Heatmap: Cluster_111 (HCCA)

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(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	-O2 early	-O2 late	-O2 middle	24h,Alfalfa	24h,Fructose	24h,Maltose	24h,Sorbitol	24h,Xylan	24h,Xylan+Xylose	24h,Xylose	Fructose,microbial culture	Laboratory transformant,Pure culture	MjkA KO,expo	MjkA KO,post expo	MjkA/mjkB KO,expo	MjkA/mjkB KO,post expo	MjkB KO,expo	MjkB KO,post expo	MjkB OE,expo	N593 kusA KO,2h	N593 kusA KO,8h	NW186,+1.1mM arg	NW186,+5mM citr	NW186,-Fe	NW305,+10gl Fe	NW305,-Fe	SEB,microbial culture	WT,2h,MM + L-rhamnose	WT,70% max biomass	WT,90% max biomass	WT,expo	WT,post expo	araR KO,2h	araR KO,8h	crhA-G KO,70% max biomass	crhA-G KO,90% max biomass	expo	gaaC KO,2h	gaaR KO,2h	gaaR KO,8h	gaaR/araR KO,2h	gaaR/araR KO,8h	gaaX KO,pure culture	histone deacetylase KO,expo	histone deacetylase KO,post expo	lraA KO,2h,MM + L-rhamnose	lraB KO,2h,MM + L-rhamnose	lraC KO,2h,MM + L-rhamnose	multiploid,asex,free 12h	multiploid,asex,free 6h	multiploid,asex,immob 12h	multiploid,asex,immob 6h	parent,pure culture	post expo	rhaR KO,2h	rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose	rhaR KO,8h	rhaR/araR KO,2h	rhaR/araR KO,8h	rhaR/araR/gaaR KO,2h	rhaR/araR/gaaR KO,8h	rhaR/gaaR KO,2h	rhaR/gaaR KO,8h
CAK36848	0.05	-0.24	-0.25	1.05	0.97	0.37	0.63	0.54	0.8	0.59	-0.74	0.34	0.19	-0.51	0.22	-0.56	0.33	-0.44	0.24	0.27	0.09	0.56	0.65	0.36	0.22	0.88	-0.45	-1.56	0.52	0.5	0.15	-0.31	0.44	0.49	0.47	0.49	0.18	-0.18	-0.28	-0.5	-0.24	-0.38	0.45	0.06	-0.22	-1.94	-1.87	-1.96	-1.17	-1.29	-1.36	-1.54	0.66	-0.75	-0.43	-1.2	-0.39	-0.12	-0.56	-0.5	-0.99	-0.35	-1.03
CAK37002	-0.09	-0.14	-0.2	-0.01	0.02	-0.01	0.35	0.15	-0.05	0.07	-0.78	0.1	-0.36	-0.26	-0.41	-0.34	-0.29	-0.32	-0.28	0.46	0.09	-0.68	-0.58	-0.02	-0.15	0.09	-0.39	0.76	-0.21	0.14	-0.3	-0.31	0.52	-0.25	-0.07	0.11	-0.22	1.2	0.49	-0.48	0.37	-0.4	0.04	-0.23	-0.36	0.82	0.83	0.68	-1.9	-2.35	-0.35	-0.72	0.01	-0.68	0.09	0.93	-0.14	0.36	-0.44	0.73	-0.63	0.21	-0.7
CAK37246	-0.24	-0.16	-0.19	0.86	1.14	0.47	1.0	0.63	0.86	0.78	-1.07	0.43	0.07	-0.52	0.1	-0.5	0.1	-0.22	0.03	-0.13	0.17	0.12	0.09	0.34	0.51	0.82	-0.72	-1.54	0.24	0.16	-0.01	-0.4	0.25	0.27	0.24	0.08	-0.12	-1.82	-0.2	-0.66	-0.14	-0.52	0.42	-0.01	-0.33	-2.3	-2.29	-2.19	0.05	0.55	-0.76	0.24	0.48	-0.85	-0.34	-0.91	-0.33	0.32	-0.04	-0.12	-0.75	-0.39	-1.14
CAK37504	-0.14	-0.4	-0.29	-0.08	0.33	0.39	0.53	0.12	0.28	0.09	-0.51	-0.27	-0.37	-0.36	-0.52	-0.41	-0.35	-0.28	-0.25	0.19	-0.0	-0.96	-0.82	-0.45	-0.57	-0.29	-0.27	0.92	-0.03	0.08	-0.4	-0.45	0.33	-0.41	0.03	0.11	-0.29	1.23	0.41	-0.18	0.45	-0.01	-0.28	-0.46	-0.31	0.9	1.05	1.0	-1.79	-1.4	-0.54	-0.97	-0.29	-0.86	0.36	0.95	-0.06	-0.01	-0.36	0.62	-0.34	0.29	-0.64
CAK37546	-0.57	-0.81	-0.82	0.54	0.99	0.81	0.91	0.86	0.89	0.88	-0.57	0.45	0.18	-0.03	-0.06	0.01	0.24	0.02	0.24	-0.14	0.08	-0.75	-0.5	-0.23	-0.72	-0.15	-0.14	-0.74	0.46	0.46	0.13	0.02	0.05	-0.31	0.49	0.55	-0.04	1.05	-0.16	-0.28	-0.02	-0.31	0.43	0.13	-0.01	-0.64	-0.55	-0.73	-2.45	-2.4	-1.45	-1.56	0.43	-0.34	-0.25	-0.61	-0.07	-0.28	-0.51	-0.0	-0.45	-0.2	-0.52
CAK38249	-0.44	-0.72	-0.68	0.53	0.88	0.47	0.92	0.84	0.8	0.62	-0.77	0.05	-0.35	0.8	-0.42	0.79	-0.21	0.83	-0.16	-0.29	0.46	-0.61	-0.23	-0.44	-0.44	-0.03	-0.19	-0.59	0.15	0.12	-0.26	0.99	-0.17	0.72	0.14	0.14	-0.25	0.8	-0.4	-0.13	-0.0	-0.16	0.3	-0.36	0.89	-0.5	-0.15	-0.53	-1.22	-2.32	-1.08	-1.94	0.23	-1.08	-0.63	-0.16	0.23	-0.6	-0.11	-0.84	-0.95	-0.85	-0.84
CAK38533	-0.39	-0.07	-0.16	0.09	1.02	0.66	1.0	0.81	1.15	0.8	-0.33	-0.03	-0.25	-0.23	-0.32	-0.17	-0.25	-0.05	-0.07	0.19	0.4	-0.64	-0.35	0.62	-0.25	0.52	0.44	-0.99	-0.04	0.05	-0.21	-0.05	0.34	0.2	-0.04	0.11	-0.05	0.43	0.44	-0.08	0.36	-0.19	0.12	-0.28	-0.04	-0.79	-0.84	-0.96	-2.61	-2.57	-0.86	-1.57	0.02	-0.75	-0.11	-0.71	0.19	0.03	0.07	0.13	-0.52	-0.08	-0.76
CAK38635	0.07	-0.72	-0.57	1.3	0.31	-0.36	0.36	0.01	0.18	-0.04	-1.27	0.8	0.27	-0.36	0.29	-0.45	0.27	-0.21	0.23	-0.45	-0.36	0.17	0.78	0.73	0.71	1.05	-0.6	-3.73	0.43	0.29	0.23	0.03	-0.18	-0.12	0.38	0.24	0.3	-1.51	-1.2	-0.97	-1.19	-1.23	0.36	0.15	-0.04	-3.14	-4.19	-3.78	0.68	1.19	1.74	1.15	0.33	0.06	-1.67	-1.33	-0.9	-0.03	-0.69	-0.93	-1.83	-1.42	-2.31
CAK38869	-0.39	-0.68	-0.64	0.5	1.2	0.85	1.23	0.92	0.77	0.54	-0.33	0.22	-0.29	0.52	-0.32	0.31	-0.04	0.47	-0.04	-0.31	0.43	-0.96	-0.73	-0.58	-0.25	-0.06	-0.17	-0.64	0.35	0.48	-0.09	0.52	-0.26	0.57	0.35	0.43	-0.49	0.41	0.02	-0.11	-0.18	-0.28	0.31	-0.15	0.62	-0.88	-0.32	-1.02	-1.56	-3.47	-2.23	-3.2	0.33	-0.41	-0.05	-0.24	0.25	-0.86	-0.01	-0.58	-0.55	-0.61	-0.54
CAK38973	-0.41	-0.98	-0.88	0.82	1.17	0.41	1.42	0.67	0.93	0.63	-1.41	0.61	0.34	-0.88	0.28	-0.83	0.34	-0.75	0.2	0.32	-0.17	-1.02	-0.99	0.41	-0.11	0.73	-0.9	-0.51	0.45	0.4	0.32	-0.85	0.34	-0.7	0.39	0.35	-0.23	-0.26	0.48	-0.62	-0.73	-0.79	0.53	0.26	-0.8	-0.34	-0.54	-0.57	-1.02	-0.13	-0.66	-0.05	0.63	-1.14	0.14	-0.51	-0.56	0.17	-0.81	0.23	-1.39	0.0	-1.51
CAK38981	-0.85	-1.63	-1.4	-0.0	0.73	0.54	0.91	0.53	0.48	0.43	-0.61	-0.24	-0.52	0.47	-0.56	0.37	-0.36	0.47	-0.42	-0.15	0.09	-1.06	-0.71	-0.51	-0.16	-0.15	-0.22	0.36	-0.04	0.01	-0.49	0.34	0.38	-0.39	-0.07	-0.02	-0.65	1.35	-0.13	0.2	0.03	0.34	-0.12	-0.6	0.54	0.46	0.62	0.58	-1.94	-2.79	-2.03	-2.41	-0.16	-0.02	-0.2	0.72	-0.09	-0.17	-0.51	0.38	0.26	0.04	0.23
CAK39376	-0.22	-0.5	-0.5	0.29	0.6	0.35	0.67	0.63	0.69	0.35	-0.5	0.31	-0.31	-0.23	-0.49	-0.21	-0.19	-0.07	-0.25	0.14	0.21	-0.43	-0.41	-0.09	-0.5	0.03	-0.07	-0.16	0.16	0.29	-0.28	-0.2	0.29	-0.16	0.14	0.19	-0.28	0.82	0.37	-0.17	0.24	-0.2	0.16	-0.37	-0.07	-0.06	0.12	-0.03	-1.51	-1.45	-0.15	-0.99	0.21	-0.23	0.31	0.51	0.07	0.2	-0.31	0.35	-0.55	0.15	-0.69
CAK39602	0.04	-0.38	-0.4	-0.04	0.42	0.17	0.31	0.25	0.34	0.09	-0.83	0.26	-0.08	-0.44	-0.2	-0.5	-0.08	-0.36	0.04	0.01	-0.04	-0.39	-0.35	-0.22	-0.54	-0.25	-0.55	0.7	0.27	0.41	-0.1	-0.4	0.16	-0.34	0.31	0.46	0.02	1.43	0.26	-0.29	0.2	-0.09	0.28	-0.1	-0.43	0.59	0.58	0.58	-1.6	-2.1	-0.59	-1.25	0.23	-1.37	0.16	0.72	-0.12	-0.03	-0.46	0.25	-0.29	0.03	-0.56
CAK39617	-0.09	-0.35	-0.4	0.03	0.96	0.67	0.94	0.91	0.93	0.82	-0.75	0.38	-0.13	-0.4	-0.12	-0.42	0.18	-0.45	0.01	-0.06	0.29	-0.15	0.48	-0.2	0.19	0.37	-0.66	-1.11	0.4	0.51	-0.03	-0.34	0.21	0.11	0.51	0.48	-0.17	0.13	-0.09	-0.31	0.25	-0.6	0.43	-0.15	-0.29	-0.8	-0.85	-0.9	-0.45	-1.75	-0.16	-0.99	0.46	-0.58	-0.3	-0.98	0.16	-0.12	-0.15	0.07	-0.61	-0.43	-1.2
CAK39676	-0.18	-0.16	-0.03	0.05	0.37	0.19	0.61	0.23	0.17	0.1	-0.57	0.06	-0.24	0.12	-0.29	-0.02	0.08	0.19	0.05	-0.71	0.03	-1.09	-0.77	-0.82	-0.2	-0.5	-0.29	1.11	0.33	0.46	-0.17	0.12	-0.53	0.01	0.42	0.48	-0.14	1.38	-0.4	-0.61	-0.18	-0.39	0.16	-0.09	0.14	0.86	1.19	0.89	-2.12	-3.18	-2.04	-2.63	0.16	-0.13	-0.59	1.26	-0.18	-1.05	-0.41	-0.28	-0.59	-0.58	-0.86
CAK39749	0.24	-0.63	-0.69	0.39	0.55	0.09	1.33	0.68	0.63	0.65	1.04	0.4	0.35	-0.03	0.23	-0.12	0.39	-0.07	0.4	-1.49	-0.01	-0.69	-0.83	-0.18	-0.31	-0.37	0.05	-0.71	0.5	0.62	0.46	-0.12	-0.98	-0.13	0.64	0.72	0.51	0.93	-1.46	-0.62	-1.0	-0.85	0.54	0.34	-0.1	-1.5	-0.95	-0.99	-2.03	0.17	0.1	0.29	0.47	0.08	-1.25	0.03	-0.06	-1.53	-0.23	-1.12	-1.39	-1.85	-1.4
CAK39857	-0.45	-0.92	-0.69	0.06	0.66	0.51	0.08	-0.06	0.44	0.66	-0.65	0.07	0.14	0.16	0.1	0.12	0.22	0.22	0.14	-0.29	-0.03	0.04	0.08	-0.76	-0.24	-0.15	-0.07	-0.12	0.27	0.34	0.18	0.16	-0.19	0.01	0.26	0.25	-0.16	0.37	-0.08	0.23	0.07	0.17	0.25	0.14	0.18	-0.17	0.1	-0.25	-1.53	-1.38	-1.02	-0.91	0.27	0.57	-0.3	0.27	-0.11	-0.4	-0.03	-0.15	0.15	-0.4	-0.09
CAK39998	0.03	0.12	0.14	-0.08	0.58	0.55	0.4	-0.24	0.23	0.62	-0.17	-0.57	-0.41	0.33	-0.5	0.22	-0.36	0.13	-0.43	0.06	0.45	-0.29	-0.43	-0.93	-0.39	-0.28	0.26	0.49	-0.01	0.04	-0.29	0.15	-0.11	0.26	-0.05	-0.03	-0.24	-0.13	0.27	0.39	-0.46	0.22	-0.26	-0.47	0.23	0.6	0.38	0.46	-1.67	-3.17	-2.48	-3.11	-0.26	0.51	-0.07	0.7	0.58	-0.59	0.37	-0.34	0.28	-0.32	0.42
CAK40598	0.41	0.07	0.13	-0.02	0.48	0.3	0.63	-0.05	0.42	0.07	-0.67	-0.25	0.05	-0.23	-0.16	-0.14	0.08	-0.1	0.08	-0.11	-0.13	-0.97	-0.86	-0.19	-0.5	0.18	-0.05	0.44	0.26	0.34	0.01	-0.2	-0.18	-0.52	0.25	0.3	0.17	1.08	0.29	-0.25	-0.24	-0.2	-0.02	-0.01	-0.24	0.53	0.75	0.68	-1.4	-1.29	-1.29	-1.31	-0.07	-0.31	0.28	1.06	-0.29	-0.47	-0.56	0.07	-0.55	-0.25	-1.03
CAK40629	-0.08	-1.07	-1.29	0.49	1.22	0.9	1.14	0.62	1.04	0.83	-0.17	0.38	0.14	0.33	0.1	-0.14	0.13	0.37	0.2	0.13	-0.12	-0.3	0.13	-0.49	0.42	0.34	0.33	-1.13	0.01	0.21	0.09	0.18	-0.03	0.41	0.34	0.15	-0.19	-0.68	-0.13	-0.19	-0.73	0.09	0.65	0.22	0.28	-1.53	-1.37	-1.55	-0.59	-0.91	-1.52	-2.04	0.53	-0.62	-0.72	-0.59	0.0	-0.94	-0.62	-0.9	-0.21	-0.63	-0.82
CAK41010	-0.94	-0.53	-0.36	0.97	1.94	1.23	1.09	1.47	1.97	1.01	-0.25	-0.05	-0.69	-0.51	-0.73	-0.55	-0.63	-0.56	-0.78	0.48	-0.08	-1.24	-0.39	-0.39	-1.24	-0.15	-0.5	0.41	-0.33	-0.19	-0.83	-0.66	0.19	-0.4	-0.44	-0.33	-1.06	0.2	0.46	-0.66	0.19	-0.77	-0.36	-0.82	-0.47	0.2	0.21	0.17	-2.99	-2.9	-1.47	-2.9	-0.36	-0.58	0.54	0.54	-0.19	0.01	-0.79	0.17	-0.85	-0.03	-0.58
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CAL00624	-0.2	-0.48	-0.45	-0.26	0.43	0.17	0.73	0.46	0.35	0.21	-0.85	-0.14	0.07	-0.22	0.06	-0.41	0.16	-0.06	0.31	-0.16	0.2	-0.87	-0.43	-0.17	-0.41	0.3	-0.18	0.69	0.34	0.41	0.23	-0.27	0.08	-0.02	0.22	0.38	0.13	1.02	-0.26	-0.33	0.08	0.0	0.26	0.11	-0.16	0.55	0.7	0.67	-2.04	-2.92	-1.78	-2.49	0.03	-0.77	-0.32	0.75	-0.17	-0.08	-0.23	-0.06	-0.64	0.11	-0.6
CAL00953	-0.28	-0.66	-0.51	1.0	1.44	1.15	1.16	0.92	1.08	0.8	-0.7	-0.05	-0.55	0.36	-0.34	0.09	-0.26	-0.22	-0.23	-0.22	0.22	-0.04	-0.21	-0.78	-0.48	0.07	-0.24	-0.37	0.13	0.18	-0.13	0.23	0.13	0.08	0.09	0.2	-0.41	0.65	0.04	0.12	-0.32	-0.13	0.3	-0.35	0.3	-0.61	-0.73	-0.55	-2.28	-1.75	-1.47	-2.06	0.2	0.05	-1.01	0.4	-0.07	-0.39	-0.32	-1.19	-0.25	-1.16	-0.33

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.