Heatmap: Cluster_29 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-0.67 0.0 -0.08 0.13 0.26 0.23 0.91 0.39 0.01 0.68 1.31 0.37 0.2 -0.23 0.1 -0.3 0.13 -0.4 0.12 -1.2 0.3 0.22 0.14 0.04 0.83 0.37 1.17 0.03 0.46 0.54 0.07 -0.37 -1.77 0.8 0.39 0.51 0.03 -0.64 -1.51 -1.27 -1.57 -1.53 0.48 0.17 -0.22 0.03 0.62 0.4 -1.67 -3.3 -2.24 -4.75 0.62 -1.19 -1.17 0.62 0.47 -1.84 0.61 -1.9 -0.9 -1.32 -1.14
1.06 1.6 1.48 -0.65 -0.55 -0.07 1.02 0.88 0.42 0.77 1.44 -1.68 -0.74 -1.49 -0.65 -1.28 -0.53 -0.93 -0.47 -1.41 -1.26 - - - - - 0.81 -0.06 0.08 0.14 -0.56 -0.21 -1.54 -1.46 0.3 0.3 1.93 1.44 -2.65 -2.77 -2.37 -3.44 -1.27 -0.45 -0.27 -0.97 0.55 1.4 -5.47 0.37 2.26 -3.28 -1.63 0.21 -0.5 2.05 -0.31 -2.38 -0.53 -3.1 -3.5 -1.74 -2.96
0.24 0.49 0.47 0.02 0.27 -0.14 1.35 0.85 0.54 0.93 1.35 -0.21 -0.12 -0.63 -0.17 -0.54 -0.0 -0.54 -0.02 -0.63 -0.15 -0.27 -0.42 -0.52 -0.56 -0.53 0.71 -0.69 0.18 0.21 -0.01 -0.54 -1.06 0.05 0.26 0.32 0.73 1.01 -1.69 -1.1 -1.03 -1.29 0.08 -0.08 -0.56 -1.51 -0.38 -0.04 -0.84 0.26 1.76 -1.88 0.01 -0.5 -0.44 0.1 0.34 -0.99 0.26 -1.76 -1.53 -0.8 -1.47
-0.42 0.36 0.19 -1.61 -0.55 -0.45 -0.17 -0.08 0.07 -0.14 0.66 -0.48 -0.82 0.16 -0.85 0.04 -0.8 0.1 -0.7 0.25 0.22 1.02 0.93 0.37 1.26 -0.21 0.62 -0.39 -0.63 -0.53 -0.64 0.13 0.28 0.6 -0.67 -0.43 0.38 0.49 -0.38 -0.29 0.03 -0.25 -0.24 -0.92 0.17 -0.19 0.39 0.57 -1.61 -2.3 -0.71 -2.6 -0.48 -0.3 0.4 0.71 0.25 0.88 0.04 0.33 -0.64 0.54 -0.69
-2.29 -0.41 -0.35 -1.13 -0.21 0.85 1.01 2.04 0.63 1.56 0.89 -2.87 -3.92 -0.88 -2.32 -3.66 -2.01 -0.69 -1.73 0.98 1.91 - - - - - 1.64 0.74 -2.66 -2.49 -2.85 -1.78 0.29 0.74 -1.76 -3.0 -1.17 1.1 -1.34 -2.18 0.35 -2.5 -2.5 -1.63 -0.49 0.13 0.25 1.22 - - - - -2.69 -0.51 -0.4 2.47 1.82 -1.09 2.44 -1.18 -1.16 -0.78 -1.91
-0.12 1.1 0.59 -1.13 -0.33 -0.1 1.35 1.14 0.67 0.16 -0.83 -1.64 -1.44 -1.56 -2.0 -1.78 -1.48 -1.63 -1.56 -0.26 -0.46 0.09 -0.17 1.01 0.69 0.26 1.21 -0.07 -1.43 -1.24 -1.47 -1.5 -0.02 -0.45 -0.97 -1.03 1.49 1.56 -0.94 -1.36 -0.22 -0.95 -1.35 -1.44 -1.26 -0.56 0.73 1.99 -6.75 -2.8 1.51 -2.73 -1.39 -0.39 -0.16 1.66 -0.22 0.13 -0.26 -0.06 -0.65 -0.02 -0.86
-1.94 -2.34 -2.14 -1.07 -1.22 -0.76 -0.68 -0.34 -0.71 -0.3 0.13 -0.51 -1.1 -1.65 -1.09 -0.89 -0.78 -2.45 -0.83 0.71 0.38 0.47 0.63 -0.38 -0.38 -0.89 1.13 0.33 -0.86 -0.86 -0.97 -1.2 0.36 1.4 -0.77 -0.67 -1.34 -0.03 0.13 0.1 1.6 -0.04 -0.86 -0.61 -1.13 -0.37 1.7 1.67 -3.62 -7.15 -3.3 -4.94 -0.76 -1.3 0.91 1.48 0.93 0.94 0.94 0.71 -0.05 1.3 0.49
-0.15 0.17 0.11 0.24 0.29 0.21 0.86 1.1 1.05 0.43 0.83 -0.35 -0.84 -0.59 -1.0 -0.75 -0.64 -0.93 -0.84 -0.69 -0.32 0.2 0.53 1.74 0.64 0.3 1.08 -1.05 -0.35 -0.3 -0.97 -0.38 -0.36 -0.13 -0.32 -0.34 0.79 0.07 -0.66 -0.45 -0.23 -0.33 -0.4 -1.02 -0.39 -1.15 0.16 0.36 -1.15 -1.54 1.6 -0.72 -0.42 -0.59 -0.51 0.64 -0.38 -0.35 -0.64 -0.3 -0.9 -0.49 -1.2
-1.69 -0.32 0.63 -2.86 0.14 1.12 0.75 1.89 1.76 0.95 3.72 -5.33 -4.8 -4.67 -5.38 -4.01 -4.6 -3.45 -5.09 1.32 -0.25 -0.89 -2.03 -0.86 -0.85 -2.78 2.55 -3.25 -4.31 -4.36 -6.32 -2.71 1.17 0.63 -5.5 -5.95 1.07 -6.76 -0.01 -0.77 0.25 -1.35 -5.55 -4.73 -5.21 -5.0 -2.62 -0.89 - - - - -5.76 -2.95 1.22 0.31 -0.46 0.89 -0.96 -0.08 -0.69 1.07 -0.56
-0.09 -0.08 -0.11 -0.41 0.01 0.03 0.41 0.29 0.58 0.48 0.35 -0.11 -0.37 -0.42 -0.48 -0.4 -0.26 -0.43 -0.28 0.47 0.09 -0.55 -0.55 0.04 -0.35 -0.19 0.06 0.3 -0.1 0.13 -0.25 -0.34 0.67 -0.23 0.02 0.24 -0.03 1.26 0.3 -0.21 0.24 -0.26 0.0 -0.34 -0.32 0.49 0.59 0.67 -4.34 -2.23 -0.18 -1.61 -0.06 -0.64 0.23 0.56 0.17 0.27 -0.23 0.44 -0.52 0.15 -0.68
0.39 0.89 0.67 0.37 -0.14 -0.49 0.6 0.28 0.28 -0.17 -0.59 -0.48 -0.35 -0.51 -0.47 -0.92 -0.23 -1.19 -0.07 -0.9 -0.37 0.27 0.56 0.6 0.34 0.77 -0.15 0.4 0.25 0.25 -0.11 -1.01 -0.95 -0.36 0.43 0.45 0.88 1.94 -1.29 -1.02 -0.48 -0.96 -0.06 -0.29 -0.65 -0.17 0.44 1.37 -4.56 -4.89 0.44 -4.26 -0.19 0.39 -1.38 1.22 0.1 -1.03 -0.07 -1.27 -1.06 -1.3 -1.4
-1.01 -0.21 -0.15 -0.98 0.59 0.5 0.87 0.76 0.82 0.46 0.26 -0.65 -1.32 -0.51 -1.45 -0.81 -1.2 -0.51 -1.21 0.62 0.23 -0.95 -0.85 0.54 -0.81 0.08 0.61 0.29 -0.76 -0.75 -1.28 -0.67 0.55 0.28 -0.74 -0.71 -0.68 0.89 0.69 0.24 0.51 0.16 -0.61 -1.29 -0.53 0.33 0.83 0.66 -2.02 -1.77 0.08 -1.24 -0.7 -1.08 0.45 1.17 0.17 0.67 -0.04 0.35 0.0 0.58 0.16
0.48 -0.53 -0.46 0.91 0.35 -0.24 1.12 0.34 0.17 0.93 -1.3 0.44 0.76 -1.41 0.68 -1.68 0.9 -1.25 0.94 -1.18 -0.04 -0.87 -0.61 -0.28 -0.04 0.44 -1.43 0.71 0.81 0.82 0.97 -1.45 -0.96 -0.08 0.95 0.99 0.5 1.07 -2.7 -1.75 -1.91 -1.73 0.97 0.86 -1.38 -0.17 -1.06 -0.44 -1.32 -0.27 0.95 -1.28 0.56 -0.61 -2.52 -0.39 0.2 -2.22 0.37 -2.8 -2.3 -3.05 -2.39
0.48 1.28 0.82 0.36 -0.54 -1.42 -0.36 0.37 0.07 0.08 -0.2 -1.95 -0.28 0.88 -0.77 1.26 0.04 0.55 -2.2 1.08 -1.03 - - - - - 0.56 0.97 -0.61 -0.74 -1.35 1.13 -1.6 -1.6 -0.62 -0.19 0.64 2.04 -3.6 -1.59 -1.28 -2.59 -0.85 -2.54 1.76 -0.2 1.3 2.77 - - - - -0.67 -0.44 -0.77 0.2 0.24 -0.46 0.99 -2.01 - -0.11 -1.97
-0.57 -0.13 0.35 -0.15 -1.25 0.09 0.31 0.44 -0.34 0.09 1.11 -1.06 -1.39 -0.88 -1.14 -0.55 -1.37 -0.79 -0.74 0.31 -1.18 -0.43 -0.41 -1.34 -0.61 -1.97 0.3 -0.03 -1.37 -1.6 -1.67 -0.17 0.06 -1.28 -1.57 -1.65 0.9 2.21 -0.53 -0.82 -0.08 -0.15 -0.97 -1.87 -0.01 0.21 1.63 2.56 - -4.19 -0.41 -3.97 -1.41 0.36 0.87 1.75 -0.16 0.72 -0.44 -0.74 -1.46 1.29 -1.32
0.37 0.12 0.13 -0.22 0.48 0.45 0.95 0.55 0.55 0.69 0.48 -0.32 -0.37 -0.73 -0.55 -0.66 -0.33 -0.66 -0.21 -0.0 0.1 -0.84 -0.99 -0.27 -1.17 -0.52 0.13 0.88 -0.05 0.14 -0.31 -0.7 0.04 -0.44 0.06 0.21 0.39 1.46 -0.17 -0.47 -0.25 -0.44 -0.09 -0.43 -0.66 0.75 0.67 0.92 -2.76 -1.98 -0.36 -1.86 -0.19 0.02 -0.06 0.9 0.18 -0.28 -0.26 0.05 -0.79 -0.24 -0.75
-0.67 0.87 0.6 0.54 0.22 -0.21 1.2 0.94 0.94 0.51 1.02 -0.46 -1.15 -0.16 -1.26 -0.05 -1.03 -0.07 -1.05 -0.62 -0.53 -0.22 -0.48 1.43 0.43 0.7 0.9 -0.26 -0.6 -0.52 -1.22 0.01 -0.79 -0.22 -0.71 -0.54 0.16 -1.13 -0.67 -0.09 -0.43 -0.13 -0.64 -1.09 0.12 -0.73 0.64 0.37 -1.98 0.29 0.65 -0.49 -0.56 0.33 0.09 0.86 -0.41 -0.61 -0.91 -0.33 -0.7 -0.16 -0.99
-0.99 0.78 0.77 -3.05 -0.12 0.63 0.31 0.84 0.99 0.5 -0.39 -1.8 -0.77 0.7 -1.33 0.36 -1.61 -0.68 -1.67 0.73 0.3 - - - - - 0.89 0.67 -1.25 -1.38 -1.51 0.9 0.37 0.1 -1.32 -0.78 0.94 -0.35 0.42 0.31 -0.06 -0.58 -0.91 -1.22 0.92 0.65 1.36 1.52 -3.43 -3.79 -2.05 -4.8 -0.96 0.52 0.68 1.74 0.0 0.19 -0.53 -0.62 0.1 0.48 0.12
0.69 0.26 0.24 0.53 -0.47 -0.46 0.09 0.32 0.5 0.09 -1.05 -0.4 -0.48 -1.01 -0.61 -1.29 -0.61 -1.04 -0.59 -0.26 -0.08 0.84 0.76 0.88 0.94 -0.06 -0.32 -0.08 -0.39 -0.54 -0.53 -1.13 -0.33 0.1 -0.36 -0.46 1.53 0.2 -0.21 -1.2 0.07 -1.05 -0.45 -0.53 -0.92 -0.64 1.03 1.8 -2.74 -0.55 1.67 0.1 -0.29 -0.66 -0.65 0.96 -0.58 -0.12 -0.53 -0.67 -1.51 -0.65 -1.78
0.35 0.91 0.83 -0.16 0.12 0.21 0.45 0.53 0.7 0.28 0.5 -0.25 -0.64 -1.26 -0.68 -1.22 -0.59 -1.14 -0.56 -0.35 0.16 -0.51 -0.42 0.64 0.28 -0.06 0.62 0.52 -0.45 -0.37 -0.6 -1.19 -0.06 0.16 -0.34 -0.29 1.07 0.79 -0.62 -0.96 -0.21 -0.98 -0.33 -0.64 -1.24 0.32 0.94 1.45 -2.38 -0.4 0.97 -0.48 -0.42 0.07 -0.46 0.79 -0.01 -0.65 -0.32 -0.23 -1.19 -0.76 -1.22
-0.7 -0.51 -0.21 1.19 0.23 0.08 -0.34 -0.13 0.63 -0.51 0.27 -2.28 -1.6 1.43 -0.91 1.56 -1.87 1.83 0.32 0.43 -0.61 - - - - - 0.04 0.46 0.04 -1.17 -0.53 0.81 -0.93 0.08 0.31 0.0 0.31 0.1 -0.33 -0.59 0.4 0.41 -1.5 -0.41 0.83 0.8 0.85 0.3 -3.32 - 0.17 -1.47 -0.45 0.41 0.68 -1.59 -0.3 1.46 -1.4 -0.59 -0.57 0.69 -0.57
0.6 0.23 0.27 0.5 0.78 0.37 1.68 1.1 0.98 1.54 0.18 -0.13 0.08 -1.16 0.06 -1.09 0.24 -1.03 0.29 -0.95 -0.33 -1.39 -0.91 0.12 -0.89 0.18 -0.15 0.26 0.24 0.33 0.36 -1.11 -1.0 -0.38 0.46 0.59 0.81 2.0 -2.14 -1.63 -1.81 -1.99 0.52 0.14 -1.11 -0.58 -0.62 0.02 -3.64 -0.8 0.68 -2.59 0.16 -0.44 -1.5 -0.03 0.19 -2.15 0.11 -2.15 -2.12 -2.5 -2.2
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-0.79 -0.37 -0.23 -2.22 -0.79 0.14 -0.49 -0.19 0.27 -0.1 1.65 -0.79 -2.09 -1.38 -2.31 -0.69 -2.83 -1.32 -2.78 -0.4 0.86 -0.33 -0.01 -0.84 -1.05 -1.09 1.19 0.93 -1.52 -1.79 -2.56 -0.95 -1.34 1.23 -1.95 -1.82 -0.09 -1.0 -0.72 1.01 -0.24 0.4 -1.36 -2.57 -0.65 1.4 2.17 2.17 0.08 -3.15 -0.27 -2.73 -1.23 -1.44 -0.38 2.29 0.69 -1.84 0.1 -1.63 0.81 -0.87 0.51
0.29 0.81 0.49 1.57 -0.54 -0.63 0.56 0.22 0.21 0.44 0.37 -0.14 0.06 -1.37 0.02 -1.42 0.18 -1.44 0.04 -0.27 -0.15 -0.07 0.13 0.76 0.18 -0.01 -0.54 -0.85 0.23 0.4 0.23 -1.3 -0.52 -0.31 0.49 0.65 0.89 1.97 -1.46 -1.93 -0.21 -1.58 0.18 0.11 -1.18 -2.62 -0.67 -0.18 -4.21 -1.57 1.81 -2.02 -0.17 -0.16 -0.3 -0.23 0.12 -0.33 0.18 -1.29 -2.34 -0.23 -1.99
-0.14 1.33 0.99 -0.94 0.38 0.81 1.18 1.26 0.88 0.96 -0.34 1.01 -1.16 -1.1 -0.82 -0.81 -0.82 -1.49 -0.97 -0.02 -0.42 -2.4 -1.04 -0.02 -0.2 -0.55 0.81 -0.99 -0.69 -0.27 -0.64 -1.65 -0.79 -1.31 -0.47 -0.35 0.62 2.22 0.23 -1.33 -1.28 -1.71 -0.12 -0.85 -1.57 -0.65 -0.52 -0.62 -3.1 -2.11 1.7 -2.27 -0.63 -0.03 1.19 0.86 0.58 -0.57 -0.39 -0.4 -1.44 -0.2 -1.15
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-0.56 0.7 0.27 -0.99 -0.75 -1.16 -0.47 0.79 -0.06 -0.03 -3.29 -1.55 -0.2 -0.46 -1.77 -3.52 -0.73 0.83 -0.53 1.51 1.01 - - - - - -0.36 0.42 -1.29 -1.33 -1.71 0.43 -0.79 0.03 -1.36 -0.68 2.48 1.54 0.54 -2.77 0.39 -1.78 -0.04 -0.29 -1.02 -2.37 0.82 1.09 - - - - -0.16 0.77 1.04 0.72 0.83 1.66 0.48 0.93 -2.75 1.5 -1.19
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-0.91 1.97 1.55 -1.89 0.02 -0.18 -0.36 0.69 1.04 0.44 0.67 -1.04 -1.22 1.1 -0.91 1.09 -2.04 1.26 -0.9 -0.56 -0.3 -0.8 -0.26 0.21 -0.41 -0.59 0.53 -0.71 -0.92 -0.44 -0.8 1.74 -0.68 0.13 -0.61 -0.26 0.52 -1.64 -0.59 0.33 -0.43 -1.22 -1.25 -1.57 1.83 -0.58 0.22 1.02 -1.76 -1.86 -1.27 -2.42 -1.2 -1.49 -0.66 0.12 -0.47 -1.3 -0.82 -0.5 -0.4 -0.56 -0.49
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-0.1 -0.09 -0.04 -0.61 -0.04 0.01 -0.42 -0.28 0.52 0.71 0.34 -0.16 -0.06 -0.12 -0.25 -0.35 0.01 -0.17 0.09 0.1 0.03 -0.79 -0.78 -0.07 -0.93 -0.28 0.11 0.7 0.27 0.5 0.04 -0.13 0.03 -0.44 0.38 0.56 0.01 1.48 -0.2 -0.44 -0.18 -0.45 -0.14 0.0 -0.09 0.59 0.85 1.25 -4.0 -2.17 -0.38 -2.05 -0.22 -0.04 0.02 0.74 0.08 -0.4 -0.17 -0.08 -0.98 -0.17 -0.96
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-0.26 1.2 1.13 -0.72 0.02 0.22 1.23 0.8 0.78 0.32 1.51 -1.49 -1.75 -0.63 -1.65 -0.58 -1.57 -0.92 -1.38 -0.96 -0.43 -1.16 -0.95 0.77 -0.84 -0.76 1.47 0.69 -1.23 -1.27 -1.46 -0.62 -0.7 0.71 -1.21 -1.09 0.66 -0.33 -0.88 0.08 -0.14 -0.08 -1.1 -1.71 -0.45 0.18 1.37 1.83 -3.05 -1.73 -0.09 -3.41 -1.49 0.18 -0.52 1.58 0.16 -0.9 -0.05 -1.07 0.12 -0.69 -0.06

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.