 -0.72 -1.22 -0.98 -2.78 -1.11 -1.81 0.79 0.0 -0.35 -1.17 0.04 -0.4 -0.12 -0.16 -0.49 -1.06 -1.22
0.01 -0.12 0.0 0.63 0.27 -0.18 0.08 -0.13 0.29 0.1 -0.57 -0.06 -0.45 0.24 -0.6 0.22 -0.41 0.39 -0.5 0.32 0.02 -0.94 -1.38 -1.25 -0.78 -0.7 -0.26 0.05 -0.19 -0.13 -0.59 0.25 0.88 -0.32 -0.24 -0.13 -0.06 0.19 0.78 -0.12 0.45 -0.25 -0.08 -0.65 0.27 0.35 0.37 0.4 -2.92 -1.67 -1.23 -1.21 0.07 1.08 0.54 0.61 -0.06 0.68 -0.38 1.1 -0.52 0.55 -0.63
0.37 0.26 0.37 0.87 1.07 0.29 1.57 0.69 0.97 0.3 -0.57 -0.11 -0.12 -0.06 -0.27 0.07 -0.07 0.08 -0.14 -1.2 -0.17 -1.16 -1.2 0.06 -0.72 0.56 0.17 -0.71 0.19 0.24 -0.07 -0.01 -0.95 0.15 0.51 0.5 0.13 -1.63 -0.85 0.97 -0.46 0.71 0.13 -0.17 -0.07 -1.38 -0.37 -1.15 -0.09 -1.47 -0.5 -1.04 0.24 -0.67 -0.93 -0.75 0.02 -1.15 -0.13 -1.11 0.48 -1.27 0.38
-0.18 -0.32 -0.25 0.05 0.38 0.11 0.47 0.94 0.66 1.23 -0.63 -0.63 -0.26 -0.58 -0.35 -0.74 -0.1 -0.78 0.05 1.07 0.51 -0.5 -0.19 -0.55 -0.91 -0.14 -0.73 0.22 0.09 0.32 0.13 -0.77 0.74 -0.06 0.38 0.66 -0.01 1.44 0.43 -0.34 -0.22 -0.16 0.11 -0.22 -0.61 0.06 -0.4 -0.1 -2.31 -2.66 -1.98 -2.65 -0.08 -0.77 0.46 -0.33 0.84 0.06 0.48 -0.29 -0.63 -0.21 -0.64
0.06 -0.12 -0.0 0.14 0.67 0.27 0.87 0.53 0.57 0.49 -0.18 0.22 0.03 -0.89 -0.08 -0.86 0.06 -0.74 0.04 0.14 0.06 -0.64 -0.7 -0.05 -0.32 0.07 -0.58 0.77 0.34 0.39 0.06 -0.97 0.23 -0.2 0.32 0.36 -0.05 0.02 0.06 -0.99 0.38 -0.78 0.36 -0.03 -0.85 0.6 0.6 0.7 -1.45 -1.31 -0.67 -0.96 0.42 -1.09 -0.06 0.61 -0.05 0.08 -0.13 0.05 -1.01 -0.18 -1.16
-0.08 0.08 0.18 -0.28 0.38 0.31 0.62 0.4 0.49 0.33 -0.51 -0.22 -0.1 -0.16 -0.25 -0.19 -0.12 0.01 -0.09 -0.0 0.2 -0.32 -0.24 0.38 -0.21 0.33 -0.34 0.3 0.16 0.29 -0.2 -0.22 0.15 0.05 0.22 0.32 -0.11 1.13 0.21 -0.61 0.51 -0.5 -0.09 -0.19 -0.03 0.25 0.45 0.52 -2.52 -2.97 -1.11 -2.19 -0.14 -0.7 -0.08 0.57 0.12 0.08 -0.17 0.32 -0.71 -0.17 -0.79
-0.37 -0.39 -0.39 0.88 0.64 0.3 -0.1 -0.31 0.7 0.33 -1.12 0.77 0.61 -0.12 0.34 -0.36 0.53 -0.2 0.64 -0.44 -0.15 -0.47 -0.66 0.38 -0.62 0.11 -0.82 -0.8 0.73 0.72 0.51 -0.03 -0.19 -0.37 0.81 0.79 0.35 -0.23 -0.25 -0.89 -0.15 -0.76 0.75 0.57 -0.12 -1.11 -1.53 -0.72 -1.1 0.04 -0.03 0.47 0.78 -0.16 -0.34 -0.83 -0.23 -0.58 -0.72 -0.28 -1.0 -0.62 -1.1
-0.03 -0.44 -0.18 0.77 -0.16 -0.35 -1.04 -1.37 -0.24 -0.19 -0.55 0.26 0.34 -0.22 0.05 -0.15 0.29 -0.1 0.29 0.28 0.09 -0.06 0.28 0.18 0.68 0.49 -0.54 -1.12 0.44 0.49 0.3 -0.25 0.65 -0.12 0.45 0.51 -0.13 0.34 0.7 -0.18 0.53 -0.31 0.38 0.27 -0.35 -0.85 -0.91 -0.9 -1.51 -1.07 -0.02 -0.64 0.44 -0.74 0.61 -0.42 -0.27 0.35 -0.41 0.33 -0.6 0.42 -0.75
-0.91 -0.72 -0.32 0.91 1.55 1.27 0.54 0.47 1.31 0.89 0.12 0.11 -0.6 -0.32 -0.23 -0.33 -0.48 -0.08 -0.23 -0.13 0.73 -1.65 -0.33 0.53 -0.12 -0.27 -0.23 0.63 -0.09 -0.0 -0.2 -0.12 -0.26 0.48 -0.05 -0.02 -0.85 0.01 -0.07 -0.5 -0.27 -1.02 0.13 -0.3 -0.09 0.53 0.63 0.51 -2.81 -4.25 -2.11 -2.75 0.17 -0.87 -0.59 0.59 0.91 -2.0 0.61 -1.05 -1.48 -1.23 -0.94
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-1.36 -1.02 -1.29 -0.3 0.87 0.49 0.77 0.59 0.78 0.59 -0.83 0.1 -0.1 -0.51 -0.24 -0.54 -0.12 -0.37 0.04 0.48 0.37 -1.06 -0.83 -0.43 -0.64 -0.3 0.07 0.39 0.04 0.08 -0.05 -0.46 0.56 -0.31 0.04 0.04 -0.75 0.24 0.74 0.15 0.26 0.2 0.11 -0.09 -0.31 0.18 0.01 0.13 -1.86 -1.27 -0.97 -0.73 0.14 -0.6 0.54 0.44 0.31 0.36 -0.09 0.66 -0.17 0.41 -0.52
-0.1 -0.01 -0.23 -0.06 0.29 0.19 0.1 0.32 0.41 0.27 -0.54 0.27 -0.1 -0.57 -0.04 -0.55 -0.06 -0.52 0.09 -0.58 -0.01 0.65 0.46 0.42 -0.44 0.49 -0.25 -0.15 0.18 0.25 -0.1 -0.4 -0.3 -0.2 0.41 0.32 0.07 1.57 -0.53 -0.66 0.41 -0.33 0.24 -0.13 -0.54 -0.57 -0.3 -0.53 -0.28 -0.34 0.28 0.32 0.24 -1.1 -0.45 0.22 -0.12 -0.21 -0.11 -0.07 -0.4 -0.57 -0.15
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.