1. Home
  2. Tools
  3. Expression Heatmap
  4. Results

Heatmap: Cluster_63 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

 Transpose table  Download table
Gene
-O2 early
-O2 late
-O2 middle
24h,Alfalfa
24h,Fructose
24h,Maltose
24h,Sorbitol
24h,Xylan
24h,Xylan+Xylose
24h,Xylose
Fructose,microbial culture
Laboratory transformant,Pure culture
MjkA KO,expo
MjkA KO,post expo
MjkA/mjkB KO,expo
MjkA/mjkB KO,post expo
MjkB KO,expo
MjkB KO,post expo
MjkB OE,expo
N593 kusA KO,2h
N593 kusA KO,8h
NW186,+1.1mM arg
NW186,+5mM citr
NW186,-Fe
NW305,+10gl Fe
NW305,-Fe
SEB,microbial culture
WT,2h,MM + L-rhamnose
WT,70% max biomass
WT,90% max biomass
WT,expo
WT,post expo
araR KO,2h
araR KO,8h
crhA-G KO,70% max biomass
crhA-G KO,90% max biomass
expo
gaaC KO,2h
gaaR KO,2h
gaaR KO,8h
gaaR/araR KO,2h
gaaR/araR KO,8h
gaaX KO,pure culture
histone deacetylase KO,expo
histone deacetylase KO,post expo
lraA KO,2h,MM + L-rhamnose
lraB KO,2h,MM + L-rhamnose
lraC KO,2h,MM + L-rhamnose
multiploid,asex,free 12h
multiploid,asex,free 6h
multiploid,asex,immob 12h
multiploid,asex,immob 6h
parent,pure culture
post expo
rhaR KO,2h
rhaR KO,2h,MM + L-rhamnose
rhaR KO,8h
rhaR/araR KO,2h
rhaR/araR KO,8h
rhaR/araR/gaaR KO,2h
rhaR/araR/gaaR KO,8h
rhaR/gaaR KO,2h
rhaR/gaaR KO,8h
4.52 4.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.06 -0.02 1.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.51 - - - - - - - - - - - - - 2.81 1.18 - - - - - - - - - - -
2.94 - 5.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.78 3.98 4.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.96 - - - - - -
4.42 4.13 4.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.73 4.06 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.74 4.8 4.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.9 4.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.07 4.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.33 5.05 4.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.87 5.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.51 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.67 2.58 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.18 2.56 4.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.83 - - - - - - - - - - - - - - 2.79 - - - - - - - - - - -
3.16 3.87 4.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.49 - - - - - - - - - - - 3.24 1.87 2.72 - - - - - - - - - - - -
5.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.44 - - - - - - - - - - - - - -
- 5.8 2.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.7 2.11 5.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.52 2.44 2.32 -4.13 -2.98 -2.17 -6.02 -2.78 -2.65 -2.17 -0.79 -5.28 -3.35 -0.2 -5.92 -0.53 -4.88 -0.88 -4.87 1.21 -1.36 -1.08 0.46 -3.74 -3.98 -3.75 -0.07 -0.83 -4.45 -3.98 -3.85 -2.05 -0.02 -0.22 -4.58 -3.41 4.6 -1.87 -1.22 -0.59 0.53 0.79 -6.09 -2.73 -0.85 -0.94 0.84 0.39 -5.32 - -3.84 - -3.1 0.84 -2.9 -0.42 -1.89 -2.93 -3.4 -1.74 -2.57 -3.31 -3.31
- 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.28 4.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.61 3.84 4.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.34 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.53 4.02 4.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.94 3.09 4.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.16 5.46 2.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.3 3.44 1.45 2.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - 3.05 - - - - - - - - - - - - - 2.28 2.64 0.44 - - - - - - - - - -
4.14 2.98 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.72 - 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.82 - - - - - - - - - - - - - 3.97 - - - - - - - - - - - -
5.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.46 5.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.12 4.25 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.32 4.04 3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.5 5.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.26 3.39 4.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.83 1.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 - - 1.16 - - - - - - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - - - - - -
5.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.41 3.93 1.48 -1.49 -6.28 -2.06 -5.01 -3.61 -4.44 -4.09 -3.46 -5.63 - 1.25 -3.27 1.01 -6.23 1.91 -3.87 0.34 -3.29 -2.84 -3.42 -3.69 -3.2 -3.49 -1.13 -2.3 -4.74 -4.86 -5.19 0.94 0.11 -4.28 - -5.69 -3.62 -0.63 0.01 0.35 -2.29 1.47 -5.44 -5.17 2.08 -1.71 -1.83 -1.16 - - - - -5.48 3.3 -1.17 -1.94 -2.64 -0.11 - -0.32 1.0 0.88 0.71
5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.93 3.66 4.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.83 - - - - - - - - - - - - -
0.73 3.57 2.68 -2.01 -1.45 -1.48 -1.04 -1.32 -0.96 -1.22 -1.75 -3.16 -2.28 1.78 -2.57 1.34 -2.66 1.71 -2.07 -1.0 -1.14 -5.49 -5.89 -4.55 -4.39 -4.3 0.07 -0.05 -2.79 -2.48 -2.24 1.43 -1.9 -1.21 -2.64 -2.18 0.1 -2.76 -0.75 0.05 -2.06 -0.66 -2.06 -2.31 1.85 0.1 0.15 0.24 -5.52 -4.01 -0.28 -1.77 -2.46 2.03 -1.48 0.64 -1.86 -2.36 -1.51 -2.31 0.24 -1.77 0.47
0.01 3.16 2.42 -1.72 -1.75 -1.19 -0.57 -1.24 -1.57 -1.27 -1.3 -2.97 -3.14 1.45 -2.65 1.14 -2.69 1.5 -2.65 -0.78 -0.83 -0.81 -1.66 -0.85 -0.74 -0.61 0.46 -0.73 -2.75 -2.47 -3.14 1.26 -1.0 -0.91 -2.44 -2.37 -0.96 -0.88 -0.26 0.25 -1.14 0.53 -2.49 -2.77 1.52 -0.67 -0.84 -0.6 - -7.15 -3.07 -4.82 -2.55 2.74 -0.97 -0.64 -1.0 -1.57 -0.75 -0.82 1.16 -0.61 1.49
1.57 4.86 4.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.