Heatmap: Cluster_128 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
-1.14 -1.13 -1.14 0.31 1.02 0.73 0.89 0.64 0.58 0.26 -1.46 -0.17 -0.58 0.43 -0.74 0.11 -0.42 -0.14 -0.27 -0.34 0.16 -3.11 -2.53 -1.55 -2.08 -1.52 -0.68 1.89 -0.24 -0.22 -0.04 0.23 -0.53 -0.05 -0.06 -0.22 -0.72 0.51 0.23 -0.39 -2.12 -1.23 -0.06 -0.13 0.38 1.9 1.98 1.79 -3.25 -2.98 -3.76 -1.98 -0.09 -0.03 -0.4 1.65 -0.1 -2.28 -1.01 -1.28 -1.56 -1.78 -1.21
-0.87 -0.86 -0.8 -0.47 0.61 0.26 0.63 0.59 0.64 0.37 -0.82 -0.21 -0.49 0.13 -0.39 -0.05 -0.35 0.24 -0.38 0.37 0.11 -0.55 -0.6 -0.64 -0.19 -0.25 -0.28 0.64 -0.22 -0.06 -0.5 0.06 0.61 -0.15 -0.25 -0.1 -0.6 1.26 0.37 -0.1 0.18 -0.18 -0.28 -0.38 0.12 0.92 0.78 0.82 -3.03 -2.24 -1.25 -1.46 -0.17 -0.08 0.13 0.63 -0.17 0.34 -0.66 0.64 -0.33 0.31 -0.44
-0.45 -0.6 -0.54 -0.05 0.48 0.29 0.6 0.47 0.21 0.45 -0.47 -0.19 -0.25 0.26 -0.32 0.19 -0.22 0.21 -0.15 0.6 0.08 -0.62 -0.74 -0.67 -1.11 -0.33 0.1 0.91 0.22 0.22 -0.23 0.35 0.29 0.1 0.19 0.17 -0.25 0.81 0.34 -0.18 -0.18 -0.33 0.09 -0.22 0.39 0.83 1.06 0.97 -3.79 -3.92 -2.93 -3.15 0.02 -0.28 0.12 0.37 -0.13 -0.25 -0.55 -0.24 -0.52 -0.06 -0.47
-0.33 -0.81 -0.63 0.31 0.15 0.34 0.15 0.15 0.16 0.21 -0.88 -0.39 -0.73 0.21 -0.78 0.19 -0.51 -0.08 -0.36 0.6 0.15 -0.25 -0.01 0.39 -0.23 0.15 -0.08 0.28 -0.26 -0.08 -0.57 -0.01 0.84 -0.16 -0.22 -0.08 -0.14 0.66 0.67 0.49 -0.11 0.49 -0.33 -0.64 0.26 0.58 0.08 0.37 -3.03 -1.85 -0.62 -1.01 -0.24 0.15 0.39 -0.01 -0.11 0.28 -0.65 0.61 0.11 0.38 0.06
-0.61 0.24 0.17 -0.16 -0.16 -0.1 -0.51 0.13 0.15 -0.0 -0.44 -0.62 -0.91 0.54 -0.95 0.58 -0.79 0.51 -0.7 1.23 -0.13 0.12 -0.15 -0.7 -0.58 -0.22 0.75 -0.17 -0.58 -0.41 -0.81 0.38 1.25 -0.08 -0.58 -0.45 -0.69 -0.53 1.02 0.57 0.53 0.84 -0.67 -0.84 0.66 0.15 -0.22 0.13 -2.0 -3.52 -0.08 -1.91 -0.61 -0.63 0.63 -0.52 -0.65 0.67 -0.49 0.54 0.22 0.82 0.11
-0.68 0.21 0.23 -2.45 0.58 0.37 -0.23 0.44 1.09 0.6 -0.45 -1.22 -1.51 0.08 -1.64 0.09 -1.43 -0.01 -1.07 0.55 0.22 -0.15 -0.55 -0.5 -1.13 -0.17 0.26 0.13 -0.91 -0.43 -1.23 -0.09 0.89 -0.31 -0.77 -0.36 -0.76 0.5 0.94 1.0 0.35 0.85 -0.69 -1.56 0.15 0.43 0.24 0.3 -4.72 -5.38 -1.93 -2.54 -0.76 -1.33 0.86 0.54 0.42 0.82 -0.21 0.93 0.38 0.82 0.75
-0.98 -0.7 -0.57 -1.42 -0.8 0.26 -0.88 0.01 -0.59 -0.57 -1.76 -0.23 -2.83 0.1 -2.76 0.23 -2.53 0.39 -2.34 1.27 1.02 0.14 -1.23 -2.31 -0.75 -2.31 0.76 -0.75 -2.33 -2.05 -2.42 0.4 0.89 1.0 -2.31 -1.93 -1.59 -0.08 1.42 1.58 0.57 1.5 -2.19 -2.48 0.49 -0.16 -0.31 -0.49 -3.2 -3.31 0.47 0.28 -1.97 0.06 1.25 -0.91 0.79 1.17 0.42 0.88 0.6 1.1 0.99
-0.9 -1.27 -0.96 -0.07 0.49 0.73 0.6 0.65 0.35 0.41 -0.09 -0.29 -0.8 0.32 -0.83 0.47 -0.71 0.51 -0.59 0.09 0.27 -1.33 -0.84 -1.19 -0.86 -0.78 0.47 0.03 -0.35 -0.28 -0.7 0.4 0.18 0.02 -0.39 -0.28 -0.51 0.83 0.45 0.78 -0.16 0.55 -0.09 -0.79 0.49 0.47 0.51 0.54 -3.5 -3.39 -1.97 -2.46 -0.22 0.36 0.35 0.55 0.39 0.01 -0.22 0.35 0.55 0.36 0.4
-0.18 -0.77 -0.52 -0.02 0.56 0.46 0.28 0.63 0.64 0.68 -0.81 0.23 -0.07 0.13 -0.21 0.1 -0.21 0.21 -0.11 0.68 0.28 -0.19 -0.28 -1.01 -0.28 -0.62 -0.31 -0.29 0.05 0.27 -0.14 0.22 0.89 0.06 0.04 0.26 -0.17 0.92 0.57 -0.04 0.64 0.05 0.25 -0.2 0.36 -0.1 -0.45 -0.33 -2.81 -2.95 -1.62 -2.12 0.1 -0.14 0.11 -0.02 -0.23 0.26 -0.45 0.19 -0.28 -0.07 -0.59
-1.51 -1.64 -1.67 -0.09 0.68 0.66 0.79 0.81 0.49 0.7 -0.42 -0.13 -0.68 0.12 -0.54 0.23 -0.58 0.05 -0.27 0.64 0.52 -0.77 -0.54 -0.76 -0.53 -0.48 0.42 0.16 -0.25 -0.08 -0.57 0.32 0.73 0.18 -0.28 -0.04 -0.72 0.41 0.63 0.52 0.29 0.54 0.0 -0.69 0.46 0.36 0.27 0.21 -3.19 -4.85 -3.01 -3.55 0.0 -0.05 0.12 0.09 0.37 0.02 0.03 0.07 0.23 0.23 0.2
-0.73 -0.28 -0.38 -0.25 0.72 0.41 0.47 0.66 0.89 0.53 -0.63 -0.02 -0.51 0.33 -0.45 0.3 -0.29 0.21 -0.38 0.42 -0.01 0.14 0.07 -0.4 -0.72 -0.09 0.01 -0.36 -0.04 0.12 -0.35 0.31 0.66 0.08 -0.01 0.1 -0.49 -0.01 0.48 0.53 -0.03 0.49 0.22 -0.55 0.44 -0.18 -0.29 -0.07 -2.63 -3.05 -1.92 -2.04 0.14 0.3 0.26 -0.36 -0.28 0.22 -0.56 0.25 0.24 0.17 0.0
-0.45 -1.21 -1.01 0.53 0.8 0.56 0.79 0.5 0.41 0.57 -0.82 -0.14 -0.46 -0.04 -0.48 -0.09 -0.37 0.17 -0.35 0.24 0.26 -1.58 -1.48 -1.33 -1.02 -0.61 -0.18 1.37 -0.1 0.01 -0.46 0.12 0.32 0.2 -0.08 0.1 -0.35 -0.07 0.26 -0.02 -0.27 -0.16 0.04 -0.53 0.1 1.45 1.24 1.11 -2.29 -2.37 -2.93 -2.27 0.02 -0.18 -0.21 1.04 -0.03 -0.55 -0.43 -0.01 -0.23 -0.36 -0.57
-0.14 -0.36 -0.07 -0.59 0.3 0.44 0.38 0.39 0.34 0.49 -0.43 -0.48 -0.72 -0.46 -0.82 -0.39 -0.65 -0.28 -0.63 0.37 0.15 -0.47 -0.82 -1.15 -0.72 -0.8 -0.36 1.05 -0.28 -0.21 -0.57 -0.31 0.71 -0.29 -0.39 -0.3 -0.29 1.38 0.41 -0.35 0.4 -0.53 -0.6 -0.75 -0.35 1.21 1.17 1.2 -4.44 -4.19 -2.89 -3.27 -0.55 -0.72 0.41 1.51 0.14 0.62 -0.42 0.93 -0.52 0.46 -0.67
-0.75 -0.74 -0.68 -0.71 0.44 0.64 0.14 0.61 0.59 0.58 -0.97 -0.28 -0.49 0.29 -0.48 0.37 -0.37 0.34 -0.34 0.76 -0.04 -0.15 -0.73 -1.19 -0.94 -0.77 -0.38 -0.16 -0.18 -0.05 -0.42 0.43 0.99 -0.3 -0.16 -0.01 -0.46 0.26 0.81 0.51 0.22 0.54 -0.14 -0.54 0.58 -0.07 -0.31 -0.07 -3.14 -2.75 -2.64 -2.65 -0.15 0.36 0.65 -0.27 -0.12 0.52 -0.48 1.01 0.46 0.59 0.35
-0.5 -0.98 -0.74 0.09 0.91 0.68 -0.09 -0.09 0.88 0.41 -0.49 -0.26 -0.56 0.32 -0.69 0.28 -0.47 0.23 -0.3 0.03 -0.22 -0.99 -0.83 -0.77 -0.61 -0.83 0.31 0.56 -0.11 -0.03 -0.5 0.39 -0.07 -0.42 -0.05 -0.04 -0.04 0.9 0.11 0.44 -0.3 0.44 -0.07 -0.68 0.54 0.86 1.05 1.07 -3.49 -3.74 -1.85 -2.81 -0.06 0.22 0.05 1.14 -0.33 -0.29 -0.71 0.09 -0.12 0.01 -0.12
-0.12 -0.87 -0.45 0.68 1.16 1.05 1.39 0.77 0.96 0.69 -1.09 0.46 0.14 -0.09 0.07 -0.16 0.3 -0.3 0.27 -0.35 0.16 -1.2 -1.18 -0.3 -0.63 -0.04 -0.75 0.03 0.57 0.72 0.25 -0.13 -0.61 -0.05 0.72 0.74 0.03 0.06 0.06 -0.53 -0.75 -1.01 0.6 0.09 0.09 -0.13 0.16 -0.01 -3.32 -3.27 -2.72 -3.19 0.52 -0.63 0.35 0.03 0.02 -1.37 -0.47 -0.49 -0.95 -0.54 -1.01
-0.05 -0.56 -0.33 -0.08 0.59 0.73 -0.6 -0.14 0.47 0.3 -0.77 -0.16 -0.31 0.55 -0.51 0.55 -0.29 0.67 -0.07 0.34 -0.08 -0.28 0.68 -0.69 -0.36 -0.43 0.14 -0.86 0.12 0.15 -0.16 0.66 0.6 0.15 0.14 0.08 -0.19 0.1 0.33 0.35 0.07 0.35 -0.06 -0.28 0.64 -0.42 -0.36 -0.49 -1.25 -3.41 -1.81 -2.06 -0.01 0.28 0.18 -0.95 0.12 -0.24 -0.18 0.65 0.37 0.17 -0.01
-0.4 -0.58 -0.31 -0.01 0.3 0.65 0.4 0.72 0.36 0.42 -0.6 -0.02 -0.46 0.34 -0.45 0.45 -0.52 0.31 -0.24 0.55 0.35 -0.84 -0.54 -0.57 -0.23 -0.44 -0.37 -0.13 -0.03 0.22 -0.19 0.37 0.83 -0.19 0.09 0.07 -0.45 0.84 0.5 -0.06 0.33 -0.12 -0.12 -0.49 0.37 0.57 0.39 0.12 -3.23 -2.5 -1.7 -1.35 -0.09 -0.95 0.26 0.24 0.26 0.27 -0.48 0.52 -0.49 0.33 -0.69
0.28 -0.34 -0.24 1.03 0.88 0.86 0.89 0.31 0.59 0.53 -1.19 0.05 -0.37 -0.71 -0.34 -0.17 -0.09 -0.0 -0.26 -0.33 -0.36 -1.22 -0.93 -1.0 -1.34 -0.43 0.06 0.58 0.1 0.28 -0.32 0.07 0.03 -0.3 0.15 0.14 0.51 0.45 -0.41 0.44 -0.67 0.2 0.33 -0.28 0.11 0.76 0.88 0.72 -2.7 -4.19 -2.89 -4.53 0.23 0.16 -0.63 1.35 -0.49 -1.07 -0.97 -0.08 0.06 -1.06 0.21
-0.76 -1.29 -1.08 -0.07 0.64 0.43 0.65 -0.03 0.37 0.28 -1.03 0.11 -0.14 0.2 -0.12 0.23 -0.01 0.07 -0.01 -0.08 0.04 -1.4 -0.96 -0.31 -0.0 -0.51 -0.76 0.78 0.3 0.4 -0.0 0.09 0.28 -0.28 0.3 0.38 -0.44 1.61 0.12 -0.18 -0.13 -0.36 0.31 -0.08 0.28 0.88 0.7 0.71 -2.92 -3.21 -1.79 -2.51 0.26 -0.66 -0.1 0.71 -0.21 -0.12 -0.67 0.17 -0.42 -0.06 -0.49
-0.9 -1.26 -0.99 0.46 0.67 0.52 0.2 -0.08 0.48 0.19 -0.79 0.37 -0.09 0.23 -0.13 0.08 0.0 0.07 0.11 0.17 0.04 -1.5 -1.03 -0.66 -0.31 -0.22 -0.33 0.8 0.34 0.49 -0.03 0.02 0.07 -0.51 0.33 0.38 -0.42 0.37 0.16 -0.37 -0.18 -0.22 0.47 -0.15 0.21 1.05 1.24 1.3 -3.92 -4.02 -2.99 -3.31 0.42 -0.6 0.14 0.71 -0.16 -0.58 -0.69 0.16 -0.59 -0.1 -0.66
-0.81 -1.06 -0.71 -0.27 0.36 0.73 -0.02 -0.01 0.31 0.35 -1.46 -0.36 -0.2 -0.06 -0.27 -0.04 -0.15 -0.28 -0.28 1.02 -0.11 -0.78 -0.97 -1.06 -0.41 -0.63 -0.19 0.16 0.08 0.15 -0.23 -0.01 0.72 -0.2 0.22 0.22 -0.47 -0.23 1.18 0.73 -0.46 0.51 0.13 -0.39 0.08 0.19 0.27 0.15 - - - - 0.04 0.54 1.37 0.26 -0.31 0.18 -0.74 0.69 0.42 0.94 0.33
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-1.24 -1.39 -1.52 0.52 0.61 0.2 0.55 0.18 0.41 0.13 -0.99 -0.23 -0.29 0.16 -0.18 0.17 -0.33 0.2 0.18 -0.36 -0.12 -1.61 -1.66 -1.12 -0.68 -0.67 -0.95 1.38 0.09 0.27 -0.04 0.27 -0.03 -0.23 0.2 0.37 -0.26 0.85 -0.17 0.02 -0.61 -0.16 0.29 -0.24 0.44 1.26 1.38 1.39 -2.9 -4.15 -3.48 -4.19 0.13 -0.08 -0.29 1.64 -0.09 -1.0 -0.46 -0.47 -0.24 -1.05 -0.4
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.